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NATURE METHODS
2023 Nov 02

MingzeDong,BaoWang,J...
Causal identification of single-cell experimental perturbation effects with CINEMA-OT.
NATURE METHODS
单细胞技术的最新进展允许以单细胞分辨率表征实验扰动。虽然已经开发出分析此类实验的方法,但尚未探索应用严格的因果框架来推断单细胞水平的治疗效果。在这里,我们提出了一种基于因果推理的单细胞扰动分析方法,称为 CINEMA-OT(因果独立效应模块归因最优传输)。 CINEMA-OT 将混杂的变异源与扰动效应分开,以获得反映反事实细胞对的最佳传输匹配。这些细胞对代表因果扰动反应,允许进行许多新颖的分析,例如个体治疗效果分析、反应聚类、归因分析和协同分析。我们在多个模拟和真实数据集的一系列治疗效果估计任务上对 CINEMA-OT 进行了基准测试,并表明它优于其他单细胞扰动分析方法。最后,我们对两个新生成的数据集进行 CINEMA-OT 分析:(1)鼻病毒和香烟烟雾暴露的气道类器官,以及(2)免疫细胞的组合细胞因子刺激。在这些实验中,CINEMA-OT 揭示了香烟烟雾暴露减弱气道抗病毒反应的潜在机制,以及控制趋化因子分泌和外周免疫细胞招募的逻辑。© 2023。作者。
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NATURE IMMUNOLOGY
2023 Nov 02

LiZhou,DongxiaoWu,Ya...
Tumor cell-released kynurenine biases MEP differentiation into megakaryocytes in individuals with cancer by activating AhR-RUNX1.
NATURE IMMUNOLOGY
肿瘤衍生因子被认为可以调节癌症患者的血小板增多症和红细胞减少症。然而,这些因素尚未确定。在这里,我们发现肿瘤细胞释放的犬尿氨酸(Kyn)通过激活芳基烃受体-Runt相关转录因子1(AhR-RUNX1)轴,使癌症个体的巨核细胞-红系祖细胞(MEP)分化为巨核细胞。在肿瘤生长过程中,肿瘤细胞中的大量 Kyn 被释放到外周,在那里它们被 MEP 通过转运蛋白 SLC7A8 吸收。在细胞质中,Kyn 结合并激活 AhR,导致其易位到细胞核中,AhR 反式激活 RUNX1,从而调节 MEP 分化为巨核细胞。此外,激活的 AhR 上调 MEP 中的 SLC7A8,从而诱导正反馈。重要的是,Kyn-AhR-RUNX1 调节的 MEP 分化在人源化小鼠和癌症个体中得到证实,为预防血小板增多症和红细胞减少症提供了潜在策略。© 2023。作者。
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MARINE POLLUTION BULLETIN
2023 Oct 31

VSathish,AChandrasek...
Geochemical contamination of heavy metals and health risk assessment of coastal sediments along the North Chennai to Pondicherry, India using total reflection X-ray fluorescence spectroscopy (TXRF).
MARINE POLLUTION BULLETIN
目前的工作旨在使用全反射 X 射线荧光光谱 (TXRF) 评估从泰米尔纳德邦北金奈到本地治里沿海地区收集的 21 个沉积物样品中重金属 (HM) 的污染和人类健康风险。计算富集因子(EF)、污染因子(CF)和地累积指数(Igeo)来估计沉积物污染。 HMs 的平均浓度(mg kg-1 干重)为:Al (4305.12)、V (25.77)、Cr (15.08)、Mn (83.39)、Fe (4539.77)、Ni (2.89)、Cu (2.67)、锌 (9.46)、砷 (2.81)、汞 (0.05) 和铅 (0.92)。 EF结果表明Al、Ni和Pb没有富集,V中度富集,As和Hg重度富集。根据 Igeo,所有沉积物样品均未受到重金属污染(砷和汞除外)。根据终生癌症总风险 (LCR),致癌的 Cr、As 和 Pb 不会对研究区域的人们造成重大健康风险。版权所有 © 2023 Elsevier Ltd。保留所有权利。
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LUNG CANCER
2023 Oct 29

SaraManglaviti,Marta...
High bone tumor burden to identify advanced non-small cell lung cancer patients with survival benefit upon bone targeted agents and immune checkpoint inhibitors.
LUNG CANCER
骨靶向药物(BTA),如地诺塞麦(DN)和唑来膦酸(ZA),历来可降低骨转移(BM)癌症患者骨骼相关事件的风险,但生存结果没有改善。在免疫治疗时代,BM 与免疫检查点抑制剂 (ICI) 的不良预后相关。目前,骨肿瘤负荷对接受 ICI 治疗的晚期非小细胞肺癌 (aNSCLC) 患者的 BTA 生存的影响仍不清楚。来自接受 ICI 治疗的 BM 的 aNSCLC 患者的数据 (4/2013-5/2022) 在一项研究中机构进行回顾性收集。 BTA-ICI 同步治疗被定义为在 ICI 开始之前或之后 90 天内的任何时间施用 BTA。高骨肿瘤负荷 (HBTB) 定义为 ≥ 3 个 BM 部位。中位 OS (mOS) 使用 Kaplan-Meier 进行估计。 Aikaike 信息标准 (AIC) 用于选择根据临床变量调整的数据分析的最佳模型。在 134 名患者中,51 名 (38%) 接受了 BTA。 mFU 为 39.6 个月 (m) 时,BTA-ICIs 并行治疗对 mOS 没有显着影响 [8.3 m (95% CI 3.9-12.8) 对比 (vs) 6.8 m (95% CI 4.0-9.6) p = 0.36] ;这些结果在对 AIC 选择的临床变量进行调整后得到证实。多变量模型显示 BTA 的使用与 HBTB 或 BM 放射治疗之间存在显着的相互作用。在亚组分析中,只有 HBTB 被证实与显着延长的 mOS [8.3 m (95% CI 2.4-14.2) vs 3.5 m (95% CI 2.9-4.1),p = 0.003] 和 mPFS [3.0 m (95% CI) BTA-ICI 同步治疗时,[1.6-4.4) vs 1.8 m (95% CI 1.6-2.0) p = 0.001],DN-ICI 同步治疗方案观察到最明显的 OS 获益 [15.2 m (95% CI 0.1-30.7) vs 3.5 m (95% CI 2.9-4.1) p = 0.002]。在免疫治疗时代,HBTB 可以识别 BTA 带来生存获益的患者,尤其是 DN-ICI 组合。 HBTB 应作为分层因素纳入即将开展的评估 BTA 和 ICI 组合治疗 aNSCLC 和 BM 患者的试验中。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 保留所有权利。
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LEUKEMIA
2023 Nov 02

SarahWeischendorff,M...
Markers of intestinal mucositis to predict blood stream infections at the onset of fever during treatment for childhood acute leukemia.
LEUKEMIA
尽管化疗引起的肠粘膜炎是血流感染 (BSI) 的主要危险因素,但尚无研究调查粘膜炎的严重程度来预测急性白血病治疗期间发烧时出现的 BSI。这项研究通过测量瓜氨酸(反映肠上皮细胞损失)、再生胰岛衍生蛋白 3α(REG3α,一种肠道抗菌肽)的血浆水平,前瞻性评估了 85 名急性白血病儿童的肠粘膜炎严重程度,这些儿童代表 242 次发热发作(122 次并发中性粒细胞减少症) )和 CCL20(一种粘膜免疫调节趋化因子)以及发烧时的一般中性粒细胞趋化剂 CXCL1 和 CXCL8。 14% 的发热发作和 20% 的中性粒细胞减少性发热发作均记录有 BSI。在年龄、性别、诊断和中性粒细胞计数调整分析中,瓜氨酸水平降低和 REG3α 和 CCL20 水平升高与 BSI 几率增加独立相关(OR = 1.6、1.5 和 1.7 每减半/加倍,所有 p< 0.05 )。此外,较高的 CXCL1 和 CXCL8 水平会增加 BSI 的几率(每倍增 OR = 1.8 和 1.7,所有 p< 0.0001)。与 C 反应蛋白和降钙素原相比,所有三种趋化因子的诊断准确性均有所提高。这些发现强调了肠道完整性受损作为 BSI 主要危险因素的重要性,并表明监测粘膜炎严重程度的客观标记可能有助于预测发烧时的 BSI。© 2023。作者。
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LEUKEMIA
2023 Nov 02

JaniHuuhtanen,ShadyA...
Single-cell analysis of immune recognition in chronic myeloid leukemia patients following tyrosine kinase inhibitor discontinuation.
LEUKEMIA
残留白血病细胞的免疫控制被认为发生在慢性粒细胞白血病 (CML) 患者中,这些患者在酪氨酸激酶抑制剂 (TKI) 停药后仍维持无治疗缓解 (TFR)。为了研究这一点,我们分析了来自 CML 患者 (n = 13,N = 25)、其他癌症 (n = 28) 和健康患者的 55 个单细胞 RNA 和 T 细胞受体 (TCR) 测序样本 (scRNA TCRαβ-seq) (n = 7)。 CML 中自然杀伤 (NK) 细胞数量较多且表型活跃,将其与健康癌症和其他癌症区分开来。 CML 中的大多数 NK 细胞属于活跃的 CD56dim 簇,高表达 GZMA/B、PRF1、CCL3/4 和 IFNG,并通过抑制性 LGALS9-TIM3 和 PVR-TIGIT 相互作用与白血病细胞相互作用。因此,当共培养时,在 CML 靶细胞中观察到 LGALS9 的上调,在 NK 细胞中观察到 TIM3 的上调。此外,我们创建了一个分类器来识别针对白血病相关抗原 PR1 的 TCR,并定量 90 个 CML 和 786 个健康 TCRβ 测序样本中的抗 PR1 T 细胞。抗 PR1 T 细胞在 CML 中更为普遍,在骨髓样本中富集,并在成熟的细胞毒性 CD8 TEMRA 簇中富集,尤其是在维持 TFR 的患者中。我们的结果强调了 NK 细胞和抗 PR1 T 细胞在 CML 抗白血病免疫反应中的作用。© 2023。作者。
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Journal of NeuroInterventional Surgery
2023 Nov 02

MorinBeyeler,ErichRe...
Susceptibility vessel sign, a predictor of long-term outcome in patients with stroke treated with mechanical thrombectomy.
Journal of NeuroInterventional Surgery
接受机械血栓切除术 (MT) 治疗的患者缺乏磁敏感血管征 (SVS) 与 3 个月后不良的放射学和临床结果相关。癌症等潜在疾病被认为会影响 SVS 状态,并可能影响长期结果。我们的目的是评估 SVS 状态作为 MT 治疗患者长期结局的独立预测因子。SVS 状态是在 2010 年至 2018 年间在综合性卒中中心连续接受 MT 治疗的患者中回顾性确定的。长期死亡率和不良预后的预测因子分别使用多变量 Cox 和逻辑回归确定长达 8 年的功能结果(改良 Rankin 量表 (mRS) ≥3)。在纳入的 558 名患者中,13% (n=71) 不存在 SVS,87% (n=71) 存在 SVS。 n=487) 的基线成像。没有 SVS 的患者在中风时更有可能患有活动性癌症 (P=0.003) 和糖尿病 (P<0.001)。中位长期随访时间为 1058 天(IQR 533-1671 天)。在对活动性癌症和糖尿病等进行调整后,缺乏 SVS 与长期死亡率(调整后 HR (aHR) 2.11,95%CI 1.35 至 3.29)和长期功能结果不佳(调整后 OR( aOR) 2.90, 95%CI 1.29 至 6.55)。未接受 SVS 的 MT 治疗患者的长期死亡率较高,长期功能结果较差。看来这种关联不能仅用合并症来解释,需要进一步研究。© 作者(或其雇主)2023。禁止商业重复使用。请参阅权利和权限。英国医学杂志出版。
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JOURNAL OF INORGANIC BIOCHEMISTRY
2023 Oct 24

ChristinaNBanti,Ange...
Mitochondriotropic agents conjugated with NSAIDs through metal ions against breast cancer cells.
JOURNAL OF INORGANIC BIOCHEMISTRY
通过非甾体抗炎药 (NSAID) 水杨酸 (SALH2) 与促线粒体药物三苯基膦的缀合制备了两种式 [Cu(SALH)(TPP)3] 的铜 (I) 多晶型物(1a 和 1b) (TPP)通过金属离子。为了进行比较,制备了同晶型[Ag(SALH)(TPP)3](2)。通过熔点(m.p.)、衰减全反射傅里叶变换红外(ATR-FTIR)光谱、紫外-可见(UV-Vis)光谱和核磁共振(1H NMR)对缀合物1a、1b和2进行表征。 1a、1b和2的晶体结构通过X射线衍射晶体学(XRD)证实。通过 UV、荧光、粘度和 DNA 热变性研究研究了 1-2 对 CT(小牛胸腺)-DNA 的离体结合亲和力。测定了它们对脂氧合酶(LOX)(一种主要位于线粒体中的酶)的抑制活性。针对人乳腺癌细胞系 MCF-7(激素依赖性(HD))和 MDA-MB 281(激素非依赖性(HI))细胞评估了 1-2 的体外活性。化合物1-2对癌细胞的抑制作用强于顺铂。通过 MCF-7 细胞形态怀疑 1-2 的分子作用机制,并通过 DNA 片段化、吖啶橙/溴化乙锭 (AO/EB) 染色和线粒体膜透化测试证实。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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J Enzym Inhib Med Ch
2023 Dec

SachinSharma,KavyaCh...
Flavone-based dual PARP-Tubulin inhibitor manifesting efficacy against endometrial cancer.
J Enzym Inhib Med Ch
本研究尝试通过有机钯催化的 C-C 键形成对黄酮框架(位置 7)进行结构调整。还评估了具有不同电子效应的取代基(苯环,苯并吡喃支架的2位)对抗肿瘤特性的影响。结果,这些努力产生了具有 4-氟苯环(位置 2)的呋喃基苯并吡喃臂 (14),通过 PARP 和微管蛋白的双重抑制介导,对 Ishikawa 细胞系表现出出色的抗肿瘤作用 [(IC50 (PARP1) = 74 nM,IC50 (PARP2) = 109 nM) 和微管蛋白 (IC50 = 1.4 μM)]。进一步的研究证实了 14 能够诱导细胞凋亡和自噬,并导致细胞周期停滞在 G2/M 期。总体而言,该研究的结果最终产生了一种易于处理的双 PARP-微管蛋白抑制剂,该抑制剂具有令人印象深刻的抗子宫内膜癌活性。
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JOURNAL OF CLINICAL EPIDEMIOLOGY
2023 Oct 31

ChinyereugoMUmemneku...
Individual participant data from digital sources informed and improved precision in the evaluation of predictive biomarkers in Bayesian network meta-analysis.
JOURNAL OF CLINICAL EPIDEMIOLOGY
我们的目标是通过结合来自数字来源(缺乏随机对照试验)的个体参与者数据(IPD)和汇总数据(AD)的证据,开发一个网络荟萃分析模型,用于评估预测生物标志物亚组中的治疗效果。 :开发了贝叶斯框架,用于对事件时间数据进行建模以评估预测生物标志物。 IPD 源自电子健康记录,使用目标试验仿真方法或数字化 Kaplan-Meier 曲线。该模型使用两个示例进行说明:具有激素受体生物标志物的乳腺癌和具有克尔斯滕大鼠肉瘤 (KRAS) 生物标志物的转移性结直肠癌。该模型可以估计根据生物标志物状态定义的两个患者亚组的治疗效果。紫杉烷类药物的有效性在激素受体阳性和阴性乳腺癌患者中没有差异。对于 KRAS 野生型结直肠癌患者,表皮生长因子受体 (EGFR) 抑制剂比化疗更有效,但对于 KRAS 突变状态患者则不然。使用 IPD 可以将亚组特异性治疗效果估计的不确定性降低高达 49%。与单独使用 AD 相比,IPD 的使用可以对预测生物标志物和癌症治疗进行更详细的评估,并提高估计的精确度。版权所有 © 2023。由爱思唯尔公司出版
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