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Frontiers in Cell and Developmental Biology
2024

HaifengChen,YaoDu,Zh...
PRNP is a pan-cancer prognostic and immunity-related to EMT in colorectal cancer.
Frontiers in Cell and Developmental Biology
朊病毒蛋白基因(PRNP)广泛表达于多种组织中。尽管已经研究了 PRNP 在多种癌症中的作用,但还没有泛癌分析揭示其与肿瘤发生和免疫的关系。对来自加州大学圣克鲁斯分校的癌症基因组图谱 (TCGA) 泛癌数据集进行了综合分析( UCSC)数据库来确定 PRNP 的表达及其潜在的预后影响。使用免疫浸润和富集分析方法来确定 PRNP 表达水平、肿瘤免疫和免疫治疗之间的相关性。此外,还采用基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)方法来检查涉及 PRNP 的可能信号通路。体外实验采用CCK-8实验、伤口愈合实验和Transwell实验检测细胞朊病毒蛋白(PrPC)对结直肠癌(CRC)细胞增殖、迁移和侵袭的影响。通过蛋白质印迹法检测上皮间质转化(EMT)相关蛋白(N-钙粘蛋白、E-钙粘蛋白、波形蛋白和Snail)的表达水平。在大多数癌症类型中,PRNP高水平表达,这与患者的预后。 PRNP 表达与免疫浸润细胞、免疫抑制细胞浸润和免疫检查点分子密切相关。除了肿瘤突变负荷 (TMB) 之外,在几种癌症中还检测到 PRNP 表达与微卫星不稳定性 (MSI) 之间存在显着相关性。体外细胞研究推断,PrPC 增强 CRC 细胞的增殖、迁移、侵袭和 EMT。PRNP 作为免疫相关的预后标志物,有望预测 CRC 免疫治疗相关的结果,同时促进细胞增殖、迁移和侵袭活动。此外,它还可能在 CRC 内部管理 EMT 监管方面发挥作用。版权所有 © 2024 Chen、Du、Kong、Liao 和 Li。
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Computational and Structural Biotechnology Journal
2024 Dec

RuiYin,HongruZhao,Lu...
Gra-CRC-miRTar: The pre-trained nucleotide-to-graph neural networks to identify potential miRNA targets in colorectal cancer.
Computational and Structural Biotechnology Journal
结直肠癌(CRC)是全球第三大确诊癌症和第二大致命癌症,是一个重大的公共卫生问题。近年来,越来越多的证据表明,microRNA (miRNA) 可以通过减少人类信使 RNA (mRNA) 的丰度或翻译来控制其表达,在包括结直肠癌在内的各种癌症中充当癌基因或肿瘤抑制因子。由于 CRC 中致癌 miRNA 的显着上调,阐明其潜在机制并识别失调的 miRNA 靶点可能为改善当前治疗干预措施提供基础。在本文中,我们提出了 Gra-CRC-miRTar,一种预训练的核苷酸到图神经网络框架,用于识别 CRC 中潜在的 miRNA 靶点。与之前的研究不同,我们构建了两个预训练的模型来编码RNA序列并将其转化为de Bruijn图。我们采用不同的图神经网络来学习潜在表示。然后,从 de Bruijn 图生成的嵌入被输入到多层感知器 (MLP) 中以执行预测任务。我们的大量实验表明,Gra-CRC-miRTar 比其他深度学习算法和现有预测器实现了更好的性能。此外,我们的分析还通过实验验证的 CRC 中 miRNA-mRNA 对成功揭示了 201 个功能相互作用中的 172 个。总的来说,我们的努力提供了一个准确有效的框架来识别 CRC 中潜在的 miRNA 靶点,该框架也可用于揭示其他恶性肿瘤中 miRNA 靶点的相互作用,从而促进新型疗法的开发。 Gra-CRC-miRTar Web 服务器可在以下位置找到:http://gra-crc-mirtar.com/。© 2024 作者。
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Frontiers in Endocrinology
2024

CaibiaoWei,HuayingAi...
A nomogram based on inflammation and nutritional biomarkers for predicting the survival of breast cancer patients.
Frontiers in Endocrinology
我们的目标是开发一种新的预后模型,结合炎症、营养参数和临床病理特征来预测乳腺癌 (BC) 患者的总生存期 (OS) 和无病生存期 (DFS)。该研究包括临床病理学和随访数据来自 2013 年至 2021 年间总共 2857 名 BC 患者。数据被随机分为两个队列:训练队列 (n=2001) 和验证队列 (n=856)。根据训练队列的多元 Cox 回归分析结果建立列线图。通过一致性指数(C-index)和校准曲线评估列线图的预测准确性和判别能力。此外,还进行了决策曲线分析 (DCA) 来评估列线图的临床价值。为 BC 开发了列线图,其中包含淋巴细胞、血小板计数、血红蛋白水平、白蛋白与球蛋白比率、前白蛋白水平和其他关键变量:亚型和 TNM 分期。在 OS 和 DFS 的预测中,列线图的一致性指数(C 指数)在统计上大于单独使用 TNM 分期获得的 C 指数值。此外,时间相关的 AUC 超过了 0.7 的阈值,证明了列线图在不同时期具有令人满意的判别性能。 DCA 显示列线图比 TNM 分期系统提供了更大的总体净效益。结合炎症、营养和临床病理变量的列线图表现出出色的辨别力。该列线图是一种很有前景的工具,可用于预测 BC 患者的结果和制定个性化治疗策略。版权所有 © 2024 Wei、Ai、Mo、Wang、Wei、Liu、Li、Huang 和 Liu。
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Frontiers in Endocrinology
2024

DongdongZhang,Jixian...
Surgical management of papillary thyroid carcinoma coexisting with Hashimoto's disease: a single-center retrospective cohort study.
Frontiers in Endocrinology
桥本氏病(HT)对甲状腺乳头状癌(PTC)患者的机制和影响仍然是一个持续争论的话题。对于低危 PTC 病例,甲状腺切除的最佳范围也存在争议。为了探讨 PTC 合并 HT 患者不同手术切除范围的临床结果和预后,我们回顾性分析了 PTC 合并 HT 患者的临床特征和治疗数据。 2014年12月至2023年8月期间在北京大学国际医院接受肺叶切除+峡部切除和甲状腺全切除术的PTC合并HT患者的结局。A组21例患者接受了肺叶切除+峡部切除+预防性中央颈清扫术,而20例患者接受了甲状腺叶切除+峡部切除+预防性中央颈清扫术。 B 组患者接受全甲状腺切除术并预防性中央淋巴结 (LN) 清扫术,但一名未接受 LN 清扫术的患者除外。 A 组的手术时间较短(105.75 分钟 ± 29.35 对比 158.81 分钟 ± 42.01,p = 0.000),术后第 1 天甲状旁腺激素 (PTH) 水平较高 [26.96 pg/ml (20.25, 35.45) 对比 9.01 pg/ml (2.48, 10.93), p = 0.000] 且术后住院时间较短[2.95 d (2.0, 4.0) vs. 4.02 d (3.0, 5.0), p = 0.008] 均较B组短,差异有统计学意义。两组在 PTH [32.10 pg/ml (22.05, 46.50) vs. 20.47 pg/ml (9.43, 34.03), p = 0.192] 和血清钙 (2.37 mmol/L ± 0.06 vs. 2.29 mmol) 方面表现出相似的恢复模式/L ± 0.19,p = 0.409)术后 1 个月后。根据Kaplan-Meier曲线,A组(100%)和B组(97.1%)患者的5年无病生存率无显着差异(Logrank检验:p = 0.420,Breslow检验:p = 0.420)。对于低危PTC合并HT的患者,肺叶切除术联合峡部切除术和预防性中央颈清扫术是一种安全可行的治疗选择。http://www.chictr.org.cn,标识符ChiCTR2300079115。Copyright © 2024张、吴、陈。
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Frontiers in Immunology
2024

NicolasRoussot,Mario...
Case report: Immune response characterization of a pseudoprogression in a PD-L1-negative, TMB-low, KEAP1/STK11 co-mutated metastatic NSCLC.
Frontiers in Immunology
一名 PD-L1 阴性、TMB 低、KEAP1/STK11 共突变的转移性非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者在开始化疗作为转移性疾病一线治疗后 3 个月时出现多部位放射学进展。放射学进展后,在未接受治疗的情况下,患者出现自发病灶缩小,并进一步实现了长时间的完全缓解。在基线和假进展时收集的基因组和转录组数据使我们能够从生物学角度描述这种罕见的反应模式。我们观察到针对肿瘤特异性新抗原(TNA)的肿瘤特异性 T 细胞反应的存在。还观察到化学免疫治疗后内源性逆转录病毒 (ERV) 的表达,同时还观察到具有 I 型 IFN 信号传导和 CXCR3 相关趋化因子产生的抗病毒样先天免疫反应的生物学特征。这是化学免疫疗法下 NSCLC 假性进展的第一个生物学特征,随后在 PD-L1 阴性、TMB 低、KEAP1/STK11 共突变 NSCLC 中出现长期完全缓解。这些临床和生物学数据强调,即使患者对免疫检查点抑制剂具有多种耐药性,也可能引发针对肿瘤新抗原的肿瘤特异性免疫反应,从而彻底根除肿瘤,并可能产生疫苗免疫反应。版权所有 © 2024 Roussot, Thibaudin 、Fumet、Daumoine、Hampe、Rébé、Limagne、Lagrange、Herreros、Lecuelle、Mananet、Ilie、Rageot、Boidot、Goussot、Comte、Jacob、Beltjens、Bergeron、Charon-Barra、Arnould、Derangère、Ladoire、Truntzer 和 Ghiringhelli。
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Frontiers in Immunology
2024

Chun-XiaHe,LanGuo,Ta...
Tumor necrosis factor inhibitors enhance corticosteroid therapy for Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis linked to immune checkpoint inhibitors: a prospective study.
Frontiers in Immunology
免疫相关表皮坏死松解症 (irEN),包括史蒂文斯-约翰逊综合征 (SJS) 和中毒性表皮坏死松解症 (TEN),代表对免疫检查点抑制剂的潜在致命反应。最佳治疗策略仍未确定。本研究评估了皮质类固醇和肿瘤坏死因子抑制剂 (TNFi) 联合治疗治疗 irEN 患者的有效性和安全性。在这项单中心、前瞻性、观察性研究中,irEN 患者接受皮质类固醇单药治疗或皮质类固醇和肿瘤坏死因子抑制剂 (TNFi) 的联合治疗。 TNFi(依那西普用于 SJS,英夫利昔单抗用于 TEN)。主要终点是上皮再生时间,次要终点包括皮质类固醇暴露、主要不良事件发生率、急性死亡率以及指示疾病活动和预后的生物标志物。该研究在中国临床试验注册中心注册(ChiCTR2100051052)。共纳入 32 名患者(21 名 SJS,11 名 TEN); 14 人接受联合治疗,18 人接受皮质类固醇单一疗法。 IrEN 通常在 ICI 给药 1 个周期后发生,中位潜伏期为 16 天。尽管联合治疗组的 SCOTEN 评分较高(3 vs. 2,p = 0.008),但这些患者的上皮再生速度较快(14 天 vs. 21 天;p < 0.001),皮质类固醇治疗持续时间较短(22 天 vs. 32 天;p < 0.001)。 = 0.005),并且泼尼松累积剂量较低(1177 mg vs. 1594 mg;p = 0.073)。组间主要不良事件发生率相似。三人因肺部感染或弥散性血管内凝血死亡,两组死亡率均低于预期。死亡率增加的潜在危险因素包括淋巴细胞亚群计数(CD4 T 细胞、CD8 T 细胞、自然杀伤细胞)持续减少和炎症标志物(血清铁蛋白、白细胞介素 6、TNF-α)持续上升。上皮再生时间与体重指数呈负相关,与表皮脱离面积以及血清白细胞介素6和TNF-α水平呈正相关。皮质类固醇联合TNFi可显着促进上皮再生,减少皮质类固醇的使用,降低irEN患者的急性死亡率不会增加主要不良事件,为皮质类固醇单一疗法提供了更好的替代方案。炎症标志物和淋巴细胞亚群对于评估疾病活动性和预后很有价值。版权所有 © 2024 He、Guo、Qu 和 Jin。
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Frontiers in Immunology
2024

YinqiZhang,GuoyongHa...
Role of tumor-associated macrophages in hepatocellular carcinoma: impact, mechanism, and therapy.
Frontiers in Immunology
肝细胞癌(HCC)是世界范围内高发的恶性肿瘤。 HCC的发生和进展是一个复杂的过程,与肿瘤微环境(TME)中肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的极化密切相关。 TAM 的极化受到多种信号通路和周围细胞的影响。有证据表明,TAM 通过与 TME 中的其他免疫细胞相互作用,在 HCC 中发挥着至关重要的作用。本综述总结了 TAM 的起源和表型极化、它们对 HCC 的潜在影响以及 HCC 免疫治疗的机制和潜在靶标。版权所有 © 2024 张、韩、顾、陈和吴。
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Frontiers in Immunology
2024

MarcusBauer,AstridMo...
Association of immune evasion in myeloid sarcomas with disease manifestation and patients' survival.
Frontiers in Immunology
髓样肉瘤 (MS) 包括罕见的髓样肿瘤髓外表现,患者预后较差。虽然肿瘤微环境 (TME) 的临床相关性在许多恶性肿瘤中已得到充分证实,但 MS 中的信息有限。人类白细胞抗原 I 类 (HLA-I) 抗原的表达、HLA-I 抗原加工和呈递机制(通过免疫组织化学、多光谱成像和 RNA 测序 (RNAseq) 评估了来自两个独立队列的 45 个 MS 和配对骨髓 (BM) 样本的 APM)成分和 TME 组成。HLA-I 重链的显着下调( HC;67.5%)和 ß2-微球蛋白(ß2M;64.8%),但与 BM 样本相比,MS 中发现 HLA-G 上调,这在公开数据集中得到了证实。此外,与配对的 BM (22.9%) 相比,MS 肿瘤显示主要免疫细胞排除 TME,组织浸润淋巴细胞 (TIL) 数量减少 (9.5%)。对 10 名 HLA-I HC 表达保留和减少的 MS 患者的子集进行 RNAseq 分析,发现有 150 个差异表达基因,并且在保留 HLA-I 表达的样本中发现炎症反应基因的表达显着减少。此外,多发性硬化症病例 TME 中的低 HLA-I 表达和低 TIL 数量与患者的预后较差有关。这项研究表明,免疫逃逸策略在多发性硬化症的发病机制和髓外扩散中普遍存在,这也发现于多发性硬化症的患者中。没有任何 BM 病理学证据的患者,这为开发针对多发性硬化症患者的新型个性化疗法提供了合理性。版权所有 © 2024 Bauer、Monecke、Hackl、Wilfer、Jaekel、Bläker、Al-Ali、Seliger 和 Wickenhauser。
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Molecular Therapy-Nucleic Acids
2024 Sep 10

DongfangWang,DamianK...
Bi-functional CpG-STAT3 decoy oligonucleotide triggers multilineage differentiation of acute myeloid leukemia in mice.
Molecular Therapy-Nucleic Acids
尽管 Toll 样受体 9 (TLR9) 等先天免疫受体高表达,但急性髓系白血病 (AML) 细胞仍能抵抗分化刺激。我们之前证明,使用 TLR9 靶向诱饵寡脱氧核苷酸 (CpG-STAT3d) 靶向信号转导器和转录激活剂 3 (STAT3) 可增加人和小鼠 AML 细胞的免疫原性。在这里,我们阐明了体内 STAT3 抑制/TLR9 激活驱动的 inv(16) AML 重编程的分子机制。在转录水平上,静脉注射 CpG-STAT3d 或白血病靶向 Stat3 沉默和 TLR9 共刺激后从小鼠中分离出的 AML 细胞,显示出类似的骨髓细胞分化(Irf8、Cebpa、Itgam)和抗原呈递(Ciita、 Il12a、B2m) 相关基因,同时减少促进白血病的 Runx1。单细胞转录组学显示,CpG-STAT3d 诱导 AML 细胞多谱系分化为单核细胞/巨噬细胞、成红细胞和 B 细胞亚群。如体内诱导型 Irf8 沉默所示,IRF8 上调对于白血病细胞的单核细胞-巨噬细胞分化至关重要。 TLR9 驱动的 AML 细胞重编程可能是通过下调 STAT3 控制的甲基化调节因子(例如 DNMT1 和 DNMT3)来实现的。事实上,使用阿扎胞苷与单独的 CpG 寡核苷酸组合抑制 DNA 甲基转移酶 (DNMT) 可以模拟 CpG-STAT3d 效应,从而导致 AML 细胞分化、T 细胞激活和系统性白血病消退。这些发现强调了双功能寡核苷酸通过同时抑制 STAT3 和/或 DNMT 释放 TLR9 驱动的白血病细胞分化的免疫治疗潜力。© 2024 作者。
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Arthritis & Rheumatology
2024 Jul 20

XuelanLei,LiQiu,Fang...
[ZIF-8@Pt Nanozyme Used for Scavenging Reactive Oxygen Species in the Treatment of Rheumatoid Arthritis].
Arthritis & Rheumatology
配制一种可清除活性氧(ROS)的铂金属缀合的ZIF-8纳米模拟酶(ZIF-8@Pt),并探索其在治疗类风湿性关节炎(RA)中的潜在应用。ZIF-8@ Pt纳米酶是通过原位还原产生的。然后对纳米酶进行表征并研究其模拟酶的能力。使用RAW264.7细胞进行细胞实验,将其分为三组,包括未处理组(UT)、接受脂多糖(LPS)的阳性对照组(指定为LPS组)和ZIF-8@Pt组。组接受 ZIF-8@Pt 和 LPS 治疗。进行细胞实验以评估 ZIF-8@Pt 通过清除细胞内 ROS 的抗炎特性。另一方面,在大鼠中诱导胶原诱导的关节炎(CIA)模型。与细胞实验中的分组类似,将大鼠分为三组,包括健康对照组(UT组)、膝关节局部注射PBS溶液的阳性对照组,称为对照组、膝关节局部注射ZIF-8@Pt溶液的治疗组,称为ZIF-8@Pt组。通过一般评价、影像学观察、炎症因子评估和病理学评估来评估ZIF-8@Pt对RA的治疗效果。体外实验显示细胞内ROS和LPS诱导的M1型水平存在显着差异。 LPS组和ZIF-8@Pt组之间的巨噬细胞极化(P<0.05)。体内实验显示,炎症因子包括白细胞介素-1β(IL-1β)、C反应蛋白(CRP)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、精氨酸酶-1(Arg)水平存在显着差异。 -1) CIA大鼠膝关节LPS组和ZIF-8@Pt组之间的差异(P<0.05)。比较ZIF-8@Pt组和对照组的结果,病理学评估显示ZIF-8@Pt减少了局部缺氧,抑制了破骨细胞活性、新生血管形成和M1型巨噬细胞极化(P<0.05)。 8@Pt 酶模拟物通过 ROS 清除抑制巨噬细胞炎症极化,从而改善 RA 炎症。此外,ZIF-8@Pt纳米酶改善缺氧环境,抑制血管生成和骨质破坏,对RA具有良好的治疗效果。© 2024《四川大学学报(医学版)》编辑部版权所有Copyright ©2024 Journal of RA杂志编辑部四川大学(医学)。
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