研究动态
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Bone & Joint Journal
2023 Oct 30
JoostBKoedijk,Ingeva...
A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and tertiary lymphoid structure-like aggregates in the bone marrow of pediatric acute myeloid leukemia.
Bone & Joint Journal
由于突变负荷低,急性髓系白血病 (AML) 儿童被认为具有“冷”肿瘤微环境,因此对 T 细胞定向免疫疗法产生反应的可能性较低。在这里,我们对新诊断的儿科 AML 中的肿瘤免疫微环境进行了多维概述。在队列水平上,我们证明 T 细胞浸润存在很大差异,近三分之一的病例具有免疫浸润的骨髓。这些免疫浸润病例的特点是 M2 样巨噬细胞丰度减少,我们发现这与成人 AML 对 T 细胞定向免疫治疗的反应有关。在组织层面上,我们揭示了儿科 AML 中空间组织的免疫聚集体的组成,并表明在成人环境中,治疗后骨髓和髓外部位的此类聚集体与对基于伊匹单抗的治疗的反应相关。总而言之,我们的研究提供了 T 细胞定向免疫疗法反应的免疫相关性,并为进一步研究 AML 免疫调节机制指明了起点。T 细胞定向免疫疗法的有限反应率仍然是 AML 的主要挑战。这项研究揭示了儿童 AML 中肿瘤免疫微环境的空间组织,确定了免疫聚集体与成人环境中对 T 细胞定向免疫治疗的反应相关,并为未来研究 AML 免疫调节机制提供了起点。
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Bone & Joint Journal
2023 Oct 30
KaiTan,JasonXu,Chang...
Identification and targeting of treatment resistant progenitor populations in T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia.
Bone & Joint Journal
初始化疗无效和缓解后复发是T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)治愈的主要障碍。生物标志物引导的风险分层和靶向治疗有可能改善高危 T-ALL 的预后;然而,导致治疗耐药性的细胞和遗传因素仍然未知。先前针对 T-ALL 的大量基因组研究表明,肿瘤异质性是治疗失败的一种尚未探索的机制。为了将肿瘤亚群与临床结果联系起来,我们创建了健康儿科造血图谱,并对儿童肿瘤组 AALL0434 临床治疗的 40 例 T-ALL 病例应用单细胞多组学 (CITE-seq/snATAC-seq) 分析审判。该队列经过精心挑选,以捕捉 T-ALL 的免疫表型多样性,以早期 T 细胞前体 (ETP) 和近/非 ETP 亚型为代表,并富含复发和难治性病例。对 T-ALL 母细胞和正常 T 细胞前体的综合分析确定了与治疗失败和总体生存率低相关的骨髓祖细胞样(BMP 样)白血病亚群。使用来自 1300 多名患者的大量 RNA 测序数据,BMP 样母细胞的单细胞衍生分子特征预测两个独立患者队列中多个 T-ALL 亚型的不良结果。我们定义了类 BMP 的 T-ALL 的突变景观,发现 NOTCH1 突变会额外驱动 T-ALL 原始细胞远离 BMP 样状态。我们将 BMP 样母细胞与具有低 NR3C1 表达和高干细胞基因表达的早期胸腺播种祖细胞进行转录匹配,这对应于我们在离体药物筛选中观察到的皮质类固醇和传统细胞毒性抗性表型。为了确定 BMP 样母细胞的新靶点,我们针对 BMP 样特征进行了计算机模拟和体外药物筛选,并优先考虑 BMP 样过度表达的细胞表面(CD44、ITGA4、LGALS1)和细胞内蛋白(BCL-2、MCL) -1、BTK、NF-κB)作为精准靶向治疗的候选者。我们建立了患者来源的高 BMP 和低 BMP 白血病的异种移植模型,该模型揭示了 BMP 样母细胞对细胞凋亡诱导剂、TEC 激酶抑制剂和蛋白酶体抑制剂的脆弱性。我们的研究建立了第一个多组学特征,用于高危 T-ALL 的快速风险分层和靶向治疗。
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Bone & Joint Journal
2023 Oct 26
SarahKelliher,SaraGa...
Platelet proteo-transcriptomic profiling validates mediators of thrombosis and proteostasis in patients with myeloproliferative neoplasms.
Bone & Joint Journal
患有慢性骨髓增生性肿瘤(MPN),包括真性红细胞增多症(PV)和原发性血小板增多症(ET)的患者表现出独特的临床特征,例如血栓形成和出血的倾向,以及疾病进展为继发性骨髓纤维化和/或急性白血病的风险。尽管血细胞谱系计数(定量特征)的增加会导致这些病态后遗症,但导致血管风险的骨髓细胞的显着质量异常尚不清楚。在这里,我们通过对一大群 (n= 140) 已确诊 PV 和 ET 的患者 (n = 140) 进行血小板蛋白质组分析,解决了这一关键的知识差距(并补充了之前关于来自第三个位点的 MPN 血小板转录组)。我们发现了独特的 MPN 血小板蛋白表达,并确认了与 MPN 病理学潜在相关的蛋白质稳态和血栓形成机制相关的关键分子损伤。具体来说,我们验证了血小板转录组中血小板蛋白质组的高优先级候选标记物的表达(例如钙网蛋白(CALR)、Fcγ受体(FcγRIIA)和半乳糖凝集素-1(LGALS1),表明它们在促炎、促血栓形成中可能具有重要意义。以及 MPN 患者的促纤维化表型。我们的蛋白质转录组学研究将外周来源的血小板分子谱确定为了解 MPN 病理生理学的潜在窗口,并证明了综合多组学方法在更好地理解复杂分子动力学方面的价值MPN 患者血小板蛋白质组鉴定了血栓形成和蛋白质稳态的关键病理生物学介质。MPN 血小板蛋白质组图谱验证了我们之前从血小板转录组中获得的发现。
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Wiley Interdisciplinary Reviews-RNA
2023 Nov 13
HejerDhahri,YvonneNF...
Exploring the interplay between PARP1 and circRNA biogenesis and function.
Wiley Interdisciplinary Reviews-RNA
PARP1(聚 ADP 核糖聚合酶 1)是一种多域蛋白,具有灵活的自折叠结构,使其能够与多种生物分子相互作用,包括核酸和靶蛋白。 PARP1 通过 PARylation 与其靶分子发生共价相互作用,或者通过自动 PARylation 诱导的 PAR 部分与其发生非共价相互作用。这些不同的相互作用使 PARP1 能够参与复杂的调节回路和细胞功能。尽管研究最多的 PARP1 介导的功能与 DNA 修复和细胞应激反应相关,但随后的发现揭示了其他生物学功能。基于这些发现,PARP1 现在被认为是基因表达的主要调节剂。多项发现表明,这种多功能蛋白与 mRNA 生物合成的几个步骤密切相关,从转录起始到 mRNA 剪接、聚腺苷酸化、输出以及 mRNA 翻译成蛋白质。然而,我们对 PARP1 参与编码和非编码 RNA(尤其是环状 RNA (circRNA))生物发生的理解仍然有限。在这篇综述中,我们概述了 PARP1 在 circRNA 生物发生中的可能作用。对 PARP1 在核过程中的调节作用(重点是 circRNA)的全面检查可能会揭示控制神经退行性疾病和癌症等多种疾病发病机制中涉及的失调的新途径。本文分类如下:RNA 与蛋白质和其他分子的相互作用 > 蛋白质-RNA 相互作用:功能影响调节性 RNA/RNAi/核糖开关 > 调节性 RNA RNA 处理 > 剪接调节/替代剪接。© 2023 作者。 WIREs RNA 由 Wiley periodicals LLC 出版。
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Protein & Cell
2023 Nov 14
YunaKim,JunboSim,Kyu...
Fermented black ginseng extract prevents UVB-induced inflammation by regulating the nc886-PKR pathway in human keratinocytes.
Protein & Cell
皮肤持续暴露于紫外线 B (UVB) 射线下会导致炎症和光损伤。在之前的研究中,我们观察到nc886(一种非编码RNA(ncRNA))的上调可以通过抑制蛋白激酶RNA(PKR)途径来减轻UVB诱导的炎症。我们的目的是研究发酵黑参提取物 (FBGE) 对 UVB 诱导的角质形成细胞炎症的影响,FBGE 已被证明可以增加 nc886 的表达。为了证实 FBGE 的细胞毒性,进行了 MTT 测定,没有发现明显的细胞毒性。在人类角质形成细胞上发现。通过 qPCR、Western blotting 和 ELISA 分析评估 FBGE 的功效,证实对 UVB 诱导的炎症有调节作用。分析结果表明,FBGE 抑制 UVB 引起的 nc886 表达减少和甲基化 nc886 增加。它还可以防止 UVB 诱导的金属蛋白酶-9 (MMP-9)、金属蛋白酶-1 (MMP-1)、环氧合酶-2 (COX-2)、前列腺素 E2 (PGE2)、白介素-8 (IL-8) 的增加和肿瘤坏死因子-α (TNF-α)。此外,FBGE 抑制 UVB 激活的 PKR-MAPK 通路。这些结果表明 FBGE 可以通过调节 nc886-PKR 通路减轻 UVB 诱导的炎症。© 2023 John Wiley
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BMC Oral Health
2023 Nov 13
JennyÖhman,AyeletZlo...
Oral erythroplakia and oral erythroplakia-like oral squamous cell carcinoma - what's the difference?
BMC Oral Health
口腔红斑病(OE)是一种罕见的口腔潜在恶性疾病,恶变率很高。 OE的定义仍然缺乏统一性。特别是,临床上看起来像红斑病但组织病理学诊断为鳞状细胞癌的病变有时仍称为红斑病。本研究的目的是介绍一系列 OE 和临床口腔红斑样鳞状细胞癌 (OELSCC) 的人口统计学和临床​​病理学特征,研究它们的差异并讨论 OE 的定义。 OELSCC。采用描述性统计分析数据。共鉴定出 11 例 OE 和 9 例 OELSCC。 OE患者的平均年龄为71岁,72.7%为女性,而OELSCC患者的平均年龄为69岁,均为女性。 9% 的 OE 患者和 22% 的 OELSCC 患者曾吸烟或目前正在吸烟。 72.7% 的 OE 和 55.5% 的 OELSCC 均为均匀红色病变。 63.6% 的 OE 和 22% 的 OELSCC 患者既往诊断为口腔苔藓样疾病 (OLD)。平均73个月内OE恶变率为9%。OE和OELSCC可能是新发的或与OLD相关。在目前的病例中,吸烟和饮酒并不普遍。 OE 和 OELSCC 的临床特征相似,但 OELSCC 的症状、表面不平整和溃疡可能比 OE 更常见。 OE 的临床识别很重要,因为它可能模仿其他更无害的口腔粘膜红色病变。 OE 的诊断需要活检,最好是切除。澄清 OE 的定义将有助于临床诊断。© 2023。作者。
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Cell Death & Disease
2023 Nov 10
YanmingPan,YongxiaCh...
Splicing factor proline- and glutamine-rich regulates cytotoxic T lymphocytes-mediated cytotoxicity on non-small cell lung cancer by directly binding to PD-L1 3'UTR.
Cell Death & Disease
富含脯氨酸和谷氨酰胺的剪接因子 (SFPQ) 可以与 RNA 相互作用来调节基因表达。本研究探讨了 SFPQ 在非小细胞肺癌 (NSCLC) 免疫治疗中的功能。用shSFPQ质粒转染H1299和A549细胞。利用细胞计数试剂盒-8 (CCK-8) 和细胞克隆形成来检测存活和增殖。在接受抗 PD-L1 抗体治疗的 NSCLC 患者中检测到程序性死亡配体 1 (PD-L1) 和 SFPQ。应用双荧光素酶测定、RNA 免疫印迹、RNA Pull-down 和 mRNA 稳定性测定来验证 SFPQ 对 PD-L1 的调节。将人外周血单核细胞 (PBMC) 衍生的树突状细胞负载经过辐照的 A549 和 H1299 细胞,与自体 CD8 T 细胞和肿瘤细胞一起培养,进行体外肿瘤特异性细胞毒性 T 淋巴细胞 (CTL) 细胞毒性分析。 SFPQ 沉默抑制 H1299 和 A549 细胞的存活和增殖,并下调 PD-L1 表达。与无反应者相比,抗 PD-L1 抗体治疗反应者中的 PD-L1 和 SFPQ 表达显着较高,显示出正 Pearson 相关性(R = 0.76,P < .001)。 SFPQ 通过与 PD-L1 3'UTR 结合来上调 PD-L1 的相对 mRNA 和蛋白表达,从而减缓 PD-L1 mRNA 的衰减。 SFPQ沉默促进了CTL对A549和H1299细胞的杀伤作用。 SFPQ 通过与 PD-L1 3'UTR 结合来减缓 PD-L1 mRNA 的衰减,从而上调 PD-L1 表达,并且 SFPQ 沉默可促进 CTL 介导的对 NSCLC 细胞的细胞毒性。版权所有 © 2023 作者。由 Wolters Kluwer Health, Inc. 出版
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Cell Death & Disease
2023 Nov 10
ChenZhang,ChenyangSh...
Identification of hub gene and lncRNA signature related to entotic cell death in cutaneous melanoma for prognostic and immune prediction.
Cell Death & Disease
内溶细胞死亡(ECD)是在癌细胞竞争中观察到的一种细胞死亡程序,主要以自噬蛋白依赖性、非凋亡方式发生。然而,皮肤黑色素瘤(CM)与 ECD 相关基因和 lncRNA 之间的关系仍不清楚。本研究旨在阐明ECD相关基因在CM中的作用和机制。为了实现这一目标,采用了 4 种机制学习算法和集成生物信息学分析来识别核心 ECD 相关基因和 lncRNA。随后,为 CM 患者构建了基于 ECD 相关基因和 hub lncRNA 的 2 个风险特征。结果,我们观察到 CM 中 ECD 相关基因的显着差异表达,表明它们作为 CM 患者的有价值的预测因子的潜力。此外,RHOA 被确定为 CM 中 ECD 相关的核心基因,其表达与患者的生存和免疫浸润相关,表明其作为潜在治疗靶点的相关性。此外,这项研究还澄清了 CM 中与中心 ECD 相关的 lncRNA,从而深入了解它们在疾病中的作用。通过生物信息学分析,我们分别根据 ECD 相关基因和中心 ECD 相关 lncRNA 的表达确定了 2 个风险特征。这两种风险特征都与 CM 的预后和癌症生长密切相关,强调了它们作为有价值的预后指标的潜力。此外,机制分析表明 CM 中的风险特征与免疫微环境之间存在显着关联,强调了疾病进展中潜在的免疫相关影响。总之,我们认为 ECD 相关基因和 lncRNA 有希望成为 CM 的潜在靶点。此外,我们的研究结果揭示了 ECD 与免疫微环境之间的显着相关性,为指导 CM 个体化治疗策略提供了重要的见解。版权所有 © 2023 作者。由 Wolters Kluwer Health, Inc. 出版
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Cell Death & Disease
2023 Nov 10
SenLin,JinghaoLi,Rui...
Oxeiptosis core genes and their multi-omics analysis in hepatocellular carcinoma.
Cell Death & Disease
氧化中毒是最近发现的一种不依赖半胱天冬酶的非炎症性程序性细胞死亡方式。目前的研究表明,氧化代谢对多种疾病的生物过程具有至关重要的影响。然而,肝细胞癌(HCC)中的氧化代谢机制尚不清楚,也未发表相关研究。因此,本研究旨在探讨氧化代谢相关基因在HCC中的作用机制和预后作用。我们通过多组学分析探讨了肝细胞癌中氧化作用的机制和分子表型。首先,我们从公共数据库中获取RNA测序和临床数据,并将样本分为试验组和验证组进行后续分析。然后我们筛选了氧化代谢核心基因(OCG)并筛选了与预后相关的基因。基于不同的分子标记,我们鉴定了HCC的分子表型,并探讨了潜在的OCGs分子机制。随后,我们构建了 HCC 的预后预测系统。最后,我们分析了肿瘤微环境和免疫逃逸现象。我们总共筛查了 69 个 OCG,其中大部分是 HCC 的预后危险因素。大多数 OCG 富含细胞周期调节和有丝分裂过程,这些过程与肿瘤细胞增殖和死亡相关。我们确定了 2 种不同的分子分型选项,不同分子亚型之间的预后、功能和信号通路富集程度存在显着差异。该预后预测模型结合分子表型,具有良好的预测效果。最后,我们在具有特定分子表型的样本中发现了 CD4  T 细胞耗竭。通过对OCG的多组学分析,我们不仅揭示了OCG在HCC中可能的分子机制,而且通过分子分型和风险评分模型为临床应用提供了预后预测系统。同时,我们在 HCC 中发现了免疫逃逸机制。版权所有 © 2023 作者。由 Wolters Kluwer Health, Inc. 出版
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Cell Death & Disease
2023 Nov 10
WenyingHuang,YanLiu,...
Sintilimab-related diabetes mellitus and psoriasis: A case report and literature review.
Cell Death & Disease
随着ICIs在不同肿瘤治疗中的普及,免疫相关的不良事件引起了人们的关注,这些不良事件主要发生在皮肤和内分泌腺损伤中。该病累及不同器官系统,临床表现多样。据报道,大多数免疫检查点抑制剂诱发的 1 型糖尿病患者没有合并自身免疫性疾病。我们报告一例信迪利单抗相关糖尿病和牛皮癣病例。我们报告一例患有信迪利单抗相关糖尿病和牛皮癣的 65 岁女性病例。该患者接受抗程序性细胞死亡蛋白 1(信迪利单抗)治疗 4 个月循环。患者出现莫名的恶心、呕吐,并伴有胸部不适和呼吸困难的感觉,促使其被送往当地医院。入院时的初步评估显示血糖水平突然升高,酮水平正常,伴有乳酸性酸中毒和高尿酸血症。提供了全面的治疗方案来调节血糖水平并解决症状,导致病情显着改善并随后出院。遗憾的是,患者个人决定停药一天,导致出现急性酮症酸中毒,并导致寻常型银屑病复发。因此,重新入院成为必要。根据患者的病史和糖尿病抗体检测,免疫检查点抑制剂诱导的糖尿病的诊断已经确定。患者停止了信迪利单抗治疗,开始接受胰岛素治疗以控制血糖,同时进行牛皮癣的对症治疗。病情稳定后,实施长期注射外源性胰岛素替代治疗。院外胰岛素治疗有效维持血糖水平稳定,未再出现银屑病发作。临床表现免疫检查点抑制剂诱发的糖尿病是可变的,在这种情况下,患者表现出独特的主要症状。因此,积累相关病例、了解不同的临床表现并明确疾病的潜在机制至关重要。这将为未来类似患者的早期治疗干预提供进一步的证据。版权所有 © 2023 作者。由 Wolters Kluwer Health, Inc. 出版
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