机器学习算法已广泛用于由基于基因表达的生物标志物驱动的癌症亚型的准确分类。然而，结合多个基因表达特征的生物标志物模型通常无法在外部验证数据集中重现，并且其特征集大小通常未优化，从而危及它们转化为具有成本效益的临床工具的能力。我们研究了如何解决多目标问题，即应用七种机器学习驱动的特征子集选择算法来找到分类性能和集合大小之间的最佳权衡，并分析它们在八个大规模转录组数据集的基准测试中的表现癌症，涵盖训练集和外部验证集。该基准包括根据组成基因的准确性、多样性和稳定性评估单个生物标志物和解决方案集的性能的评估指标。此外，提出了一种用于交叉验证研究的新评估指标，该指标概括了超体积，该指标通常用于评估多目标优化算法的性能。分别使用 4、2 和 7 个特征，获得了在乳腺癌、肾癌和卵巢癌外部数据集上表现出 0.8 平衡准确度的生物标志物。遗传算法通常比其他考虑的算法提供更好的性能，最近提出的 NSGA2-CH 和 NSGA2-CHS 在大多数情况下是性能最好的方法。

全幻灯片图像 (WSI) 分析在医学成像领域越来越受到重视。然而，由于 WSI 的大小为十亿像素，以前的方法通常无法有效地处理整个 WSI。受状态空间模型最新发展的启发，本文引入了新的 Pathology Mamba (PAM)，以实现更准确、更稳健的 WSI 分析。 PAM 包括三个精心设计的组件，以应对巨大图像尺寸、本地和分层信息的利用以及 WSI 分析期间训练和测试的特征分布之间不匹配的挑战。具体来说，我们设计了一种双向 Mamba 编码器来有效且高效地处理 WSI 中存在的大量斑块，它可以处理大规模病理图像，同时实现高性能和准确性。为了进一步利用 WSI 的本地信息和固有的分层结构，我们引入了一种新颖的本地感知扫描模块，该模块采用本地感知机制和分层扫描来熟练地捕获 WSI 内的本地信息和总体结构。此外，为了缓解训练和测试之间的补丁特征分布不一致，我们提出了测试时重要性重采样模块来进行测试补丁重采样，以确保训练和测试阶段之间特征分布的一致性，从而增强模型预测。对包含癌症亚型和生存预测任务的 9 个 WSI 数据集进行的广泛评估表明，PAM 优于当前最先进的方法，并且其在 WSI 内的判别区域建模方面的能力也得到了增强。源代码可在 https://github.com/HKU-MedAI/PAM 获取。

声速 (SoS) 是一种新兴的超声造影模式，其中使用传统换能器的脉冲回波技术具有多种优势。为了估计组织 SoS 分布，根据不同波束形成序列之间的相对散斑位移进行空间域重建是一种有前途的方法。该操作基于正向模型，该模型将所寻求的 SoS 局部值与观察到的散斑偏移相关联，并解决了相关的图像重建逆问题。因此，重建精度很大程度上取决于手工制作的前向成像模型。在这项工作中，我们建议学习基于数据的 SoS 成像模型。我们引入了脉冲回波 SoS 成像问题的卷积公式，使得整个视场需要一个统一的内核，其学习变得易于处理且鲁棒。我们提出了这种卷积核的最小二乘估计，可以进一步对其进行约束和正则化以获得数值稳定性。在实验中，我们表明，与传统的手工制作的基于线的波路径模型相比，从 k 波模拟中学习的前向模型将 SoS 重建的对比度误差降低了 38%。这种模拟学习模型成功地推广到了采集的模型数据，与传统的手工制作的替代方案相比，减少了对比度误差。我们成功地证明了学习机器特定内核以及从单个图像进行一次性学习的可行性。在癌性乳腺肿瘤的体内数据上，体模学习模型表现出 34.6 m/s 的 SoS 对比度，与仅 3.4 m/s 的传统模型对比度相比有了令人印象深刻的改进。

4D 锥形束计算机断层扫描 (CBCT) 在肺癌适应性放射治疗中发挥着关键作用。然而，极其稀疏的采样投影数据会在 4D CBCT 图像中造成严重的条纹伪影。现有的深度学习（DL）方法严重依赖于大型标记训练数据集，而这些数据集在实际场景中很难获得。受这种困境的限制，深度学习模型常常难以同时保留动态运动、消除条纹退化和恢复精细细节。为了解决上述具有挑战性的问题，我们引入了深度先验图像约束运动补偿框架（DPI-MoCo），它将 4D CBCT 重建解耦为两个子任务，包括粗略图像恢复和结构细节微调。在第一阶段，所提出的 DPI-MoCo 结合了先前的图像引导、生成对抗网络和对比学习，以在保持呼吸运动的同时全局抑制伪影。之后，为了进一步增强局部解剖结构，采用运动估计和补偿技术。值得注意的是，我们的框架是在不需要配对数据集的情况下执行的，确保了临床案例的实用性。在蒙特卡罗模拟数据集中，与最先进的 (SOTA) 方法相比，DPI-MoCo 实现了有竞争力的定量性能。此外，我们在临床肺癌数据集中测试了 DPI-MoCo，实验验证了 DPI-MoCo 不仅可以恢复小的解剖结构和病变，还可以保留运动信息。

高血压需要增加全身血管阻力。到目前为止，孟德尔高血压相关基因与盐潴留有关，这是一种间接调节作用。随着突变、过度活跃的 PDE3A（磷酸二酯酶 3A）的鉴定，我们发现了更直接的血管收缩机制。常染色体显性遗传综合征具有另一种特定表型，即 E 型短指畸形。高血压和骨性表型总是同时发生。我们通过检查个体谱系来区分这些表型。我们将编码甲状旁腺激素相关肽的基因与短指相关联。我们确定高血压机制涉及 cAMP-cGMP 分解代谢酶 PDE3A 中的调节区、功能获得、外显子 4 罕见致病变异。我们生成了概括所有人类表型的啮齿动物模型。比较不仅可以洞察人类状况的致病原因，还可以提供干预模型。此外，我们在编码酶口袋的外显子 13 中发现了罕见的致病变异。这些患者具有相同的表型，也在啮齿动物模型中得到证实，该模型产生了相同的人类表型。这些数据可以区分靶器官和血压表型。该研究允许在细胞内纳米域水平上可视化酶促过程。该项目的范围阐明了对软骨发育、可能的癌症转移重要的遗传机制，以及通过全身血管阻力与心血管调节相关的发现。对于我们的团队来说，该项目是职业生涯中的一次教育/科学冒险。

研究结果不一致地观察到，通过 IVF 或 ICSI 受孕的孩子与非 ART 受孕的孩子相比，血压较高。目的是对 ART 受孕的后代和自然受孕的后代的血压测量值进行系统回顾和荟萃分析。消除 ART 作为高血压风险因素的怀疑，进而引发心脏病，具有公共卫生和临床意义。一位生物医学图书馆员搜索了 Embase、PubMed 和 Web of Science 数据库。检索仅限于 1978 年以来以英文出版的记录。检索灰色文献。纳入标准是通过不孕症治疗（与未治疗）出生并接受血压评估的人。排除标准是非人类参与者、非定量研究、缺乏对照组和特殊人群（例如仅限癌症患者）。两名评审员使用 Covidence 独立筛选每条记录的标题、摘要和全文，使用 Excel 提取数据，并使用国家心肺血液研究所的队列研究质量评估工具评估偏倚。在确定的 5082 条记录中，有 79 条包含在系统评价，36 例被纳入 ART 和非 ART 组收缩压 (SBP) 和舒张压 (DBP) 的荟萃分析。总体而言，34 份报告（包括来自 25 个独特队列的 40 个效应量）比较了 ART（N = 5229）和非 ART（N = 8509，参考）组之间的血压，没有进行协变量调整。未发现治疗引起的 SBP（每 SD mmHg 0.06，95% CI = -0.05, 0.18）或 DBP（0.11，95% CI = -0.04, 0.25）的标准化平均差异（SMD），但异质性相当大（对于 SBP，I2=76%；对于 DBP，I2=87%）。 12 份报告中提出了调整后的分析，代表了 21 个独特队列的 28 种效应大小（N = 2242 治疗组 vs N = 37 590 未治疗组）。研究调整了各种协变量，包括母亲（例如年龄、教育程度、体重指数、吸烟、妊娠并发症）、儿童（例如性别、年龄、体力活动、BMI、身高）和出生特征（例如出生体重和胎龄）。调整后的结果同样显示 SBP（-0.03，95% CI = -0.13，0.08）或 DBP（0.02，95% CI = -0.12，0.16）没有 SMD，但异质性仍然很高（I2 = 64% 和 86%）。漏斗图表明存在轻微的发表偏差，但修剪和填充方法表明没有遗漏研究。删除五项调整出生结果的研究（可能过度调整中介因素）没有产生实质性差异。治疗类型（例如 IVF 与 ICSI）、按出生年份划分的期间影响（≤2000 与 >2000）、后代年龄组（<8、8-14、15）或研究地点（例如欧洲）不会改变结果。总之，在荟萃分析中，ART 受孕与后代血压无关，尽管观察到相当大的异质性。鉴于使用抗逆转录病毒疗法出生的儿童数量不断增加，持续存在血压差异将意味着在人口水平上对许多儿童/成人进行不必要的风险筛查。在临床层面，考虑这些生殖技术的夫妇可以放心，没有证据表明所使用的技术会导致强烈的血管“编程”。PROSPERO 编号 CRD42022374232。由牛津大学出版社代表欧洲人类生殖和胚胎学会出版2024 年。

我们之前的研究表明，编码 Aphrocallistes badus 凝集素 (oncoVV-AVL) 的溶瘤痘苗病毒（oncoVV-AVL）是一种经过改造后携带 AVL 的溶瘤痘苗病毒，对结直肠癌细胞和肝细胞癌细胞表现出有效的细胞毒作用。在此基础上，我们进行了一系列实验来探索其对胃癌（GC）细胞的功效。我们的研究结果表明，oncoVV-AVL 显着增加活性氧水平并抑制核因子红细胞 2 相关因子 2 的表达，从而增强病毒复制并破坏细胞氧化还原平衡，最终导致癌细胞死亡。此外，我们的研究发现 oncoVV-AVL 重新编程了代谢微环境以有利于病毒复制，最终导致癌细胞裂解。此外，我们观察到oncoVV-AVL不仅可以抑制肿瘤生长，还可以诱导肿瘤组织坏死。这些有希望的结果表明GC治疗管理的潜在新途径。

金纳米颗粒（GNP）的持续合成在生物医学应用中引起了广泛关注。在这项研究中，我们探索了补骨脂酚介导的金纳米粒子（Bak-GNP）的抗菌和抗癌潜力。补骨脂酚是补骨脂种子中发现的一种天然化合物，可作为 GNP 绿色合成的还原剂和稳定剂。我们的目标包括网络分析、分子对接、GNP 合成、Bak-GNP 对肺癌和肝癌的表征以及抗病原体和抗癌功效。分析蛋白质-蛋白质相互作用网络，以确定补骨脂酚在肺癌和肝癌中的有效蛋白质靶点。进行了分子对接研究，以验证目标蛋白对抗肺癌和肝癌的功效。此外，使用补骨脂酚合成了 Bak-GNP，并通过紫外可见光谱、动态光散射 (DLS)、zeta 电位透射电子显微镜 (TEM) 和傅里叶变换红外 (FTIR) 光谱等多种技术进行了表征，及其潜力GNAI3 成为最有希望的靶标，其结合能为 -7.5 kcal/mol，而 PTGER3 的结合能为 -6.9 kcal/mol，不同的表征技术揭示了 Bak-GNP 的成功合成。最低抑菌浓度 (MIC) 值证实，Bak-GNP 对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均表现出有效的抗菌活性。 Bak-GNPs 对 A549（肺癌）和 HepG2（肝癌）细胞具有显着的抗癌作用，IC50 值分别为 11.19 μg/mL 和 6.6 μg/mL。在两种细胞系中均观察到细胞凋亡的诱导和细胞增殖的抑制。活性氧 (ROS) 产生的增加有助于其抗癌作用。这项研究强调了补骨脂酚介导的 GNP 在生物医学方面的应用前景。这种使用补骨脂酚的绿色合成方法提供了一种可持续的方法来生产具有增强生物活性的纳米颗粒。需要进一步探索 Bak-GNP 的药理学特性和机制，以优化其临床使用的治疗功效。版权所有 © 2024 Mishra、Faruqui、Khanam、Khubaib、Ahmad、Saeed 和 Khan。

黑色素瘤是一种高度恶性肿瘤，是最致命的皮肤癌，具有显着的表型可塑性和瘤内异质性。黑色素瘤的可塑性与肿瘤生长、转移和治疗抵抗有关。长非编码 RNA (lncRNA) 由于其调节功能可能会影响可塑性。然而，它们的作用和作用方式却很少被研究。在这里，我们展示了 lncRNA GRASLND 在黑色素瘤分化和 IFNγ 信号传导中的相关性。 GRASLND 敲低揭示了分化的黑素细胞黑色素瘤细胞向去分化、缓慢增殖和高侵袭性细胞状态的转变。有趣的是，GRASLND 在分化的黑色素瘤中过度表达，并与不良预后相关。因此，我们发现 GRASLND 在免疫“冷”肿瘤中表达，并且与免疫反应激活的基因特征负相关。与此一致，在 IFNγ 下沉默 GRASLND 增强了 IFNγ 刺激基因的表达，包括 HLA-I 抗原呈递，证明了 GRASLND 对 IFNγ 信号传导的抑制活性。我们的研究结果表明，在分化的黑色素瘤中，GRASLND 的表达升高会干扰 IFNγ 的抗肿瘤作用，表明 GRASLND 在肿瘤免疫逃避中发挥作用。版权所有 © 2024 Fischer、Tiwari、Thier、Qiu、Lin、Paschen 和 Imig。

HER2和EGFR双重抑制剂，如拉帕替尼，对HER2阳性乳腺癌的治疗显示出显着疗效。先前的实验表明，在细胞培养物中，拉帕替尼的功效因暴露于人血清和人表皮生长因子（EGF）而显着降低。在蛋白质组和转录组水平上，我们检查了 HER2 阳性乳腺癌细胞系 SK-BR-3 在单独使用拉帕替尼或与人血清或 EGF 联合治疗后的变化。蛋白质组学分析揭示了 350 种差异表达蛋白 (DEP)，这些蛋白质在诱导细胞生长停滞的浓度下对拉帕替尼治疗产生反应。添加人血清或 EGF 与拉帕替尼组合可防止细胞生长抑制，并且这种组合治疗使人血清和 EGF 的约 93% DEP 的表达恢复至无药物水平。基因本体富集和 OncoboxPD 通路激活水平分析表明，拉帕替尼的添加影响了基于 RNA 和蛋白质的测定中揭示的大多数常见功能过程。然而，在蛋白质组水平上观察到一个具体特征：拉帕替尼的添加增加了与线粒体功能和细胞呼吸相关的蛋白质的表达。当使用 RNA 测序数据进行相同实验时，没有观察到这一特征。然而，这与刃天青测试的结果一致，刃天青测试显示暴露于拉帕替尼后 SK-BR-3 细胞呼吸增加了 1.8 倍。因此，我们得出结论，增强细胞呼吸是拉帕替尼对 HER2 阳性癌细胞的一种新的作用机制。版权所有 © 2024 Kamashev、Shaban、Zakharova、Modestov、Kamynina、Baranov 和 Buzdin。