本研究的目的是基于生物信息学研究脑膜癌的基因表达谱和诊断应用。我们使用基因表达综合数据库（GEO），基于正常脑膜和脑膜瘤的表达数据（包含51个样本）获得了GSE43290数据集分为两组（47 个脑膜瘤样本和 4 个正常脑膜样本）。我们使用 GEO2R 工具通过将 log2 倍数变化设置为大于 2 且调整后的 p 值低于 0.05 来识别差异表达基因 (DEG)。我们使用注释、可视化和集成发现数据库（DAVID）来执行 DEG 的基因本体论、生物途径和功能注释。使用相互作用基因数据库检索工具（STRING）获得蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）和基于马尔可夫聚类算法的模块化网络。我们的研究鉴定了358个显着DEG，其中343个是下调基因，15个是下调基因。上调。五个重要的枢纽基因（CXCL8、AGT、CXCR4、CXCL12 和 CXCL2）与各种生物学途径、分子功能和京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 途径相关。 DEGs富含趋化因子介导的信号传导、白细胞趋化性的正向调节、第二信使介导的信号传导、正向趋化性的诱导、CXCR趋化因子受体结合和细胞因子活性的生物学途径。这些枢纽基因和途径可以作为临床研究的目标发现脑膜癌的新疗法。

液泡蛋白分选相关蛋白29（VPS29）在癌症中发挥一定作用，但其在肝细胞癌（HCC）中的生物学意义尚未研究。我们利用生物信息学和孟德尔随机化（MR）分析来探讨VPS29基因在HCC中的潜在功能，以及VPS29蛋白与HCC之间的因果关系。我们从TCGA、GEO和IEU OpenGWAS数据库下载原始数据。我们使用R软件进行数据处理和分析，探讨VPS29基因与HCC患者的表达、预后、临床特征、甲基化、免疫微环境、肿瘤突变负荷和药物敏感性之间的关系。此外，还进行了两样本孟德尔随机分析，以探讨VPS29蛋白与HCC之间的因果关系。VPS29被发现在包括HCC在内的多种类型的癌症中过度表达，其表达升高往往预示着HCC患者预后不良。单变量和多变量 Cox 分析表明 VPS29 是 HCC 患者的独立预后因素。 ROC曲线表明VPS29对HCC具有较高的诊断价值。 VPS29在不同临床特征亚组中存在差异表达。 VPS29的表达与甲基化水平呈负相关，在启动子区域发现了多个甲基化位点，包括cg20877181、cg03867797、cg10025392、cg21605021，这些位点与低甲基化水平下较差的总生存(OS)相关。 VPS29与免疫细胞浸润紊乱相关，包括CD8 T细胞、嗜酸性粒细胞、中性粒细胞、Tcm、NK CD56bright细胞、TFH、Th2细胞、Th17细胞等。药物敏感性分析显示，VPS29可以指示10种常见抗肿瘤药物的治疗反应不同表达亚组的药物。逆方差加权 (IVW) 分析显示，与 VPS29 相关的 HCC 风险显着增加 [比值比 (OR)：1.440； 95%置信区间(CI)：1.195-1.736]，敏感性分析未显示异质性或多效性。VPS29是HCC发生和进展的危险因素，可作为HCC诊断和预后的分子生物标志物。

在调查不同性别的生存率差异的回顾性研究中，出现了相互矛盾的结果。旨在根据预后分期系统比较男性和女性乳腺癌亚型的总生存率（OS）和乳腺癌特异性生存率（BCSS）。比较2010年和2019年诊断为乳腺癌的患者的总生存率和BCSS率使用 SEER 数据库按性别划分所有队列、阶段和分子亚型。该分期已根据 AJCC 第八版进行了重新安排。该研究纳入了 364 039 名患者。所有乳腺癌中 0.7% (n = 2503) 是男性乳腺癌。女性的总生存率（男性：5 年 OS 73.9%，女性 = 5 年 OS 86%）和 BCSS 率（男性：5 年 BCSS 78.9%，女性 = 5 年 BCSS 94.7%）显着高于女性所有队列均为男性。激素受体 (HR) 的 OS（男性：5 年 OS 66.2% vs 女性：5 年 OS 88.3%）和 BCSS（男性：5 年 BCSS 88.4% vs 女性：5 年 93.6%）率较高-阳性/Her2阴性女性患者。 I 期女性的总生存率较高（男性：5 年 OS 81.5%，女性：5 年 OS 92.8%），I 期 BCSS 率较高（男性：5 年 BCSS 94.8%，女性： 5 年 BCSS 97.5%）。男性的总体死亡风险比女性高 2 倍（HR = 2.023），但死于乳腺癌的风险仅高 1.6 倍（HR = 1.596）。男性乳腺癌的乳腺癌特异性死亡率显着更高，尤其是男性乳腺癌早期阶段，HR阳性亚型高于女性。

肺癌（LC）带来了巨大的负担，并且与恶性肿瘤的高死亡率和发病率相关。特定 lncRNA 的异常表达与 LC 密切相关。 LncRNA 多态性导致表达水平异常和/或结构功能障碍。它们可以影响癌症患者的癌症进展、生存、化疗反应和复发率。本文全面概述了 lncRNA 遗传多态性对 LC 的影响。有人提出，lncRNA 相关变异可用于预测癌症风险和治疗结果。需要对不同种族群体进行更大规模的试验来验证结果，从而根据 lncRNA 基因型进行个性化 LC 治疗。

染色质可及性对于调节基因表达和细胞身份至关重要，可及性的改变与驱动癌症的发生、进展和转移有关1-4。尽管已经研究了遗传对致癌转变的贡献，但表观遗传驱动因素仍然知之甚少。在这里，我们使用 225 个样本的单核染色质可及性数据（使用转座酶可及染色质的单核测定）构建了泛癌表观遗传和转录组图谱，并使用 206 个样本的匹配单细胞或单核 RNA 测序表达数据。通过富集可及的染色质区域、转录因子基序和调节子，对每个平台超过 100 万个细胞进行分析，我们确定了与癌症转变相关的表观遗传驱动因素。一些表观遗传驱动因素出现在多种癌症中（例如，ABCC1 和 VEGFA 的调节区域；GATA6 和 FOX 家族基序），而另一些则是癌症特异性的（例如，FGF19、ASAP2 和 EN1 的调节区域以及 PBX3 基序）。在表观遗传改变的途径中，TP53、缺氧和 TNF 信号传导与癌症发生有关，而雌激素反应、上皮-间质转化和顶端连接与转移转变有关。此外，我们揭示了增强子可及性和基因表达之间的显着相关性，并揭示了表观遗传和遗传驱动因素之间的合作。该图谱为进一步研究癌症转变中的表观遗传动力学奠定了基础。© 2023。作者。

磷酸肌醇 3 激酶 (PI3K)/AKT 信号通路在癌症的发病机制中发挥着至关重要的作用。该通路的失调与各种癌症的发生和发生有关。最近，表观遗传修饰，特别是 N6-甲基腺苷 (m6A)，已被认为是 mRNA 相关生物过程和翻译的重要贡献者。 m6A 修饰酶的异常表达与肿瘤发生、肿瘤进展和耐药性相关。在这里，我们回顾了 m6A 修饰在调节癌症 PI3K/AKT 通路中的作用及其对开发癌症治疗新策略的影响。© 2023。作者。

多项研究表明，磁共振成像放射组学可以预测乳腺癌患者的生存率，但潜在的生物学基础仍然不明确。在此，我们的目标是开发一个可解释的基于深度学习的网络，用于对复发风险进行分类并揭示潜在的生物学机制。在这项多中心研究中，纳入了 1113 名非转移性浸润性乳腺癌患者，并分为训练队列（n = 698 ）、验证队列（n = 171）和测试队列（n = 244）。 Radiomic DeepSurv Net (RDeepNet) 模型是使用 Cox 比例风险深度神经网络 DeepSurv 构建的，用于预测个体复发风险。进行 RNA 测序是为了探索放射组学和肿瘤微环境之间的关联。进行相关性和方差分析来检查不同治疗反应的患者和新辅助化疗后的放射组学变化。进一步分析放射组学和表观遗传分子特征的关联和定量关系，揭示放射组学的作用机制。RDeepNet模型显示与无复发生存（RFS）显着相关（HR 0.03，95% CI 0.02-0.06，P < 0.001） ），1 年、2 年和 3 年 RFS 的 AUC 分别为 0.98、0.94 和 0.92。在验证和测试队列中，RDeepNet 模型还可以将患者分为高风险组和低风险组，并证明 3 年 RFS 的 AUC 分别为 0.91 和 0.94。放射组学特征显示两个风险组之间的差异表达。此外，RDeepNet 模型的普适性在不同分子亚型和不同治疗方案的患者群体中得到了证实（所有 P < 0.001）。该研究还确定了具有不同治疗反应和新辅助化疗后的患者的放射组学特征的差异。重要的是，发现放射组学和长非编码 RNA (lncRNA) 之间存在显着相关性。发现一个关键的 lncRNA 可通过基于深度学习的放射组学预测模型进行无创量化，训练队列中的 AUC 为 0.79，测试队列中的 AUC 为 0.77。本研究表明 MRI 的机器学习放射组学可以有效预测患者手术后的 RFS与乳腺癌，并强调了使用放射组学对 lncRNA 无创定量的可行性，这表明放射组学在指导治疗决策方面的潜力。© 2023。作者。

第 29 届年度前列腺癌基金会 (PCF) 科学务虚会于 2022 年 10 月 27 日至 29 日在加利福尼亚州卡尔斯巴德的 Omni La Costa 度假村举行。这是有史以来第一次混合 PCF 静修会。年度 PCF 科学静修会是一次著名的国际科学聚会，重点关注前列腺癌基础、转化和临床研究方面的开创性、未发表和有影响力的研究。它还涵盖了对影响前列腺癌研究和患者护理具有强大潜力的相关领域的研究。2022 年 PCF 务虚会重点关注的关键研究领域包括：(i) 分子和基因组因素对前列腺癌差异的贡献； (ii) 新颖的临床试验更新； (iii) 原发性前列腺癌的教训； (iv) 单细胞研究的教训； (v) 前列腺癌的遗传、表观遗传、表观转录和翻译后机制以及临床异质性； (vi) 神经内分泌和谱系可塑性前列腺癌的生物学； (vii) 下一代前列腺癌治疗诊断和联合疗法； (viii) 靶向磷酸肌醇 3-激酶途径的生物学和治疗潜力； (ix) 联合免疫调节疗法治疗前列腺癌； (x) 用于肿瘤学的新型γδ（γδ）T细胞治疗平台； (xi) 其他癌症的教训。本文总结了 2022 年 PCF 科学静修会的演讲。通过传播这些知识，我们希望加深对当前研究格局的理解，并指导前列腺癌研究和患者护理的未来进步。© 2023 Wiley periodicals LLC。

大型队列流行病学研究已证明地下矿工职业性氡暴露与肺癌风险之间的因果关系。然而，氡暴露对肺组织造成不利影响的机制仍不清楚。 DNA 甲基化等表观遗传改变可能为长期氡气暴露引起的分子水平相互作用提供新的见解。我们使用 Illumina Infinium 人类甲基化 850 K BeadChip 来检测和比较地下矿工外周血样本中的全基因组 DNA 甲基化谱（n = 14）和地上工人（n = 9）。地下工作场所的氡平均浓度显着高于地上场所（1,198 Bq·m-3 vs 58 Bq·m-3，p < 0.001）。当 |Δβ| 时，共鉴定出对应 104 个枢纽基因的 191 个差异甲基化位置（DMP）。 ≥ 0.1 且 p < 0.05，有 107 个高甲基化位点和 84 个低甲基化位点。 GO和KEGG分析显示，地下矿工和地上工人之间的差异甲基化基因在涉及神经递质调节、免疫调节作用和细胞粘附能力的通路/网络中显着富集。此外，通过焦磷酸测序验证了选定基因 FERMT1、ALCAM、HLA-DPA1、PON1 和 OR2L13 的甲基化变化，这可能在氡诱导的这些生物过程中发挥重要作用。综上所述，暴露于氡的地下矿工的 DNA 甲基化模式与地上工人不同。这种与长期接触氡气相关的基因组 DNA 甲基化谱异常值得在神经和免疫系统调节以及未来细胞粘附能力方面进行研究。© 作者 2023。由牛津大学出版社出版。版权所有。如需权限，请发送电子邮件至：journals.permissions@oup.com。

胃肠癌是常见的恶性肿瘤，死亡率高，预后差。因此，开发胃肠道癌症的新型有效标志物和治疗靶点是目前肿瘤学研究中具有挑战性和热门的课题。越来越多的研究表明，N6-甲基腺苷是真核生物中最丰富的表观遗传修饰。 N6-甲基腺苷在调节 RNA 表达和代谢（包括剪接、翻译、稳定性、衰变和运输）中发挥重要作用。 FTO是最早发现的维持N6-腺苷甲基化平衡的去甲基化酶，在许多肿瘤中异常表达。在这篇综述中，我们讨论了 FTO 的分子结构和底物选择性。我们重点关注FTO在胃肠道肿瘤增殖、迁移、侵袭、凋亡、自噬、免疫微环境中的作用及其分子机制。我们还讨论了它在治疗胃肠道癌症方面的潜力。版权所有 © 2023 Ren、Tang、Huang、Hu、Wang 和 Zhou。