研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
查看全部
CLINICAL ORTHOPAEDICS AND RELATED RESEARCH
2024 Oct 02
SarahELindsay,Ceceli...
De Novo Natural Language Processing Algorithm Accurately Identifies Myxofibrosarcoma From Pathology Reports.
CLINICAL ORTHOPAEDICS AND RELATED RESEARCH
ICD-10 中的可用代码不能准确反映软组织肉瘤的诊断,这可能导致数据库中软组织肉瘤的代表性不足。由于所有临床结果和病理报告的可用性,国家 VA 数据库为软组织肉瘤研究提供了独特的机会。在软组织肉瘤的背景下,自然语言处理(NLP)有潜力应用于病理报告等临床文档,以独立于 ICD 代码识别软组织肉瘤,从而使肉瘤研究人员能够建立更全面的数据库,能够回答无数问题(1) 仅通过软组织肉瘤 ICD 代码搜索会漏掉国家 VA 数据库中粘液纤维肉瘤患者的比例是多少? (2) 是否有一种 de novo NLP 算法能够分析病理报告以准确识别粘液纤维肉瘤患者?从 2003 年到 2022 年,识别了国家 VA 公司数据仓库中的所有病理报告(1070 万份)。使用单词搜索功能,报告从 403 名退伍军人中被发现含有“粘液纤维肉瘤”一词。由此产生的病理报告经过人工审查,以制定一个黄金标准队列,其中仅包含那些经病理学家确认患有粘液纤维肉瘤诊断的退伍军人。该队列的平均±标准差年龄为 70±12 岁,其中 96%(300 人中的 287 人)为男性。提取诊断代码,并比较适当的 ICD 编码的差异。使用粘液纤维肉瘤的混杂因素、否定和强调术语对 NLP 算法进行迭代完善和测试。通过与人工审查的金标准队列进行比较,计算了 NLP 生成的队列的敏感性、特异性、阳性预测值 (PPV)、阴性预测值 (NPV) 和准确性。27% 的记录(300 人中的 81 人) VA 数据库中的粘液纤维肉瘤患者缺少肉瘤 ICD 代码。与 ICD 代码(73% [300 中的 219])或基本单词搜索(74% [403 中的 300])相比,从头 NLP 算法更准确地识别粘液纤维肉瘤患者(92% [300 中的 276])(p < 0.001) )。生成的三个最终算法模型的准确度范围为 92% 至 100%。 NLP 算法可以从病理报告中高精度识别粘液纤维肉瘤患者,这比基于 ICD 的队列创建和简单的单词搜索有所改进。该算法可在 GitHub (https://github.com/sarcoma-shark/myxofascia-shark) 上免费获取,并可通过在其他队列中进行测试来促进外部验证和改进。II 级,诊断研究。版权所有 © 2024骨与关节外科医生协会。
Visits: 40
CLINICAL ORTHOPAEDICS AND RELATED RESEARCH
2024 Oct 04
TheresaNalty,ShalinS...
Does a Concise Patient-reported Outcome Measure Provide a Valid Measure of Physical Function for Cancer Patients After Lower Extremity Surgery?
CLINICAL ORTHOPAEDICS AND RELATED RESEARCH
目前用于骨科肿瘤学的功能评估工具是长时间的调查,这会导致患者的调查疲劳,但缺乏辨别经常移动但无法进行剧烈活动的患者群体中有意义的差异的能力。我们试图确定一种基于现有的、经过验证的调查的更简短、新颖的工具是否可以更好地捕捉骨科肿瘤患者样本中的差异。(1) 能否从多伦多肢体挽救评分中的 50 个项目中派生出一个简洁的固定项目功能工具下肢功能量表 (TESS LE) 和下肢功能量表 (LEFS) 在敏感性和特异性方面表现出相似的反应性? (2) 与 TESS LE 和 LEFS 相比,简明工具的精度和准确度如何?功能结果数据被收集并保存在单个机构的纵向维护数据库中。如果患者符合以下条件,则纳入研究:(1) 他们因影响下肢功能的骨或软组织肿瘤而接受过肿瘤切除或非肿瘤骨科手术(例如,骨关节炎的关节置换术),并且 (2) 他们已完成 LEFS 、TESS LE 和患者报告结果测量信息系统 (PROMIS) 全球健康工具至少两次就诊。 2014 年 9 月至 2022 年 4 月期间,我们治疗了 14,234 名原发性骨或软组织肉瘤、骨转移性疾病或慢性癌症护理的骨科后遗症患者。大约 6%(14,234 人中的 854 人)因需要语言翻译而被排除在外。大约 2%(13,380 人中的 278 人)拒绝或无法参加。 72%(13,102 名患者中的 9433 名)接受了下肢手术。其中,4%(9433 名患者中的 339 名)的患者在 ≥ 2 次就诊时完成了 TESS LE、LEFS 和 PROMIS 全球健康工具的第 3 项。在当前研究的患者中,49%(339 名患者中的 167 名)是女性,27%(339 名患者中的 93 名)患有转移癌。百分之十二(339 名患者中的 41 名)在研究期结束前死亡。 Spearman 排序相关、主成分分析 (PCA) 和项目响应理论 (IRT) 建模从 TESS LE 和 LEFS 中识别出 14 个高度区分的项目。进行多元线性逐步回归 (MLSR),因变量是从 TESS LE 和 LEFS 得出的 14 个项目的总分,并标准化为 100 的百分比。MLSR 的 beta 系数用于得出每个项目的权重14 项中。对具有 10 至 17 个变量的模型进行评估,以确保具有 14 个项目的模型满足 PCA、受试者工作特征 (ROC) 曲线和 IRT 建模标准的大部分拟合标准。与 PROMIS 全球健康工具第 3 项的二分变化相比,缩短的 14 项调查、30 项 TESS LE 和 20 项 LEFS 中的变化分数的响应性(敏感性和特异性)通过以下方法进行评估: ROC。对源自 LEFS 和 TESS LE 的 14 个项目的一致性(准确度和精密度)进行了评估。缩短的 14 项目调查、TESS LE 和 LEFS 对 PROMIS 标准目标的响应性(敏感性和特异性)全球健康工具(第 3 项)类似,ROC 曲线的曲线下面积 (AUC) 范围为 0.62 至 0.65。 TESS LE 的 14 项调查的响应度显示,敏感性为 96%,特异性为 90%,AUC 为 0.98(p < 0.001)。 14 个项目对 LEFS 的敏感性为 95%,特异性为 86%,AUC 为 0.96。 TESS LE 的 14 个项目的效度通过一致性来衡量,精密度为 0.98,准确度为 0.97。 14 个项目与 LEFS 的一致性显示精确度为 0.98,准确度为 0.83。从 TESS LE 和 LEFS 结果测量中患者报告的反应得出的简明 14 个项目显示出与原始 TESS LE 和 LEFS 相似的反应性(敏感性和特异性)。针对肿瘤和非肿瘤适应症进行下肢骨科手术后的癌症患者进行 LEFS。简明的 14 项与 TESS LE 和 LEFS 具有类似的能力,可以告诉临床医生或患者与其他患者相比,他们的功能如何。这 14 项比 TESS LE 和 LEFS 的 50 项之和要短,同时保留了描述骨科肿瘤患者广泛的下肢功能的能力。我们将这项包含 14 项的调查命名为下肢肿瘤功能评估工具。证据级别 II 级,诊断研究。版权所有 © 2024,骨与关节外科医生协会。
Visits: 37
Cardiovascular Diabetology
2024 Oct 17
AmitKumarRai,Nataraj...
Transcriptome wide changes in long noncoding RNAs in diabetic ischemic heart disease.
Cardiovascular Diabetology
美国超过 10% 的成年人患有 2 型糖尿病 (DM),其缺血性心脏病的患病率是非糖尿病患者的 2-4 倍。尽管限制这种危及生命的病症的广泛研究方法已被证明是不成功的,但这凸显了了解潜在分子机制的必要性。长非编码 RNA (lncRNA) 通过充当信号、诱饵、引导或支架来调节基因表达,与多种心血管疾病有关。然而,它们在糖尿病缺血性心脏病中的作用仍知之甚少。我们提供了关于 DM 小鼠缺血性心脏病后 lncRNA 表达谱的新见解。我们对经过假手术或 MI 手术的明确表征的 2 型 DM 模型 db/db 小鼠或其对照 db/ 进行了无偏 RNA 测序。对这些 LV 组织的 RNA 测序进行计算分析,发现了几种差异表达的 lncRNA(db/db sham 与 db/db MI),包括 Gm19522 和 Gm8075。 lncRNA Gm-19522 可能通过 DNA 蛋白激酶调节 DNA 复制,而 lncRNA Gm-8075 与癌症基因失调和 PI3K/Akt 通路相关。因此,MI 后 lncRNA Gm19522 和 Gm8075 的下调可能作为潜在的生物标志物或新的治疗靶点,以改善糖尿病缺血性心脏病的心脏修复/恢复。© 2024。作者。
Visits: 43
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
2024 Sep 23
MiyoKChatanaka,Georg...
The Unholy Grail of cancer screening: or is it just about the Benjamins?
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
生物技术公司 Grail 开发了一种非侵入性血液测试(Galleri 测试),据称可以在早期和可能治愈的阶段检测出 50 种癌症。前瞻性研究最初的有希望的结果以及 Grail 预期的财务成功促使测序巨头 Illumina 以 80 亿美元收购 Grail(2021 年)。此次活动之后,Grail 与英国国家卫生系统合作,在为期 3 年的前瞻性试验中进一步阐明了该测试的功能以及护理标准。第一年年底,英国 NHS 宣布,由于临床表现不理想,他们将暂停该试验,直到分析第一年的数据(已经招募了 140,000 名参与者)。相关各方之间的法律和财务问题目前正在不断变化。我们之前对 Galleri 测试的敏感性和特异性表示担忧。在这篇意见书中,我们重新审视了大肆宣传的技术,并就该测试的使用提供了新的建议。© 2024 Walter de Gruyter GmbH,柏林/波士顿。
Visits: 41
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
2024 Sep 23
YinlingWang,JunZheng...
Atypical cells in urine sediment: a novel biomarker for early detection of bladder cancer.
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
非典型细胞(Atyp.C)作为自动尿液分析仪测定的一个新参数,可以怀疑是恶性肿瘤细胞。我们评估了 Atyp.C 预测恶性肿瘤细胞存在的程度。 总共招募了 3,315 名患者(训练队列中 1,751 名,测试队列中 1,564 名)并分为五组,即原发性膀胱癌(BCa)、复发性 BCa、BCa 治疗后监测、其他泌尿肿瘤和对照。尿液非典型值。 C、细菌、白细胞和红细胞由 Sysmex UF-5000 分析仪测量。我们比较了不同群体、性别和肿瘤阶段的 Atyp.C 值。使用受试者工作特征 (ROC) 曲线分析评估单独使用 Atyp.C 以及与其他参数结合检测 BCa 的诊断性能。原发性 BCa 组的 Atyp.C 值显着高于其他组,除了复发BCa组。 Atyp.C值与肿瘤分期密切相关。 Atyp.C联合细菌对原发性BCa的诊断性能最高[训练队列AUC:0.781(95% CI:0.761-0.801);测试队列 AUC:0.826(95% CI:0.806-0.845)]。训练队列中通过 Atyp.C 加细菌诊断的复发性 BCa 的 AUC 值为 0.784(95% CI:0.762-0.804)。Atyp.C 在原发性 BCa 患者中较高,细菌和 Atyp.C 的组合显示出高预测性原发性 BCa 的值,表明 Atyp.C 可能是早期检测 BCa 的有用客观指标。© 2024 Walter de Gruyter GmbH,柏林/波士顿。
Visits: 40
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
2024 Sep 25
AnneWinther-Larsen,E...
Clinical value of smear review of flagged samples analyzed with the Sysmex XN hematology analyzer.
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
涂片检查通常是通过血液分析仪进行标记的差异计数进行的,尽管此类检查的临床价值尚不确定。因此,我们评估了 Sysmex XN-9000 和标记样本涂片检查之间差异计数的差异。此外,还对所鉴定的原始细胞的临床价值进行了调查。两年内进行的所有分类计数的数据均在两个实验室进行了鉴定。对爆炸患者的电子健康记录进行了审查。通过 Bland-Altman 图评估自动和手动差异计数之间的一致性。根据参考区间分类的两种方法之间的一致性进行了评估,并针对随机分析误差引起的不相关的不一致性进行了调整。总共,从 4,092 名患者中识别出 5,500 个标记的差异计数。所有细胞类型的自动和手动差异计数之间具有良好的一致性(-0.480 × 109/L 至 0.297 × 109/L)。对于所有细胞类型,两种方法之间的一致性都非常好,但单核细胞 (82%) 除外,其中 19% 的样品的自动估计值高于手动估计值。在 241 例 (1%) 涂片检查中发现了原始细胞。 13 名 (5%) 患者被诊断为急性白血病,只有一名患者因检测到原始细胞而怀疑患有急性白血病。我们的研究结果表明,对所有标记样本进行常规涂片检查并不能提供额外的重要信息。经过当地验证并与临床部门对话后,可能会省略此类审查,以提高成本效益并缩短周转时间。© 2024 作者,由柏林/波士顿 De Gruyter 出版。
Visits: 39
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
2024 Oct 03
CammieTran,DuncanJTo...
Establishing the TSH reference intervals for healthy adults aged over 70 years: the Australian ASPREE cohort study.
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
由于甲状腺疾病在老年人中很常见,因此本研究旨在评估 70 岁及以上健康成年人的促甲状腺激素 (TSH) 参考区间 (RI)。拟议的 RI 是由阿司匹林减少澳大利亚参与者确定的老年人事件 (ASPREE) 随机试验。参与者没有心血管疾病、甲状腺癌、痴呆或危及生命的疾病史。基线时服用任何甲状腺相关药物的参与者被排除在外。使用商业化学发光微粒免疫测定法测量 TSH 水平。使用基线 TSH 的对数转换数据的中间 95 个百分位数确定 RI。 Cox 比例风险回归模型用于通过评估随时间变化的疾病发生率来验证 RI。共有 10,995 名参与者进行了基线 TSH 测量。中位年龄 (IQR) 为 73.9 (71.8-77.3) 岁。我们建议 RI 为 0.34-3.75mU/L。 TSH 水平不因年龄或性别而异。基线时,甲状腺疾病相关症状与 TSH 水平之间没有关联。在长达 11 年的随访期内,RI 内参与者的基线 TSH 水平与相关疾病结果之间没有发现任何关联。从一组最初健康、年龄 >= 70 岁的社区居住成年人中,我们提出了TSH 的 RI 最能代表甲状腺功能正常。该浓度与甲状腺相关症状或结果的风险增加无关,证实其适合临床使用。© 2024 Walter de Gruyter GmbH,柏林/波士顿。
Visits: 41
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
2024 Oct 09
CarolynPiggott,Cerin...
Analytical evaluation of eight qualitative FIT for haemoglobin products, for professional use in the UK.
CLINICAL CHEMISTRY AND LABORATORY MEDICINE
粪便血红蛋白定性免疫化学检测 (FIT) 可用于对结直肠癌研究进行分类,可供专业人士使用。目的是评估这些侧向层析测试。以前没有发表过分析评估。分析灵敏度 (AS) 是使用制造商引用的 AS 样品与定量 OC-SENSOR PLEDIA 一起评估的,使用制造商缓冲液中的 Hb 加标样品(n≥5;≤9-99) ng Hb/mL 缓冲液)、加 Hb 的粪便(n=6;<2-34μg Hb/g 粪便)和天然粪便(n=17;<2-82μg/g);将检测到的 50%/100% Hb 浓度与引用的 AS 进行比较。测试了与两种外部质量评估方案 (EQAS) (n=9; 3-96μg/g) 的兼容性以及与制造商限值 (n=9; 2,500-10,000,000ng/mL) 相比的 prozone。评估了五名医护人员的易用性。与 OC-SENSOR 相比,使用 Hb 加标水样时,七种产品的 AS (ng/mL) 低于制造商报价,其中一种是模棱两可的;另一种是模棱两可的。六家制造商以 µg/g 为单位引用 AS,其中 5 家制造商使用加有 Hb 的粪便显示更低的 AS。自然粪便的结果相似,但不太一致。低浓度的结果线可能很模糊并且易于解释。结果与制造商引用的前带限值一致。两种 EQAS 的七种产品的结果是一致的。易用性为68.5-85.6%;得分较低的产品可以通过更好的说明和样品瓶进行改进。与 OC-SENSOR 相比,七种产品(水样)和五种产品(水样/粪便样品)的 AS 较低,前带与制造商预期浓度一致。 EQAS 结果与预期结果基本一致;尽管制造商可以进行一些改进,但产品可供医疗保健专业人员使用。© 2024 Walter de Gruyter GmbH,柏林/波士顿。
Visits: 47
CLINICAL CHEMISTRY
2024 Sep 17
XuanmeiLuo,LiliZhang...
Full-Length Immune Repertoire Reconstruction and Profiling at the Transcriptome Level Using Long-Read Sequencing.
CLINICAL CHEMISTRY
由于免疫库 (IR) 的多样性,使用传统的短读长测序重建全长 IR 已被证明具有挑战性。通过线性滚环扩增和纳米孔测序开发了全长 IR 测序 (FLIRseq) 工作流程。其准确性和定量能力通过质粒混合物和基于短读长的商业 B 细胞受体/T 细胞受体测序 (BCR/TCR-seq) 进行了验证。使用FLIRseq对8例急性淋巴细胞白血病患者、3例过敏性疾病患者、4例银屑病患者和5例前列腺癌患者的组织和外周血中的IR进行分析。FLIRseq读数的错配率和间隙率较低,识别率较高速率高于纳米孔读数(所有 P < 2.2 × -16)。 FLIRseq对成分的相对定量与实际定量一致(P > 0.05)。 FLIRseq 优于 BCR/TCR-seq,提供长互补决定区 3、B 细胞同种型和很少使用的 V 基因序列。 FLIRseq 观察到缓解期白血病患者克隆型多样性增加(P < 0.05),异常 BCR/TCR 百分比下降。对于患有过敏性疾病或牛皮癣的患者,FLIRseq 提供了有关 V(D)J 重组和特定免疫球蛋白类别的直接见解。与前列腺癌组织相比,银屑病组织淋巴细胞中偏向 T 细胞受体 β 链的全长 V 段表现出更一致的 AlphaFold2 预测的蛋白质结构 (P < 0.05)。 FLIRseq 能够对直接 V(D)J 重组和免疫球蛋白类别,从而有助于表征致病机制、监测微小残留疾病和定制过继细胞疗法。© 诊断协会
Visits: 46
CLINICAL CHEMISTRY
2024 Oct 08
PriscillaSWYeung,Yaj...
Clonality Determination by Detecting Unmodified Monoclonal Serum Free Light Chains Using On-Probe Extraction Coupled with Liquid Chromatography-High-Resolution Mass Spectrometry.
CLINICAL CHEMISTRY
血清游离轻链 (FLC) 是诊断和监测浆细胞肿瘤患者的重要临床生物标志物。目前广泛使用的免疫分析方法对总血清FLC进行定量,其中包括单克隆FLC以及多克隆背景中的FLC。患有慢性疾病、炎症性疾病或肾功能障碍的患者的总 FLC 可能会升高,从而导致结果不明确。这些患者可能会受益于单克隆 FLC 的直接测量。本研究的目的是开发一种将探针萃取 (OPEX) 与液相色谱-高分辨率质谱 (LC-HR-MS)(简称 OPEX-MS)相结合的方法,以直接确定 FLC 的克隆性。 OPEX 免疫捕获使用负载有抗 kappa 或抗 lambda 轻链抗体的微探针进行。捕获的蛋白质通过反相 LC 进行分离,并通过 HR-MS 进行分析。根据免疫分析 FLC 结果对来自独特患者的四组样本进行了测试。 OPEX-MS 方法中的 LC-HR-MS 分析提供了每个克隆的独特保留时间以及 FLC 单体和二聚体的解卷积质量。研究发现,49 个 kappa FLC 升高的样本中,有 16 个 (33%) 以及 100 个 kappa 和 lambda FLC 双升高样本中的 83 个 (83%) 没有单克隆 FLC,这与通常存在单克隆 FLC 的知识是一致的。 FLC 免疫测定结果轻度升高的样本中没有克隆群体。OPEX-MS 方法可以作为一种补充方法,直接确定 FLC 免疫测定结果难以解释的患者的克隆性。© 诊断协会
Visits: 40