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Epigenetics & Chromatin
2023 Nov 02

PereLlinàs-Arias,Miq...
3-D chromatin conformation, accessibility, and gene expression profiling of triple-negative breast cancer.
Epigenetics & Chromatin
三阴性乳腺癌(TNBC)是一种高度侵袭性乳腺癌亚型,治疗选择有限。与其他乳腺癌亚型不同,特定疗法的缺乏和远处转移的频率较高导致其侵袭性。我们的目标是找到有助于理解这些癌症传播过程的表观遗传变化。使用 CRISPR/Cas9,我们的实验方法使我们识别并破坏了绝缘体元件 IE8,其活性似乎与细胞侵袭相关。实验在两种成熟的 TNBC 细胞模型 MDA-MB-231 和 MDA-MB-436 中进行。为了深入了解 TNBC 侵袭能力的潜在分子机制,我们在两种细胞模型中生成并表征了高分辨率染色质相互作用 (Hi-C) 和染色质可及性 (ATAC-seq) 图谱,并用基因表达谱 (RNA) 补充了这些数据集。 -seq)在 MDA-MB-231 中,该细胞系在染色质可及性方面表现出更显着的变化。总而言之,我们的数据为了解 TNBC 细胞基因组的空间组织提供了全面的资源,这可能有助于加速发现 TNBC 特异性改变,从而引发这种毁灭性疾病的进展。© 2023。作者。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Nov 02

RuiXu,LinzhuoHuang,J...
Remodeling of Mitochondrial Metabolism by a Mitochondria-Targeted RNAi Nanoplatform for Effective Cancer Therapy.
Epigenetics & Chromatin
新的证据表明线粒体代谢功能障碍对促进癌症的发生和进展具有重要作用。线粒体基因组(mtDNA)编码蛋白的异常表达广泛涉及线粒体代谢功能障碍,对其表达的靶向调控可能是癌症治疗的有效策略,但由于线粒体双膜的保护而受到挑战。在此,开发了一种针对线粒体的 RNAi 纳米颗粒(NP)平台,用于有效调节线粒体代谢和乳腺癌(BCa)治疗。该纳米平台由亲水性聚乙二醇(PEG)外壳、疏水性聚(2-(二异丙氨基)乙基甲基丙烯酸酯)(PDPA)核心以及线粒体靶向和膜穿透肽两亲物(MMPA)和电荷介导的复合物组成。嵌入核心的小干扰RNA (siRNA)。在肿瘤积累和被肿瘤细胞内化后,这些 NP 可以对内体 pH 做出反应,暴露 MMPA/siRNA 复合物,该复合物可以特异性地将 siRNA 转运到线粒体中,从而下调 mtDNA 编码的蛋白表达(例如 ATP6 和 CYB)。更重要的是,由于 ATP6 下调可以抑制 ATP 产生并增强活性氧 (ROS) 产生,从而诱导线粒体损伤和 mtDNA 渗漏到肿瘤组织中,因此 NP 可以通过抑制 ATP 产生和复极肿瘤相关巨噬细胞来组合抑制肿瘤生长。 TAM)通过 mtDNA 转化为肿瘤抑制性 M1 样巨噬细胞。© 2023 Wiley-VCH GmbH。
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Epigenetics & Chromatin
2022 Dec 28

OleksiiNikolaienko,P...
epialleleR: an R/Bioconductor package for sensitive allele-specific methylation analysis in NGS data.
Epigenetics & Chromatin
BRCA1 基因启动子内的低水平嵌合表突变发生在 5-8% 的健康个体中,并且与乳腺癌和卵巢癌的风险显着升高相关。类似的事件也可能影响其他肿瘤抑制基因,可能是癌症负担的重要贡献者。虽然这为转化研究开辟了一个新领域,但低水平嵌合表观遗传事件的检测需要高度灵敏和稳健的甲基化分析方法。我们在此介绍 epialleleR,这是一种计算框架,用于甲基化测序数据中镶嵌表观突变的灵敏检测、定量和可视化。通过分析模拟和真实数据集,我们提供了表观等位基因性能的深入评估,并表明与表观单倍型数据的联系对于检测低水平甲基化事件是必要的。 epialleleR 可作为开源 R/Bioconductor 包在 https://github.com/BBCG/epialleR 和 https://bioconductor.org/packages/epialleR/ 上免费获取。© 作者 2023。出版者牛津大学出版社 GigaScience。
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Epigenetics & Chromatin
2023

PriyankaVerma,Bhavik...
Recent advances and future directions in etiopathogenesis and mechanisms of reactive oxygen species in cancer treatment.
Epigenetics & Chromatin
一类被称为活性氧 (ROS) 的特殊生物活性分子已在癌症领域得到了广泛研究。它们在癌症的发病机制中发挥着重要作用。考虑到最新进展,ROS 在癌症生物学中的影响是一个不断发展的领域;深入了解它们的产生、基因组和表观遗传调节剂对 ROS 的作用,早期被认为是一个化学过程,与细胞死亡途径的相互关系 - 细胞凋亡、铁死亡、坏死性凋亡和自噬已被探索用于将 ROS 平衡转向癌症的新靶点细胞死亡。 ROS 是信号转导器,可在低至中等浓度下诱导血管生成、侵袭、细胞迁移和增殖,被认为是一系列生物活性的正常副产品。尽管ROS自古以来就存在于肿瘤学领域,但其过量会损害细胞器、细胞膜、脂质、蛋白质和核酸,导致细胞死亡。在过去的二十年中,大量研究证明调节 ROS 水平的免疫疗法和其他抗癌疗法具有良好的体外和体内效果。这篇综述还探讨了癌症治疗干预的最新目标,这些干预措施基于 ROS 的产生或抑制,以破坏细胞氧化应激平衡。例子包括代谢目标、生物标志物的靶向治疗、天然提取物和营养保健品以及纳米医学领域开发的目标。在这篇综述中,我们介绍了可用于通过调节 ROS 水平来制定针对癌症的治疗计划的分子途径,特别是在临床环境中有效实施 ROS 介导的疗法的当前进展和潜在前景。正如本综述所强调的,与细胞凋亡(尤其是铁死亡)的复杂相互作用及其在表观基因组学和修饰中的作用的最新进展是 ROS 机械作用的新范例。营养保健品和天然提取物对它们的抑制一直是一个正在探索的科学挑战性途径。此外,本综述还探讨了抑制剂、免疫调节剂以及细胞凋亡和铁死亡抑制剂对 ROS 生成的抑制作用。版权所有 © 2023 Verma, Rishi, George, Kushwaha, Dhandha, Kaur, Jain, Jain, Chaudhry, Singh, Siraj and米斯拉。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Dec

Ming-YuYang,Cheng-Mi...
Altered expression of imprinted genes in patients with cytogenetically normal‑acute myeloid leukemia: Implications for leukemogenesis and survival outcomes.
Epigenetics & Chromatin
基因组印记是一种调节亲代染色体基因表达的表观遗传机制,在包括造血系统恶性肿瘤在内的多种癌症中具有重要意义。在本研究中,我们检查了 64 名新诊断为细胞遗传学正常的急性髓系白血病 (CN-AML) 患者的骨髓样本中 16 种人类印记基因的表达情况,以及 85 名健康受试者的外周血样本。本研究的验证结果揭示了七个基因的显着上调[COPI外壳复合物亚基γ 2 (COPG2)、H19印记母源表达转录本(H19)、胰岛素样生长因子2 (IGF2)、PEG3反义RNA 1 (PEG3-AS1) CN-AML 患者中 DNA 引物酶亚基 2 (PRIM2)、溶质载体家族 22 成员 3 SLC22A3 和锌指蛋白 215 (ZNF215)] (P<0.001)。值得注意的是,H19 的表达水平与患者的生存时间呈负相关(P=0.018),使其成为 CN-AML 患者两年和五年生存的预测标志物。 Kaplan-Meier 分析表明,与 H19 表达较高的患者相比,H19 表达较低的患者具有更高的两年和五年生存率。本研究的结果强调了 CN-AML 印记丢失与白血病发生之间的关联,强调了 H19 印记丢失作为 CN-AML 患者两年和五年生存不利的预后指标的重要性。版权所有:© Yang等人。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Oct

DhanshreeMJoshi,Swan...
Review of Phytochemicals Present in Psidium guajava Plant and Its Mechanism of Action on Medicinal Activities.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
几个世纪以来,草药一直被用来治疗各种人类疾病,而番石榴(桃金娘科),俗称番石榴,是一种值得注意的药用植物,具有显着的药理潜力。在印度,特别是在传统药物获取有限的农村地区,番石榴植物的各个部分,包括其叶子、树皮、根和果实,已被利用其治疗特性来解决各种健康问题。 Psidium guajava Linn 被证明是重要营养素以及生物活性化合物的宝贵储存库,例如 α-萜品醇、β-石竹烯(反式石竹烯)、芦丁、α-葎草烯、齐墩果酸、类黄酮和槲皮素。这些成分表现出多种药用活性,包括抗炎、抗癌、抗支气管炎、抗增殖、抗肿瘤、抗菌和抗糖尿病作用。番石榴植物的各个方面都具有经济意义,并且被大规模种植。在分类学上,番石榴可分为植物界、木兰植物门、木兰纲、蔷薇亚纲、桃金娘目、桃金娘科、桃金娘亚科、桃金娘族、桃金娘属、番石榴种。番石榴对各种土壤和环境条件的适应性使得种植相对容易,从而可以快速生产果实。它在印度的广泛种植归因于其多种商业用途。为了全面了解这种植物如何有效解决印度民众遇到的一系列健康挑战,本综述深入研究了其多方面的治疗特性,强调了其在医疗保健实践中的重要性。研究人员正在进行的研究工作不断发现与番石榴相关的新药用特性,丰富了我们对其潜在益处的理解。版权所有 © 2023,Joshi 等人。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Nov 03

NicolasHohmann,Marti...
Protocol of the IntenSify-Trial: An open-label phase I trial of the CYP3A inhibitor cobicistat and the cytostatics gemcitabine and nab-paclitaxel in patients with advanced stage or metastatic pancreatic ductal adenocarcinoma to evaluate the combination's pharmacokinetics, safety, and efficacy.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
CYP3A5 蛋白的表达是胰腺导管腺癌细胞的基础和获得性耐药机制,通过代谢降解赋予对 CYP3A 和 CYP2C8 底物紫杉醇的保护。 CYP3A 同工酶的抑制可恢复细胞对紫杉醇的敏感性。吉西他滨和白蛋白结合型紫杉醇的组合是治疗转移性或局部晚期不能手术的胰腺癌的既定方案。 Cobicistat 是一种 CYP3A 抑制剂,旨在增强蛋白酶抑制剂的药效。在吉西他滨和白蛋白结合型紫杉醇中添加考比司他可能会增强抗肿瘤作用。我们将采用经典的 3 3 设计进行 I 期剂量递增试验,以研究吉西他滨、白蛋白结合型紫杉醇和考比司他的安全性、耐受性和药代动力学 (PK)。尽管吉西他滨 (1000mg/m2) 和考比司他 (150mg) 的剂量是固定的,但仍将探索白蛋白结合型紫杉醇 (75、100 和 125mg/m2) 的三个剂量水平,以解释潜在的 PK 药物相互作用。剂量递增阶段结束后,我们将设定扩展推荐剂量 (RDE),并在试验的扩展部分治疗最多 9 名患者。该试验已在以下标识符下注册:EudraCT-Nr。 2019-001439-29,drks.de:DRKS00029409,ct.gov:NCT05494866。通过抑制 CYP3A5 克服紫杉醇耐药性可能会提高吉西他滨和白蛋白结合紫杉醇方案的疗效。在大规模临床研究中研究这种组合之前,需要获取安全性、有效性、PK 和 RDE 数据。© 2023 作者。 《临床和转化科学》由 Wiley periodicals LLC 代表美国临床药理学和治疗学会出版。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Nov 03

SvenMarcelStefan,Muh...
Medicinal polypharmacology: Exploration and exploitation of the polypharmacolome in modern drug development.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
癌症、代谢综合征或神经退行性疾病等复杂和多因素的人类疾病的核心是多个参与者在强大的生物网络中相互交流,这些生物网络本质上对变化具有弹性。这些多因素疾病的特点是复杂的反馈机制,表现为细胞失衡和对药物治疗的抵抗。通过遵循特异性范式(“一靶一药概念”),多年来研究重点关注作用机制非常狭窄的药物。这种狭隘的焦点导致了治疗的无效性和抵抗力。然而,现代药物发现在过去几年中不断发展,越来越强调开发临床有效药物的整体策略。这些整体策略包括控制多个靶点的参与以克服治疗阻力。除了治疗中的附加甚至协同效应外,多靶点药物还具有分子结构属性,可以探索孤儿靶点,其内在底物/生理作用和/或调节剂对于未来的治疗目的是未知的。我们将药物化学、化学生物学和分子药理学之间的多学科和转化研究领域指定为“药物多药理学”。药物多药理学作为常见单靶点药理学的替代方法出现,从基本药物和靶点识别过程延伸到多靶点药物的临床评价,而“多药组”的探索和开发处于现代药物开发研究的前沿。© 2023作者。药物开发研究由 Wiley periodicals LLC 出版。
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JOURNAL OF NANOBIOTECHNOLOGY
2023 Nov 02

ShengjieMa,BinSun,Me...
High-precision detection and navigation surgery of colorectal cancer micrometastases.
JOURNAL OF NANOBIOTECHNOLOGY
手术切除是结直肠癌(CRC)患者的有效治疗方法,但隐匿性转移阻碍了疗效。目前,尚无有效方法实现肿瘤阳性淋巴结(LN)的术中诊断。在此,我们采用近红外-II(NIR-II)有机供体-π-受体-π-供体探针FE-2PEG,该探针在1100 nm以上具有明亮的荧光,具有优异的光稳定性、血液循环时间和生物相容性,以实现具有改进的时间和空间分辨率的高性能生物成像。重要的是,FE-2PEG 通过增强的渗透性和保留效应,在原位 CRC、转移性肠系膜淋巴结和腹膜转移瘤中显示出有效的被动富集。 NIR-II荧光引导手术(FGS)下腹膜微转移切除的敏感性为94.51%,特异性为86.59%,阳性预测值(PPV)为96.57%,阴性预测值为79.78%。即使对于小于 3 毫米的微转移,PPV 仍然达到 96.07%。病理染色和NIR-II显微成像证明FE-2PEG能够成功勾画肿瘤和正常组织之间的边界。采用 FE-2PEG (1100 ~ 1300 nm) 和 PbS@CdS 量子点 (> 1500 nm) 的双色 NIR-II 成像策略成功地在手术过程中保护了血液供应和正常组织。基于 NIR-II 的 FGS 为 CRC 的精确术中诊断和微创手术提供了广阔的前景。© 2023。作者。
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JOURNAL OF NANOBIOTECHNOLOGY
2023 Nov 02

YanyanCao,TaoSun,BoS...
Injectable hydrogel loaded with lysed OK-432 and doxorubicin for residual liver cancer after incomplete radiofrequency ablation.
JOURNAL OF NANOBIOTECHNOLOGY
探讨加载裂解的 OK-432 (lyOK-432) 和阿霉素 (DOX) 的可注射水凝胶对肝细胞癌 (HCC) 不完全射频消融 (iRFA) 后残留肝癌的疗效,并探讨其潜在机制。比较了 OK-432 和 lyOK-432 在激活树突状细胞 (DC) 方面的作用。将 RADA16-I (R) 肽溶解在 lyOK-432 (O) 和 DOX (D) 的混合物中以形成 ROD 水凝胶。评估了ROD水凝胶的特性。在不同的治疗后测量肿瘤反应和小鼠存活率。测量免疫细胞数量和细胞因子水平,并在体外和体内评估 DC 中 cGAS/STING/IFN-I 信号通路的激活情况。LyOK-432 在促进 DC 成熟和促进 DC 成熟方面比 OK-432 更有效。激活 IFN-I 途径。 ROD是一种可注射水凝胶,可有效负载lyOK-432和DOX,并具有控释特性。与其他疗法相比,ROD 治疗实现了最高的肿瘤坏死率 (p<0.001) 和最长的生存时间 (p<0.001)。 ROD组还表现出最高的DC、CD4 T细胞和CD8 T细胞百分比(p < 0.001),最低水平的Treg细胞(p < 0.001),以及最高的IFN-γ和TNF-α表达水平(p < 0.001)。 p < 0.001)与其他组相比。 lyOK-432联合DOX治疗后DC中pSTING、pIRF3和IFN-β的表达水平明显高于其他治疗。 ROD组中存活的小鼠表现出对皮下肿瘤再次攻击的生长抑制。新型ROD肽水凝胶通过激活STING通路诱导抗肿瘤免疫,这对HCC iRFA后残留肝癌的治疗有效。© 2023。作者( s)。
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