肿瘤类器官

研究动态

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肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

Stem Cell Research & Therapy

TingLiang,TaoTao,Kai...

Cancer-Associated Fibroblast-Induced Remodeling of Tumor Microenvironment in Recurrent Bladder Cancer.

Stem Cell Research & Therapy

膀胱癌（BC）复发是一个重大的临床挑战，并且通过针对肿瘤微环境（TME）进行治疗是一种有希望的方法。然而，个体TME成分尤其是癌相关成纤维细胞（CAFs）与肿瘤复发之间的关系尚不清楚。本研究利用单细胞RNA测序技术对62,460个细胞进行了初发和复发BC的TME异质性研究。在复发BC中确认了两个癌干细胞（CSC）亚型。还发现了一种炎性CAFs亚型，ICAM1+ iCAFs，与BC复发有特定关联。发现iCAFs能分泌FGF2，FGF2可以作用于rCSC-M的CD44受体，从而维持肿瘤干细胞特性和上皮间质转化。此外，在复发BC中富集了一组单核细胞源性抑制性细胞（MDSCs）——THBS1+单核细胞，它们与CAFs发生相互作用。发现ICAM1+ iCAFs能分泌CCL2，而CCL2则可以与MDSCs上的CCR2结合。此外，iCAFs中升高的STAT3、NFKB2、VEGFA和CTGF水平重新塑造了复发肿瘤的TME。在原位BC小鼠模型中抑制CCL2可以抑制肿瘤生长，减少MDSCs和Tregs，促进肿瘤免疫抑制。研究结果突出了在复发BC中iCAFs在TME细胞间相互作用中的作用。鉴别重要的信号因子有助于推动BC复发的发展，并为新疗法的开发提供有希望的方向。© 2023 The Authors. 由Wiley-VCH GmbH出版的Advanced Science。

Stem Cell Research & Therapy

XiaodongXu,YiminDing...

Post-translational modification of CDK1-STAT3 signaling by fisetin suppresses pancreatic cancer stem cell properties.

Stem Cell Research & Therapy

胰腺癌干细胞（CSCs）促进胰导管腺癌（PDAC）的肿瘤发生和耐药性。细胞周期依赖性激酶1（CDK1）在其他肿瘤中在肿瘤发生中起重要作用，但CDK1在PDAC中的功能尚不清楚。花青素是一种具有抗肿瘤特性的活性黄酮类化合物，然而其在CSCs中的功能尚不明确。本研究证明了CDK1与预后相关，在胰腺癌组织和吉西他滨耐药细胞中高表达。沉默CDK1会削弱肿瘤干性和减少CSCs的亚群表达。我们发现花青素通过阻断CDK1的激酶结构域来抑制胰腺CSCs的特性。通过乙酰化蛋白质组学分析和磷酸化阵列分析，我们证实花青素降低了CDK1的表达，并增加了CDK1在赖氨酸33（K33）上的乙酰化，从而抑制了CDK1的磷酸化。沉默CDK1或STAT3能抑制肿瘤干性特性，而过表达CDK1或STAT3则产生相反的效果。CDK1在K33的突变或乙酰化会减弱STAT3在Y705的磷酸化，从而损害干细胞相关基因的表达和胰腺癌干性。此外，缺乏组蛋白去乙酰化酶3（HDAC3），它可以去乙酰化CDK1，通过调节CDK1的翻译后修饰来调节STAT3的磷酸化，从而降低PDAC的干细胞特性。此外，我们的结果表明，花青素通过抑制CDK1-STAT3轴，通过体外和体内消除胰腺CSCs的亚群，增强了吉西他滨的效果。我们的发现突显了CDK1-STAT3信号翻译后修饰在维持PDAC的癌干性中的作用，并提示以花青素等抑制剂靶向CDK1-STAT3轴是减少耐药性和消除PDAC的潜在治疗策略。© 2023. 美国华人生物科学家协会（SCBA）。

Stem Cell Research & Therapy

MarcelaBragaMansur,M...

Convergent TP53 loss and evolvability in cancer.

Stem Cell Research & Therapy

癌细胞群体通过一个逐步的过程演化，其中涉及组织生态系统背景下最适应的变异体的自然选择，并受治疗的影响进行修改。对患者样本的基因组审查显示了在相似癌症患者之间和个体患者的癌细胞群体内存在着非同寻常的突变特征多样性。这是否意味着高度分化的演化轨迹，还是存在反复和可预测的模式？在不同物种中，主要的进化创新或适应往往被重复或汇集，反映了普遍的选择压力和对最优解的限制。我们认为，这对于进化中的癌细胞尤其适用，特别是与TP53基因相关。TP53的功能丧失变体是癌症中最常见的遗传变化。我们讨论了可能涉及的微环境选择性压力以及这对细胞适应性、可进化性和可能随后产生药物耐药性的深远影响。 © 2023. BioMed Central Ltd. Springer Nature的一部分。

Stem Cell Research & Therapy

BinLu,PabloAvalos,So...

GMP-grade human neural progenitors delivered subretinally protect vision in rat model of retinal degeneration and survive in minipigs.

Stem Cell Research & Therapy

干细胞产品正逐渐进入用于治疗视网膜退化症的早期临床试验阶段。该领域通过经验教训逐渐了解了用于临床前和临床使用的细胞的可比性。如果没有这方面的认识，支持将临床前数据转化为临床研究的数据可能无法充分反映随后在患者中使用的临床级细胞的性能。在Royal College of Surgeons (RCS) 大鼠（一种视网膜色素变性的啮齿动物模型）的亚视网膜空间内注射了研究级人类神经前体细胞 (hNPC) 和临床级hNPC（称为CNS10-NPC）。对CNS10-NPC进行了在同一大鼠模型中进行了新药研究授权调查 (IND)。最后，通过使用眼球大小与人类相当的Yucatan 迷你猪作为大型动物模型，对眼外视网膜细胞输送的手术方法进行了优化。无论是研究级hNPC还是临床级hNPC，都能以剂量依赖的方式存活并提供功能和形态保护，优化的细胞剂量在IND研究中得到定义和使用。移植的CNS10-NPC从注射部位迁移出来，而不会分化为视网膜细胞表型。此外，CNS10-NPC在符合良好实验实践 (GLP) 的毒性和致瘤性研究中表现出长期存活、安全性和有效性，即使在最大可输送剂量下也未观察到细胞过度生长。最后，通过使用与人类眼球大小相当的Yucatan 迷你猪作为大型动物模型，我们对临床中眼外视网膜细胞输送的手术方法进行了优化。这些广泛的研究支持了经批准的IND以及CNS10-NPC用于进行中的视网膜色素变性的1/2a期临床试验 (NCT04284293) 的转化。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.

CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY

SyedRiazUdDin,Sumbul...

Bacteria-Driven Cancer Therapy: Exploring Advancements and Challenges.

CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY

癌症是一种严重的致命疾病，由细胞无限制生长引起，是医学和健康领域面临的最大挑战。传统上，放射疗法、化学疗法和替代癌症疗法等各种治疗策略使用的药物无法到达癌组织，并对非癌细胞产生毒性。癌症免疫疗法在降低癌症发生几率方面取得了卓越成就。我们对癌细胞免疫应答以及免疫细胞杀死癌细胞的机制的关注逐渐在新疗法的发展中发挥了作用。其中，基于细菌的癌症免疫疗法由于其智能和强大的机制在激活宿主抗肿瘤反应方面受到了更多关注。此外，基于细菌的疗法可以作为单一单一疗法或与多种抗癌免疫疗法联合使用，加速获得临床疗效。在本文中，我们全面回顾了基于细菌的癌症免疫疗法的最新进展、挑战和未来展望。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 发布。

COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE

XinYang,JieJin,Qiaol...

A framework for structured semantic representation capable of active sensing and interpretable inference: A cancer prognostic analysis case study.

COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE

精确的语义表示对于使机器真正理解自然语言文本的含义非常重要，尤其是对于生物医学文献。尽管现有方法可以准确地表示单个句子中词语之间的语义关系，但两个句子之间的关系仍然无法准确建模，这导致上下文信息的缺失和语义推理的难度。此外，合并不同专家编辑的语义表示也具有挑战性。这些关键挑战在现有方法中得到的解决不足。本文介绍了一个用于结构化语义表示的框架(FSSR)来解决这些问题。FSSR使用一个双层结构构件，将范式和实例结合起来表示一个词或一个句子的语义。它使用六种类型的规则来表示句子构件之间的语义关系，并使用计算模型来表示一个动作。FSSR是一个基于图的语义表示，其中一个节点表示一个构件或一个范式。两个节点通过一条边（规则）相连。此外，FSSR能够进行可解释的推理和主动获取新信息，如案例研究所示。这个案例研究对癌症预后分析文章的语义进行了建模，并复现了其文本结果和图表。我们提供了一个可视化推理过程的网站（http://cragraph.synergylab.cn）。版权所有©2023 Elsevier Ltd. 保留所有权利。

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

DickWZijlmans,Miguel...

STPP-UP: An alternative method for drug target identification using protein thermal stability.

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

热蛋白组学分析（Thermal proteome profiling，TPP）通过实现蛋白组学范围内的靶点和非靶点鉴定，显著推动了药物发现领域的进展。然而，由于该方法涉及大量实验操作和在质谱仪上较长的测量时间，TPP在高通量药物筛选方面的应用尚不广泛。本文介绍了单个管道统一进展（Single-tube TPP with Uniform Progression，STPP-UP），该方法显著减少所需输入材料的数量和测量时间，并保留了鉴定感兴趣化合物的药物靶点的能力。通过对单个样品进行渐进加热，可以评估一系列温度下蛋白质热稳定性的变化，同时减轻了对加热到不同温度的多个样品测量的需求。我们证明了STPP-UP能够鉴定人类和小鼠细胞中抗癌药物的直接相互作用物质。总之，STPP-UP方法是推进药物发现和药物再利用工作的有用工具。版权所有©2023作者。由Elsevier Inc.出版，保留全部权利。

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

AnaLeniFrei,RaphaëlO...

Pathologist computer-aided diagnostic scoring of tumor cell fraction: A Swiss national study.

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

肿瘤细胞分数（TCF）估计是一项常见的临床任务，且存在已证实的较大的观察者间变异性。因此，它为评估采用计算机辅助诊断（TCFCAD）工具支持病理学家评估潜在影响提供了理想的实验平台。在一次全国幻灯片研讨会上，要求病理学家（n=69）在有意策划的多样化组织构成、细胞密度和染色强度的H&E结直肠癌图像中，对10个感兴趣区域（ROI）进行视觉估计TCF。随后，在为他们提供预测的肿瘤和非肿瘤细胞的TCFCAD创建的叠加显示以及相应的TCF百分比的同时，他们重新评估了相同的ROI。参与者还使用5级刻度报告了他们的评估信心水平，分别表示没有信心到高信心。TCF的地面真实值（GT）由专家进行了手动细胞计数来定义。在获得协助后，观察者间变异性显著降低，估计收敛于GT。即使TCFCAD的预测与GT稍有偏差，这种改善仍然存在。在ROI上估计的TCF与GT的标准差分别为9.9%与5.8%，差异显著（p < 0.0001）。组内相关系数从0.8增加到0.93（CI95%：[0.65, 0.93] vs [0.86, 0.98]），并且病理学家在获得帮助时表明更有信心（CAD：3.67 ± 0.81 vs. 4.17 ± 0.82）。TCFCAD估计支持显示了得分准确性、病理学家间一致性和评分信心的改善。有趣的是，病理学家在调查结束时还表示更愿意使用这种CAD工具，突显了培训/教育提高CAD系统采用的重要性。版权所有 © 2023. 由 Elsevier Inc. 发表。

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

JieZhuang,QianYuan,C...

Nanosecond pulsed cold atmospheric plasma jet suppresses proliferation and migration of human glioblastoma cells via apoptosis promotion and EMT inhibition.

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

胶质母细胞瘤（GBM）是一种最具侵袭性和挑战性的癌症之一。尽管对包括GBM在内的数十种癌细胞进行了广泛的研究，但冷等离子体（CAP）对GBM细胞的侵袭性迁移的影响却受到了有限的关注，而其潜在机制仍不明确。本研究旨在调查ns-CAPJ抑制人类GBM细胞侵袭性迁移的潜在分子机制。研究结果表明，ns-CAPJ显著降低了GBM细胞的侵袭和迁移，并诱导了GBM细胞的凋亡。进一步的机制研究显示，上皮间质转化（EMT）信号通路的抑制与ns-CAPJ对GBM细胞侵袭性迁移的抑制效应之间存在直接相关性。此外，结合N-乙酰半胱氨酸（NAC，ROS抑制剂）试验，我们发现ns-CAPJ刺激的ROS在抑制EMT过程中发挥了重要作用。这项工作有望为理解ns-CAPJ如何抑制人类GBM细胞的增殖和迁移提供新的见解。版权所有 © 2023. 由Elsevier Inc.发表。

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

HaiyueWang,LinghuaYa...

Exploring the molecular features and genetic prognostic factors of pulmonary high-grade neuroendocrine carcinomas.

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

大细胞神经内分泌癌（LCNEC）和小细胞肺癌（SCLC）的分子研究取得了显著进展。然而，与腺癌相比，与这些疾病的预后/治疗策略相关的分子标志物仍然较少。因此，我们对神经内分泌癌（NECs）的分子特征进行了研究。我们选择了2011年至2019年间在手术过程中被诊断为NECs的患者，并具有完整的后续记录。使用全外显子测序和p53/Rb免疫组化技术（IHC）对所有患者进行了分析。总共包括92例，其中纯SCLC45例，混合SCLC15例，纯LCNEC27例和混合LCNEC5例。TP53（78.3％）和RB1（34.8％）是最常见的分子改变，其次是KMT2D，LRP1B，FAT3，NCOR2，SPTA1和NOTCH1。EGFR的突变频率为10.9％。具有TP53/RB1共突变的16例LCNEC患者类似于SCLC，而其余的类似于非小细胞肺癌（NSCLC）。就整体生存率（OS；p = 0.458）和无进展生存期（PFS；p = 0.157）而言，两组之间没有统计学显著差异。在类似于SCLC的LCNEC中，Rb免疫组织化学检测（IHC）的丢失频率为100％。 SCLC独特的重要通路变化包括Notch和AMPK，而LCNEC专有的通路变化包括HIF-1。NCOR2突变与较差的整体生存率（p = 0.029）和无进展生存期（p = 0.015）有关，而野生型SPTA1与较差的无进展生存期（p = 0.018）相关。Rb的IHC可可靠地用于预测LCNEC的分子亚型，显示其临床价值。已确定NCOR2和SPTA1变异是可能为NEC患者提供治疗靶点的预后因子。版权所有 © 2023 Elsevier Inc.发表。