在实体瘤发展的早期，抗原出现在肿瘤引流淋巴结（tdLN）中，这是建立免疫监视所必需的过程。最近的证据表明，tdLN 可以促进全身性肿瘤特异性 T 细胞反应，这可能会阻止癌症进展并促进未来对免疫治疗的反应。然而，这些保护性反应会受到进行性功能障碍的影响，而淋巴结（LN）转移会加剧这种功能障碍。我们讨论了新兴的临床前和临床文献，这些文献表明 tdLN 是系统免疫的重要储存库，可以增强免疫监视。我们还讨论了淋巴结转移的影响，并认为更好地了解淋巴结转移与全身免疫之间的关系对于指导免疫治疗时代的区域疾病管理是必要的。版权所有 © 2023 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。

Casirati 等人最近的两项研究。和 Wellhausen 等人报道，通过改变靶蛋白中的单个氨基酸来消除 CAR 结合，而不损害蛋白质，对正常造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 进行基因改造，使其能够抵抗嵌合抗原受体 (CAR)-T 细胞功能。这样可以选择性地靶向癌细胞，而不伤害正常造血细胞。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。

胸腔积液的鉴别诊断在临床实践中具有挑战性。我们旨在开发一种机器学习模型来对胸腔积液的五种常见原因进行分类。这项回顾性研究收集了接受诊断的成年患者的临床信息、血液和胸腔积液的 49 个特征2013年10月至2018年12月期间进行胸腔穿刺术。胸腔积液分为以下五类：漏出性、恶性、肺炎旁、结核性和其他。通过五个不同的分类器，包括多项式逻辑回归、支持向量机、随机森林、极限梯度提升和轻梯度提升机（LGB），在准确度和接受者操作曲线下面积（AUC）方面评估了五种不同分类器的性能。 -折叠交叉验证。应用混合特征选择来确定胸腔积液分类最相关的特征。我们分析了 2,253 名患者（训练集，n=1,459；验证集，n=365；额外验证集，n=429），发现 LGB 模型在验证集和额外验证集上都取得了最佳性能。特征选择后，具有所选 18 个特征的 LGB 模型的准确率与具有所有 49 个特征的准确率相当，在验证集和额外验证集中分别为 0.818 ± 0.012 和 0.777 ± 0.007。该模型在验证组和额外验证组中的平均 AUC 高达 0.930 ± 0.042 和 0.916 ± 0.044。在我们的模型中，胸膜乳酸脱氢酶、蛋白质和腺苷脱氨酶水平是胸腔积液分类的最重要因素。我们的 LGB 模型在胸腔积液常见原因的鉴别诊断方面表现出令人满意的性能。该模型可以为临床医生提供有关胸膜疾病的主要鉴别诊断的有价值的信息。

进行肺功能测试 (PFT) 是为了在非小细胞肺癌 (NSCLC) 手术切除之前帮助患者选择。 PFT 数据的解释依赖于规范方程，该方程因种族而异，但使用特定种族或种族中性规范方程的肺功能与术后肺部并发症的关联强度是未知的。函数，使用种族中性或种族特定方程，与 NSCLC 肺叶切除术后的手术并发症进行比较。我们研究了 2001 年至 2021 年间接受 NSCLC 肺叶切除术并进行术前 PFT 的 3,311 名患者。我们使用全球肺功能倡议 (GLI) 方程来生成种族特定和种族中立的规范方程，以计算 1 秒内预测用力呼气量百分比 (FEV1pp)。感兴趣的主要结局是手术后 30 天内发生术后肺部并发症。我们使用未调整和种族调整的逻辑回归模型以及针对相关合并症进行调整的最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) 分析来测量种族特异性和种族中性 FEV1pp 与肺部并发症的关联。接受手术的患者中有 31% 经历过肺部并发症。较高的 FEV1，无论是种族中性测量（FEV1pp 每 1% 变化，优势比 [OR] 0.98，95% 置信区间 [CI] 0.98-0.99，p<0.001）还是特定种族（FEV1pp 每 1% 变化，OR 0.98） FEV1pp（95% CI 0.98-0.98，p<0.001）标准方程与较少的术后肺部并发症相关。肺部并发症的受试者工作曲线下面积 (AUC) 在种族调整种族中性 (0.60) 和种族特定 (0.60) 模型中相似。使用 LASSO 回归，在种族中性模型（OR 0.99 每 1%，95% CI 0.98-0.99）和种族特定模型（OR 0.99 每 1%，95% CI 0.98）中，较高的 FEV1pp 同样与较低的肺部并发症发生率相关。 -0.99）。与所有种族中性模型相比，种族对肺部并发症的边际效应在所有种族特异性模型中均减弱。种族特异性或种族中性规范性 PFT 方程的选择不会对肺功能与肺并发症的关联产生有意义的影响。肺叶切除术治疗非小细胞肺癌，但种族中性方程的使用揭示了自我认定的种族对肺部并发症的额外影响。

癌症的早期检测在临床实践中仍然是一个未满足的需求，迫切需要高诊断灵敏度和特异性的生物标志物。在这里，我们试图鉴定由超级增强子 (SE) 驱动的基因编码的分泌蛋白作为食管鳞状细胞癌 (ESCC) 的诊断生物标志物。我们对多个数据集进行了综合分析，包括 ChIP-seq 数据、分泌组数据、CCLE数据和 GEO 数据来筛选 SE 驱动基因编码的分泌蛋白。使用 ELISA，我们通过少量临床样本进一步鉴定了上调的分泌蛋白，并在多中心验证阶段进行了验证（测试队列中 345 个，验证队列中 231 个）。接受者操作特征曲线用于计算诊断准确性。应用名为梯度增强机（GBM）的人工智能（AI）方法构建模型，以提高诊断准确性。检测到血清EFNA1和MMP13，与正常对照相比，ESCC患者的血清EFNA1和MMP13水平显着升高。通过结合 EFNA1、MMP13、癌胚抗原、Cyfra21-1 和鳞状细胞癌抗原建立的综合五生物标志物面板 (iFBPanel) 在测试和验证队列中对于 ESCC 的 AUC 分别为 0.881 和 0.880。重要的是，iFBPanel 在检测早期 ESCC 患者方面也表现出良好的性能（0.872 和 0.864）。此外，iFBPanel在AI技术的进一步赋能下，在早期ESCC中表现出了出色的诊断性能（0.927和0.907）。我们的研究表明血清EFNA1和MMP13可能有助于ESCC检测，并提供了易于使用的检测模型这可能有助于早期 ESCC 的诊断。版权所有 © 2023 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

本研究旨在阐明LINC01006的N6-甲基腺苷（m6A）修饰参与非小细胞肺癌（NSCLC）的迁移、侵袭和增殖。在TCGA-LUAD队列中分析LINC01006和METTL3的表达。通过集落形成实验、伤口愈合实验和Transwell实验评价集落形成、迁移和侵袭的能力。 Q-PCR 和蛋白质印迹分析确定基因表达。 M6A-RNA 免疫沉淀和 m6A 定量测定用于评估 m6A 修饰。 qChIP 测定用于验证转录靶标。荧光素酶测定验证了 miRNA 靶标和转录靶标。采用原位异种移植模型来评估体内肿瘤增殖。LINC01006和METTL3在NSCLC细胞和组织中表达升高。 LINC01006通过上皮-间质转化（EMT）促进NSCLC的迁移和侵袭。 LINC01006的表达与METTL3的表达呈正相关。 METTL3在NSCLC原位异种移植模型中促进肿瘤形成和增殖。 METTL3 通过 m6A 修饰增加了 LINC01006 的表达。 c-MYC直接诱导METTL3。 c-MYC 和 LINC01006 共同被 miR-34a/b/c 和 miR-2682 靶向，因此 c-MYC/METTL3/LINC01006 通过 NSCLC 中的 miRNA 靶点形成正反馈环。LINC01006 是一种致癌 lncRNA，可诱导NSCLC的迁移、侵袭和增殖。 METTL3 通过稳定 LINC01006 mRNA 来增加 LINC01006 表达。 c-MYC 作为转录因子，激活 METTL3，从而导致 LINC01006 水平升高。 c-MYC、METTL3 和 LINC01006 通过 NSCLC 中的多个 miRNA 靶标形成正反馈环。版权所有 © 2023 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

资源有限地区的妇女健康可以受益于高负担疾病的综合管理，例如女性生殖器血吸虫病（FGS）和人乳头瘤病毒（HPV）相关宫颈癌。在马达加斯加等血吸虫病流行国家，缺乏 FGS 和 HPV 患病率数据以及这两种疾病的预防措施。本研究旨在估计马达加斯加农村地区 FGS 和 HPV 的患病率，并检查相关风险因素，以确定改善妇女健康的机会。经过初步社区外展活动，2021 年，三个主要机构连续招募了 18-49 岁感兴趣的女性。 Marovoay 区的医疗保健中心。 FGS是通过阴道镜检查发现的。阴道镜图像由两名独立专家进行双盲审查。对宫颈阴道灌洗样本进行基于 Luminex 珠的检测，以进行 HPV 分型。使用具有 95% 置信区间 (CI) 的单变量和多变量二元泊松回归来估计所选因素与 FGS 和 HPV 阳性之间关联的粗略 (CPR) 和调整后患病率 (APR)。在 500 名入组女性中，302 名拥有有关 FGS 的完整信息和 HPV 诊断，因此符合分析条件。在样本中，检测到 189 例（62.6%，95% CI：56.9-68.1）例 FGS。共有 129 名女性（42.7%，95% CI：37.1-48.5）HPV 检测呈阳性。总共有 80 名女性 (26.5%, 95% CI: 21.6-31.8]) 两种情况检测呈阳性。 FGS 和 HPV 阳性之间没有观察到关联，而既往妊娠 (APR = 0.65, 95% CI: 0.43-0.78) 和年龄较大 (APR = 0.59, 95% CI: 0.42-0.81) 与 HPV 感染呈负相关与没有怀孕和年龄较小的人群相比。研究结果表明，FGS 和 HPV 在马达加斯加农村地区非常流行。这两种情况同时流行，需要紧急调整公共卫生战略，以改善妇女的健康，例如初级护理的综合服务。© 2023。国家寄生虫病研究所。

当前基因组测序的能力超过了功能解释。我们之前的工作表明，3D 蛋白质结构计算增强了对测序肿瘤和罕见疾病患者遗传变异的机制理解。 KRAS GTPase 是驱动癌症和种系疾病的关键遗传因素之一。由于 KRAS 改变的肿瘤经常含有三种经典热点突变之一，因此几乎所有研究都集中在这些突变上，从而在癌症和非癌症疾病中观察到的更广泛的 KRAS 基因组景观中留下了显着的功能模糊性。在此，我们通过分子模拟扩展结构生物信息学，以研究 86 个 KRAS 突变的扩展景观。我们确定了与实验建立的 KRAS 生物物理和生化特性密切相关的多种协调变化。我们观察到的模式跨越热点和非热点改变，这些改变都可以使开关区域失调，产生具有不同效应子结合倾向的突变限制构象。我们通过实验测量了突变热稳定性，并通过模拟识别了共享和不同的模式。我们的结果表明了突变特异性构象，这显示了未来研究这些改变如何影响不同分子和细胞功能的潜力。我们提供的数据无法使用当前的基因组工具进行预测，这证明了从分子模拟中获得的附加功能信息，用于解释人类遗传变异。© 2023 作者。

癌细胞系在癌症研究中至关重要，但准确鉴定这些细胞系可能具有挑战性，特别是对于具有密切遗传相似性的近亲细胞系。我们引入了一种新的癌细胞系猎人（CCLHunter）方法来应对这一挑战。该方法利用单核苷酸多态性、表达谱和亲缘拓扑信息来准确鉴定 1389 个人类癌细胞系。 CCLHunter 可以精确有效地鉴定来自近亲谱系的细胞系和来自同一个体其他组织的细胞系。我们的评估结果表明，CCLHunter 的完全准确率为 93.27%，即使对于近亲细胞系，准确率也高达 89.28%，优于现有方法。此外，我们还通过独立软件和 Web 服务器提供对 CCLHunter 的便捷访问：https://ngdc.cncb.ac.cn/cclhunter。© 2023 作者。

人们越来越多地研究源自肠道微生物群的小分子，以更好地了解人类肠道微生物群的功能作用。芳香族氨基酸（AAA）的微生物代谢物与许多疾病有关，例如代谢紊乱、慢性肾病、炎症性肠病、糖尿病和癌症。重要的微生物 AAA 代谢物通常是通过对从人类或动物模型中收集的生物样本进行整体代谢物分析来发现的。随后使用靶向分析进行代谢物身份确认和绝对定量，可以对不同研究进行比较，从而建立潜在代谢物生物标志物的阈值浓度。由于其出色的选择性和灵敏度，联用质谱 (MS) 技术通常用于识别和定量各种生物基质中的 AAA 代谢物。在这里，我们总结了过去五年基于 MS 分析肠道微生物群衍生 AAA 的方法学的进展。讨论了样品制备、方法验证、分析性能和相关分析的统计方法，以及未来的前景。© 2023 作者。