研究动态
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Immunity & Ageing
2023 Nov 03
LipingMa,QingweiMa,Q...
N7-methylguanosine-related miRNAs predict hepatocellular carcinoma prognosis and immune therapy.
Immunity & Ageing
N7-甲基鸟苷 (m7G) 修饰与许多肿瘤的发展密切相关。然而,目前尚未研究m7G相关miRNA(m7G-miRNA)是否是肝细胞癌(HCC)的预后指标。因此,本研究旨在建立预测性 m7G-miRNA 特征,以实现有效的 HCC 预后,并阐明肿瘤微环境中相关的免疫细胞浸润 (ICI) 和功能。从癌症基因组图谱数据库中获取了 375 个 HCC 和 50 个健康组织样本的 RNA 测序和临床数据。 m7G-miRNA 调节子甲基转移酶样 1 和 WD 重复结构域 4 是从 TargetScan 数据库获取的。对鉴定出的 63 个差异表达 m7G-miRNA 进行单变量 Cox 回归分析。鉴定出由 7 个 miRNA 组成的预后特征。根据风险评分,HCC 患者被分为高风险 (HR) 和低风险 (LR) 队列。 Kaplan-Meier 检验显示,HR HCC 患者的生存率低于 LR 队列 (p < 0.001)。 1年、3年和5年总生存率的受试者工作特征曲线下面积分别为0.706、0.695和0.715。性别、风险评分、年龄和分期列线图表明了 HCC 患者的总体生存率。此外,还表明HR和LR患者存在不同程度的ICI和免疫功能。通路富集分析揭示了几种免疫相关通路与风险模型的关联。总之,所建立的特征具有很大的预后价值,可以作为 HCC 个体的新免疫治疗靶点。
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Immunity & Ageing
2023 Nov 02
YonghuangTan,Zhaoton...
Multi-omics analysis reveals PUS1 triggered malignancy and correlated with immune infiltrates in NSCLC.
Immunity & Ageing
非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌的主要病理类型。在这项研究中,多组学分析显示 NSCLC 中假尿苷合酶 1 (PUS1) 显着增加,并且 PUS1 的高表达与较短的 OS(总生存期)、PFS(无进展生存期)和 PPS(进展后生存期)相关)非小细胞肺癌(NSCLC)患者。临床亚组分析显示PUS1可能参与NSCLC的发生、发展。此外,TIMER、ESTIMATE和IPS分析提示PUS1表达与免疫细胞浸润相关,且PUS1表达与DC细胞浸润呈显着负相关。 GESA分析还表明,PUS1可能参与DNA_REPAIR、E2F_TARGETS、MYC_TARGETS_V2、G2M_CHECKPOINT和MYC_TARGETS_V1通路,并通过MCM5或XPO1触发NSCLC恶性肿瘤。此外,PUS1可能是NSCLC治疗的潜在靶点。
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Bone & Joint Journal
2023 Nov 02
LihuaGuan,WeiSu,Jian...
M-protein detection by mass spectrometry for minimal residual disease in multiple myeloma.
Bone & Joint Journal
多发性骨髓瘤 (MM) 的特点是单克隆免疫球蛋白(M 蛋白)的过量产生。用于评估预后的M蛋白常规筛查方法无法检测残留肿瘤细胞产生的低水平M蛋白,即微小残留病(MRD)。 MRD 的评估可以通过检查骨髓中残留的肿瘤细胞或循环 M 蛋白来进行。质谱技术的进步使得低丰度血清生物标志物的可靠且高度灵敏的检测成为可能,使其成为一种可行且侵入性显着降低的方法。质谱可以实现MRD的动态监测并鉴定治疗性单克隆抗体以及寡克隆蛋白。在这篇综述中,我们总结了 M 蛋白检测中的质谱方法及其在 MM 中 MRD 检测的应用。版权所有 © 2023。由 Elsevier B.V 出版。
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Bone & Joint Journal
2023 Nov 02
JoshuaELewis,LeeADCo...
Automated Deep Learning-Based Diagnosis and Molecular Characterization of Acute Myeloid Leukemia using Flow Cytometry.
Bone & Joint Journal
目前用于诊断急性髓系白血病 (AML) 的血液和骨髓样本的流式细胞术分析在很大程度上依赖于处理和分析步骤中的人工干预,这给结果诊断带来了很大的主观性,并且需要训练有素的人员。此外,通过细胞遗传学和靶向测序同时进行分子表征可能需要数天时间,从而延误患者的诊断和治疗。基于注意力的多实例学习模型(ABMILM)是深度学习模型,它可以做出准确的预测并生成有关单个事件/细胞样本分类的可解释的见解;然而,这些模型尚未应用于流式细胞术数据。在这项研究中,我们开发了一个使用 ABMILM 的计算管道,用于仅基于流式细胞术数据自动诊断 AML 病例。对 1,820 个流式细胞术样本的分析表明,该管道可以准确诊断急性白血病 [AUROC 0.961],并准确地区分 AML 与 B 和 T 淋巴细胞白血病 [AUROC 0.965]。用于预测 AML 中 9 种细胞遗传学异常和 32 种致病变异的模型提供了准确的预测,特别是对于 t(15;17)(PML::RARA) [AUROC 0.929]、t(8;21)(RUNX1::RUNX1T1) [AUROC 0.814] 和 NPM1 变体 [AUROC 0.807]。最后,我们展示了这些模型如何生成可解释的见解,了解哪些流式细胞术事件和标记物提供最佳的诊断效用,为血液病理学家提供数据可视化工具以改进数据解释,以及流式细胞术标记物表达与细胞遗传学/分子之间的新颖生物学关联AML 的变体。我们的研究首次说明了使用基于深度学习的流式细胞术数据分析进行自动化 AML 诊断和分子表征的可行性。版权所有 © 2023。由 Elsevier Inc. 出版。
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Protein & Cell
2023 Nov 02
XuyangWang,LaibangLu...
CENPB promotes the proliferation of hepatocellular carcinoma and is directly regulated by miR-29a.
Protein & Cell
肝细胞癌(HCC)是一个重要的全球健康问题,因为它是第六大常见恶性肿瘤和癌症相关死亡的第三大原因。在本研究中,我们使用 TCGA 和 GEO 数据集分析了 HCC 中着丝粒蛋白 B (CENPB) mRNA 的表达。采用免疫组织化学 (IHC) 测定 490 名 HCC 患者的 CENPB 蛋白水平。我们的研究结果显示,三个数据集中 HCC 组织中 CENPB mRNA 的表达较高。此外,随着病理分期和组织学分级的进展,CENPB表达增加。 CENPB mRNA 和蛋白质水平升高的患者表现出较短的总生存期 (OS) 和无复发生存期 (OS)。值得注意的是,CENPB 蛋白对 I/II 期、AFP 水平低于 400 ng/ml、肿瘤大小小于 5 cm 的患者显示出预后价值。通过对 490 名 HCC 患者进行多元回归分析,我们开发了列线图来预测 1 年、3 年和 5 年 OS 和 RFS。 Hep3B 和 MHCC97 细胞系中 CENPB 的敲低导致细胞增殖和侵袭的显着抑制。此外,生物信息学分析确定 miR-29a 是 CENPB 表达的潜在负调节因子,并通过双荧光素酶报告基因测定进行了验证。总之,我们的研究结果表明 CENPB 可能作为 HCC 的致癌因子,并受 miR-29a 直接调节,凸显了其作为有前景的治疗靶点的潜力。
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Protein & Cell
2023 Oct 21
SusanaRodrigues,Migu...
Clear cell carcinoma of the ovary: Clues for radiologists to perform a correct diagnosis.
Protein & Cell
卵巢透明细胞癌 (OCCC) 是一种罕见的高级别原发性上皮性卵巢癌,约占所有卵巢恶性肿瘤的 10-12%。它与子宫内膜异位症有很强的相关性。 OCCC 在晚期诊断时具有侵袭性生物学行为,卵巢 OCCC 的治疗策略与其他卵巢癌有所不同。因此,这些肿瘤的早期诊断极其重要。由于一些卵巢肿瘤亚型具有显着特征,因此可以根据其影像学特征进行区分,这可以指导患者管理并帮助临床医生和病理学家进行诊断。卵巢一侧的大肿块大多为囊性,伴有局灶性或多灶性不规则偏心生长的实性壁结节或突出到囊性空​​间的突起,可能提示卵巢透明细胞癌的诊断。实性结节通常在 T2 加权图像上具有中间信号。囊性成分可以是单房或多房的,内容物可能含有蛋白质或血液。 CT扫描仍然是术前分期和术后再分期的首选方法,放射科医生对于识别此类肿瘤至关重要。我们回顾了手术证实的透明细胞癌患者的影像学档案,我们的发现与之前的研究一致。本文旨在对 OCCC 的放射学和临床病理特征进行全面修订,帮助放射科医生识别 OCCC 并缩小鉴别诊断的可能性。版权所有 © 2023。由 Elsevier Inc. 出版。
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Cell Reports
2023 Nov 03
XianjueMa
Q&A with Xianjue Ma.
Cell Reports
我们在 Cell Reports 与马先觉讨论了他在肿瘤进展机制方面的工作,特别是他的实验室最近在肿瘤抑制细胞竞争方面的工作。版权所有 © 2023。
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Cell Reports
2023 Nov 02
MariaQuintero,ErdemB...
Disruptions in cell fate decisions and transformed enteroendocrine cells drive intestinal tumorigenesis in Drosophila.
Cell Reports
大多数上皮组织由干细胞维持,干细胞产生正常组织功能所需的不同细胞谱系。不同细胞类型之间的持续沟通确保了干细胞行为和细胞命运决定的精确调节。这些细胞与细胞的相互作用在肿瘤发生过程中经常被破坏,但人们对它们在不同遗传背景下共同支持肿瘤生长的机制知之甚少。在这里,我们介绍了PromoterSwitch,这是一个我们建立的遗传平台,用于产生来自个体成年果蝇肠干/祖细胞的大型转化克隆。我们表明,代表常见结肠肿瘤基因组景观的癌症驱动基因改变破坏了转化组织​​内的细胞命运决定,并导致异常细胞命运的出现。我们还表明,转化的肠内分泌细胞(一种分化的激素分泌细胞谱系)通过多种基因型依赖性机制调节肠道干细胞增殖来支持肿瘤生长,这代表了可用于治疗的潜在漏洞。版权所有 © 2023 作者( s)。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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Cell Death & Disease
2023 Nov 04
SaraZehtabcheh,Amir-...
C-Myc inhibition intensified the anti-leukemic properties of Imatinib in chronic myeloid leukemia cells.
Cell Death & Disease
由于其在血液学、细胞遗传学和分子学缓解方面的显着功效,FDA 批准伊马替尼作为新诊断的慢性粒细胞白血病 (CML) 患者的一线治疗药物。然而,在一些患者中,未能彻底根除白血病细胞以及这些细胞免于死亡将导致对伊马替尼产生耐药性,许多人对这种酪氨酸激酶抑制剂(TKI)的前景感到担忧。据文献记载,c-Myc 的代偿性过表达是促进 CML 干细胞药物外流和耐药性的最关键机制之一。为了考察通过使用 10058-F4 增强 c-Myc 抑制的潜力,为了研究伊马替尼的抗白血病特性,我们进行了台盼蓝和 MTT 测定。此外,我们采用流式细胞术分析和qRT-PCR来评估该组合对细胞周期进程和凋亡的影响。我们的研究结果表明,10058-F4和伊马替尼的组合表现出明显更强的抗存活和抗增殖作用。与单独施用任一药物相比,对 CML 衍生的 K562 细胞的影响。值得注意的是,这些结果也在 CML 衍生的 NALM-1 细胞系中得到了验证。对这种协同效应的分子分析表明,c-Myc 的抑制通过调节与细胞周期、细胞凋亡、自噬和蛋白酶体相关的基因的表达来增强伊马替尼的功效。综上所述,本研究的结果表明,抑制通过使用 10058-F4 的 c-Myc 癌蛋白增强了伊马替尼的有效性,表明这种合并可以为 CML 患者的辅助治疗提供新的视角。然而,包括体内检查和临床试验在内的额外审查是必要的。© 2023。作者获得 Springer Nature B.V. 的独家许可。
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Cell Death & Disease
2023 Nov 04
YunusSahin,ZekiyeAlt...
The role of miR-223 in breast cancer; an integrated analysis.
Cell Death & Disease
乳腺癌(BRCA)是女性癌症相关死亡的最常见和主要原因。 MicroRNA (miRNA) 是短的非编码 RNA 片段,在调节基因表达(包括癌症相关通路)中发挥作用。尽管最近的研究已证明miR-223的失调在多种癌症中具有预后价值,但其在BRCA中的诊断和预后作用仍不清楚。使用TCGA数据评估miR-223的表达和预后价值,并通过qRT进行验证-PCR。随后,通过使用三种不同的 miRNA 靶点预测工具和 GEPIA 数据库,鉴定了 miR-223 的潜在致癌靶点。除了这些数据库之外,还使用其他几种生物信息学工具和数据库包括了蛋白质-蛋白质相互作用网络、分子功能、预后价值和 miR-223 靶标的表达水平;生物信息学结果表明,miR-223在BRCA中表达下调,并与患者不良预后相关。体外实验证实,与正常乳腺细胞系 hTERT-HME1 相比,miR-223 在 BRCA 细胞、MCF-7、SK-BR3、MDA-MB-231 和 HCC1500 中显着下调。此外,根据 ANLN、DYNLT1、LRRC59、SLC12A8 和 TPM3 基因在 BRCA 中的表达和预后,这些基因被确定为 miR-223 的潜在致癌靶基因。此外,这些靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络主要富集于动力蛋白中间链结合、细胞分裂、细胞周期过程的调节以及细胞成分生物合成的正向调节。结果表明,miR-223及其靶标ANLN、 DYNLT1、LRRC59、SLC12A8 和 TPM3 可能是 BRCA 患者可靠的潜在预后生物标志物。© 2023。作者获得 Springer Nature B.V. 的独家许可。
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