尽管已鉴定出 170 多种化学修饰，但它们的普遍性、机制和功能仍然很大程度上未知。为了实现对不同RNA修饰谱的综合分析，我们开发了RBase v3.0（http:////bioinformaticsscience.cn//rmbase//），这是一个由八个模块组成的综合平台。这些模块有助于探索转录组范围内的景观、生物发生、相互作用组和 RNA 修饰的功能。通过利用新颖的流程挖掘数千个表观转录组数据集，“RNA 修饰”模块揭示了 62 个物种的 73 个 RNA 修饰图谱。 “基因”模块允许通过基因和转录本检索 RNA 修饰谱和簇。 “机制”模块探索 23,382 个酶催化或 snoRNA 引导的修饰位点，以阐明其生物发生机制。 “共定位”模块系统地阐述了各种细胞系中 14 个组蛋白修饰和 6 个 RNA 修饰之间的潜在相关性。 “RMP”模块研究 18 种癌症中 146 种 RNA 修饰蛋白 (RMP) 的差异表达谱。 “Interactome”整合了 73 个 RNA 修饰与 RBP 结合事件、miRNA 靶标和 SNP 之间的相互作用关系。 “Motif”阐明了从表观转录组数据集中识别出的 11 种 RNA 修饰的丰富基序。 “工具”引入了一种新颖的基于网络的“modGeneTool”，用于注释修改。总体而言，RBase v3.0 提供了用于研究 RNA 修饰的各种资源和工具。© 作者 2023。由牛津大学出版社代表 Nucleic Acids Research 出版。

高通量技术的进步为研究人员提供了广泛的多组学数据，从而深入了解癌症生物学的复杂情况。然而，传统的统计模型和数据库不足以在多组学框架内解释这些高维数据。为了解决这一限制，我们引入了 DriverDBv4，这是 DriverDB 癌症驱动基因数据库 (http:////driverdb.bioinfomics.org//) 的更新版本。此更新版本提供了几项重大增强：(i) 队列数量从 33 个增加到 70 个，涵盖约 24 000 个样本； (ii) 纳入蛋白质组学数据，扩充现有的组学数据类型，从而扩大分析范围； (iii) 实施多种多组学算法来识别癌症驱动因素； (iv) 新的可视化功能旨在简洁地总结高上下文数据，并重新设计现有部分以适应不断增加的数据集量；(v) 定制分析中的两个新功能，专门为多组学驱动识别和亚组表达分析而设计。 DriverDBv4 有助于对不同癌症类型的多组学数据进行全面解释，从而丰富对癌症异质性的理解并帮助开发个性化临床方法。该数据库旨在促进对癌症多方面本质的更细致的了解。© 作者 2023。由牛津大学出版社代表 Nucleic Acids Research 出版。

了解纳米药物的细胞内行为以及受纳米材料-生物学（纳米-生物）相互作用影响的亚细胞结构的形态变化，有助于指导用于临床转化的纳米药物的安全设计、制造和评估。在纳米尺度上对完整单细胞中的纳米生物相互作用进行原位和无标记分析仍然具有挑战性。我们开发了一种基于 X 射线显微镜的方法，无需以纳米分辨率进行标记即可直接可视化 2D 或 3D 细胞内分布，并原位分析纳米药物的化学转化。在这里，我们描述了细胞样品制备、光束线选择、数据采集和分析的优化工作流程。我们以几种模型生物纳米材料为例，用软、硬X射线分析了纳米药物在各种原代血细胞、巨噬细胞、树突状细胞、单核细胞和癌细胞中的定位，以及一些细胞器的形态。我们的协议已在三个光束线设施上成功实施：北京同步辐射装置4W1A、上海同步辐射装置BL08U1A和国家同步辐射实验室BL07W。该协议可以在约 2-5 天内完成，具体取决于细胞类型、纳米材料的孵育时间和所选的 X 射线束线。该协议能够通过使用这个通用且强大的平台，对各种含金属纳米材料进行原位分析，细胞内吞作用、分布和排泄以及受细胞系或原代细胞中纳米药物影响的相应亚细胞形态变化的可视化。结果有助于理解纳米生物相互作用的真正原理和机制。© 2023。施普林格自然有限公司。

涉及烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NAD) 的酶活性的复杂编排对于维持代谢稳态和保持基因组完整性至关重要。作为一种辅酶，NAD 在调节代谢途径（如糖酵解和克雷布循环）中发挥着关键作用。 ADP-核糖基转移酶 (PARP) 和 Sirtuins 依赖 NAD 介导靶蛋白的翻译后修饰。 DNA 断裂后 PARP1 的激活会导致细胞 NAD 快速耗尽，从而损害细胞活力。因此，必须严格控制NAD的水平。在这里，我们证明外源性 NAD（而不是其前体）对线粒体活性有直接影响。与 NAD 短期孵育可促进克雷布循环和电子传递链，并增强嘧啶生物合成。延长与 NAD 的孵育会导致嘧啶耗尽、嘌呤积累、复制应激反应激活和细胞周期停滞。此外，NAD 和 5-氟尿苷的组合可以选择性地杀死依赖从头合成嘧啶的癌细胞。我们提出了一个 NAD 如何调节核苷酸代谢的综合模型，该模型与健康寿命、衰老和癌症治疗相关。© 2023。作者。

转移性肾细胞癌 (mRCC) 的治疗选择正在迅速扩大，使用检查点抑制剂的免疫治疗是大多数患者的一线或二线选择。本回顾性分析的目的是探讨检查点抑制剂的现实影响使用大型真实世界数据库，将基于免疫疗法的疗法与使用其他类型靶向疗法的疗法进行比较。RenIS（mRCC 患者登记处）被用作数据源。对仅使用 TKI 或 mTOR 抑制剂治疗的队列 [靶向治疗 (TT) 队列] 与在任何治疗方案中接受使用检查点抑制剂的免疫治疗 (IO) 的患者 (IO 队列) 的结果进行了比较。从登记处提取了总共 1981 名患者的数据，包括 TT 队列中的 1767 名患者和 IO 队列中的 214 名患者。从一线治疗开始起的中位总生存期为 24.5 个月，而未达到（p < 0.001） ）在 TT 队列与 IO 队列中分别 [HR 0.23，95% CI (0.17-0.31)，p < 0.001]。 TT 队列与 IO 队列的 5 年生存概率分别为 24.2% 和 67.9%。任何治疗方案中的免疫疗法都与较低的死亡风险相关。与接受非免疫靶向治疗的患者相比，接受免疫治疗作为第一或第二治疗线的患者的总体生存率更高。在现实世界的 mRCC 患者中，免疫治疗与显着的生存获益相关。目前的回顾性分析显示了二线免疫疗法对既往接受过酪氨酸激酶抑制剂治疗的患者的现实益处。© 2023。作者，获得 Springer Nature Switzerland AG 的独家许可。

美国癌症幸存者的数量急剧增加，幸存者的寿命也越来越长，这使得不断增长的人口的持续护理和生活质量成为一个重要的公共卫生问题。尽管癌症生存研究取得了重大进展，但将这项研究转化为现实世界以造福幸存者方面仍然存在差距。过去和当前项目中癌症生存研究活动的数量和类型收集在癌症研究中心的报告和工作计划中预防和控制研究网络（CPRN）。此外，当前的跨中心项目与传播和实施科学的共同结构保持一致，以提供对转化研究进展的叙述性回顾。对 CPRN 历史活动的回顾表明，多个机构在过去十年，产生了 84 项资助、168 篇论文和 162 次演讲。幸存者工作组目前的成员包括多个学科和所有 8 个参与机构。这些工作组成员共同开发了 6 个项目，所有这些项目都涉及转化研究的多个领域，例如可行性、实用性以及影响实施的组织和文化因素。对 CPRN 过去和正在进行的活动的回顾表明，生存一直是一个一致的目标。优先事项包括将循证方法转化为实践。转化研究议程中的具体差距可能成为工作组成员和其他人未来调查的重点，包括成本和政策等干预措施的实际和后勤方面。© 2023。作者。

接受新辅助放化疗（NCRT）联合手术治疗的食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的生存预测参数尚不清楚。在这里，我们的目的是根据治疗前血清学肝肾功能测试构建列线图，用于 NCRT 联合手术治疗的 ESCC 患者的生存预测。 2007年7月至2019年6月，共有174例诊断为ESCC的患者被纳入训练队列，其中约50%的病例（n = 88）被随机选择作为内部验证队列。进行单变量和多变量 Cox 生存分析以确定独立的预后因素以建立列线图。通过 Harrell 一致性指数（C 指数）和校准曲线评估列线图的预测准确性。 ALT、ALP、TBA、TP、AST、TBIL 和 CREA 被确定为独立的预后因素，并纳入肝肾功能测试列线图 (HRFTNomogram) 的构建中。训练组中总生存期（OS）HRFT诺模图的C指数为0.764（95% CI 0.701-0.827），高于TNM分期系统的C指数（0.507（95% CI 0.429-0.585），P < 0.001)。训练队列的 5 年 OS 校准曲线表明 HRFTNomogram 的预测准确性令人满意。此外，训练队列中按 HRFTNomogram 分层的高风险组患者的 5 年 OS 低于低风险组患者（27.4% vs. 80.3%，P<0.001）。在内部验证队列中也观察到了类似的结果。一种新颖的 HRFT 列线图可能有助于预测接受 NCRT 治疗后行食管切除术的局部晚期 ESCC 患者的生存率。© 2023。意大利外科学会 (SIC)。

评估 Lung-RADS 4 类患者中肺癌的患病率，并阐明临床或影像学特征是否有助于区分良性病变和肺癌。对 1 月份期间单个大学筛查项目的肺癌筛查 (LCS) 研究进行回顾性审查2018 年和 2021 年 12 月确定了所有患有 Lung-RADS 4 类病变的患者。记录患者人口统计数据、前 6 个月内的症状和影像学特征。在规定的时间内，进行了 4819 次基线和年度 LCS 检查； 7.6% (n = 368) 的检查显示 4 类结节，59 名 (1.2%) 患者经活检证实患有肺癌。 Lung-RADS 4 类病变的分布和肺癌诊断如下：4A - 223 个结节，6.3% 恶性； 4B - 114 个结节，20.2% 恶性； 4X - 31 个结节，71.0% 恶性。 9.0% (n = 20) 4A 类（2 例恶性）、15.8% (n = 18) 4B 类（1 例恶性）和 22.6% (n = 7) 4X 类（5 例恶性）报告有症状。与恶性肿瘤相关的影像学特征包括支气管内阻塞伴远端肺不张、胸膜束缚、形状不规则、空洞和异质囊性外观。 24 个结节尺寸增大，但只有 7 个经活检证实。相对于 4A 疾病的风险，多变量逻辑分析显示，4B 和 4X 疾病的恶性肿瘤几率显着增加 3.8 倍（95% CI：1.9, 7.9）和 39.2 倍（95% CI：14.9, 103.0）分别 (p < 0.0001)。仅涉及 4A 类和 4B 类患者的单独分析共同表明，疾病类别（OR = 3.0；95% CI：1.5，6.4）和其他影像学特征（OR = 3.2；95% CI：1.4，7.0）是恶性肿瘤的显着预测因子。临床症状的存在与肺癌没有统计学相关性。7.6%的LCS检查发现Lung-RADS 4结节，其中16%是肺癌。肺癌的概率从 4A 类增加到 4X 类，影像学特征可能有助于区分该 LCS 类中的良性结节和恶性结节。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 保留所有权利。

蓝光光生物调节（PBM）最近在减少癌细胞增殖和诱导癌细胞死亡方面引起了广泛关注。骨肉瘤（OS）主要发生于儿童和青少年，耐药性和保肢的局限性使得迫切需要开发和确定新的辅助治疗策略。在这项工作中，我们试图研究蓝光PBM对人OS MG63细胞的抗癌作用和生物学机制。各种蓝光参数对 MG63 细胞的影响表明，抑制细胞增殖和细胞迁移，诱导细胞凋亡，并使用 CCK、LDH、伤口愈合测定和 Hoechst 染色等多种测定法进行实验评估。同时，在高剂量蓝光 PBM 下，MG63 细胞中 ROS 水平增加，PI3K 和 AKT 表达受到抑制。同时，SOCS3是一种主要的诱导型抗肿瘤分子，我们还发现蓝光LED显着促进了其表达。因此，本研究提出蓝光 PBM 可能成为未来 OS 临床治疗中一种有希望的治疗方法。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 保留所有权利。

传统中药已被用来治疗结直肠癌（CRC）。芪珍汤（QZD）是一种潜在的中药复方，具有多种生物活性。临床已用于治疗结直肠癌，并被证明有效。探讨肠道菌群支持的QZD联合PD-1抑制剂对结直肠癌的影响，并阐明QZD增强敏感性的机制PD-1抑制剂抗结直肠癌的作用。肠道菌群介导QZD联合PD-1抑制剂治疗结直肠癌的效果观察。我们采用流式细胞术和qPCR检测QZD联合PD-1抑制剂对结直肠癌野生小鼠模型中效应T细胞激活的影响。在野生和无菌小鼠模型中，观察炎症因子、病理变化、体重、结直肠长度和肿瘤负荷的差异。在QZD联合PD-1抑制剂治疗结直肠癌的机制研究中，研究评估了各组小鼠中Akkermansia的丰度、效应T细胞和DC细胞的表型以及炎症因子，以评估QZD联合PD-1抑制剂治疗结直肠癌的作用机制。确定 Akkermansia 是否在激活 DC 细胞中发挥作用。基于JAK2/TYK2/STAT4通路，进一步研究了QZD对结直肠癌PD-1抑制剂增敏的机制。我们发现QZD联合PD-1抑制剂可以通过诱导更关键的免疫反应来提高对结直肠癌的治疗效果。功能。 QZD 促进肠道内阿克曼氏菌丰度的增加。 Akkermansia 促进 DC 细胞成熟，成熟 DC 细胞激活 IL-12/JAK2/STAT4 通路，从而显着激活效应 T 细胞。 Akkermansia是QZD联合PD-1抑制剂介导的免疫对结直肠癌发挥治疗作用的关键。QZD增敏PD-1抑制剂的作用机制是促进DC细胞成熟释放IL-12并激活JAK2/STAT4 途径通过增加 Akkermansia 的丰度来诱导效应 T 细胞激活。版权所有 © 2023。由 Elsevier B.V 出版。