研究动态
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MOLECULAR CELL
2023 Oct 06
YuzhiWang,ConnerMTra...
N6-methyladenosine in 7SK small nuclear RNA underlies RNA polymerase II transcription regulation.
MOLECULAR CELL
N6-甲基腺苷 (m6A) 修饰在 RNA 代谢中发挥着至关重要的作用。 m6A 如何调节 RNA 聚合酶 II (RNA Pol II) 转录仍不清楚。我们发现 7SK 小核 RNA (snRNA)(RNA Pol II 启动子近端暂停的调节因子)在非小细胞肺癌 (NSCLC) 细胞中经过高度 m6A 修饰。在 A549 细胞中,我们鉴定了 7SK 上的 8 个 m6A 位点,并发现甲基转移酶样 3 (METTL3) 和 alkB 同源物 5 (ALKBH5) 作为负责的写入器和擦除器。当 m6A-7SK 被 dCasRx-ALKBH5 融合蛋白特异性擦除时,A549 细胞生长由于 RNA Pol II 转录减少而减弱。从机制上讲,去除 m6A 会导致 7SK 结构重排,从而促进正转录延伸因子 b (P-TEFb) 复合物的隔离,从而导致 RNA Pol II C 末端结构域中丝氨酸 2 磷酸化 (Ser2P) 的减少以及RNA Pol II 位于启动子近端区域。综上所述,我们发现非编码 RNA 的 m6A 修饰可调节 RNA Pol II 转录和 NSCLC 肿瘤发生。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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MOLECULAR CELL
2023 Oct 03
MingtongMa,YifangDan...
TAK1 is an essential kinase for STING trafficking.
MOLECULAR CELL
干扰素基因刺激子 (STING) 从内质网 (ER) 易位至 ER-高尔基中间室 (ERGIC) 使其激活。然而,STING 从 ER 退出的调节机制仍然难以捉摸。在这里,我们发现,在 STING 以 TAK1 结合蛋白 1 (TAB1) 依赖性方式运输之前,STING 会诱导转化生长因子 β 激活激酶 1 (TAK1) 的激活。有趣的是,激活的 TAK1 直接介导 STING 丝氨酸 355 上的磷酸化,从而促进其与 STING ER 退出蛋白 (STEEP) 的相互作用,从而促进其寡聚化并易位至 ERGIC 以进行后续激活。重要的是,在小鼠同种异体移植肿瘤模型中,单磷酰脂质 A(一种 TLR4 激动剂)对 TAK1 的激活可增强 cGAMP 诱导的依赖于 STING 磷酸化的抗肿瘤免疫。总而言之,TAK1 通过促进其运输而被确定为 STING 激活的检查点,为组合肿瘤免疫疗法和 STING 相关疾病的干预提供基础。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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MOLECULAR CELL
2023 Oct 19
MartonTiborKovacs,Ma...
DNA damage induces nuclear envelope rupture through ATR-mediated phosphorylation of lamin A/C.
MOLECULAR CELL
核膜(NE)的完整性对于维持细胞核的结构稳定性至关重要。在癌细胞中经常观察到 NE 的破裂,特别是在物理限制和迁移等机械挑战的情况下。然而,也有报道称,自发的 NE 破裂事件对细胞没有任何明显的物理挑战。这些自发的 NE 破裂事件的分子机制仍有待探索。在这里,我们证明 DNA 损伤和随后的 ATR 激活会导致 NE 破裂。 DNA 损伤后,核纤层蛋白 A/C 以 ATR 依赖性方式磷酸化,导致核纤层组装发生变化,最终导致 NE 破裂。此外,我们还发现,具有内在 DNA 修复缺陷的癌细胞经常经历 DNA 损伤诱导的 NE 破裂事件,这使得它们对进一步的 NE 扰动极其敏感。利用这种 NE 漏洞可以提供一个新的角度来补充传统的、基于 DNA 损伤的化疗。版权所有 © 2023 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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MOLECULAR CELL
2023 Oct 10
Ming-ChiehChou,Yi-Hs...
PAICS ubiquitination recruits UBAP2 to trigger phase separation for purinosome assembly.
MOLECULAR CELL
嘌呤体作为代谢物,通过在应激条件下划分 DNPS 酶来提高从头嘌呤合成 (DNPS) 的效率。然而,嘌呤体组装的机制及其病理生理功能仍然难以捉摸。在这里,我们表明,通过 cullin-5/锚蛋白重复序列​​和含有 11 (Cul5/ASB11) 泛素连接酶的 SOCS 盒对 DNPS 酶磷酸核糖氨基咪唑羧化酶和磷酸核糖氨基咪唑琥珀酰胺合成酶 (PAICS) 进行 K6 多泛素化,在嘌呤体组装中发挥驱动作用。在几种嘌呤体诱导信号下,ASB11 通过解除 H3K9me3/HP1α 介导的转录沉默而上调,从而刺激 PAICS 多泛素化。多泛素化 PAICS 招募泛素相关蛋白 2 (UBAP2),这是一种具有多段固有无序区域的泛素结合蛋白,从而诱导相分离以触发嘌呤体组装,从而增强 DNPS 途径通量。在人类黑色素瘤中,ASB11 高度表达,以促进组成型嘌呤体的形成,黑色素瘤细胞对其成瘾,以支持其在异种移植模型中的增殖、活力和肿瘤发生。我们的研究确定了嘌呤体组装响应细胞应激的驱动机制,并揭示了嘌呤体形成对人类恶性肿瘤的影响。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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MOLECULAR CELL
2023 Oct 19
KarleneACimprich,Guo...
The crosstalk between DNA repair and immune responses.
MOLECULAR CELL
近年来,越来越多的证据强调了 DNA 损伤修复与免疫反应激活之间的深刻联系。我们与研究人员讨论了它们的机制相互作用以及对癌症和其他疾病的影响。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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MOLECULAR CELL
2023 Oct 19
DivyaRIyer,AlanDD'An...
Fork restart: unloading FANCD2 to travel ahead.
MOLECULAR CELL
在本期《分子细胞》中,Brunner 等人1 揭示,通过 FBXL12 介导的降解从停滞的叉中消除 FANCD2 使细胞能够耐受癌基因诱导的复制应激,从而使 FBXL12 成为癌症治疗的有希望的靶点。版权所有 © 2023 Elsevier Inc.保留权利。
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MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
2023 Oct 04
AnnabelCBeichman,Jac...
Evolution of the Mutation Spectrum Across a Mammalian Phylogeny.
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
尽管进化生物学家长期以来一直认为 DNA 修复功效的变化可能解释了物种间寿命和癌症发病率的一些多样性,但我们对人类以外正常种系突变的变异性的数据很少。在这里,我们通过使用来自 13 种小鼠、猿、熊、狼和鲸类动物的多态性数据来量化突变序列背景偏差,揭示了哺乳动物诱变的谱系和病因学。在对参考基因组可及性和 k-mer 含量的突变谱进行归一化后,我们使用 Mantel 检验推断突变谱分歧与物种之间的遗传分歧高度相关,而生育年龄等生活史特征是突变谱分歧的较弱预测因素。潜在的生物信息学混杂因素仅与一小部分突变谱特征微弱相关。我们发现,之前从人类癌症推断出的类时钟突变特征无法解释哺乳动物突变谱所表现出的系统发育信号,尽管这些特征能够以高度余弦相似性拟合每个物种的 3 聚体谱。相比之下,从人类从头突变数据推断出的父母衰老特征似乎可以解释大部分 1-mer 谱的系统发育信号与新的突变特征的结合。我们假设未来的模型旨在解释哺乳动物诱变的病因学,需要捕捉这样一个事实:更密切相关的物种具有更相似的突变谱;以高余弦相似度拟合每个边缘谱的模型不能保证捕获物种间突变谱变异的层次结构。© 作者 2023。由牛津大学出版社代表分子生物学与进化学会出版。
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MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE
2023 Sep 26
RavindranathKadirapp...
DeepHistoNet: A robust deep-learning model for the classification of hepatocellular, lung, and colon carcinoma.
MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE
近年来,非传染性疾病(NCD)需要更多的关注,因为它们需要专门的基础设施进行治疗。根据癌症人口登记处估计,每年将发现近 80 万个新癌症病例。统计数据提醒人们需要进行早期癌症检测和诊断。癌症识别可以通过手动或计算机辅助算法进行。基于人工的癌症检测是劳动密集型的,而且时间复杂度也更高。相比之下,计算机辅助算法提供了减少时间和手动工作的可行性。出于开发非传染性疾病计算机辅助诊断系统的动机,我们开发了一种癌症检测方法。在本文中,开发了一种基于深度学习(DL)的癌症识别模型。在基于深度学习的架构中,通常使用卷积神经网络来提取特征。所提出的注意力引导、密集连接残差和扩张卷积深度神经网络(称为 DeepHistoNet)可以获得精确的分类模式。在 Kasturba 医学院(KMC)、TCGA-LIHC 和 LC25000 数据集上进行了实验,证明了模型的稳健性。 F1 分数、灵敏度、特异性、召回率和准确性等性能评估指标验证了实验。实验结果表明,所提出的 DeepHistoNet 模型优于其他最先进的方法。所提出的模型能够以 97.1% 的准确率和 0.9867 的曲线接收者工作特征曲线下面积值 (AUC-ROC) 对 KMC 肝脏数据集进行分类,这是与现有模型相比获得的最佳结果。艺术技巧。 DeepHistoNet 在 LC25000 数据集上的性能甚至更好。在LC25000数据集上,所提出的模型实现了99.8%的分类准确率。据我们所知,DeepHistoNet 是一种用于多种组织病理学图像分类的新颖方法。研究亮点:提出了一种用于组织病理学图像癌症分类的新型鲁棒深度学习模型。使用密集的交叉连接残差块提取用于准确分类的精确模式。为网络提供空间注意力,以便在特征提取过程中不会丢失空间信息。 DeepHistoNet 在肝脏、肺和结肠组织病理学数据集上进行训练和评估,以证明其弹性。结果很有希望,并且优于最先进的技术。所提出的方法在 KMC 数据集上获得了 0.9867 的 AUC-ROC 值,分类准确率为 97.1%。所提出的 DeepHistoNet 对 LC25000 数据集进行了分类,准确率达到 99.8%。这是迄今为止获得的最佳结果。© 2023 Wiley periodicals LLC。
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MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE
2023 Sep 28
KhawlaAlsamhary,Fuad...
Biosynthesis cobalt-doped nickel nanoparticles and their toxicity against disease.
MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE
纳米结构在新型医疗和药物输送应用方面具有巨大潜力。本文研究了一种利用 Prosopis fracta 提取物制备纯氧化镍 (NiO) 和 5% 钴掺杂 NiO (Co╫NiO) 纳米颗粒 (NPs) 的绿色方法。通过 PXRD、Raman、UV-Vis、FESEM 和 EDX 分析证明了 Co╫NiO NPs 的产物。 XRD、EDX 和紫外-可见光谱结果显示 NiO NP 中钴掺杂良好。观察到Co=NiO NPs 的粒径约为80 nm。 Co╫NiO NPs对乳腺癌细胞(MCF-7)的细胞毒性的MTT测试结果证实,与NiO NPs相比,掺杂的NiO-NPs对癌细胞的影响更强。因此,表明NiO NPs的掺杂过程导致其对MCF-7细胞的抑制作用增强。研究亮点:采用环保合成方法制备钴掺杂 NiO 纳米粒子,并研究其对 MCF-7 细胞的细胞毒性。© 2023 Wiley periodicals LLC。
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MICROBES AND INFECTION
2023 Sep 28
MohammedARohaim,Emma...
Avian sarcoma/leukosis virus (RCAS)-mediated over-expression of IFITM3 protects chicks from highly pathogenic avian influenza virus subtype H5N1.
MICROBES AND INFECTION
干扰素诱导跨膜蛋白 (IFITM) 的广谱抗病毒活性主要归因于体外抑制病毒进入。在这里,我们使用基于禽肉瘤白血病病毒 (RCAS) 的基因转移系统,并成功生成了组成型表达鸡 IFITM3 (chIFITM3) 的雏鸡。 chIFITM3 过表达雏鸡对高致病性禽流感病毒 (HPAIV) H5N1(进化枝 2.2.1.2)表现出显着的保护作用和疾病耐受性。与对照雏鸡和攻击雏鸡相比,过表达chIFITM3的雏鸡还表现出临床症状的延迟发作、病毒脱落的减少以及组织病理学改变的减轻。这些发现强调,chIFITM3 的过度表达可在体内提供针对人畜共患 H5N1 的实质性防御。版权所有 © 2023 Institut Pasteur。由 Elsevier Masson SAS 出版。版权所有。
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