本研究调查了常染色质组蛋白赖氨酸甲基转移酶 1 (EHMT1) 中各种不确定意义 (VUS) 的功能意义，这对于早期发育和正常生理机能至关重要。 EHMT1 突变会导致 Kleefstra 综合征，并与多种人类癌症有关。然而，尚未对这些变异进行准确的功能解释，这限制了诊断和未来的研究。为了克服这个问题，我们将传统的变异调用工具与计算生物物理学和生物化学相结合，对 EHMT1 的 SET 催化结构域进行多层机制分析，这对于该蛋白质功能至关重要。我们使用基于分子力学和分子动力学 (MD) 的指标来分析 SET 结构域结构和由该结构域内 97 个 Kleefstra 综合征错义变异产生的功能运动。我们的方法允许我们以机械的方式将变体分类为 SV（结构变体）、DV（动态变体）、SDV（结构和动态变体）和 VUS（意义不确定的变体）。我们的研究结果表明，破坏性变异主要分布在活性位点、底物结合位点和预设置区域周围。总的来说，我们报告了这种方法相对于传统变异解释工具的改进，同时提供了变异功能障碍的分子机制。© 2023 作者。

N6-甲基腺苷 (m6A) 修饰在调节 RNA 成熟、稳定性和翻译中发挥着重要作用。因此，m6A 修饰参与多种病理生理过程，包括肝细胞癌 (HCC)。然而，m6A 修饰对 HCC 中 RNA 功能的直接贡献仍不清楚。在这里，我们将 LEAWBIH（在 HCC 中表观遗传激活 Wnt/β-catenin 信号传导的长非编码 RNA）鉴定为 m6A 修饰的长非编码 RNA (lncRNA)，并研究了 m6A 对 HCC 中 LEAWBIH 功能的影响。进行聚合酶链反应来测量组织和细胞中的基因表达。使用甲基化 RNA 免疫沉淀测定和基于单碱基延伸和连接的 qPCR 扩增方法检测 m6A 修饰水平。使用 Glo 细胞活力和 CCK-8 测定法评估细胞增殖。使用Transwell迁移和侵袭测定评估细胞迁移和侵袭。使用 RNA 纯化染色质分离、染色质免疫沉淀和双荧光素酶报告基因测定研究了 m6A 修饰的 LEAWBIH 的机制。LEAWBIH 高表达并与 HCC 患者的不良生存相关。 LEAWBIH 被鉴定为 m6A 修饰的转录本。 m6A 修饰增加了 LEAWBIH 转录物的稳定性。 LEAWBIH 的 m6A 修饰水平在 HCC 中增加，LEAWBIH 的高 m6A 修饰水平预示生存率较差。 LEAWBIH 以 m6A 修饰依赖性方式促进 HCC 细胞增殖、迁移和侵袭。机制研究表明，m6A 修饰的 LEAWBIH 激活 Wnt/β-catenin 信号传导。 m6A 修饰的 LEAWBIH 与 m6A 阅读器 YTHDC1 结合，进一步与 H3K9me2 去甲基化酶 KDM3B 相互作用并将 H3K9me2 去甲基化酶 KDM3B 募集至 CTNNB1 启动子，导致 H3K9me2 去甲基化和 CTNNB1 转录激活。功能性救援试验表明，阻断 Wnt/β-catenin 信号传导消除了 LEAWBIH 在 HCC 中的作用。m6A 修饰的 LEAWBIH 通过表观遗传激活 Wnt/β-catenin 信号传导在 HCC 中发挥致癌作用，强调 m6A 修饰的 LEAWBIH 作为 HCC 的一个有前途的治疗靶点HCC.© 2023 Wei 等人。

植物甾醇/植物甾烷醇是在植物油、坚果和种子中发现的生物活性化合物，并添加到一系列商业食品中。摄入植物甾醇/植物甾烷醇可降低循环低密度脂蛋白胆固醇的水平，这是心血管疾病的致病生物标志物，并与降低某些癌症的风险有关。在饮食中摄入植物甾醇/植物甾烷醇的个人可能会多年来这样做，作为降低胆固醇的非药物途径的一部分或作为健康饮食的一部分。然而，长期或大量摄入膳食植物甾醇/植物甾烷醇以前并未对全身表观遗传变化产生影响。本系统综述的目的是确定所有评估了植物甾醇/植物甾烷醇引起的表观遗传机制（组蛋白翻译后修饰、DNA 甲基化和 miRNA 表达）变化的出版物。系统检索返回 226 条记录，其中 11 条符合全文分析条件。研究发现多种植物甾醇可抑制组蛋白脱乙酰酶的表达，并且预计还可直接结合并损害组蛋白脱乙酰酶活性。研究发现植物甾醇可抑制 DNA 甲基转移酶 1 的表达和活性，并逆转癌症相关基因沉默。最后，植物甾醇已被证明可以调节 200 多种 miRNA，尽管多种出版物中只报道了其中的 5 种。这些研究涉及五种组织类型（乳腺、前列腺、巨噬细胞、主动脉上皮、肺），尽管植物甾醇/植物甾烷醇改变了这些哺乳动物细胞表观遗传的分子机制，但尚未发现探索有丝分裂或跨代遗传的研究。

由于癌症固有的细胞可塑性，获得治疗耐药性仍然是患者护理的最大障碍之一。在许多患者中，幸存的癌细胞亚群继续增殖或转移，这通常是细胞信号传导和转录途径发生显着改变的结果。一个值得注意的例子是 Hedgehog (Hh) 信号通路，它是多种癌症亚型的驱动因素，并在多种恶性肿瘤中因治疗而异常激活。这篇综述将总结该领域目前对 Hh 信号在耐药性中所发挥的多种作用的理解，并将包括 Gli 蛋白的非典型激活、促进化疗耐受的基因扩增、hedgehog 靶向药物的使用和工具化合物，以及我们对转录机制的了解仍然存在差距。版权所有 © 2023 Miller、Bennett 和 Rhoades。

背景：阿片类药物转换很常见，但是转换表有局限性。指南建议减少转换后剂量，然而，观察显示阿片类药物剂量可能会增加转换后剂量。目的：记录癌症中阿片类药物转换后的转换因子，以及转换阿片类药物组之间的疼痛和不良反应结果是否存在差异。设计/背景：这项多中心前瞻性纵向研究包括澳大利亚晚期癌症患者。临床数据（人口统计、阿片类药物）和经过验证的仪器（疼痛、不良反应）收集两次，间隔 7 天。结果：阿片类药物转换导致剂量增加（中位口服吗啡当量日剂量 90 mg [四分位距 {IQR} 45-184] 至 150 mg [IQR 79-270]），平均疼痛减轻（5.1 [标准差 {SD} 1.7） ] 到 3.8 [SD 1.6]），并减少不良反应。氢吗啡酮剂量比原来使用的换算系数增加了 2.5 倍 (IQR 1.0-3.6)。结论：阿片类药物转换导致总体剂量增加，特别是在转换为氢吗啡酮时。较高的转换前剂量可能需要较高的剂量转换比。转换后减少剂量有治疗不足的风险，并且可能并不总是合适的。

在应激环境下由转移 RNA (tRNA) 产生的功能性非编码 RNA 的一个独特亚类被称为 tRNA 衍生小 RNA (tsRNA)。根据切割位点的不同，tsRNA 可分为 tRNA 半部和 tRNA 衍生片段（tRF）。与 microRNA 一样，tsRNA 可以附着在 Argonaute (AGO) 蛋白上，以碱基配对的方式靶向下游 mRNA，在 rRNA 加工、基因沉默、蛋白表达和病毒感染中发挥作用。值得注意的是，tsRNA 还可以直接与蛋白质结合，并在转录、蛋白质修饰、基因表达、蛋白质稳定和信号传导途径中发挥功能。 tsRNA可以控制抑癌基因的表达并参与癌症的发生。它还可以通过调节细胞活力、迁移能力、炎症因子含量和自噬能力来介导疾病的进展。以tsRNA为靶点的精准医疗和植物来源的tsRNA的药物治疗有望应用于临床。此外，基于tsRNA的液体活检技术为疾病的无创诊断指明了新方向。版权所有©2023 Shi、Xie、Pei、He、Hou、Xu、Fu和Shi。

已知异常 DNA 甲基化 (DNAm) 与癌症的病因有关，包括结直肠癌 (CRC)。过去，开放获取数据的可用性一直是创新方法开发和研究培训的主要驱动力。然而，这一点正日益受到受控访问的影响，尤其是医疗数据，包括癌症 DNAm 数据。为了复兴这一宝贵的传统，我们利用了来自 NCBI GEO 和 ArrayExpress 的 14 项开放获取研究的 1,845 个样本（535 个 CRC 肿瘤、522 个肿瘤附近的正常结肠组织、72 个结直肠腺瘤和来自健康个体的 716 个正常结肠组织）的 DNAm 数据。我们使用十一个表观遗传时钟模型计算了每个样本的表观遗传年龄（EA），并得出相应的表观遗传年龄加速（EAA）。对于 EA，我们观察到大多数第一代和第二代表观遗传时钟反映了肿瘤附近正常组织和健康个体的实际年龄 [例如，Horvath（r = 0.77 和 0.79）、Zhang 弹性网（EN）（r = 0.70）和 0.73)] 与表观遗传有丝分裂时钟 (EpiTOC、HypoClock、MiAge) (r < 0.3) 不同。对于 EAA，我们使用 PhenoAge、Wu 和上述有丝分裂时钟，发现它们在不同组织类型中具有不同的分布，特别是在邻近肿瘤的正常结肠组织和癌性肿瘤之间，以及邻近肿瘤的正常结肠组织和正常结肠组织之间来自健康个体的结肠组织。最后，我们利用这些关联开发了一个使用弹性网络回归（具有套索和岭正则化）的分类器，该分类器根据患者性别和从组织学正常对照（即与肿瘤相邻的正常结肠组织和正常结肠组织）计算出的 EAA 来预测 CRC 诊断来自健康个体）。该分类器表现出良好的诊断潜力，ROC-AUC = 0.886，这表明基于 EAA 的相关数据训练的分类器可以成为临床专业人员支持 CRC 诊断/预后决策的工具。我们的研究还再次强调了开放获取临床数据对于方法开发和年轻科学家培训的重要性。在本研究的时间范围内获得受控访问数据所需的批准是不可能的。版权所有 © 2023 Widayati、Schneider、Panteleeva、Chernysheva、Hrbkova、Beck、Voloshin 和 Chervova。

为了成功地为转移性乳腺癌 (MBC) 患者实施锻炼计划，服务和患者教育应考虑患者的知识、偏好、价值观和目标。因此，深入了解他们对运动和运动计划的看法非常重要。 在这项横断面调查中，我们招募了来自荷兰、德国、波兰、西班牙和瑞典的 MBC 患者。我们收集了患者关于运动和结果预期的知识和技能的数据。我们确定了参与锻炼计划的障碍和促进因素，以及患者对计划内容和锻炼方式的偏好。共有 420 名患者参与了调查。受访者平均年龄为 56.5 岁 (SD 10.8)，70% 患有骨转移。 68% 的人表示拥有足够的技能进行有氧运动，但只有 35% 的人进行阻力运动。受访者预计运动会给身体带来多种好处，但少数患者预计运动会加剧疼痛（5%）。癌症患者无法参加锻炼计划（27%）、感觉太累（23%）和/或虚弱（23%）是最常报告的障碍。定期锻炼的促进因素是之前积极的身体（72%）和情感（68%）锻炼经历，以及接受物理治疗师或运动/健身教练（62%）的个性化建议。患者对步行最感兴趣，并且更喜欢在公共健身房锻炼，尽管各国之间存在差异。 57% 的人不知道他们的保险公司是否报销锻炼计划，只有 9% 的人愿意每月支付超过 50 欧元来参加。很大一部分 MBC 患者缺乏按照建议进行定期锻炼的技能癌症患者的运动指南。患者可以受益于个性化的建议和适当的培训设施来克服障碍。在实施运动干预时，应关注报销和相对较低的支付意愿。© 2023。作者。

研究工作表明长链非编码 RNA (lncRNA) 在透明细胞肾细胞癌 (ccRCC) 发病机制中的作用。 lncRNA HAGLR 在多种恶性肿瘤中进行了研究，但尚未在 ccRCC 中进行研究。根据肾透明细胞癌癌症基因组图谱 (TCGA-KIRC) 数据集，我们分析了 HAGLR 的分子改变，并构建了具有相关 miRNA 和 mRNA 的竞争性内源 RNA (ceRNA) 网络。进行基因本体分析以确定富含 HAGLR 回收 mRNA 的重要途径。评估了 HAGLR 和相关 mRNA 的临床重要性，并使用 TIMER 研究了所选 mRNA 编码基因对肿瘤免疫浸润的影响。 HAGLR 表达在 ccRCC 中比正常肾脏中降低，并且与基因启动子甲基化显着相关。肿瘤中低 HAGLR 水平显示出诊断效力，并且与临床病理学参数（分期/分级/转移）和患者生存率低相关。 HAGLR 相关的 ceRNA 网络由 TCGA-KIRC 数据集中差异表达的 13 个 miRNA 和 23 个 mRNA 组成。从 HAGLR 恢复的 mRNA 编码基因中，我们在训练数据集中开发了 5 个基因（PAQR5、ARHGAP24、HABP4、PDLIM5 和 RPS6KA2）预后特征，并在测试和整个数据集中对其进行了验证。特征基因的表达水平与免疫细胞的肿瘤浸润呈负相关，对ccRCC预后产生不利影响，并且还与促进浸润的肿瘤衍生趋化因子呈负相关。总之，HAGLR 似乎在 ccRCC 中发挥肿瘤抑制作用。 HAGLR 和相关基因特征可能有助于改善现有的预后措施并开发有效的 ccRCC 免疫治疗策略。© 2023。作者获得 Springer Science Business Media, LLC（Springer Nature 旗下子公司）的独家许可。

BarH 样同源框 2 (BARX2) 已被确定在多种癌症的发展中发挥关键作用。同时，BARX2可能是肝细胞癌（HCC）患者的独立预后生物标志物。然而，BARX2 在 HCC 中的调节作用仍不清楚，需要揭开。在本研究中，通过实时定量 PCR (qRT-PCR) 以及蛋白质印迹评估了 BARX2 和 N-乙酰半乳糖胺基转移酶 4 (GALNT4) 的表达。此外，分别通过CCK-8、集落形成、伤口愈合、Transwell和管形成实验评估细胞增殖、迁移、侵袭和血管生成的能力。通过流式细胞术分析测定细胞凋亡。 BARX2和GALNT4之间的结合关系由JASPAR网站预测，并使用染色质免疫沉淀（ChIP）和荧光素酶报告测定进行验证。研究发现，BARX2在HCC细胞系中表达减少，而其过表达则极大地抑制HuH7和MHCC97-H细胞中的细胞增殖、迁移、侵袭和血管生成，并促进细胞凋亡。 BARX2可以结合GALNT4启动子并正向调节GALNT4的表达。此外，GALNT4缺陷部分消除了BARX2对HCC进展的抑制作用。总之，本研究强调 BARX2 可能有望作为潜在的治疗靶点，促进针对 HCC 的新型治疗策略的开发。© 2023。作者获得 Springer Science Business Media, LLC 的独家许可，施普林格自然的一部分。