前列腺特异性抗原 (PSA) 水平受到与前列腺癌风险无关的遗传变异的影响。较高 PSA 水平的遗传倾向是否会导致前列腺癌诊断检查的倾向尚不清楚。参与者是 3110 名非洲和欧洲血统的男性，年龄 45-70 岁，没有前列腺癌，基线 PSA < 4 ng/mL ，接受常规临床 PSA 筛查。该暴露是多基因评分 (PGS)，包含 111 个与 PSA 水平相关的单核苷酸多态性，但与前列腺癌无关。我们测试了 PGS 是否与以下因素相关：1) PSA 值 > 4 ng/mL，2) PSA 升高的国际疾病分类 (ICD) 代码，3) 与泌尿科医生会面，或 4) 前列腺活检。多变量 Cox 比例风险模型根据年龄和遗传主成分进行了调整。分析按年龄（45-59 岁和 60-70 岁）进行分层。协会估计值是根据 PGS 中的标准差变化得出的。平均年龄为 56.6 岁，2118 名参与者 (68%) 年龄为 45-59 岁。中位 (IQR) 基线 PSA 水平为 1.0 (0.6-1.7) ng/mL。在 45-59 岁的男性中，PGS 与 PSA > 4 相关（风险比 [HR] = 1.35 [95% CI, 1.17-1.57], p = 4.5 × 10-5），这是 PSA 升高的 ICD 代码（ HR = 1.30 [1.12-1.52]，p = 8.0 × 10-4），泌尿外科评估（HR = 1.34 [1.14-1.57]，p = 4.8 × 10-4），并进行前列腺活检（HR = 1.35 [ 1.11-1.64]，p = 0.002）。在 60-70 岁的男性中，关联效应较小且不显着。45-59 岁男性中 PSA 水平升高的倾向与 PSA 升高的临床评估相关。美国国立卫生研究院 (NIH)。版权所有 © 2023作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

对免疫检查点抑制剂（ICI）反应的个体差异仍然是癌症治疗的主要挑战。肠道微生物组的组成与不同的 ICI 结果相关，但潜在的分子机制仍不清楚，治疗调节具有挑战性。我们建立了一个体内模型，用 I 型干扰素 (IFN-I) 治疗 C57Bl/6j 小鼠-调节细菌衍生的代谢物脱氨酪氨酸 (DAT)，以改善 ICI 治疗。广谱抗生素被用来模拟肠道微生物失调和相关的 ICI 耐药性。我们利用遗传小鼠模型来研究宿主 IFN-I 在 DAT 调节的抗肿瘤免疫中的作用。使用 16S-rRNA 测序分析评估肠道微生物群的变化。我们发现给小鼠口服补充微生物代谢物 DAT 可以延缓肿瘤生长，并促进抗 CTLA-4 或抗 PD-1 的 ICI 免疫治疗。 DAT 增强的抗肿瘤免疫力与肿瘤微环境中更多活化的 T 细胞和自然杀伤细胞相关，并且依赖于宿主 IFN-I 信号传导。与此一致的是，在接种 IFN-I 诱导佐剂后，DAT 有效增强了抗原特异性 T 细胞的扩增。小鼠补充 DAT 可以补偿广谱抗生素引起的生态失调对抗 CTLA-4 介导的抗肿瘤免疫的负面影响。口服 DAT 改变了小鼠的肠道微生物组成，增加了细菌分类群的丰度，这些细菌分类群与 ICI 免疫疗法的有益反应相关。我们介绍了使用 IFN-I 调节细菌衍生代谢物来克服 ICI 耐药性的治疗用途。这种方法是一种很有前途的策略，特别是对于有广谱抗生素使用史和相关肠道微生物多样性丧失的患者。黑色素瘤研究联盟、德国研究联盟、德国癌症援助组织、威廉·桑德基金会、诺华基金会。版权所有 © 2023 作者（ s）。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

高疫苗接种率和自然感染率可提高免疫力并重新定向病毒的选择性适应。安装了更新的助推器来应对漂移的病毒，但缺乏在现实世界中不断增加的免疫压力下适应性进化的数据。 表征 SARS-CoV-2 突变动态和超过 1 年选择性适应的横断面研究疫苗状态、病毒系统发育以及相关的临床和人口统计学变量。2021 年 7 月至 2022 年 8 月期间纽约大都会区超过 5400 例 SARS-CoV-2 感染的研究描绘了从 Delta 到 Omicron BA.1-BA.5 的进化转变变体。在 Delta 浪潮期间实施了加强疫苗接种，但加强突破感染和 SARS-CoV-2 再次感染几乎是 Omicron 所独有的。在调整后的逻辑回归分析中，与 BA.2.12.1 或 BA.4 不同，BA.1、BA.2 和 BA.5 相对于增强群体中的共存谱系具有显着的生长优势。加强注射的选择压力转化为 Delta 刺突中的弥漫性适应性进化，与 BA.2-BA.5 刺突中强烈的、以受体结合基序为中心的适应性进化形成鲜明对比（Fisher 精确测试；每个位点的非同义/同义突变率） 。趋同进化在 Omicron 中已变得很常见，涉及对免疫逃逸、受体结合或裂解至关重要的尖峰位置。需要加强注射来应对免疫缺陷。它们的区别性免疫压力有助于其有效性，但也需要监测选择性病毒适应过程。 Omicron BA.2 和 BA.5 在加强疫苗接种压力下具有选择性优势，有助于在 2023 年占主导地位的 BA.2 和 BA.5 亚系和重组形式的进化。该研究得到了纽约大学机构基金的支持，部分得到了劳拉和艾萨克珀尔穆特癌症中心癌症中心支持拨款 P30CA016087。版权所有 © 2023 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

乳腺癌是女性中最常见的癌症形式。癌症肿瘤的微环境被各种细胞包围，包括微生物群。微生物与其宿主之间的不平衡可能会导致乳腺癌的发生和扩散。因此，本研究的目的是研究粪肠球菌对乳腺癌细胞系（MCF-7）的影响，以模拟乳腺癌的管腔A亚型，使用非靶向蛋白质组学方法分析乳腺癌细胞的蛋白质组谱在接受粪肠球菌治疗后，为了了解微生物组及其在癌症发展中的作用。培养乳腺癌细胞系 MCF-7，然后在 37°C、5% CO2 的加湿培养箱中在两个时间点（24 小时和 48 小时）用 10% 细菌上清液处理。然后使用二维差异 (2D-DIGE) 凝胶电泳提取和分离蛋白质，并通过基质辅助激光解吸/电离时间鉴定具有统计学意义的蛋白质（p 值 < 0.05，倍数变化 > 1.5）。 -飞行质谱（MALDI-TOF-MS）。与对照组相比，粪肠球菌处理 24 和 48 小时的细胞中的蛋白质指纹显示出差异的蛋白质表达模式。我们发现受粪肠球菌影响的 MCF-7 乳腺癌细胞中有 58 个具有统计学意义的蛋白质变化。 Kilin 和 transgelin 在治疗 24 小时后表达上调，可用作乳腺癌的诊断和预后标志物。此外，另一种参与抑制细胞增殖的蛋白质是含有卷曲螺旋结构域的蛋白质154。本研究中鉴定的蛋白质标记物可以作为乳腺癌进展的可能生物标记物。这促进了它们未来作为癌症治疗和诊断中的重要治疗目标的使用，并增加了我们对乳腺微生物组及其在癌症发展中的作用的了解。

科学证据越来越多地支持饮食与健康之间的密切联系，承认均衡的饮食在预防肥胖、糖尿病、心血管问题和某些类型的癌症等慢性疾病方面发挥着至关重要的作用。这一观点为开发精准饮食打开了大门，特别是针对有患癌症风险的个体。它涵盖了广阔的研究领域，涉及对具有多级“组学”组成的不断扩大的化合物的研究，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、表观基因组学、miRNA组学和代谢组学。我们从化学和药理学的角度回顾了南欧大西洋饮食 (SEAD) 的成分。查阅的信息来源，辅以蛋白质数据库的晶体学数据，在 SEAD 及其抗癌特性之间建立了直接联系。收集到的数据强烈表明 SEAD 具有异常健康的特点，特别是因为其食品中含有有益的生物分子。在这种饮食中加入橄榄油和辣椒粉可带来许多健康益处，科学证据支持含有源自芸苔属蔬菜的生物分子的膳食补充剂的抗癌特性。尽管如此，该领域仍需进一步研究，以更深入地了解 SEAD 生物活性化合物抗癌的潜在益处。

癌症是一种复杂且异质的疾病，对全球健康构成重大威胁。早期诊断和治疗对于改善患者预后至关重要，液体活检的使用已成为癌症检测和监测的一种有前途的方法。传统上，癌症诊断依赖于侵入性组织活检，其收集对患者来说具有挑战性，并且由于肿瘤异质性，其结果可能并不总是提供准确的结果。液体活检越来越受到关注，因为它们提供了一种非侵入性且可获取的癌症生物标志物来源，可用于诊断癌症、监测治疗反应和检测复发。蛋白质组学、基因组学和代谢组学等组学技术的整合，通过引入精准肿瘤学并根据患者独特的肿瘤生物学特性为个体患者量身定制治疗方案，进一步增强了液体活检的能力。在这篇综述中，我们将讨论癌症液体活检领域的挑战和进展，以及不同类型液体活检（包括血液、泪液、尿液、汗液、唾液和脑脊液）的组学技术的整合。© 作者（s）2023。

白蛋白纳米粒子（NP）和聚乙二醇化脂质体由于其独特的理化性质而作为治疗药物载体引起了极大的兴趣。这些独特的性质也对生物环境中这些纳米粒子周围形成的蛋白质冠的组成和结构产生显着影响。在此，通过体外和模拟研究同时评估了白蛋白纳米颗粒和脂质体上的蛋白冠形成。两种类型的纳米粒子在被引入胎牛血清后，其尺寸随着带负电荷的界面的增加而增加。通过凝胶电泳和无标记定量蛋白质组学来鉴定硬冠上募集的蛋白质，发现白蛋白纳米粒子中的蛋白质比脂质体中的蛋白质少，这与等温滴定量热法一致。两种纳米颗粒的细胞摄取效率在不同的血清浓度下存在显着差异，通过将抗癌化合物负载到白蛋白纳米颗粒中进一步检查了这一点。与脂质体相比，硬蛋白冠的存在增加了白蛋白纳米颗粒的细胞摄取。在我们的模拟研究中，膜中存在的特定受体被白蛋白-载脂蛋白 E 复合物极大地吸引。总体而言，这项研究不仅评估了白蛋白纳米颗粒上蛋白冠的形成，而且在基于白蛋白和脂质体的治疗系统方面取得了有希望的进展。

同源重组 (HR) 介导的 DNA 修复是维持基因组稳定性的先决条件。聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂（PARPis）选择性消除 HR 缺陷（HRD）的癌细胞。迄今为止，HR 相关基因测序和分析基因组不稳定性已被用作 PARPi 治疗的临床预测。然而，这些基因检测不能反映HR状态的动态变化。在这里，我们开发了一种基于病毒和活动的功能测定，可以直接量化实时 HR 活动。我们的功能检测不是关注一些 HR 相关基因，而是检测终点 HR 活性，并建立一个活性阈值来识别跨癌症类型的 HRD，并通过 PARPi 敏感性和 BRCA 状态进行验证。值得注意的是，这种基于荧光的检测可应用于患者的原发性卵巢癌细胞，以反映其 HRD 水平，这与生存获益相关。因此，我们的工作提供了一种功能测试来预测原发癌细胞对 PARPis 的反应。版权所有 © 2023 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。

翻译后修饰 (PTM) 在扩展蛋白质功能多样性方面发挥着关键作用，从而调节原核和真核生物中的多种细胞过程。磷酸化修饰是大多数蛋白质中发生的重要 PTM，并在许多生物过程中发挥重要作用。磷酸化过程的紊乱会导致多种疾病，包括神经系统疾病和癌症。这篇综述论文的目的是整理与磷酸化位点（p 位点）预测相关的知识体系，以促进该领域的未来研究。首先，我们全面回顾了所有相关数据库，并介绍了 p 位点预测中数据集创建、数据预处理和方法评估的所有步骤。接下来，我们研究了 p 位点预测方法，这些方法分为两个计算组：算法和机器学习 (ML)。此外，研究表明，机器学习的 p 位点预测基本上有两种主要方法：传统方法和端到端深度学习方法，并对这两种方法进行了概述。此外，这项研究还介绍了最重要的特征提取技术，这些技术主要用于p位点预测。最后，我们根据一般物种和人类物种，利用与 2022 年发布的 dbPTM 数据库版本相关的新蛋白质创建了三个测试集。对 dbPTM 2022 版本中引入的新添加蛋白质（与 dbPTM 2019 版本中的蛋白质不同）评估在线 p 位点预测工具揭示了其局限性。换句话说，这些在线 p 位点预测工具对看不见的蛋白质的实际性能明显低于各自研究论文中报告的结果。版权所有 © 2023。由 Elsevier B.V. 出版。

抑制具有 Ig 和 ITIM 结构域的 T 细胞免疫受体 (TIGIT)/脊髓灰质炎病毒受体途径可能会放大 atezolizumab 在程序性死亡配体 1 选择的肿瘤中的抗肿瘤免疫反应。 评估抗 TIGIT 抗体 tiragolumab 的安全性和抗肿瘤活性GO30103 开放标签、首次人体 1a/1b 期剂量递增和剂量扩展非随机对照试验在 6 个国家（澳大利亚、加拿大、法国、韩国、西班牙和美国）。 1a 阶段的开始日期为 2016 年 5 月 23 日，1b 阶段的开始日期为 2016 年 10 月 11 日。患者年龄在 18 岁或以上，基线时患有可测量的疾病。临床截止日期为2021年10月1日。数据分析于2022年1月24日进行。患者在第1a期中每个21天周期的第1天接受固定剂量静脉注射tiragolumab（2 mg逐渐增加至1200 mg），加上固定剂量- 1b 期静脉注射 atezolizumab（每 3 周 1200 mg）。患者接受治疗，直至疾病进展、临床获益丧失或出现不可接受的毒性。主要终点包括 tiragolumab 或 tiragolumab 加 atezolizumab 组合的安全性、耐受性和推荐 2 期剂量 (RP2D)。次要终点包括研究者评估的客观缓解率（ORR）。计数和百分比用于分类变量，中位数和范围用于连续变量。在 1a 期 (n = 24) 和 1b (n = 49) 剂量递增队列中，中位年龄为 60 岁（范围为 40-分别为 77）和 54（范围，25-81）岁。超过一半的患者是女性（24 名患者中的 14 名 [58%] 和 49 名患者中的 25 名 [51%]），超过三分之一的患者（10 名 [42%] 和 18 名 [37%]）曾患过 4 种或以上癌症疗法。没有发生剂量限制性毒性，并且未达到替拉古单抗的最大耐受剂量（NR）。最常见的治疗相关不良事件 (AE) 是 1a 期的疲劳（24 例中的 5 例 [21%]）和 1b 期的瘙痒（49 例中的 5 例 [10%]）；大多数 AE 为 1 级或 2 级。在 1a 期和 1b 期，免疫介导的 AE 分别发生在 24 名患者中的 4 名 (17%) 和 49 名患者中的 29 名 (59%)（主要为 1 级或 2 级）。 tiragolumab的RP2D为每3周静脉注射600 mg，在1b期剂量扩展中进行了测试。 1a 期期间确认的 ORR 为 0%，1b 期期间有 6% 的患者 (n = 3) 具有抗肿瘤活性的证据。 1b 期 Tiragolumab 联合 atezolizumab 的安全性在剂量递增和剂量扩展队列中相似。非小细胞肺癌 (NSCLC) 队列（中位缓解持续时间 [DOR]，NR）中确认的 ORR 为 46%（13 人中的 6 人），食管癌 (EC) 队列中为 28%（18 人中的 5 人） （中位 DOR，15.2 [95% CI，7.0 至 NR] 个月）。在这项非随机对照试验中，无论联合或不联合阿特佐利珠单抗，tiragolumab 均具有良好的耐受性；没有观察到新的安全信号。在患有癌症免疫治疗的转移性 NSCLC 或 EC.ClinicalTrials.gov 标识符：NCT02794571 的患者中证明了联合方案的初步抗肿瘤活性。