人类大脑类器官 (CO) 是自组织三维 (3D) 神经结构，为研究不同神经事件背后的细胞和分子过程提供了人类特有的平台。人类多能干细胞 (hPSC) 产生 CO 的第一步是神经诱导，这是神经外胚层发育的体外模拟。在神经外胚层发育过程中，多种信号通路相互配合，hPSC 向神经细胞谱系的体外分化也受到它们的影响。在这项研究中，我们考虑了细胞培养基成分中这些可变信号线索的一些已知来源，并试图通过应用小分子和生长因子的综合组合来产生二氧化碳来调节其影响。组织学分析表明，这些 CO 再现了神经祖细胞区和早期皮质层组织，包含不同类型的神经元和神经胶质细胞，这与单核转录组分析结果一致。此外，膜片钳和细胞内 Ca2+ 动态研究表明，CO 具有功能性神经网络的作用。因此，该方法可作为生成 hPSC 衍生 CO 的简便方案，忠实地模仿发育中的人脑体内对应物的特征。另请参见图 1(图 1)。版权所有 © 2023 Simorgh 等人。

活性氧 (ROS) 的产生和积累增加会导致各种健康问题，包括代谢问题、癌症和神经系统疾病。我们的身体通过 SOD、CAT 和 GPx 等生物抗氧化剂来抵消 ROS，这有助于防止细胞损伤。然而，如果活性氧和这些抗氧化剂之间存在不平衡，就会导致氧化应激。这可能会导致分子水平上的遗传和表观遗传变化。这篇综述深入探讨了 ROS 如何在氧化应激引起的疾病中发挥作用。我们还研究用于研究 ROS 途径的动物模型。这项研究提供了对机制、病理学、表观遗传变化和动物模型的见解，以协助药物开发和疾病理解。版权所有 © 2023 Afzal、Abdul Manap、Attiq、Albokhadaim、Kandeel 和 Alhojaily。

先前的研究发现，酮体的主要成分β-羟基丁酸（BHB）作为饥饿期间的备用能量来源具有重要的生理意义，或者在胰岛素缺乏时诱发糖尿病酮症酸中毒。生酮饮食（KD）作为代谢疗法已有一百多年的历史，众所周知，酮体和 BHB 不仅可以作为葡萄糖的辅助燃料替代品，还可以通过诱导抗氧化、抗炎和心脏保护功能。与多种靶蛋白结合，包括组蛋白脱乙酰酶 (HDAC) 或 G 蛋白偶联受体 (GPCR)。表观遗传学的最新进展，特别是新型组蛋白翻译后修饰（HPTMs），不断更新了我们对BHB的认识，BHB也作为信号转导分子和修饰底物，调控组蛋白乙酰化、组蛋白β等一系列表观遗传现象。 -羟基丁酰化、组蛋白甲基化、DNA 甲基化和 microRNA。这些表观遗传事件在不改变DNA结构的情况下改变基因的活性，并进一步参与相关疾病的发病机制。本综述重点介绍了BHB的代谢过程以及BHB介导的表观遗传学在心血管疾病、糖尿病及糖尿病并发症、神经精神疾病、癌症、骨质疏松、肝肾损伤、胚胎和胎儿发育以及肠道稳态等方面的代谢过程，并讨论了潜在的分子机制。 、药物靶点和应用前景。© 2023 作者。由爱思唯尔有限公司出版

免疫细胞发育功能障碍往往会损害免疫稳态，从而引起多种人类疾病。越来越多的证据表明，造血干细胞发育成不同的免疫细胞是通过不同的表观遗传机制进行高度微调的，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑和RNA相关调控。了解表观遗传调节因子如何调节免疫细胞的正常发育有助于识别各种疾病的新策略。在这里，我们回顾了最近的进展，表明表观遗传调节可以通过对关键基因表达的影响来协调免疫细胞的发育和功能。我们还讨论了影响肿瘤进展的免疫细胞表观遗传调节的畸变，以及影响表观遗传药物在临床中干扰肿瘤进展的潜在机制的事实。©作者。

牙周炎是一种高度流行的慢性炎症性疾病，宿主免疫反应过度，导致牙周组织破坏和潜在的牙齿脱落。长非编码 RNA LncR-ANRIL 位于人类染色体 9p21 上，被认为是多种疾病的遗传风险因素，包括动脉粥样硬化、牙周炎、糖尿病和癌症。 LncR-APDC 是位于小鼠基因组 chr4 上的 ANRIL 的直系同源物。本研究旨在了解 lncR-APDC 在牙周炎进展中的调节作用。我们的实验结果是从诱发实验性牙周炎 (EP) 的 lncR-APDC 基因敲除 (KO) 小鼠中获得的，结果表明骨质流失加剧并破坏了促炎细胞因子的调节。从 lncR-APDC-KO 小鼠中采集的骨髓干细胞中发生成骨分化下调。此外，牙周炎牙龈组织的单细胞 RNA 测序显示，由于 lncR-APDC 沉默，免疫细胞（包括 T 细胞和 B 细胞、巨噬细胞和中性粒细胞）的比例和功能发生了变化。我们的研究结果还揭示了先前未识别的上皮细胞亚群，该亚群在 lncR-APDC-KO 组中独特存在。该上皮亚群的特征是 Krt8 和 Krt18 的阳性表达，通过各种配体-受体对与免疫细胞相互作用。 Tff2 的表达现在因其在慢性炎症条件下的作用而得到认可，在 lncR-APDC 缺陷小鼠的各种组织和细胞类型中表现出显着增加。此外，我们的研究揭示了 lncR-APDC 和 Tff2 之间直接结合相互作用的潜力。在 EP 模型中，牙龈内施用 AAV9-lncR-APDC 具有治疗效果。总之，我们的结果表明lncR-APDC在牙周病的进展中发挥着关键作用，并具有治疗牙周炎的潜力。此外，lncR-APDC沉默的EP模型中独特的上皮亚群的存在和显着升高的Tff2水平为牙周炎发病机制的表观遗传调控提供了新的视角。©作者。

科学家们使用多梳蛋白的药理学抑制剂来恢复肿瘤抑制基因的表达并阻止癌症增殖和侵袭。这种方法的一个主要限制是关键转录激活因子，例如 TP53 和 BAF SWI/SNF，在癌症中经常发生突变。多梳靶向疗法在实体癌（包括三阴性乳腺癌（TNBC））中的临床效果不佳，可能会阻碍表观遗传单一疗法的进一步发展。在这里，我们使用合成读取器驱动器 (SRA) 进行表观基因组驱动，该合成器驱动器结合多梳染色质中的三甲基化组蛋白 H3 赖氨酸 27 并调节核心转录激活子。在表达 SRA 的 TNBC BT-549 细胞中，122 个基因上调 ≥2 倍，包括与细胞死亡、细胞周期停滞和迁移抑制有关的基因。表达 SRA 的球体在基质胶中显示尺寸减小且侵袭丧失。因此，将招募调节因子的介体靶向沉默的染色质可以激活肿瘤抑制因子并刺激抗癌表型，并且进一步开发强大的基因调节因子可能使 TNBC 患者受益。版权所有 2023，Mary Ann Liebert, Inc.，出版商。

某些称为肿瘤病毒或肿瘤病毒的病毒能够改变组织培养中不同人类或动物细胞类型的基因表达模式，导致不受控制的增殖以及受感染细胞的社会行为的变化：肿瘤病毒转化后，永生化。细胞能够在合适的动物模型中形成恶性肿瘤。目前，有七种人类病毒被归类为不同人类恶性肿瘤的病原体。人类肿瘤病毒的基因组通常编码病毒癌蛋白和非翻译病毒RNA，其影响其靶细胞的基因表达模式或诱导导致肿瘤发生的遗传和表观遗传改变。最近，染色质构象捕获技术和三维（3D）分子成像技术的应用揭示了某些人类肿瘤病毒的基因产物或基因组如何与3D宿主基因组结构相互作用并诱导其改变。本迷你评论旨在涵盖这些发展的选定方面。这些论文进行了简要讨论，描述了如何将 3D 基因组组织者细胞蛋白 CCCTC 结合因子 (CTCF) 的新型病毒结合位点插入到被人类 T 细胞嗜淋巴细胞病毒 1 型 (HTLV-1) 感染的 T 细胞的 DNA 中可能有助于淋巴瘤的发生，以及高风险人乳头瘤病毒基因组整合到宿主细胞 DNA 中如何促进宫颈癌的发生。关于细胞基因组与致癌人类疱疹病毒、EB 病毒 (EBV) 的游离染色质 DNA 基因组相互作用的最新结果也将进行总结，类似于关于游离或整合乙型肝炎病毒 (HBV) DNA 形成的接触的现有数据与宿主染色质。最后，将提出丙型肝炎病毒 (HCV) 诱导染色质改变的假定机制，这可能会解决这个谜题：没有病毒癌基因的细胞质 RNA 病毒如何诱导肝细胞恶性转化。版权所有 © 2023 Minarovits。

越来越多的证据强化了 RNA 修饰在发育和疾病中的重要功能，尤其是在神经系统中。 RNA修饰影响大脑中的各种过程，包括神经发育、神经发生、神经可塑性、学习和记忆、神经再生、神经变性和脑肿瘤发生，从而导致了一个称为神经表观转录组学的新领域的出现。调节RNA修饰的机制的缺陷与一系列脑部疾病有关，从小头畸形、智力障碍、癫痫发作、精神疾病到胶质母细胞瘤等脑癌。首届 NSAS 脑表观转录组学挑战研讨会于 2023 年在瑞士克莱恩蒙塔纳举办，聚集了该领域的专家小组，讨论该领域的现状并提供新颖的转化视角。这里提供了研讨会讨论的摘要，以模拟一般神经科学领域更广泛的参与。版权所有 © 2023 Lee, Koo, Carré, Fischer, He, Kumar, Liu, Meyer, Ming, Peng, Roignant, Storkebaum, Sun, De Pietri Tonelli、Wang、Weng、Pulvirenti、Shi、Yoon 和 Song。

最近的全基因组分析揭示了体细胞造血干细胞突变随着衰老而积累。克隆扩增，称为不确定潜能克隆造血 (CHIP)，是血液癌的一种癌前状态。它被定义为缺乏血液肿瘤的明确形态学证据并且外周血中出现≥2%的突变等位基因分数。在 CHIP 中，最常见突变的基因是表观遗传调节因子，例如 DNMT3A、TET2 和 ASXL1。 CHIP 会诱发炎症。研究表明，CHIP 不仅与血液恶性肿瘤有关，还与动脉粥样硬化、心血管疾病和慢性肝病等非恶性疾病有关。此外，最近的几项大型临床试验表明，CHIP也是发展为慢性肾脏病（CKD）的危险因素。在这篇综述文章中，我们根据最近的基础和临床研究提出了有关 CHIP 和 CHIP 相关肾脏疾病的新发现。 CHIP 中肾损伤的可能机制被认为是由于骨髓细胞和淋巴细胞系的克隆扩张所致。在骨髓细胞系中，突变的巨噬细胞增加炎症细胞因子水平并诱导慢性炎症。它导致肾脏和巨噬细胞 klotho 水平的表观遗传下调。在淋巴细胞系中，CHIP 可能与肾意义单克隆丙种球蛋白病 (MGRS) 相关。它描述了任何不符合癌症标准但产生肾毒性单克隆免疫球蛋白、导致肾损伤或疾病的 B 细胞或浆细胞克隆性疾病。 MGRS 会导致老年 CKD 患者中常见的 M 蛋白相关肾病。在管理老年 CKD 患者时，考虑血液系统恶性肿瘤、心血管疾病和代谢紊乱等 CHIP 相关并发症非常重要。目前尚无针对 CHIP 和 CHIP 相关 CKD 的既定疗法。然而，最近的研究支持开发有效的 CHIP 疗法，例如阻止异常 HSC 的扩增和抑制慢性炎症。此外，针对肾脏和巨噬细胞中 Klotho 表观遗传调控的药物可能是肾脏中 CHIP 的治疗靶点。版权所有 © 2023 Ogura 和 Mimura。

肝血管肉瘤是一种罕见的、高度侵袭性的肝脏恶性肿瘤。肝血管肉瘤的肿瘤发生在病因学和分子特性方面的研究相对较少。最近发表在《病理学杂志》上的一项研究揭示了肝血管肉瘤发病率与慢性肾病之间存在密切关联，特别是在终末期肾病中，该研究使用了台湾国家健康保险研究数据库和机构队列的人群数据。该研究还揭示了马兜铃酸暴露的突变特征的丰富，并且是首次报道在人类肉瘤中观察到这种突变特征。 © 2023 大不列颠及爱尔兰病理学会。© 2023 大不列颠及爱尔兰病理学会。