研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Nov 07
ChunboHe,DezhenWang,...
Vitamin B6 competition in the tumor microenvironment hampers antitumor functions of NK cells.
Cellular & Molecular Immunology
营养因素在免疫反应中起着至关重要的作用。已知肿瘤引起的营养缺乏会影响抗肿瘤免疫力。在这里,我们证明胰腺导管腺癌 (PDAC) 细胞可以通过限制维生素 B6 (VB6) 的可及性来抑制 NK 细胞的细胞毒性。 PDAC 细胞主动消耗 VB6 以支持一碳代谢,从而支持肿瘤细胞生长,导致肿瘤微环境中 VB6 缺乏。相比之下,NK 细胞需要 VB6 来分解细胞内糖原,而 VB6 是 NK 细胞激活的关键能源。 VB6 补充与一碳代谢阻断相结合可有效减轻体内肿瘤负荷。我们的研究结果加深了对微量营养素在调节癌症进展和抗肿瘤免疫中关键作用的理解,并为开发针对 PDAC 的新型治疗策略开辟了新途径。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Nov 07
ZhuxuanLi,XueqianZhu...
Alveolar differentiation drives resistance to KRAS inhibition in lung adenocarcinoma.
Cellular & Molecular Immunology
肺腺癌 (LUAD) 通常由 KRAS 突变驱动,占所有癌症死亡率的 7%。第一个等位基因特异性 KRAS 抑制剂最近在 LUAD 中获得批准,但临床益处受到内在和获得性耐药性的限制。 LUAD 主要源自肺泡 2 型 (AT2) 细胞,其通过自我更新和替代肺泡 1 型 (AT1) 细胞发挥兼性肺泡干细胞的作用。使用基因工程小鼠模型、患者来源的异种移植物和患者样本,我们发现 KRAS 的抑制促进 LUAD 肿瘤中向静止 AT1 样癌细胞状态的转变。同样,抑制 Kras 会诱导野生型 AT2 细胞在肺损伤时发生 AT1 分化。 AT1 样 LUAD 细胞在治疗停止后表现出高生长和分化潜力,而 AT1 样细胞的消融则显着改善了对 KRAS 抑制剂的治疗反应。我们的结果揭示了 KRAS 在促进肿瘤内异质性方面的意想不到的作用,并表明针对肺泡分化可能会增强 LUAD 中的 KRAS 靶向治疗。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Nov 04
HirokazuSasaki,Natsu...
Pathogenicity of functionally activated PD-1+CD8+ cells and counterattacks by muscular PD-L1 through IFNγ in myositis.
Cellular & Molecular Immunology
程序性细胞死亡 1 (PD-1) 表达不仅与 T 细胞激活相关,还与细胞耗竭相关。具体而言,PD-1 T 细胞在慢性抗原暴露条件下(例如肿瘤微环境和慢性病毒感染)呈现出耗尽的表型。然而,包括特发性炎症性肌病 (IIM) 在内的慢性自身免疫性疾病中 PD-1 CD8 T 细胞耗竭的免疫状态仍不清楚。我们的目的是阐明 PD-1 CD8 T 细胞和 PD-1 配体 (PD-L1) 在 IIM 中的作用。我们发现,PD-1 细胞浸润到 IIM 和免疫检查点抑制剂相关肌病患者表达 PD-L1 的肌肉中。根据外周血免疫表型分析,活动患者和非活动患者的 PD-1 CD8 细胞比例相当。值得注意的是,活动患者中的 PD-1 CD8 细胞高表达溶细胞分子,表明其激活,而活动患者和非活动患者中的 PD-1-CD8 细胞表达低水平的溶细胞分子。活动期患者部分PD-1 CD8细胞高表达HMG-box转录因子TOX并呈现疲惫表型。在PD-1 CD4 T细胞中,PD-1highCXCR5-CD45RO CD4外周辅助T细胞在活跃患者中增加。 PD-L1缺陷小鼠出现更严重的C蛋白诱导性肌炎(CIM),这是一种多发性肌炎模型,与野生型小鼠相比,表达细胞溶解分子的PD-1 CD8细胞浸润更丰富,表明PD-1 CD8细胞具有致病性以及PD-L1的保护作用。 IFNγ(一种通用的 PD-L1 诱导剂)的缺乏会导致肌肉 PD-L1 表达受损并加剧 CIM,表明 IFNγ 依赖性肌肉 PD-L1 调节。在已建立的肌肉损伤模型中,肌管上的 IFNγ 诱导的 PD-L1 具有保护作用。总之,PD-1 CD8 T 细胞而不是 PD-1-CD8 T 细胞是 IIM 的致病子集。肌肉 PD-L1 受 IFNγ 调节,并在 IIM 中发挥保护特性。版权所有 © 2023 Elsevier Ltd。保留所有权利。
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CANCER RESEARCH
2023 Nov 06
ChuwenLi,HaiyanGuo,P...
Spatial and single-cell transcriptomics reveal a cancer-associated fibroblast subset in HNSCC that restricts infiltration and anti-tumor activity of CD8+ T cells.
CANCER RESEARCH
尽管免疫疗法可以延长一些头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的生存期,但缓解率仍然较低。阐明肿瘤微环境中调节 CD8 T 细胞浸润和功能障碍的关键机制有助于最大限度地发挥免疫疗法治疗 HNSCC 的益处。在这里,我们对具有不同免疫浸润的 HNSCC 标本进行了空间转录组分析,并对五对肿瘤和邻近组织进行了单细胞 RNA 测序,揭示了与 CD8 T 细胞浸润限制和功能障碍相关的特定 CAF 亚群。这些 CAF 表现出 CXCL(CXCL9、CXCL10、CXCL12)和主要组织相容性复合物 I 类 (MHC-I) 的高表达以及半乳糖凝集素 9 (Gal-9) 的富集。 MHC-IhiGal-9 CAF 的比例与 CD8 T 细胞 TCF1 GZMK 子集的丰度呈负相关。 CAF 上的 Gal-9 诱导 CD8 T 细胞功能障碍并降低肿瘤浸润 TCF1 CD8 T 细胞的比例。总的来说,MHC-IhiGal-9 CAF 的鉴定促进了对 CAF 在癌症免疫逃避中精确作用的理解,并为更有效的 HNSCC 免疫治疗铺平了道路。
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BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2023 Sep 22
HajarSaihi,ConradBes...
Automated and reproducible cell identification in mass cytometry using neural networks.
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
质谱流式技术的主要用途是识别不同的细胞类型及其在不同样品和条件下的组成、表型和功能的变化。结合不同研究的数据有可能增强这些发现在免疫学、肿瘤学和感染等不同领域的力量。然而,当前的工具缺乏可扩展、可重复和自动化的方法来整合和研究来自质谱流式细胞术的数据集,这些数据集通常使用异质方法来研究相似的样本。为了解决这些限制,我们提出了两项​​新的进展:(1) 名为Immunopred 的预训练细胞识别模型,无需用户定义的预期细胞类型先验知识即可自动识别免疫细胞;(2) 全自动细胞计数元数据围绕Immunopred 构建的分析管道。我们在包含 270 个独特样本的 6 个 COVID-19 研究数据集上评估了该流程,并发现了 COVID-19 更广泛的免疫环境中新的显着表型变化,而这些变化在单独分析每项研究时并未发现。如果应用广泛,我们的方法将支持在可集成细胞计数数据集的研究领域中发现新的发现。© 作者 2023。由牛津大学出版社出版。
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BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2023 Sep 22
FuyuLi,WenlongMing,W...
FLED: a full-length eccDNA detector for long-reads sequencing data.
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
鉴于 eccDNA 与其相应的线性 DNA 的相似性,从短测序读数中重建染色体外环状 DNA (eccDNA) 的全长序列已被证明具有挑战性。之前的测序方法无法实现全长eccDNA的高通量检测。在此,我们开发了一种称为全长eccDNA检测(FLED)的新算法,基于滚环扩增和纳米孔长读长测序技术相结合的策略来重建eccDNA序列。通过 FLED 分析了 7 个人类上皮细胞和癌细胞系样本,每个样本鉴定了超过 5000 个全长 eccDNA。鉴定出的 eccDNA 的结构通过聚合酶链式反应 (PCR) 和桑格测序进行了验证。与其他已发表的基于纳米孔的 eccDNA 检测器相比,FLED 表现出更高的灵敏度。在癌细胞系中,与eccDNA区域重叠的基因在癌症相关通路中富集,并且可以在eccDNA分子上完整基因的上游或下游预测顺式调控元件,并且这些癌症相关基因的表达失调肿瘤细胞系,表明 eccDNA 在生物过程中的调节效力。该方法利用纳米孔长读长,能够无偏重建全长 eccDNA 序列。 FLED 使用 Python3 实现,可在 GitHub (https://github.com/FuyuLi/FLED) 上免费获取。© 作者 2023。由牛津大学出版社出版。版权所有。如需权限,请发送电子邮件至:journals.permissions@oup.com。
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Brain Structure & Function
2023 Nov 06
François-ClémentBida...
Overall Survival With Circulating Tumor Cell Count-Driven Choice of Therapy in Advanced Breast Cancer: A Randomized Trial.
Brain Structure & Function
临床试验经常包括在不同时间成熟的多个终点。当关键计划的联合主要或次要分析尚未可用时,通常基于主要终点的初始报告可能会发布。临床试验更新提供了传播在 JCO 或其他地方发表的研究的更多结果的机会,这些研究的主要终点已经报告。 在激素受体阳性、人表皮生长因子受体 2 阴性的晚期乳腺癌患者中, STIC CTC 试验表明,在内分泌治疗 (ET) 或化疗之间进行选择时,循环肿瘤细胞 (CTC) 计数的使用在无进展生存期方面并不劣于研究者的选择。在这里,我们报告总体生存 (OS) 结果,这是次要终点。患者以 1:1 的比例随机分配,由研究人员或 CTC 计数决定一线治疗(ET 或化疗)(如果 CTC ≥ 5 个/7.5 mL,则化疗;如果 CTC 计数低,则进行 ET;CellSearch)。在随访终止时评估 OS。经过中位随访 4.7 年,755 名患者中有 382 人死亡(50.6%)。 CTC 组的中位 OS 为 51.3 个月(95% CI,46.8 至 55.1),标准组为 45.5 个月(95% CI,40.9 至 51.1)(死亡风险比 [HR],0.85;95% CI,0.69)至 1.03;P = .11)。在临床医生推荐接受 ET 且 CTC 计数较高的 189 名患者 (25.0%) 中,化疗优于 ET(死亡 HR,0.53;95% CI,0.36 至 0.78;P = 0.001)。如果估计值不一致,OS 数据可证明 CTC 计数的临床实用性。
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Brain Structure & Function
2023 Nov 06
MichaelIv,LewisNaya,...
Tumor treating fields increases blood-brain barrier permeability and relative cerebral blood volume in patients with glioblastoma.
Brain Structure & Function
200 kHz 肿瘤治疗场 (TTFields) 已获得临床批准用于新诊断的胶质母细胞瘤 (nGBM)。由于其对传统监测 MRI 脑部扫描的影响是模棱两可的,因此我们研究了其对灌注 MRI (pMRI) 脑部扫描的影响。每位患者均接受机构标准 pMRI:动态对比增强 (DCE) 和动态磁敏感对比 (DSC) pMRI 三次要点:基线、2 个月和 6 个月辅助治疗。在每个时间点,评估 T1 前与对比后肿瘤体积 (ΔT1) 之间的差异以及这些 pMRI 指标:归一化和标准化相对脑血容量 (nRCBV、sRCBV);血浆体积分数 (Vp)、每单位组织体积的血管外细胞外空间 (EES) 体积 (Ve)、血脑屏障 (BBB) 渗透性 (Ktrans) 以及钆从 EES 回流到血管系统的时间常数 (Kep) )。使用秩和分析进行组间比较,并通过自举法评估结果的可能再现性。在 13 个 pMRI 数据集(11 个 nGBM,2 个复发性 GBM)中,疗法包括仅替莫唑胺 (n = 9) 和替莫唑胺 TTFields (n = 4).患者或肿瘤特征没有发现显着差异。与仅使用替莫唑胺相比,替莫唑胺 TTFields 并未显着影响 pMRI 指标从基线到 2 个月的百分比变化。但在 2 至 6 个月期间,替莫唑胺 TTFields 显着增加了 nRCBV(26.9% [四分位距 55.1%] 与 -39.1% [37.0%],p = 0.049)、sRCBV(9.5% [39.7])的百分比变化%] vs -30.5% [39.4%],p = 0.049),Ktrans ( 54.6% [1768.4%] vs -26.9% [61.2%],p = 0.024),Ve ( 111.0% [518.1%] vs -13.0% [22.5%],p = 0.048)和 Vp(98.8% [2172.4%] vs -24.6% [53.3%],p = 0.024)与仅使用替莫唑胺相比。使用 pMRI,我们提供了预-关于 TTFields 对 GBM 肿瘤血容量和 BBB 通透性影响的临床研究。
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BLOOD
2023 Nov 06
LachelleDWeeks,Benja...
Causes and Consequences of Clonal Hematopoiesis.
BLOOD
克隆造血 (CH) 描述了造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 的扩增克隆对血细胞生成的巨大贡献。 CH 的患病率随着年龄的增长而急剧增加。 CH 可能是由单个基因的体细胞突变或较大染色体片段的获得和/或丢失引起的。 CH 是癌前状态; CH 中检测到的体细胞突变是血液系统恶性肿瘤的起始突变,CH 是血癌发生的有力预测因子。此外,CH 与非恶性疾病和总体死亡率增加有关。驱动 HSPC 克隆扩增的体细胞突变可以改变终末分化血细胞的功能,包括释放升高水平的炎症细胞因子。这些细胞因子可能会导致广泛的炎症性疾病,这些疾病的患病率随着年龄的增长而增加。检测外周血中的特定体细胞突变,与血细胞计数参数相结合,可以有力地预测血液恶性肿瘤的发展和总体死亡率。在这篇综述中,我们总结了目前对 CH 疾病分类学和起源的理解。我们概述了可用于风险分层的工具,并讨论了使用 CH 前往血液学诊所就诊的患者的管理策略。版权所有 © 2023 美国血液学会。
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023 Nov 06
YiheWu,XiaoyuRen,Pen...
Regulation of mitochondrial structure by the actin cytoskeleton.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
线粒体是细胞的动力源,在细胞代谢、增殖和程序性细胞死亡等多种细胞过程中发挥着重要作用。线粒体是双膜细胞器,内膜向内折叠形成嵴。线粒体网络经历动态裂变和融合。线粒体结构的失调与线粒体膜电位扰动和代谢紊乱有关,这在肿瘤发生、神经退行性疾病等中得到了证明。肌动蛋白及其马达肌球蛋白长期以来一直被认为能产生机械力并参与短距离货物运输。从生物化学和活细胞/电子显微镜成像中积累的知识已经证明了肌动蛋白丝在裂变过程中预收缩线粒体中的作用。最近的研究表明肌球蛋白参与嵴维持和线粒体质量控制。在这里,我们回顾了当前的研究结果,并讨论了嵴形成、线粒体动力学、细胞内运输和有丝分裂等细胞骨架调节新兴领域的未来方向,重点关注肌动蛋白细胞骨架及其运动蛋白。© 2023 Wiley periodicals LLC。
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