脑部内的微量元素对于正常的神经功能至关重要，但在胶质母细胞瘤中它们的不平衡鲜为人知。本研究纳入了14名患有胶质母细胞瘤的患者，手术过程中采集了肿瘤和肿瘤周围脑组织样本。采用经过良好评估的ICP-MS方法测定了Mg，Ca，Cr，Mn，Fe，Co，Cu，Zn，Se，As，Cd，Tl和Pb的浓度。进一步使用Ivy GAP的解剖草图对Cu和Cd的结合蛋白组进行了分析。组织学评估分别基于鲁比那酸染色和免疫组织化学。得到了13种微量元素的浓度，其中Ca，Mn，Fe，Zn和Cu的浓度最高，从几个ug/g到几十个ug/g不等。相关分析表明存在两个内部相关的簇：必需金属（Cu-Ca-Zn-Mg）和重金属（Pb-As-Cd-Tl-Co-Cr-Mn）。与肿瘤样本相比，周围肿瘤区域观察到明显较高的Cu和Cd水平。通过解剖角度对Cu和Cd结合蛋白进行进一步分析表明，与中心肿瘤区域相比，DBH和NOS1在前沿区明显增加。与上述发现一致，Cu和DBH的组织学评估进一步证实了与肿瘤核心相比，在周围肿瘤区域中表达更多的铜和DBH。胶质母细胞瘤的肿瘤和周围脑区的微量元素存在差异，可能与肿瘤血管生成相关。 © 2023. 作者，独家许可给生物无机化学学会（SBIC）。

单碱基替代（SBS）突变特征已成为癌症基因组学的标准实践。在没有全新特征提取的情况下，参考特征分配允许用户估计在个体恶性肿瘤中预先确定的SBS特征的活性。已开发了几种针对此目的的工具，每个工具具有不同的方法。然而，由于缺乏标准化，特征分配可能存在工具间的变异性。我们对三种分配策略和五种SBS特征分配工具进行了深入研究。我们观察到分配策略的选择可以显著影响结果和解释。尽管工具提出了不同的建议，但Refit表现最佳，减少了过拟合并最大限度地重建了原始突变谱。即使在统一应用了Refit之后，工具在特征分配上仍然显著变化，无论是在定性（Jaccard指数=0.38-0.83）还是定量（Kendall tau-b = 0.18-0.76）方面。这种现象在“平坦”特征（如同源重组缺陷特征SBS3）中尤为明显。一种合奏方法（EnsembleFit）可以利用所有五个工具的输出，在BRCA1/2缺陷型乳腺癌中提高SBS3分配的准确性。在为数千个全癌肿瘤生成合成突变谱后，使用癌症体细胞突变目录和非标准参考特征集，EnsembleFit平均减少了15.9-24.7%的特征活性分配误差。我们还发布了EnsembleFit网络门户（https://www.ensemblefit.pittlabgenomics.com），供用户使用任何策略和工具组合生成或下载基于合奏的SBS特征分配。总的来说，我们展示了工具和策略之间的特征分配异质性是非可忽略的，并提出了一个可行的合奏解决方案。© 作者2023。由牛津大学出版社出版。

脂质是细胞多个重要功能的组成部分，其中大部分发挥结构或能量储存的作用。然而，一小部分脂质通过与G蛋白耦联受体（GPCRs）结合，发挥生物活性作用，并诱导细胞增殖、分化、生长、迁移、凋亡、衰老和存活等一系列功能。生物活性信号脂质是代谢和能量稳态、炎症、组织修复和恶性转化的强效调节因子。所有这些事件都与慢性肝病的发生和发展有关。在本综述中，我们专注于主流慢性肝病中从磷脂（溶解磷脂）和多不饱和脂肪酸（前列腺素、前炎症脂质介质和内源性大麻素）中衍生的生物活性脂质。这些疾病包括与酒精相关的肝病（AALD）、非酒精性脂肪肝（NAFLD）、病毒性肝炎和肝细胞癌（HCC）。我们讨论了致病和有益生物活性脂质之间的平衡，以及与其受体的激动或拮抗相关的潜在治疗靶点。 版权所有 © 2023年欧洲肝病研究协会。由爱思唯尔出版。保留所有权利。

晚期结肠癌的治疗选择主要是化疗和靶向药物的组合。然而，身体健康不佳和药物不耐受限制了抗癌药物的选择。肝硬化并发结肠癌是一类对临床治疗构成挑战的特殊患者群体。本文介绍了一例处于失代偿期的肝硬化患者，被诊断为晚期结肠癌。最初的表现是脐部的一颗结节，名为Sister Mary Joseph's结节，经活检和PET-CT确认为结肠癌的转移灶之一。患者接受了奥曲肽和5-氟尿嘧啶低于指导剂量的治疗，然而出现了门静脉血栓形成并导致死亡。从诊断到死亡的整个过程发生在三个月内。肝硬化并发癌症是一个应该引起更多关注的特殊群体。这些患者没有统一的治疗指南，特别是那些有肝外原发肿瘤的患者。以后在选择这类患者的治疗时应更加谨慎。化疗和靶向治疗都可能诱发门静脉血栓形成，其发生率似乎比没有肝硬化的癌症更高，预后更差。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.

结直肠癌是一种尤为常见的恶性肿瘤，会产生术后并发症（POCs）。然而，有关准确诊断术后并发症的成像模态有限。因此，本研究的目的是构建一个将肿瘤光谱CT参数与临床特征相结合的模型，用于在结直肠癌手术前预测术后并发症。本回顾性研究纳入了在我院接受根治性结直肠癌切除手术前行腹部光谱CT扫描的85名患者。根据Clavien-Dindo分级系统，将患者分为无并发症/Ⅰ级（No Complication/Grade I）组和有并发症（Ⅱ-V级）组。利用ImageJ软件在L3水平CT图像上半自动轮廓标记和计算患者的内脏脂肪面积（VFA）。对比两组患者的临床特征和肿瘤光谱CT参数进行统计学分析。通过逐步回归建立了基于光谱CT参数和临床特征的组合模型，以预测结直肠癌术后的并发症。使用受试者工作特征曲线（ROC曲线）评估模型的诊断性能，包括曲线下面积（AUC）、敏感性和特异性。本研究纳入了27名有并发症患者和58名无并发症患者。MonoE40keV-VP和VFA是POCs的独立预测因子。基于预测因子的组合模型的AUC为0.84（95％CI：0.74-0.91），敏感性为77.8％，特异性为87.9％。结合MonoE40keV-VP和VFA的模型可在结直肠癌手术前预测POCs，并为个体化管理计划提供基础。结合MonoE40keV-VP和内脏脂肪面积的模型可在结直肠癌手术前预测术后并发症，并为个体化管理计划提供基础。• 内脏脂肪面积和MonoE40keV-VP是结直肠癌术后并发症的独立预测因子。• 结合模型在预测术后并发症方面具有较高的AUC、敏感性和特异性。• 与单独的内脏脂肪面积或MonoE40keV-VP相比，结合模型在预测术后并发症方面更为优越。 © 2023. European Society of Radiology (ESR).

转座元件（Transposable elements，TEs）在细胞中既能充当插入性诱变剂，又能作为调控元件，并且越来越多的研究结果表明它们的异常活性参与了疾病和癌症的发生。然而，目前的方法对非参考基因组和年轻的转座元件的转录后果进行定量分析仍然面临挑战，主要是因为技术上存在的限制，包括生成的短读长和目标区域的覆盖不足。在这里，我们引入了一种长读长的靶向RNA测序方法，称为Cas9辅助的转座元件表达测序（capTEs），用于定量分析单个转座元件的转录产物，包括转录的非参考插入物，来自不同转录模式的非规范转录本以及它们与相关基因表达变化的相关性。该方法能够选择性地识别出含有转座元件的转录本，并输出包含高达90%转座元件序列的数据，与整个转录组测序相比，数据产量基本相当。我们将capTEs应用于人类癌细胞，并发现内部和插入的Alu重复元件可能使用不同的调控机制上调基因表达。我们预计，capTEs将成为在基因座水平上推进我们对单个转座元件生物学功能理解的关键工具，揭示它们作为诱变剂和调控因子在生物学和致病过程中的作用。© 2023. Springer Nature Limited.

癌基因和/或肿瘤抑制基因（TSGs）的异常表达推动着甲状腺癌的发生和发展。我们研究了启动转录因子（ATF）/CREB转录因子（TF）家族的一个成员ATF3在甲状腺癌中的表达和功能。我们利用中山大学附属第一医院的80名乳头状甲状腺癌（PTC）患者以及510个PTC样本的癌基因组图谱甲状腺癌数据库进行基因表达和预后分析。生存数据通过Kaplan-Meier曲线和Cox回归进行分析，考虑了年龄、性别、多发性、颈外扩展、淋巴结转移和新辅助治疗史的调整。DNA甲基化通过甲基化特异性PCR和亚硫酸盐测序PCR进行分析。通过DNA下拉结合质谱分析鉴定与ATF3启动子结合的转录因子，并通过定量PCR（qPCR）、荧光素酶报告基因实验和染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR进行确认。我们在体外和异种移植小鼠模型中进行功能实验，评估了ATF3在甲状腺癌中的功能。基于RNA测序、ChIP-seq和CUT&Tag测序的综合分析用于探索ATF3功能的机制。ATF3在PTC中显著下调，ATF3表达低的患者进展无病生存期减少（调整风险比=0.50，95% CI：0.26-0.98，P=0.043）。ATF3启动子的DNA高甲基化破坏了SP1和MYC-MAX的结合，导致基因的失活。ATF3通过抑制甲状腺癌细胞的增殖和迁移发挥了肿瘤抑制基因的作用。并且ATF3通过结合这些基因的调控元件，特别是MAPK和PI3K/AKT通路基因，调节了多个基因的表达。在这些靶基因中，FLNC受ATF3的正调控，并且与甲状腺癌更有利的预后有关，而DUSP10、FN1、TNC和CREB5受ATF3的负调控，并与较差的预后有关。我们观察到启动子DNA高甲基化降低了ATF3的表达，进而通过直接调控MAPK和PI3K/AKT通路中与预后相关的基因，至少部分地促进了甲状腺癌的进展。

以前在台湾进行的一项1期剂量递增研究表明，CAN008（asunercept）与标准的同步化疗放疗（CCRT）相结合治疗改善了新诊断的胶质母细胞性脑瘤（GBM）患者的无进展生存期（PFS）。本研究评估了CAN008在提高总生存期（OS）方面的疗效，并确定了与治疗反应相关的遗传变异。我们将评估9名可评估的CAN008队列患者（6人接受高剂量，3人接受低剂量）5年随访的OS与台湾历史性GBM队列164名新诊断患者对比。通过全外显子测序和比较反应组间变异差异，确定与CAN008治疗反应相关的遗传变异。使用CAN008队列和TCGA-GBM数据集，分析患者生存、肿瘤突变负荷（TMB）和遗传变异之间的关联。高剂量CAN008患者2年和5年的OS分别为83%和67%，而历史GBM队列分别为40.1%和8.8%。高剂量CAN008队列的OS较历史GBM队列更好（未达到中位生存期），差异有统计学意义（中位OS：20个月；p=0.0103）。根据PFS将5名高剂量CAN008患者分为良好反应组和差劣反应组。良好反应患者观察到更高的变异计数和TMB，而新诊断的TCGA-GBM数据集中TMB与患者生存之间没有显著的关联，表明TMB可能调节患者对CAN008的反应。与单独的标准治疗相比，CAN008与标准CCRT联合治疗延长了新诊断GBM患者的PFS和OS。较高的治疗疗效与较高的TMB相关。版权所有©2023作者。由Elsevier B.V.出版。保留所有权利。

自然杀伤细胞（NK细胞）具有针对恶性细胞的自发细胞毒性能力，并有望成为针对癌症的现成细胞疗法。该领域的一个关键挑战是改善NK细胞对实体肿瘤的归巢能力。为了更深入地了解调节NK细胞进入肿瘤的细胞机制，我们使用高维流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序结合功能分析，创建了人类NK细胞迁移表型的全面图谱。我们发现，外周血NK细胞的趋化因子受体重排以协调的方式发生改变，在NK细胞分化过程中逐渐多样化，并与不同NK细胞亚群的迁移反应紧密相关。CXCR1/2和CX3CR1的同时结合，协同增强了NK细胞的迁移反应。对来自公开的TCGA/TARGET数据库的9471个实体癌症的分析显示，占优势的趋化因子模式因肿瘤类型而异，但没有任何肿瘤组表达成熟NK细胞上的多个趋化因子受体配体。发现趋化因子刺激可以在NK细胞中引发协同的迁移反应，结合人类肿瘤中缺乏自然存在的趋化因子-趋化因子受体对解释了NK细胞在肿瘤微环境中的系统性排斥，并为构建下一代针对恶性肿瘤的NK细胞疗法提供了依据。波兰科学与高等教育部、波兰国家科学中心、挪威癌症协会、挪威研究委员会、挪威东南部地区卫生局、瑞典癌症协会、瑞典儿童癌症基金会、瑞典研究委员会、卓越中心：精准免疫疗法联盟、Knut和Alice Wallenberg基金会和美国国家癌症研究所。版权所有 © 2023 作者授权 Elsevier B.V. 出版，版权所有。

肿瘤浸润的免疫细胞及其与肿瘤微环境中的癌细胞的相互作用在塑造肿瘤进展和对疗法的响应中起着关键作用。我们利用人类原代单核细胞构建了三维（3D）肝癌球体，研究了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与肝细胞癌（HCC）细胞（HepG2和PLC/PRF5）之间的相互作用。通过使用多重基因表达面板，我们鉴定了在使原代人类单核细胞转变为TAMs表型过程中涉及的关键途径。我们使用特定途径的抑制剂来探索该途径在TAMs极化中的作用。在人类HCC细胞系的共培养球体中，浸润的单核细胞呈现了致瘤的M2型巨噬细胞表型。浸润的单核细胞的基因表达面板显示，上调的基因富集于胆固醇代谢途径。胆固醇代谢相关的基因与核受体PPARG和LXR一起上调。当抑制溶酶体酸类脂酶（LAL），这是对脂蛋白水解所必需的关键酶，浸润的单核细胞在3D球体共培养中表现出明显减少的M2标志物和脂负载受体表达和增加的细胞内脂质含量，这表明胆固醇代谢对于塑造TAMs至关重要。此外，LAL抑制剂还减少了HCC细胞系的球体生长和侵袭能力。通过siRNA介导的单核细胞LAL沉默在共培养球体中产生了类似的结果。这些数据表明，肝癌细胞和浸润的单核细胞通过胆固醇代谢进行相互作用，以使单核细胞向TAMs转化，从而有利于肿瘤的生长和生存，从而促进肝癌的进展。© 2023作者。牛津大学出版社代表白血病学会发表。保留所有权利。如需授权，请发送电子邮件至：journals.permissions@oup.com。