研究动态
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Acta Crystallographica Section D-Structural Biology
2023 Nov 01
YoungTaeLee,EAllenSi...
Crystal structures of the DExH-box RNA helicase DHX9.
Acta Crystallographica Section D-Structural Biology
DHX9 是一种 DExH-box RNA 解旋酶,在转录、翻译、RNA 加工和 DNA 复制调节方面具有多种功能。 DHX9 最近已成为肿瘤学的一个有前途的靶标,但迄今为止尚未发表哺乳动物结构。在此,报道了与 ADP 结合的人、狗和猫 DHX9 的晶体结构。三种哺乳动物 DHX9 结构具有相同的结构折叠。此外,DHX9 的整体结构和单个结构域结构与 MLE 的结构和单个结构域结构高度保守,MLE 是 DHX9 的果蝇直系同源物,之前已与 RNA 和 ATP 的过渡态类似物形成复合物。由于结合底物和整体结构域方向的差异,哺乳动物 DHX9 和 MLE 结构之间 dsRNA 结合结构域 2 (dsRBD2) 的局部环构象和占据情况不同。结构变化的综合效应极大地改变了 RNA 结合通道,为比较解旋酶的活性和非活性状态提供了机会。最后,哺乳动物 DHX9 结构为基于结构的药物设计工作提供了潜在的工具。
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ACS Infectious Diseases
2023 Oct 16
RuihuaZhang,Tingting...
Dendritic Cell-Derived Exosomes Stimulated by Treponema pallidum Induce Endothelial Cell Inflammatory Response through the TLR4/MyD88/NF-κB Signaling Pathway.
ACS Infectious Diseases
最近的研究表明外泌体与血管损伤有关。本研究探讨了梅毒螺旋体(T. pallidum)产生的树突状细胞衍生的外泌体对血管细胞炎症过程的影响。将人脐静脉内皮细胞 (HUVEC) 与从梅毒螺旋体诱导的树突状细胞中分离的外泌体共培养。使用蛋白质印迹和逆转录定量实时聚合酶链反应来评估 Toll 样受体 4 (TLR4) 的表达和促炎细胞因子的数量。研究结果表明,TLR4 的表达显着上调,并且 TLR4 敲低显着降低了外泌体中白细胞介素 1β (IL-1β)、白细胞介素 6 (IL-6) 和肿瘤坏死因子 α (TNF-α) 的产生。处理过的 HUVEC。此外,在外泌体处理的 HUVEC 中,TLR4 沉默降低了骨髓分化初级反应蛋白 88 (MyD88) 和活化 B 细胞核因子 kappa 轻链增强子 (NF-κB) 的水平。此外,用 NF-κB 抑制剂 BAY11-7082 抑制 NF-κB 的活性,也可以减少外泌体处理的炎症反应。我们的结果表明,梅毒螺旋体刺激的树突状细胞来源的外泌体诱导内皮细胞炎症,并且TLR4/MyD88/NF-κB信号轴被激活,显着增加IL-1β、IL-6和TNF-α的表达。这可能在梅毒的血管炎症反应中发挥重要作用,这将有助于了解梅毒的发病机制和宿主对梅毒螺旋体的免疫反应。
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Oncogenesis
2023 Oct 02
GuoliWang,XinHe,Huiq...
WDR4 promotes the progression and lymphatic metastasis of bladder cancer via transcriptional down-regulation of ARRB2.
Oncogenesis
淋巴结(LN)转移是膀胱癌的关键预后因素之一,但其潜在机制仍不清楚。在这里,我们发现膀胱癌中 WD 重复结构域 4 (WDR4) 的表达升高与预后较差相关。 WDR4可以促进膀胱癌细胞的淋巴结转移和增殖。机制研究表明,WDR4可以促进DEAD-box解旋酶20(DDX20)的核定位,并作为接头结合DDX20和早期生长反应1(Egr1),从而抑制Egr1促进的视紫红质抑制蛋白β2(ARRB2)的转录表达最终导致膀胱癌的进展。免疫组织化学分析证实,WDR4 表达也是膀胱癌 LN 转移的独立预测因子。我们的结果揭示了膀胱癌淋巴结转移和进展的新机制,并将 WDR4 确定为转移性膀胱癌的潜在治疗靶点。© 2023。Springer Nature America, Inc.
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Molecular Therapy-Nucleic Acids
2023 Dec 12
XiangmeiLi,YalanHe,Y...
PathwayTMB: A pathway-based tumor mutational burden analysis method for predicting the clinical outcome of cancer immunotherapy.
Molecular Therapy-Nucleic Acids
免疫疗法已成为最有前途的癌症治疗方法之一,但只有少数患者对其有反应,这表明迫切需要更有效的生物标志物。这项研究开发了一种名为 PathwayTMB 的通路分析方法,用于识别基因组突变通路,作为预测免疫治疗临床结果的潜在生物标志物。 PathwayTMB 首先计算患者特定的基于通路的肿瘤突变负荷 (PTMB),以反映每个通路的累积突变程度。然后,它筛选突变的生存获益相关途径,以构建基于 PTMB (IPSP) 的免疫相关预后特征。在黑色素瘤训练集中,IPSP 高的患者比 IPSP 低的患者表现出更长的总生存期和更高的缓解率。此外,与TMB相比,IPSP显示出更优异的预测效果。此外,IPSP 的预后和预测价值在两个独立的验证集中得到了一致的验证。最后,在多癌症数据集中,PathwayTMB 也表现出了良好的性能。我们的结果表明 PathwayTMB 可以识别预测免疫治疗生存的突变途径,它们的组合可以作为免疫检查点抑制剂治疗的潜在预测生物标志物。© 2023 作者。
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Molecular Therapy-Nucleic Acids
2023 Dec 12
PriyankaMohapatra,Sw...
Nimbolide-based nanomedicine inhibits breast cancer stem-like cells by epigenetic reprogramming of DNMTs-SFRP1-Wnt/β-catenin signaling axis.
Molecular Therapy-Nucleic Acids
三阴性乳腺癌 (TNBC) 含有高比例的乳腺癌干细胞样细胞 (BCSC),这会导致疾病的不良预后、转移和复发。因此,针对 BCSC 可能是对抗 TNBC 的一种有前途的方法。在此背景下,我们研究了印楝内酯 (Nim),这是一种柠檬苦素三萜类化合物,具有有效的抗癌特性,但较差的药代动力学和低生物利用度限制了其治疗应用。因此,为了增强 Nim 的治疗潜力,我们配制了 Nim 封装的聚乳酸-乙醇酸 (PLGA) 纳米颗粒 (Nim NP),并在体外和体内评估了抗癌干细胞 (CSC) 效果。体外研究表明,与天然 Nim 相比,Nim NP 显着抑制 BCSC 的几个固有特征,例如干性、自我更新性、化疗耐药性、上皮间质转化 (EMT) 和迁移。接下来,探讨了 Nim 抗 CSC 作用背后的机制。从机制上讲,我们发现 Nim 通过下调 DNA 甲基转移酶 (DNMT) 来表观遗传恢复肿瘤抑制基因分泌型卷曲相关蛋白 1 (SFRP1) 的表达,从而抑制 Wnt/β-catenin 信号传导。此外,体内结果表明,在两个临床前模型中,与天然 Nim 相比,Nim NP 表现出增强的抗肿瘤和抗转移作用,且没有任何全身毒性。总体而言,这些发现提供了概念证明,即基于 Nim 的植物纳米药物可以通过 DNMTs-SFRP1-Wnt/β-catenin 信号轴的表观遗传重编程来抑制 BCSC。© 2023 作者。
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Molecular Therapy-Nucleic Acids
2023 Dec 12
MatteoRossi,MikhailS...
Efficient shRNA-based knockdown of multiple target genes for cell therapy using a chimeric miRNA cluster platform.
Molecular Therapy-Nucleic Acids
基因组工程技术是基于细胞的免疫疗法中优化或微调细胞功能的强大工具。然而,它们用于多个基因编辑带来了相关的生物学和技术挑战。基于短发夹 RNA (shRNA) 的细胞工程绕过了这些关键问题,是基于 CRISPR 的基因编辑的有效替代方案。在这里,我们描述了一种基于 microRNA (miRNA) 的多重 shRNA 平台,该平台通过将高效的 miRNA 支架组合成嵌合簇而获得,以传递多达四个 shRNA 样序列。由于其尺寸有限,我们的盒可以与所有 CAR 组件一起在一步过程中部署,从而简化工程 CAR T 细胞的生成。 shRNA 平台的即插即用设计使我们能够在不影响系统性能的情况下交换每个 shRNA 衍生的指导序列。通过适当选择目标序列,我们能够实现功能性 KO,或者微调目标基因的表达水平,所有这些都不需要进行基因编辑。通过我们的策略,我们同时实现了多个靶基因的简单、安全、高效和可调的调节。这种方法允许在工程细胞的转录组中有效引入多种功能相关的调整,这可能会导致在具有挑战性的环境(例如实体瘤)中提高性能。© 2023 作者。
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Molecular Therapy-Nucleic Acids
2023 Dec 12
YilinGuo,ShiqiYan,We...
Translatomics to explore dynamic differences in immunocytes in the tumor microenvironment.
Molecular Therapy-Nucleic Acids
蛋白质是所有生物体的重要组成部分,主要负责生命活动;此外,它的合成依赖于高度复杂和准确的翻译系统。对于蛋白质来说,翻译水平的调控超过转录、mRNA降解和蛋白质降解过程的总和。因此,有必要研究翻译层面的规制。翻译过程的不平衡可能会改变细胞景观,不仅导致癌症的发生、维持、进展、侵袭和转移,还会影响免疫细胞的功能,改变肿瘤微环境。需要对转录和蛋白质图谱进行详细分析,以更好地了解基因翻译是如何发生的。然而,需要在 mRNA 和蛋白质水平之间建立更严格的直接相关性,这在一定程度上限制了进一步的研究。翻译组学是一种对核糖体相关mRNA进行捕获和测序的技术,可以有效识别癌症发生过程中核糖体停滞和局部翻译异常引起的翻译变化,以进一步了解肿瘤微环境中癌细胞本身和免疫细胞翻译景观的变化,可为肿瘤治疗提供新的策略和方向。© 2023 作者。
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Molecular Therapy-Nucleic Acids
2023 Dec 12
HongboZhang,HongdanW...
Construction and application of adenoviral vectors.
Molecular Therapy-Nucleic Acids
腺病毒载体由于基因组操作方便、能够容纳大的外源基因片段、易于获得高滴度病毒以及转导效率高,已被广泛用作针对传染病的候选疫苗或潜在候选疫苗。同时,腺病毒载体也被广泛应用于癌症基因治疗和单基因缺陷引起的疾病的临床研究。然而,腺病毒的应用也面临着靶向性差、载体本身免疫反应强、无法重复使用等一系列挑战。相信随着相关领域的进一步研究和技术发展,这些问题将会逐步得到解决。本文综述了包括“无肠”腺病毒在内的腺病毒载体的构建方法,并讨论了腺病毒载体作为感染性病原体预防性疫苗的应用及其作为癌症和人乳头瘤病毒、肝炎等其他慢性传染病治疗性疫苗的应用前景。 B 病毒和丙型肝炎病毒。© 2023 作者。
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Journal of Biological Engineering
2023 Sep 25
AzarBakand,SevilVagh...
Efficient targeting of HIF-1α mediated by YC-1 and PX-12 encapsulated niosomes: potential application in colon cancer therapy.
Journal of Biological Engineering
许多分子生物因子已被证实与结直肠癌(CRC)的发病机制和不良预后相关。其中,缺氧诱导因子(HIF-1a)经常被报道过度表达,其靶向可以限制和控制结直肠癌的多种基本特征。纳米体是创新的药物递送载体,具有同时共同负载亲水性和疏水性药物的封装能力。此外,它们还可以增强局部蓄积,同时最大限度地减少药物的剂量和副作用。 YC-1 和 PX-12 是 HIF-1a 的两种抑制剂。这项工作的目的是合成双负载 YC-1 和 PX-12 脂质体,以有效靶向 CRC、HT-29 细胞中的 HIF-1α。通过薄膜水合法制备了囊泡体,然后使用 Box-Behnken 设计通过中心组合法 (CCD) 开发和优化了 YC-1 和 PX-12 (NIO/PX-YC) 的囊泡体制剂。尺寸、多分散指数(PDI)、包封效率(EE)。此外,还通过 DLS、FESEM、TEM 显微镜以及 FTIR 光谱对它们进行表征。此外,还评估了包封效率、体外药物释放动力学和稳定性。用 NIO/PX-YC 处理 HT-29 细胞后进行细胞毒性、细胞凋亡和细胞周期研究。研究NIO/PX-YC处理后HIF-1α在mRNA和蛋白水平的表达。制备的NIO/PX-YC的平均粒径为185 nm,zeta电位约为7.10 mv,形态为球形。此外,PX-12和YC-1的包封率分别约为78%和91%,具有可持续、可控的释放。检测到NIO/PX-YC比游离状态的PX-YC对细胞存活率、细胞凋亡和HIF-1α基因/蛋白表达的影响更大(p < 0.05)。总之,双负载 YC-1 和 PX-12 的类脂质体增强了药物对 HIF-1α 的抑制作用,从而增强了其抗癌作用。© 2023。BioMed Central Ltd.,Springer Nature 旗下公司。
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Journal of Biological Engineering
2023 Oct 02
HajarQAlijani,Mehrda...
Biosynthesis of ternary NiCoFe2O4 nanoflowers: investigating their 3D structure and potential use in gene delivery.
Journal of Biological Engineering
多组分纳米颗粒系统以其不同的特性和功能而闻名,并显示出作为基因纳米载体的潜力。本研究旨在合成和表征三元镍钴铁氧体 (NiCoFe2O4) 纳米颗粒,该纳米颗粒有可能作为癌症/基因治疗的基因纳米载体。生物纳米载体是采用遵循绿色化学原理的简单且环保的方法制备的。通过X射线衍射、振动样品磁力计、X射线光电子能谱和Brunauer-Emmett-Teller分析了纳米粒子的物理化学性质。为了评估纳米粒子的形态,采用场发射扫描电子显微镜、能量色散X射线光谱、高分辨率透射电子显微镜成像和电子断层扫描进行了研究。结果表明,纳米颗粒具有具有介孔性质的纳米花形态和立方尖晶石结构,其中棒状和球形纳米颗粒变成具有特定方向的玫瑰状。研究发现,这些纳米颗粒在浓度为 1 至 250 µg·mL-1 的情况下,对人胚胎肾 293 (HEK-293 T) 细胞具有最小的毒性。我们还证明,纳米颗粒可以用作基因纳米载体,利用外部磁场将基因递送至 HEK-293 T 细胞,在 N/P 比为 2.5 时实现最佳转染效率。该研究表明,生物多组分纳米载体在癌症/基因治疗中显示出安全有效的基因传递的潜力。© 2023。BioMed Central Ltd.,Springer Nature 旗下公司。
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