研究动态
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JAMA Network Open
2023 Nov 01
ItunuOSokale,AaronPT...
Geographic Variation in Late-Stage Cervical Cancer Diagnosis.
JAMA Network Open
美国的宫颈癌负担存在明显差异,特别是在种族、民族和地域方面。晚期诊断是筛查获取和利用不足的一个指标。旨在确定德克萨斯州诊断时晚期宫颈癌的地理空间集群。这项基于人群的横断面研究使用了来自德克萨斯州癌症中心的宫颈癌事件数据2014年至2018年18岁或以上女性患者的登记。使用诊断时的居住坐标(纬度和经度)对晚期宫颈癌病例在人口普查区级别进行地理编码 (n = 5265)。统计分析于 2023 年 4 月至 9 月进行。诊断时居住的人口普查区。晚期宫颈癌诊断(即按美国国家癌症研究所监测、流行病学和最终结果总结阶段 2 至 4 [区域传播] 或 7 分类的病例) [远处转移])。基于泊松概率的 SaTScan 纯空间扫描统计模型应用于人口普查区级别,以识别比晚期宫颈癌诊断预期更高(热点)或更低(冷点)比例的地理集群,并根据在总共 6484 名宫颈癌女性患者中(平均 [SD] 年龄,48.7 [14.7] 岁),2300 名 (35.5%) 为西班牙裔,798 名 (12.3%) 为非西班牙裔黑人,3090 名 (47.6) 名非西班牙裔黑人。 %)是非西班牙裔白人,296 人(4.6%)是其他种族或民族。在 6484 名患者中,分析了 2892 名晚期诊断患者(平均 [SD] 年龄,51.8 [14.4] 岁)。在晚期诊断患者中,1069 名 (37.0%) 为西班牙裔,417 名 (14.4%) 为非西班牙裔。西班牙裔黑人、1307 名 (45.2%) 为非西班牙裔白人,99 名 (3.4%) 为其他种族或族裔。SaTScan 空间分析确定了德克萨斯州晚期宫颈癌诊断的 7 个具有统计显着性的聚类,其中 4 个为热点热点地区包括 1128 个人口普查区,主要分布在德克萨斯州南部平原、墨西哥湾沿岸以及草原和湖泊地区(德克萨斯州北部)。在 2892 名晚期宫颈癌患者中,880 名(30.4%)是晚期宫颈癌患者。在人口普查区域层面对集群特征进行比较表明,热点地区与冷点和德克萨斯州其他地区在种族和民族比例、非美国出生人口以及社会经济地位方面存在显着差异。在检查晚期宫颈癌诊断的地理空间集群的截面研究中,发现德克萨斯州晚期宫颈癌诊断存在地域差异。这些发现表明这些社区可能受益于积极的宫颈癌干预措施。
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Frontiers in Cell and Developmental Biology
2023
AvitalGranitMizrahi,...
Valproic acid reprograms the metabolic aberration of cisplatin treatment via ALDH modulation in triple-negative breast cancer cells.
Frontiers in Cell and Developmental Biology
我们最近证明,组蛋白脱乙酰酶抑制剂丙戊酸(VPA)可以重新编程顺铂诱导的三阴性乳腺癌(TNBC)细胞的代谢组,包括己糖水平的变化。因此,在这里,我们测试了 VPA 改变与顺铂敏感性相关的葡萄糖代谢的假设。分析了两种 TNBC 细胞系:MDA-MB-231(顺铂耐药细胞系)和 MDA-MB-436(顺铂敏感细胞系)。使用糖酵解压力测试试剂盒测量糖酵解和氧化代谢。通过蛋白质印迹和实时 PCR 分析研究了醛脱氢酶 (ALDH)(与耐药性相关的酶)的表达。我们还研究了双硫仑抑制 ALDH 对 MDA-MB-231 细胞活力和 TNBC 患者来源的类器官系统的影响。顺铂处理降低了 MDA-MB-436 细胞的细胞外酸化率,但没有降低 MDA-MB-231 细胞的细胞外酸化率,而添加 VPA 则增加了两种细胞系的细胞外酸化率。 VPA 进一步降低了顺铂处理的 MDA-MB-436 细胞的耗氧率,这与细胞周期的改变相关。然而,在 MDA-MB-231 细胞中,顺铂/VPA-顺铂治疗之间的细胞周期分布没有变化。在这两种细胞系中,VPA 均增加了 ALDH 异构体的表达和 ALDH1A1 的表达。然而,仅在 MDA-MB-231 细胞中,VPA 与顺铂协同作用以增强这种作用。双硫仑使细胞对 VPA-顺铂组合的细胞毒性作用敏感。此外,双硫仑-VPA-化疗组合对 TNBC 类器官最有效。我们的结果表明,ALDH 过表达可能是 TNBC 中细胞对 VPA 耐药的机制之一,并且其抑制可能会增强 VPA-化疗药物组合的治疗效果。版权所有 © 2023 Granit Mizrahi, Gugenheim, Hamad, Hamed, Tetro, Maimon,胡楚劳里、内楚什坦、尼斯曼、杜兰、萨曼、比林贝格-施瓦茨、格鲁内瓦尔德、埃亚尔和佩雷茨。
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Frontiers in Cell and Developmental Biology
2023
Jun-DongWei,Jae-Hong...
Two distinct forms of human BLT2: long-form and short-form BLT2.
Frontiers in Cell and Developmental Biology
BLT2 是一种低亲和力白三烯 B4 受体,在多种炎症性疾病(包括哮喘和癌症)的发病机制中发挥重要作用。 BLT2 在正常内部环境中表达最低,但在应激诱导的炎症环境中过度表达。最近的研究表明人类 BLT2 有两种不同的形式。尽管它们的功能可能不同,但很少有研究调查这些差异。因此,本文将讨论人类 BLT2 的两种不同形式; BLT2 的缩写形式和 BLT2 的长形式。版权所有 © 2023 Wei 和 Kim。
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Computational and Structural Biotechnology Journal
2023
XianhuiRuan,YueHuang...
Consistent analysis of differentially expressed genes across 7 cell types in papillary thyroid carcinoma.
Computational and Structural Biotechnology Journal
单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 比批量 RNA-seq 能提供更高分辨率的细胞差异,从而能够解析甲状腺乳头状癌 (PTC) 中细胞类型对扰动的特异性反应。然而,细胞基因组特征高度异质,存在大量没有任何表达信号的基因,这阻碍了识别差异表达基因的统计能力,并可能产生许多假阳性结果。为了克服这一挑战,我们对两个 PTC scRNA-seq 数据集进行了综合分析,并交叉验证了一致的差异表达。通过结合两项研究中 32 种常见细胞类型的结果,我们确定了 7 种细胞类型中的 31 个一致差异表达基因 (DEG),包括 B 细胞、内皮细胞、上皮细胞、单核细胞、NK 细胞、平滑肌细胞和 T 细胞。功能富集分析表明这些基因对于适应性免疫反应和自身免疫性甲状腺疾病很重要。额外的无病生存分析还证实,在大规模甲状腺癌队列中,这 31 个基因显着影响患者的生存时间。此外,我们通过实验验证了最一致的 DEG 之一作为 PTC 上皮细胞的潜在生物标志物基因 KRT7,它可能是 NF-κB 信号通路的上游基因。结果表明KRT7可能通过上皮间质转化和NF-κB信号通路促进甲状腺癌转移。总之,我们基于单细胞转录组整合的方法可以深入了解 NF-κB 在 PTC 基础生物学中的重要作用。© 2023 作者。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2023 Nov 17
PietroPresicce,Monic...
Amnion responses to intrauterine inflammation and effects of inhibition of TNF signaling in preterm Rhesus macaque.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
宫内感染/炎症 (IUI) 是一种常见的妊娠并发症,可导致早产和胎儿炎症。如何在母胎界面调节炎症尚未解决。我们将脂多糖诱导的早产恒河猴 IUI 模型中的羊膜(与羊水接触的胎儿组织)的转录组学与人类绒毛膜羊膜炎队列进行了比较。批量 RNA 测序 (RNA-seq) 羊膜转录组图谱在恒河猴和人类受试者中非常相似,表明 IL1 和 IL6 等关键临产介导基因的诱导依赖于核因子 κB (NF-κB) 信号传导,并可通过抗肿瘤坏死因子(TNF)抗体阿达木单抗。阿达木单抗可部分恢复 IUI 对胶原生物合成的抑制作用。有趣的是,单细胞转录组学、流式细胞术和免疫组织学表明,在人类和恒河猴的 IUI 过程中,羊膜间充质细胞 (AMC) 的一部分会增加 CD14 和其他骨髓细胞标记物。我们的数据表明 CD14 AMC 代表母胎界面处激活的 AMC。© 2023 作者。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2023
AliNejatie,SamanthaS...
The cancer glycocode as a family of diagnostic biomarkers, exemplified by tumor-associated gangliosides.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
一个未开发的癌症生物标志物家族包括糖蛋白、碳水化合物和糖脂(肿瘤糖代码)。本文提出了一类糖脂癌症生物标志物,即肿瘤标志物神经节苷脂 (TMG),作为检测癌症的潜在诊断方法,特别是在早期阶段,如TMG 的生物学功能使其成为病因学。我们建议癌症生物标志物糖码的定量矩阵和人工智能驱动的算法将扩展经过验证的癌症生物标志物的菜单,作为解决癌症诊断中的一些挑战的一步,并产生可以识别特定癌症的组合,一种与组织无关的方式,特别是在早期阶段,以实现早期干预。诊断对于降低癌症死亡率至关重要,但许多癌症缺乏高效且有效的诊断测试,特别是对于早期疾病。理想的诊断生物标志物是病因学的,样品优选通过非侵入性方法(例如血液或尿液的液体活检)获得,并使用产生高诊断灵敏度和特异性的测定进行定量,以实现有效诊断、预后或预测治疗反应。具有这些特征的经过验证的生物标志物很少见。虽然蛋白质组学和基因组学的出现已经鉴定出多种蛋白质和核酸序列作为癌症生物标志物,但批准用于临床的蛋白质和核酸序列相对较少。多重阵列和人工智能驱动算法的使用提供了组合已知生物标志物数据的选择;然而,对于大多数人来说,敏感性和特异性低于可接受的标准,并且临床验证已被证明很困难。该问题的一个战略解决方案是将生物标志物家族扩展到目前利用的生物标志物家族之外。一种未开发的癌症生物标志物家族包括糖蛋白、碳水化合物和糖脂(肿瘤糖码)。在这里,我们重点关注糖脂癌症生物标志物家族,即肿瘤标志物神经节苷脂 (TMG)。我们讨论了 TMG 在检测癌症方面的诊断潜力,尤其是在早期阶段。我们纳入了文献中的先前研究,总结了神经节苷脂定量、表达、检测和生物学功能及其在各种癌症中的作用的研究结果。我们重点介绍了 TMG 表现出癌症诊断生物标志物理想特性的例子,以及 GD2 和 GD3 在早期癌症诊断中的应用,具有高灵敏度和特异性。我们建议癌症生物标志物糖码的定量矩阵和人工智能驱动的算法将扩展经过验证的癌症生物标志物的菜单,作为解决癌症诊断中的一些挑战的一步,并产生可以识别特定癌症的组合,一种与组织无关的方式,尤其是在早期阶段,以实现早期干预。版权所有 © 2023 Nejatie、Yee、Jeter 和 Saragovi。
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Frontiers in Endocrinology
2023
LeiFu,ManshiLi,Junji...
Deep neural network for discovering metabolism-related biomarkers for lung adenocarcinoma.
Frontiers in Endocrinology
肺癌是全世界疾病和死亡的主要原因。肺腺癌(LUAD)是其最常见的亚型。代谢物-mRNA 相互作用在癌症代谢中发挥着至关重要的作用。因此,代谢相关的 mRNA 是癌症治疗的潜在靶标。本研究使用四个数据库构建了代谢物-mRNA 相互作用 (MMI) 网络。我们从肿瘤基因组图谱 (TCGA)-LUAD 队列中检索了显示肿瘤和非肿瘤组织之间显着表达变化的 mRNA,并鉴定了 MMI 中与代谢相关的差异表达 (DE) mRNA。挖掘了对深度神经网络 (DNN) 模型有重大贡献的候选 mRNA。利用MMI和功能分析的结果,我们创建了一个包含候选mRNA和代谢物的子网络。最后,经过生存分析和验证,获得了10个生物标志物。它们在 LUAD 中的良好预后价值在独立数据集中得到了验证。通过与传统机器学习模型的比较,它们的有效性在 TCGA 和独立的临床蛋白质组学肿瘤分析联盟 (CPTAC) 数据集中得到证实。总而言之,确定了 10 个代谢相关的生物标志物,并通过 MMI 网络成功证实了它们的预后价值和 DNN 模型。我们的策略具有重要意义,可为研究其他癌症的代谢生物标志物铺平道路。版权所有 © 2023 Fu、Li、Lv、Yang、Zhang、Qin、Li、Wang 和 Chen。
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Frontiers in Endocrinology
2023
XiaotaoDong,KunlunWa...
The Nomogram predicting the overall survival of patients with pancreatic cancer treated with radiotherapy: a study based on the SEER database and a Chinese cohort.
Frontiers in Endocrinology
胰腺癌(PC)患者预后较差。放射治疗(RT)是临床上标准的姑息治疗,目前尚无有效的临床预测模型来预测接受放射治疗的PC患者的预后。本研究旨在分析 PC 的临床特征,寻找影响 PC 患者预后的因素,并构建可视化列线图来预测总生存期 (OS)。使用 SEER*Stat 软件从监测、流行病学和最终结果中收集临床数据(SEER) 数据库包含 3570 名接受放疗治疗的患者。同时收集郑州大学附属肿瘤医院115例患者的相关临床资料。 SEER数据库数据按7:3的比例随机分为训练队列和内部验证队列,其中郑州大学附属肿瘤医院的所有患者作为外部验证队列。使用套索回归来筛选相关变量。所有非零变量都包含在多变量分析中。使用多变量Cox比例风险回归分析来确定独立的预后因素。采用Kaplan-Meier(K-M)方法绘制不同治疗(手术、放疗、化疗和联合治疗)的生存曲线并计算中位OS。构建列线图来预测 1 年、3 年和 5 年的生存率,并用计算的曲线绘制随时间变化的受试者工作特征曲线 (ROC)。计算曲线下面积(AUC),采用Bootstrap法绘制校准曲线,采用决策曲线分析(DCA)评价预测模型的临床疗效。中位OS分别为25.0、18.0、11.0、手术联合放化疗 (SCRT)、手术联合放疗、放化疗 (CRT) 和单独放疗队列分别为 4.0 个月。多因素Cox回归分析显示,年龄、N分期、M分期、化疗、手术、淋巴结手术、分级是患者的独立预后因素。构建列线图模型来预测患者的 OS。绘制 1 年、3 年和 5 年时间依赖性 ROC 曲线,并计算 AUC 值。结果表明,训练队列的 AUC 分别为 0.77、0.79 和 0.79,内部验证队列的 AUC 分别为 0.79、0.82 和 0.81,外部验证队列的 AUC 分别为 0.73、0.93 和 0.88。校准曲线显示模型预测概率与实际观测概率高度吻合,DCA曲线显示出较高的净回报。SCRT显着提高了PC患者的OS。我们开发并验证了列线图来预测接受 RT 的 PC 患者的 OS。版权所有 © 2023 Dong、Wang、Yang、Cheng、Li、Hou、Chang 和 Yuan。
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Frontiers in Endocrinology
2023
JinchiLiu,LeifengLia...
The association between thyroid and breast cancers: a bidirectional mendelian randomization study.
Frontiers in Endocrinology
甲状腺癌和乳腺癌是全球女性中最常见的两种内分泌相关肿瘤,且其发病率仍在上升。观察性研究表明甲状腺癌和乳腺癌之间存在关联。然而,许多混杂因素使结果容易受到干扰。因此,我们进行了一项两样本孟德尔随机化 (MR) 研究,以调查甲状腺癌和乳腺癌之间的因果关系。我们从英国生物银行(13,879 例乳腺癌病例和 198,523 例对照)和乳腺癌协会联盟( BCAC;122,977 例乳腺癌病例和 105,974 例对照),以及来自 FinnGen Biobank 的甲状腺癌数据(989 例甲状腺癌和 217,803 例对照)。然后,执行乘法随机效应逆方差加权(IVW)、体重中位数(WM)和MR Egger方法进行MR分析。总的来说,IVW使用BCAC数据集显示了乳腺癌对甲状腺癌的因果影响(比值比[ OR] = 1.17;95% 置信区间 [CI] = 1.036-1.322;P = 0.011),并且这种关系也得到了英国生物银行数据集的支持(OR = 23.899;95% CI = 2.331-245.003;P = 0.007) ,这表明乳腺癌患者更有可能被诊断出患有甲状腺癌。总体而言,反向MR分析并未显示乳腺癌与甲状腺癌之间存在因果关系。然而,IVW 使用 BCAC 数据集显示甲状腺癌与雌激素受体阴性乳腺癌存在因果关系(OR = 1.019;95% CI = 1.001-1.038;P = 0.043),这表明甲状腺癌患者更有可能罹患甲状腺癌。乳腺癌是甲状腺癌的一个可能危险因素,而甲状腺癌也是 ER 阴性乳腺癌的一个可能危险因素。未来的研究需要使用强大的遗传工具来确定乳腺癌和甲状腺癌之间的因果关系。版权所有 © 2023 Liu 和 Liang。
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Frontiers in Immunology
2023
SharmelySharonBallon...
Electroacupuncture exerts prolonged analgesic and neuroprotective effects in a persistent dental pain model induced by multiple dental pulp injuries: GABAergic interneurons-astrocytes interaction.
Frontiers in Immunology
人们对三叉神经系统内的疼痛,尤其是牙痛知之甚少。本研究旨在确定单个或多个牙髓损伤是否会引起持续性疼痛、其与三叉神经中枢伤害性通路的关系以及电针 (EA) 是否在持续性牙痛模型中提供持久的镇痛和神经保护作用。使用单牙髓损伤(SDPI)和多发牙髓损伤(MDPI)模型来诱导三叉神经病理性疼痛。使用机械退头阈值(HWT)评估牙痛相关行为的迹象。免疫荧光和蛋白质印迹方案用于监测星形胶质细胞活化、凋亡相关蛋白的变化以及 GABA 能中间神经元可塑性。 SDPI 小鼠的 HWT 从第 1 天到第 14 天表现出最初的显着下降,随后从第 21 天到第 42 天逐步恢复。从第 49 天到第 70 天,HWT 增加并恢复到对照值。相比之下,MDPI 小鼠的 HWT 从第 1 天到第 70 天持续下降。MDPI 增加了 Vi/Vc 过渡区的胶质纤维酸性蛋白 (GFAP) 并降低了谷氨酰胺合成酶 (GS) 和谷氨酸转运蛋白 1 (GLT1) 的表达。在 SDPI 后第 70 天脑干中未观察到星形胶质细胞标记物的变化,而在 SDPI 后第 70 天未观察到星形胶质细胞标记物的变化。术后第 70 天,观察到裂解的半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶 3(裂解的 caspase-3)和 Bcl-2 相关 X 蛋白 (Bax) 的表达增加,同时 B 细胞淋巴瘤/白血病 2 (Bcl-2) 的表达减少。 MDPI 但不在 SDPI 之后。仅在 MDPI 后第 70 天观察到谷氨酸脱羧酶 (GAD65) 表达下调。 MDPI 引起的从第 1 天到第 70 天的 HWT 降低的影响通过 12 个疗程的 EA 治疗(MDPI 后第 1 到 21 天)而减弱。 MDPI 70 天后观察到的星形胶质细胞 GFAP、GS 和 GLT-1 以及裂解的 caspase-3、Bax、Bcl-2 和 GAD65 表达的变化通过 EA 治疗得以逆转。结果表明,小鼠持续性牙痛是由 MDPI 引起的,而不是由 SDPI 引起的。这种效应与三叉神经 GABA 能中间神经元可塑性以及星形胶质细胞的形态和功能变化有关。 EA 发挥持久的镇痛和神经保护作用,可能与神经元-胶质细胞串扰机制的调节有关。版权所有 © 2023 Ballon Romero、Fuh、Hung、Lee、Huang、Chien 和 Chen。
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