目的：研究 SIX4 在乳腺癌中的作用。方法：利用公开的在线工具分析SIX4在乳腺癌中的表达、甲基化和预后意义及其免疫组化。结果：高 SIX4 水平与低 SIX4 启动子甲基化相关，尤其是在雌激素受体阳性乳腺癌中。 SIX4 增加与晚期和免疫浸润减少有关。基因集富集分析发现，SIX4相关基因在转录加工和免疫反应方面富集。 SIX4 高表达的患者往往生存率较差，尤其是雌激素受体阳性乳腺癌患者。结论：乳腺癌中 SIX4 的高表达具有致癌作用，通过抑制免疫反应促进恶性肿瘤的发展，尤其是在管腔亚型中，并且与低启动子甲基化水平相关。

雄激素受体 (AR) 已作为一种癌症治疗方法进行了研究。除了前列腺癌衍生的 LNCaP 和 DU-145 细胞外，我们还使用了 AR 高、低和极低表达水平的人乳腺癌衍生细胞作为阳性和阴性对照，检查由针对 AR 的合成肽引起的细胞凋亡。该肽的产生是为了抑制乳腺癌细胞系中的 AR 反式激活。然后我们测量了细胞活力、caspase-3 活性和 Bax/Bcl-2 的比率。研究结果表明，在存在二氢睾酮 (DHT) 的情况下，肽 (100-500nM) 会降低 AR 表达水平高和低的细胞的细胞生长 (p < .001)，但 AR 水平非常低的细胞不会减少细胞生长。用 100-500nM 肽处理可激活 caspase-3，并增加 AR 高表达和低表达水平细胞中 Bax/Bcl-2 的比率。此外，在存在 DHT 的情况下，增加肽的浓度 (100-500nM) 会减少 BrdU 的掺入，并促进 AR 高表达和低表达水平的细胞凋亡 (p< .001)。研究结果表明，肽显着增加了细胞凋亡癌细胞。© 2023 作者。由 Wiley periodicals LLC 出版的癌症报告。

灵芝为赤灵芝(Ganoderma lucidum (Leyss.ex Fr.) Karst)的干燥子实体。或灵芝，属于多孔菌科，主要生长在热带、亚热带和温带地区。灵芝作为传统中药，因其具有止咳平喘、滋补强身等药用功效，在中国已有2000多年的使用历史。目前，已从真菌中分离得到470多种天然化合物，主要包括萜类、甾体、生物碱、酚类等多种化合物。现代药理研究表明，灵芝具有抗肿瘤、抗炎、降血糖、降血脂、免疫调节等作用。临床主要用于治疗糖尿病肾病和恶性肿瘤，副作用少，安全性高。本文综述了其化学成分、药理作用及临床应用的研究进展，旨在为更好地开发利用灵芝提供依据。

伊马替尼耐药仍然是 CML 疾病中尚未解决的问题。 JAK2/STAT3通路的激活和RUNX1表达的增加已成为CML受试者产生伊马替尼耐药的原因之一。近年来，二甲双胍作为抗白血病药物受到关注。然而，其分子机制仍然难以捉摸。本研究表明，RUNX1 是 AMP 激活激酶 (AMPK) 的新型底物，其中 AMPK 在 Ser 94 位点磷酸化 RUNX1。二甲双胍激活 AMPK 可能会由于 Ser 94 磷酸化而导致 RUNX1 的细胞质保留增加。 RUNX1 Ser 94 磷酸化导致与 STAT3 的相互作用增加，这反映在 RUNX1 和 STAT3 由于细胞质滞留而导致转录活性降低。 STAT3 和 RUNX1 转录活性的降低导致其参与增殖和抗凋亡的信号靶标下调。我们使用体外耐药细胞系模型和从 CML 临床患者和正常受试者中分离的 PBMC 进行的细胞增殖测定表明，二甲双胍治疗导致耐药受试者生长减少并提高伊马替尼敏感性。© 2023。作者。

视网膜变性以米勒细胞神经胶质增生和光感受器凋亡为特征，被认为是糖尿病视网膜病变 (DR) 的早期事件。我们之前的研究提出GMFB可能介导糖尿病性视网膜变性。本研究确定 GMFB 是 DR 的敏感且功能性神经胶质增生标记物。与野生型（WT）组相比，Gmfb敲除（KO）显着改善视功能，减弱神经胶质增生，减少神经元凋亡，并降低肿瘤坏死因子α（Tnf-α）和白介素-1β（II）的mRNA水平-1β）在糖尿病视网膜中。使用原代 WT 和 KO Müller 细胞中的 RNA 测序，通过 hub 基因富集 Tgf-β3。 Gmfb KO 通过 AKT 途径显着上调转化生长因子 (TGF)-β3 蛋白水平。玻璃体中TGF-β3的保护作用可显着改善糖尿病视网膜中的视觉功能并减少凋亡细胞的数量。原代 Müller 细胞中 Gmfb KO 对高葡萄糖 (HG) 诱导的光感受器细胞凋亡的保护作用被 TGF-β3 抗体和 TGFBR1/2 抑制剂的施用部分抵消。核受体亚家族 3 C 组成员 1 (NR3C1) 与 Gmfb 的启动子区域结合并在转录水平调节 Gmfb mRNA。 NR3C1在早期糖尿病大鼠的视网膜中增加，但在晚期糖尿病大鼠的视网膜中减少。 N'-[(1E)-(3-甲氧基苯基)亚甲基]-3-甲基-1H-吡唑-5-碳酰肼 (DS-5) 被确定为 GMFB 抑制剂，对 DR 具有保护作用。我们证明 GMFB/AKT/TGF-β3 介导糖尿病大鼠的早期糖尿病视网膜变性。这项研究为治疗 DR 患者的视网膜变性提供了一种新的治疗策略。© 2023 Wiley periodicals LLC。

长链非编码 RNA SRY-box 转录因子 2 重叠转录物 (SOX2OT) 的异常调节在包括胃癌 (GC) 在内的多种疾病中都有报道。然而，SOX2OT 中经过充分研究的 rs9839776 单核苷酸多态性与 GC 易感性之间的关联尚未报道。本研究旨在评估 SOX2OT 中 rs9839776 单核苷酸多态性与 GC 风险之间的关联。使用 TaqMan 基因分型测定对 460 名 GC 患者和 386 名对照者进行了 rs9839776 的基因分型。我们发现显性模型 (CT TT) 和 rs9839776 T 等位基因与 GC 风险降低显着相关（P = .046，调整优势比 [AOR] = 0.72，95% 置信区间 [CI] = 0.52-1.00，P = .044，AOR = 0.74，95% CI = 0.56-0.99，分别）。此外，分层分析显示，显性模型（CT TT）和rs9839776 T等位基因与淋巴结转移阴性风险降低显着相关（P = .039，AOR = 0.67，95% CI = 0.46-0.98，P = .049，AOR = 0.71，95% CI = 0.51-1.00）和肿瘤分期 I (A B)/II (A B C)（P = .028，AOR = 0.66，95% CI = 0.50-0.96，P = 。 041，AOR = 0.71，95% CI = 0.52-0.99）GC。我们的研究结果表明 rs9839776 T 等位基因可能是对抗 GC 易感性的保护因素。需要进一步研究来阐明 rs9839776 是否影响 SOX2OT 表达。版权所有 © 2023 作者。由 Wolters Kluwer Health, Inc. 出版

事件发生时间终点在肿瘤学中应用最广泛，在心脏病学中应用也较少。在这种情况下使用的典型统计参数包括总生存期、无进展生存期和无复发生存期。结果的图形表示基于 Kaplan-Meier 图。当 Kaplan-Meier 曲线包含在荟萃分析中时，典型的方法是一种简化的方法，因为每个试验的结果（以及荟萃分析本身的结果）都是通过 2x2 意外事件来表达的；方法上的简化在于分析中省略了后续操作，因此也省略了 Kaplan-Meier 曲线。 IPDfromKM 方法于 2021 年开发，是一种专为在这些情况下使用的人工智能算法。根据该方法，为了在荟萃分析中保留Kaplan-Meier曲线，每条曲线都被转换成个体患者的数据库（其被表示为“重建的”个体患者）。这样，为了荟萃分析的目的，统计方法是基于个体患者（如临床试验的统计方法），因此不能排除Kaplan-Meier曲线，并且随访的效果可以，因此，予以调查。该技术报告描述了 IPDfromKM 方法的所有操作细节。为了介绍该方法，我们以一项研究导管消融预防室性快速心律失常 (VT) 效果的荟萃分析为例。最初的荟萃分析于 2023 年 2 月发布，其中包括 9 项对照试验，并采用了基于 2x2 列联表的简化方法。我们使用 IPDfromKM 方法重新分析了这些试验。总体而言，标准二元荟萃分析和 IPDfromKM 方法均表明消融可显着降低 VT 复发（二元荟萃分析的风险比为 0.820，而 IPDfromKM 方法的风险比为 0.728）。相比之下，虽然二元方法没有发现异质性，但 IPDfromKM 发现了显着的异质性，这一点通过 Kaplan-Meier 曲线的目视检查得到了证实。这表明 IPDfromKM 方法的结果更准确，因为它们包括随访对患者结果的影响。总之，我们的重新分析证实了消融所带来的显着益处，但也发现了更明显的试验间异质性。最后需要强调的是，在荟萃分析领域之外，IPDfromKM方法还适用于对从未在真实临床试验中进行过比较的治疗方法进行间接比较。在这种情况下，通过进行模拟比较试验来分析重建患者。版权所有 © 2023，Messori 等人。

整个黑色素瘤基因组的高突变率对从背景突变中区分真正的驱动事件提出了重大挑战。许多重复出现的非编码改变，例如增强子中的改变，可以塑造肿瘤的进化，从而强调了系统破译黑色素瘤中增强子破坏的重要性。在这里，我们利用 297 个黑色素瘤全基因组测序样本来优先考虑高度重复的区域。通过对黑色素瘤细胞中高度重复的区域相关增强子进行基因组规模的 CRISPR 干扰 (CRISPRi) 筛选，我们鉴定了 66 个可能具有肿瘤抑制作用的重要命中。这些功能增强子显示出独特的突变模式，独立于黑色素瘤中经典的显着突变基因。对必需增强子的靶基因分析揭示了黑色素瘤生长的许多已知和隐藏的机制。利用广泛的功能验证实验，我们证明超级增强子元件可以通过靶向 MEF2A 来调节黑色素瘤细胞增殖，而另一个远端增强子能够通过长程相互作用维持 PTEN 肿瘤抑制潜力。我们的研究建立了关键增强子和其在黑色素瘤生长和进展中的靶基因，并阐明了黑色素瘤驱动基因失调的新机制和新的治疗靶向策略的识别。© 2023。作者。

基因组异常与癌症和不孕症密切相关。在这项研究中，我们开发了一种简单而有效的方法——多重遗传异常测序（MGA-Seq）——同时检测单个DNA的结构变异、拷贝数变异、单核苷酸多态性、均匀染色区域和染色体外DNA（ecDNA）。管子。 MGA-Seq 直接对邻近连接的基因组片段进行测序，产生具有并发基因组三维和全基因组测序信息的数据集，从而实现基因组结构变异的近似定位并促进断点识别。此外，通过利用 MGA-Seq，我们绘制了局灶扩增和癌基因共扩增图谱，从而促进了 ecDNA 转录调控功能的探索。© 2023。作者。

在系统生物学中，数学模型和模拟在理解复杂的生物系统中发挥着至关重要的作用。根据所研究系统的性质和规模，采用不同的建模框架。例如，可以使用布尔建模来模拟信号传导和调节网络，而可以使用基于代理的建模来研究多细胞系统。在此，我们提出了 PhysiBoSS 2.0，这是一种基于混合代理的建模框架，允许模拟单个细胞代理内的信号传导和调控网络。 PhysiBoSS 2.0 是 PhysiBoSS 1.0 的重新设计和重新实现，被认为是一个附加组件，通过使用 MaBoSS 模拟细胞内细胞信号传导，同时保持解耦、可维护和模型无关的设计，从而扩展 PhysiCell 功能。 PhysiBoSS 2.0 还扩展了为用户提供的功能集，包括定制模型和电池规格、基质内化的机械子模型以及对模拟参数的详细控制。与 PhysiBoSS 2.0 一起，我们引入了 PCTK，这是​​一个为处理和处理模拟输出以及生成摘要图和 3D 渲染而开发的 Python 包。 PhysiBoSS 2.0 允许研究微环境、控制细胞过程和群体动态的信号通路之间的相互作用，适用于癌症建模。我们展示了将布尔网络集成到多尺度模拟中的不同方法，使用策略来研究癌细胞系模型中的药物作用和协同作用，并使用实验数据对其进行验证。 PhysiBoSS 2.0 是开源的，可在 GitHub 上公开获取，并附带多个可互操作工具的存储库。© 2023。作者。