在通过液体活检寻求有效的肿瘤诊断的过程中，细胞外囊泡（EV）已显示出作为潜在生物标志物来源的前景。这项研究解决了西方和中国人群在预测具有临床意义的前列腺癌 (csPCa) 的生物标志物功效方面的差距。我们开发了一种基于尿细胞外囊泡的前列腺评分 (EPS) 模型，利用 EXODUS 技术从 598 名患者中分离 EV，并纳入 FOXA1、PCA3 和 KLK3 的基因表达。我们的研究结果表明，在 234 名患者的训练队列中，EPS 模型的诊断准确性超过了前列腺特异性抗原 (PSA) 测试，曲线下面积 (AUC) 为 0.730，而 PSA 为 0.659 (p = 0.018)。同样，在 101 名男性的验证队列中，EPS 模型的 AUC 为 0.749，明显优于 PSA 的 0.577（p < 0.001）。我们的模型已证明，不必要的前列腺活检可减少 26%，csPCa 病例的漏检率仅为 3%，这表明其在中国人群中的有效性。© 2024 作者。 《Journal of Extracellular Vesicles》由 Wiley periodicals LLC 代表国际细胞外囊泡学会出版。

转移是肺癌（LC）患者死亡的主要原因。 microRNA-611 (miR-611) 是一种 miRNA，在癌症中的研究很少。在此，我们的目的是进一步阐明miR-611在LC细胞中上皮间质转化（EMT）和转化生长因子-β（TGF-β）诱导的迁移中的作用及其可能的潜在机制。 miR-611 和 MAPKAP1 表达首先在转移性和非转移性患者的 LC 组织中发现，它们的表达与总生存期相关。进行功能获得和丧失实验以验证 miR-611 和 MAPKAP1 对 TGF-β 处理的 LC 细胞中 pAKT 表达、EMT 和迁移的影响。还通过荧光素酶报告基因测定确定了 miR-611 和 MAPKAP1 之间的相互作用。在我们的研究中，miR-611在LC组织中低水平表达，而MAPKAP1在LC组织中高表达，这与转移和短总生存期相关。从功能上来说，抑制 miR-611 或过表达 MAPKAP1 可加速 TGF-β 处理的 A549 和 H1299 细胞的 EMT 和迁移，并上调 pAKT。 miR-611 过表达或 MAPKAP1 沉默与 miR-611 抑制或 MAPKAP1 过表达产生相反的效果。从机制上讲，miR-611 可以靶向并下调 MAPKAP1。 LC 组织中 MAPKAP1 的表达也与 miR-611 的表达呈负相关。此外，miR-611过表达通过靶向MAPKAP1减少了TGF-β处理的A549和H1299细胞的EMT和迁移。总之，miR-611 过表达通过靶向 TGF-β 诱导的 LC 细胞中的 MAPKAP1 来减弱 EMT 和迁移，表明 miR-611 是 LC 治疗的生物靶点。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。

核调节在癌症治疗中具有潜力，核孔复合体（NPC）作为细胞核和细胞质之间的关键通道，在调节各种生物过程和癌症中发挥着作用。 DNA甲基化是一种由DNA甲基转移酶（DNMT）介导的表观遗传修饰，影响基因表达和细胞分化，对肿瘤细胞的发育和进展至关重要。胶质瘤是最常见的原发性脑肿瘤，其中胶质母细胞瘤侵袭性特别强，具有侵袭性、迁移能力和对常规治疗的抵抗力，导致预后不良。我们的研究表明，NUP37的表达水平影响胶质瘤细胞的增殖和侵袭，而DNMT1的过表达可以减轻NUP37缺失引起的不利影响。这些发现表明，NUP37 通过与 DNMT1 相互作用促进神经胶质瘤细胞的增殖和侵袭。© 2024。作者。

尽管乳腺癌治疗取得了进展，但仍有相当一部分患者由于耐药性而复发。 microRNA 在癌症进展和化疗反应中的参与已得到充分证实。因此，本研究旨在阐明 microRNA-449 家族（特别是 microRNA-449a、microRNA-449b-5p 和 microRNA-449c-5p）的失调及其对阿霉素（一种常用化疗药物）耐药性的影响。三阴性乳腺癌的治疗。我们发现 microRNA-449 家族在三阴性乳腺癌中表达下调，并证明了其作为诊断生物标志物的潜力。此外，我们的研究结果表明 microRNA-449 家族的下调是由 microRNAs-449/SIRT1-HDAC1 负反馈环介导的。此外，研究发现 microRNA-449 家族通过靶向 ACSL4 来失调脂肪酸代谢，ACSL4 是一种潜在的预后生物标志物，通过调节药物挤出泵 ABCG2 介导阿霉素反应。总而言之，我们的结果表明 microRNA-449 家族可能是治疗三阴性乳腺癌的潜在治疗靶点，因为它通过 ACSL4/ABCG2 轴调节参与阿霉素反应。最终，我们的结果还强调了 microRNAs-449 和 ACSL4 作为三阴性乳腺癌诊断和预后生物标志物的价值。提出的 TNBC 和阿霉素反应中 miRNA-449 下调的模型。 MiRNA-449 在 TNBC 中通过 SIRT1 和 HDAC1 的负反馈环路下调。此外，ACSL4 增加 ABCG2 表达，从而降低细胞内阿霉素浓度并促进阿霉素耐药。 miRNA-449 过表达下调 ACSL4/ABCG2 轴并使阿霉素耐药细胞对阿霉素敏感。使用 BioRender 创建。 TNBC：三阴性乳腺癌； DOX：阿霉素； SIRT1: Sirtuin 1; HDAC1：组蛋白脱乙酰酶 1； ACSL4：酰基辅酶A合成酶长链家族成员4； ABCG2：ATP 结合盒超家族 G 成员 2。© 2024。作者。

前列腺癌（PCa）是男性常见的恶性肿瘤，由于复发和转移而导致死亡率不断上升。最近的研究阐明了胶原蛋白在肿瘤微环境中的关键调节作用，显着影响肿瘤进展。因此，本研究致力于检查与胶原蛋白相关的基因与 PCa 预后之间的关系，目的是揭示它们之间任何可能的关联。前列腺癌个体的基因表达数据来自 TCGA 存储库。鉴定出胶原蛋白相关基因，从而开发出与生化无复发生存（BRFS）相关的风险评分模型。制作了将风险评分与基本临床因素相结合的预后列线图，并评估了疗效。通过各种检测，包括 CCK8、侵袭、迁移、细胞克隆和伤口愈合，证实了关键胶原蛋白相关基因对细胞行为的影响。使用免疫组织化学检测来评估前列腺癌组织样本中的 PLOD3 表达。我们的研究确定了四个关键的胶原相关基因（PLOD3、COL1A1、MMP11、FMOD）具有显着意义。生存分析显示，根据风险评分模型，低风险群体的预后显着改善。风险评分与前列腺癌预后密切相关。研究人员随后创建了列线图，证明了强大的预测功效和实质性的临床适用性。值得注意的是，PLOD3 表达的抑制显着阻碍了 PCa 细胞的增殖、侵袭、迁移和集落形成能力。风险评分源自四种胶原相关蛋白基因，有可能作为患者 BRFS 的精确预后指标。同时，我们的研究已经确定了与胶原蛋白相关的潜在治疗靶点。值得注意的是，PLOD3 在临床标本的癌症和癌旁组织中存在差异表达，并且还通过体外研究进行了验证，并显示其沉默后可抑制 PCa 肿瘤发生。© 2024。作者。

肿瘤细胞异质性决定了神经母细胞瘤 (NB) 的治疗反应性，神经母细胞瘤是一种源自神经嵴细胞的癌症。 NB 由两种主要亚型组成：肾上腺素能亚型和间充质亚型。肾上腺素能特征在 NB 肿瘤中占主导地位，而间质特征在化疗后或复发后变得丰富。这些亚型之间的相互转换有助于 NB 谱系可塑性，但驱动这种表型转换的潜在机制仍不清楚。在这里，我们证明 SWI/SNF 染色质重塑复合物 ATP 酶对于在肾上腺素能型 NB 中建立间充质基因允许的染色质状态至关重要，从而促进谱系可塑性。使用 SMARCA2/4 双重降解剂靶向 SWI/SNF ATP 酶可有效抑制 NB 细胞增殖、侵袭，尤其是细胞可塑性，从而防止化疗耐药。从机制上讲，SWI/SNF ATP酶的耗尽会压缩顺式调控元件，降低增强子活性，并取代DNA中的核心转录因子（MYCN、HAND2、PHOX2B和GATA3），从而抑制与可塑性相关的转录程序。这些发现强调了 SWI/SNF ATP 酶在驱动神经母细胞瘤的内在可塑性和治疗耐药性方面的关键作用，强调了这种癌症联合治疗的表观遗传靶点。© 2024。这是美国政府的作品，在美国不受版权保护；外国版权保护可能适用。

结直肠癌 (CRC) 的早期检测可显着改善患者的治疗效果。传统的结直肠癌筛查工具，如内窥镜检查和粪便检测，由于其侵入性或患者依从性不佳而受到限制。最近，采用血浆游离 DNA (cfDNA) 的液体活检已成为一种针对各种恶性肿瘤的潜在无创筛查技术。在这项研究中，我们利用 Mutation Capsule Plus (MCP) 技术来分析从以下来源获得的 cfDNA 的一系列基因组特征：一次抽血。该分析涵盖 DNA 甲基化、5' 末端基序、拷贝数变异 (CNV) 和基因突变。使用由 93 名 CRC 患者和 96 名健康对照组成的队列训练基于选定的多组学生物标志物构建的集成模型。该模型随后在由 89 名 CRC 患者和 95 名健康对照组成的另一个队列中得到验证。值得注意的是，该模型在验证集中的曲线下面积 (AUC) 为 0.981（95% 置信区间 (CI)，0.965-0.998），灵敏度高达 92.1%（95% CI，84.5%-96.8%）特异性为 94.7%（95% CI，88.1%-98.3%）。这些数字超过了任何单一基因组特征的性能。重要的是，I 期的敏感性达到 80%，II 期的敏感性达到 89.2%，III 期和 IV 期的敏感性为 100%。我们的研究结果强调了我们的多组学液体活检测试的临床潜力，表明其作为早期诊断的非侵入性方法的前瞻性作用。 -阶段CRC检测。这种多组学方法有望进一步完善和更广泛的临床应用。© 2024。作者。

分子水平上的性别差异深刻影响癌症生物学和结果。患者性别显着影响药物反应，男性和女性对相同药物的反应不同。尽管有关于人体组织性别差异的数据库，但对癌症中性别差异的规定的了解仍然有限。这些资源缺乏对性别偏见分子的详细机制研究。在这项研究中，我们对 27 种癌症类型的分子差异和调控网络进行了全面检查，深入研究了性别偏见的影响。我们的分析包括性别偏向的竞争性内源RNA网络、涉及性别偏向的RNA结合蛋白-外显子跳跃事件的调节网络、性别偏向的转录因子-基因调节网络、以及性别偏向的表达数量性状位点、性别偏向的表达数量性状甲基化、性别偏向剪接数量性状位点以及性别偏向癌症治疗药物靶基因的鉴定。这些分析的所有结果均可在 SexAnnoDB (https://ccsm.uth.edu/SexAnnoDB/) 上获取。根据这些分析，我们定义了 126 个癌症治疗目标性别相关基因。其中，9个基因在mRNA和蛋白质水平上均表现出性别偏见。具体来说，S100A9是五种药物的靶点，其中钙已被FDA批准用于治疗结肠癌和直肠癌。转录因子（TF）-基因调控网络分析表明，SARC 男性组中的 4 个 TF 靶向 S100A9，并上调这些患者中 S100A9 的表达。启动子区甲基化状态仅与 KIRP 女性患者中的 S100A9 表达相关。高甲基化抑制了S100A9的表达，并导致这些女性患者中S100A9的下调。综合网络和关联分析表明，转录组水平的性别差异部分是相应的性别偏向的表观遗传和遗传分子的结果。总体而言，SexAnnoDB 提供了一个特定学科的搜索平台，可以帮助基础实验研究人员或医生制定个性化治疗计划。© 2024。作者。

基因组研究的最新进展越来越多地关注脂肪量和肥胖相关（FTO）基因，因为它与肥胖具有显着的相关性。 FTO 最初是因其对增加体重的贡献而被探索，后来发现它具有 m6A 去甲基酶的功能。这一关键作用增强了我们对其对各种病理学更广泛影响的理解。 m6A 等表观遗传修饰与妇科癌症有关，包括卵巢癌、子宫内膜癌和宫颈癌。然而，FTO 影响妇科癌症发展的确切机制仍然很大程度上未知。该分析强调了 FTO 基因研究在阐明妇科癌症潜在机制和探索潜在治疗途径方面日益重要的相关性。版权所有 © 2024 Wang 和 Liu。

肝细胞癌（HCC）给全球带来了巨大的健康负担，是全球第五大流行癌症。丙型肝炎病毒（HCV）感染仍然是肝癌发生的主要危险因素之一。 HCC是一种异质性疾病，HCV引起的HCC的发生过程错综复杂，涉及多种因素，包括遗传易感性、病毒因素、慢性炎症引起的免疫反应、酗酒以及脂肪肝相关的代谢功能障碍。在这篇综述中，我们对与 HCV 感染相关的 HCC 发生过程中涉及的遗传学和表观遗传机制的研究进行了全面和最新的综述。我们还讨论了潜在的转化意义，包括新的生物标志物和治疗药物。2023 年 6 月在 PubMed 和 Embase 数据库中进行了全面的文献检索。最近的研究结果表明，多种遗传和表观遗传过程参与了发病机制，并继续即使丙型肝炎病毒完全消除后仍然存在。表观基因组的失调已被确定为肝脏疾病有害影响的一个重要因素，特别是在遗传改变不常见的初始阶段。基因表达的持久“表观遗传记忆”被认为受到表观遗传机制的调节，这表明丙型肝炎病毒感染引起的改变仍然存在，并且即使在成功治疗后也与发生肝癌的风险有关。需要系统生物学分析方法来描述肿瘤进化中遗传和表观基因组改变的程度和重要性。通过促进对这些方面更深刻的理解，这最终将促进新疗法的进步并最终改善患者的治疗结果。2024肝胆外科和营养。版权所有。