肿瘤类器官

研究动态

Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.

查看全部

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

CANCER RESEARCH

Intratumoral Bacteria as Mediators of Cancer Immunotherapy Response.

CANCER RESEARCH

多重证据表明，从动物模型到人类临床试验，微生物组影响癌症免疫疗法的反应。虽然最初的研究专注于肠道微生物群肿瘤轴，但最近的研究还考察了位于肿瘤细胞内或肿瘤微环境中的细菌对癌症治疗反应的介导作用。令人惊讶的是，这一现象在传统上被认为没有定居微生物群的解剖部位中的癌症中已得到证实。在《癌症研究》杂志的这一期中，吴等人研究了食管鳞状细胞癌（ESCC）新辅助化疗联合免疫疗法（NACI）治疗中肿瘤内细菌特征对治疗反应的影响。该研究报告称，肿瘤内链球菌，可能是由于肠道细菌转位导致，预测了小鼠模型以及ESCC患者中NACI的治疗效果。这些新发现进一步强调了肿瘤免疫微环境和免疫疗法疗效都受肿瘤内微生物及其相关代谢产物的影响的可能性。这些发现还引起了肿瘤和细菌抗原之间可能的交叉反应的有趣可能性。鉴于肠道微生物组通过饮食、益生元/益生菌和粪菌移植等策略可能是可调节的因素，进一步探究肠道和/或肿瘤内细菌影响抗肿瘤免疫的机制是非常有必要的。详见吴等人的相关文章，第3131页。©2023年美国癌症研究协会。

CANCER RESEARCH

SilviaPietrobono,Fab...

Autotaxin secretion is a stromal mechanism of adaptive resistance to TGFβ inhibition in pancreatic ductal adenocarcinoma.

CANCER RESEARCH

TGFβ受体抑制剂加卢尼塞替在随机2期H9H-MC-JBAJ研究中表现出对胰管腺癌（PDAC）患者的疗效，该研究比较了加卢尼塞替与化疗药物吉西他滨（gemcitabine）和仅使用吉西他滨的效果。然而，额外的基质旁分泌信号可能会导致适应性耐药性，限制了这种治疗策略的疗效。在这里，我们发现一种分泌酶自动分泌素（autotaxin，ATX），它通过生成溶血磷酸甘油酸（lysophosphatidic acid，LPA）来促进炎症和纤维化，并介导了对TGFβ受体抑制的适应性耐药性。阻断TGFβ信号传导使癌相关成纤维细胞（CAFs）倾向于发炎（iCAF）表型。iCAFs负责大量分泌自动分泌素。旁分泌的自动分泌素增加了磷酸甘油酸-核因子κB（LPA-NF-κB）信号转导在肿瘤细胞中的增加，并触发治疗耐药性。自动分泌素抑制剂IOA-289抑制了PDAC细胞中的NF-κB激活，并克服了加卢尼塞替和吉西他滨的耐药性。在免疫复合原位小鼠模型中，IOA-289与加卢尼塞替协同作用，恢复了对吉西他滨的敏感性。最重要的是，与加卢尼塞替治疗前相比，加卢尼塞替治疗后血浆自动分泌素水平显著增加在H9H-MC-JBAJ研究中入组患者中，没有自动分泌素增加的患者的中位无进展生存期显著延长。这些结果表明，CAF分泌的自动分泌素通过TGFβ抑制增加，循环的自动分泌素水平可以预测加卢尼塞替与吉西他滨联合治疗的疗效。

CANCER RESEARCH

YiboFan,ShumeiSong,Y...

Galectin-3 Cooperates with CD47 to Suppress Phagocytosis and T cell Immunity in Gastric Cancer Peritoneal Metastases.

CANCER RESEARCH

腹腔是胃腺癌（GAC）转移的常见部位。腹腔癌（PC）对目前的治疗方案具有耐药性，并伴有不良预后，强调了寻找新的治疗靶点的必要性。CD47通过与其受体SIRPα结合向骨髓细胞传递“不要吃我”的信号，帮助肿瘤细胞规避巨噬细胞吞噬作用，逃避先天免疫反应。先前的研究表明，单独阻断CD47只能带来有限的临床益处，因此暗示需要同时阻断CD47和其他目标物才能引发强烈的抗肿瘤反应。我们发现CD47在恶性PC细胞上高度表达，并且CD47的升高与不良预后有关。加凝集素-3（Gal-3）的表达与CD47表达相关，并且Gal-3和CD47的共表达与弥漫型、差异化差和肿瘤复发显著相关。通过抑制c-Myc结合CD47启动子，Gal-3的耗竭降低了CD47的表达。此外，将Gal-3缺乏的肿瘤细胞注入野生型和Lgals3-/-小鼠中，与Gal-3野生型肿瘤细胞相比，M2巨噬细胞减少，T细胞反应增强，这表明肿瘤细胞来源的Gal-3在GAC进展和吞噬作用中发挥了更重要的作用。Gal-3和CD47的联合阻断协同抑制了肿瘤生长，增加了吞噬作用，重塑了巨噬细胞，提升了T细胞免疫反应。这些数据揭示了Gal-3与CD47共同抑制吞噬作用，并在GAC伴有PC的免疫抑制中起调控作用，支持探索以Gal-3和CD47为靶点的新型联合治疗方案。

BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

HendrickGao-MinLim,Y...

COWID: an efficient cloud-based genomics workflow for scalable identification of SARS-COV-2.

BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

在资源有限的情况下，为了分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的大量基因组数据，实施一种特定的云资源存在挑战。为克服这个问题，我们重新利用了最初用于癌症基因组研究的云平台（https://cgc.sbgenomics.com），以便将其用于SARS-CoV-2的研究，构建了适用于病毒和变体鉴定的云工作流程（COWID）。COWID是基于通用工作流程语言的工作流程，它发挥了测序技术在可靠的SARS-CoV-2鉴定中的全部潜力，并利用云计算实现了高效的并行处理。通过提供可扩展的鉴定和可靠的变异结果，COWID优于其他同类方法，并且没有假阳性结果。COWID通常在仅需花费0.01美元的情况下，每处理一份原始测序数据样本仅需5分钟。COWID的源代码公开可用（https://github.com/hendrick0403/COWID），并且可以在任何联网的计算机上访问。COWID旨在用户友好，不需要先前的编程知识即可使用。因此，COWID是一种可在疫情期间使用的高效工具。发表于牛津大学出版社，2023年。

BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

YanLi,Shao-WuZhang,M...

PhenoDriver: interpretable framework for studying personalized phenotype-associated driver genes in breast cancer.

BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

鉴定个性化癌症驱动基因并进一步揭示其致癌机制对于理解细胞转化机制和辅助临床诊断至关重要。几乎所有现有方法主要关注于在整体或个体水平上鉴定驱动基因，但未能进一步揭示其潜在的致癌机制。为填补这一空白，我们提出了一个可解释的框架PhenoDriver，用于鉴定个性化癌症驱动基因，阐明其在癌症发展中的作用，并揭示驱动基因与临床表型变化之间的关联。通过对988名乳腺癌患者的分析，我们展示了PhenoDriver在鉴定乳腺癌整体水平上的驱动基因方面相较于其他最先进的方法的出色表现。此外，我们的PhenoDriver还可以有效地鉴定个体患者中具有复发和罕见突变的驱动基因。我们进一步探索和揭示了PhenoDriver鉴定的一些已知和未知乳腺癌驱动基因（例如TP53、MAP3K1、HTT等）的致癌机制，并构建了它们调控临床异常表型的亚网络。值得注意的是，我们的大多数发现与现有生物学知识一致。基于个性化驱动基因配置文件，我们发现了两个已知的和一个未报告的乳腺癌亚型，并揭示了它们的分子机制。这些结果加深了我们对乳腺癌机制的理解，指导了治疗决策，并有助于开发靶向抗癌疗法。© 作者 2023。牛津大学出版社保留所有权利。有关权限，请发送电子邮件至：journals.permissions@oup.com。

Briefings in Functional Genomics

YuweiGuo,MingYi

THGNCDA: circRNA-disease association prediction based on triple heterogeneous graph network.

Briefings in Functional Genomics

环状RNA（circRNAs）是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子。已经证实它们在许多疾病的减轻中发挥了重要作用。此外，许多疾病的临床诊断和治疗研究已经揭示circRNA可以被认为是一种潜在的生物标志物。因此，了解circRNA与疾病的关联可以帮助预测一些生活活动的障碍。然而，传统的生物实验方法耗时较长。基于机器学习的circRNA-疾病关联预测最常见的方法可以避免这个问题，它依赖于多样化的数据。然而，这些方法通常不涉及circRNA和疾病的拓扑信息。此外，circRNA可以通过miRNA与疾病相关联。鉴于这些考虑，我们提出了一种名为THGNCDA的新方法来预测circRNA和疾病之间的关联。具体而言，对于一对特定的circRNA和疾病，我们使用带有注意力机制的图神经网络来学习其每个邻居的重要性。此外，我们使用多层卷积神经网络来根据它们的属性探索circRNA-疾病对之间的关系。计算嵌入时，我们引入miRNA的信息。实验结果表明THGNCDA优于SOTA方法。此外，我们可以观察到我们的方法具有更好的召回率。为了确认注意力的重要性，我们进行了大量的削弱实验。对尿路膀胱肿瘤和前列腺肿瘤的案例研究进一步显示了THGNCDA在发现circRNA候选子与疾病之间已知关系方面的能力。© 2023作者。版权所有。请电邮: journals.permissions@oup.com 申请权限。

Brain Structure & Function

Kuan-ChengChen,Po-Yu...

Diagnostic value of 18F-fluoro-2-deoxyglucose positron emission tomography/computed tomography imaging in acral melanoma-predominant Asian patients.

Brain Structure & Function

肿瘤分期对于黑色素瘤至关重要，其中指甲床黑色素瘤在亚洲人群中是主要亚型。18F-氟代脱氧葡萄糖（FDG）正电子发射断层扫描（PET）和18F-FDG-PET/计算机断层扫描（18F-FDG-PET/CT）作为无创性影像工具可用于肿瘤分期。然而，关于PET对指甲床黑色素瘤的诊断价值的文献资料较少。从2006年1月1日至2022年11月30日期间，我们医院共有352名患者被诊断为黑色素瘤。其中，90名患者被诊断为皮肤黑色素瘤，并接受了术前PET/CT进行分期和哨兵淋巴结活检或全淋巴结清扫。PET/CT分期结果由组织病理学或随后的影像学确认。分析了淋巴结活检、远处转移情况和PET/CT影像结果。在所有90例皮肤黑色素瘤患者中，其中72例为指甲床黑色素瘤（80.0%）。与组织病理学结果相比，淋巴结的真阳性、真阴性、假阳性和假阴性分别为12例、54例、7例和17例。PET/CT对局部淋巴结的敏感性为41.4%（95%置信区间[CI]，23.5-61.1%），特异性为88.5%（95%CI，77.8-95.3%）。至于远处转移的检测，PET的真阳性、真阴性、假阳性和假阴性分别为6例、65例、15例和4例。PET对远处转移的敏感性为60.0%（95%CI，26.2-87.8%），特异性为81.3%（95%CI，71.0-89.1%）。尽管是无创性的，PET/CT对亚洲指甲床黑色素瘤患者的区域淋巴结评估具有相对较低的敏感性，在远处转移检测方面的敏感性尚可。因此，PET/CT可能更适用于存在临床触及淋巴结或疾病阶段较晚的患者。版权所有©2023年中国医学会。

Brain Structure & Function

GiuseppeMarioBentive...

Rapidly progressive dementia due to intravascular lymphoma: A prion disease reference center experience.

Brain Structure & Function

血管内大B细胞淋巴瘤（IVLBCL）是一种罕见的非淋巴结淋巴瘤，其特征是恶性细胞在血管中的选择性增生，可能是快速进展性痴呆的可治疗病因。由于其多样化的临床和仪器表现，常常被误诊为更常见的快速进展型痴呆病因，例如克雅氏病（CJD）或血管性痴呆。本研究介绍了我们在过去20年中通过尸检诊断的四例IVLBCL病例的临床和组织病理学特征，这些样本来自于我们的朊蛋白病参考中心收到的600多个怀疑为CJD病例的脑组织样本。患者表现出各种不同的临床症状，包括行为异常、失向和警觉度波动。当时进行的诊断测试，包括血液检查、脑脊液分析、脑电图和神经影像学，结果非特异性且有时具有误导性。因此，这些患者曾被多次诊断为CJD、癫痫、血管性痴呆和脑炎。两名患者的储存脑脊液样本在后来进行的研究目的的朊蛋白实时快速震颤引发性转变（RT-QuIC）测试中呈阴性。神经病理学分析揭示了不同脑区的差异性受累，额颞叶新皮质受累程度最高。我们的结果证实了IVLBCL的临床和仪器的明显异质性。神经病理学证据表明额颞叶新皮质的优先受累，有可能相关于临床表型和早期诊断。最后，鉴于其与CJD误诊的治疗意义，我们强调朊蛋白RT-QuIC作为CJD排除性测试在这些患者中的实用性。 © 2023 The Authors. European Journal of Neurology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of European Academy of Neurology.

Brain Structure & Function

DanielPWindred,Angus...

Sleep regularity is a stronger predictor of mortality risk than sleep duration: A prospective cohort study.

Brain Structure & Function

异常的短暂和长时间睡眠与早逝有关，并且实现理想的睡眠时长一直是睡眠健康指南的关注重点。新兴研究表明，睡眠规律，即日常的睡眠-清醒时间一致性，可能比睡眠时长对某些健康结果更具有预测力。然而，睡眠规律在死亡率中的作用尚未在大型队列中进行具有客观数据的研究。因此，我们的目标是比较睡眠规律和时长对全因和特定原因死亡风险的预测能力。我们从60,977名英国生物银行参与者的>10百万小时的加速度计数据中计算了睡眠规律指数（SRI）分数（62.8 ± 7.8岁，女性占55.0％，中位数[IQR] SRI：81.0 [73.8-86.3]）。在1,859名参与者（每1000人年报告的死亡率为4.84，平均（±SD）随访时间为6.30 ± 0.83年）的加速度计记录之后的7.8年内报告了死亡情况。较高的睡眠规律与全因死亡风险降低20-48％（p <.001至p = 0.004），癌症死亡风险降低16-39％（p <0.001至p = 0.017），以及心脏代谢性死亡风险降低22-57％（p <0.001至p = 0.048），与最不规律的五分位向量相比。结果经过年龄、性别、种族、社会经济、生活方式和健康因素的调整。通过比较等效死亡模型，以及具有和不具有睡眠时长的嵌套SRI-死亡模型的比较（p = 0.14-0.20），睡眠规律在全因死亡率的预测中比睡眠时长更为重要。这些发现表明，睡眠规律是预测死亡风险的重要因素，且比睡眠时长更具预测力。睡眠规律可能是改善一般健康和生存的简单有效目标。© The Author(s) 2023. 由牛津大学出版社代表睡眠研究学会发表。

Brain Structure & Function

TillMilde,JasonFangu...

Optimizing preclinical pediatric low-grade glioma models for meaningful clinical translation.

Brain Structure & Function

儿童低级别胶质瘤（pLGGs）是幼儿最常见的脑肿瘤。尽管通常与良好的整体生存率相关，这些中枢神经系统肿瘤的儿童经常经历慢性肿瘤和治疗相关的病态。此外，患有不可切除肿瘤的个体往往出现多次复发和持续的神经系统症状。对pLGGs的深度分子分析表明，它们是由在单一有丝分裂原激活通路（MEK/ERK）上汇聚的遗传改变引起的，但它们的生长受其局部微环境中非肿瘤细胞（神经元、T细胞、小胶质细胞）的严重影响。肿瘤细胞MEK/ERK通路激活与间质细胞支持之间的相互作用需要使用预测性临床前模型来筛选最有前景的药物候选物以进行临床评估。作为一系列关注pLGGs的白皮书的一部分，我们讨论了目前的临床前pLGG建模现状，旨在改善对这些常见脑肿瘤儿童的临床转化。© 作者 2023. 版权由牛津大学出版社代表神经肿瘤学会保留。如需授权，请发送电子邮件至：journals.permissions@oup.com。