多年来，测序技术和质谱技术一直以各自独特的文化和专业知识发展，互相孤立。这两种技术对于检查分子表型在中心法则下的互补方面至关重要。综合多组学努力在不同领域之间架起分析鸿沟，以完成更全面的生命事件和疾病机制。蛋白质基因组学是一个综合多组学领域。在这篇综述中，我们主要总结和讨论三个方面：蛋白质基因组学的工作流程、蛋白质基因组学在癌症研究中的应用以及蛋白质基因组学在癌症研究中的SWOT（优势、弱势、机会、威胁）分析。总之，蛋白质基因组学在阐明许多未注释基因异常或非经典变体的功能后果、鉴定驱动基因和新颖治疗靶点方面具有广阔的前景，这将大幅加快精准肿瘤学的发展。

自古以来，膳食植物化学物质以其药用特性而闻名。它们广泛分为多酚类、萜类、生物碱、植物甾醇和有机硫化合物。目前，关于它们在抗击包括肺癌在内的各种疾病方面的潜在健康效应引起了相当大的兴趣。肺癌是癌症死亡的主要原因，肺癌患者的平均五年生存率仅限于14%。识别潜在的早期肺癌前恶性细胞分子生物标志物可能为开发早期癌症检测和干预方法提供强有力的基础。在本综述中，我们将讨论与肺癌发生和发展相关的分子变化，包括基因改变、炎症、信号转导途径、氧化还原失衡、表观遗传和蛋白质组学特征。我们还将重点介绍肺癌发展过程中植物化学物质的分子靶点。这些靶点主要包括细胞信号传导途径、表观遗传调节因子和代谢重编程。随着对天然产物研究的兴趣不断增长，将这些化合物转化为新的癌症预防方法对医疗护理将迫在眉睫。在这种背景下，我们还将讨论植物化学物质在转化为人类应用方面所面临的整体药代动力学挑战。最后，我们将讨论植物化学物质在肺癌患者中的临床试验。© 2023年 作者（精选）, 由Springer科学+商业媒体有限责任公司独家授权，属于Springer Nature的一部分。

甲状腺癌（TC）是最常见的内分泌恶性肿瘤之一，其发病率不断上升。N6-甲基腺苷（m6A）RNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，是TC基因表达的重要调控因子。因此，值得研究m6A RNA甲基化调控因子在甲状腺癌（TC）中的特征和预测价值。从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载TC的RNA-seq数据，筛选出差异表达的调控因子。采用绝对收缩选择算子（Lasso）Cox回归构建m6A甲基化调控因子的风险模型。通过Kaplan Meier（K-M）分析和受试者工作特征（ROC）曲线评估风险评分模型的预测价值。基因集富集分析（GSEA）预测m6A甲基化调控因子在TC中的潜在机制。利用免疫组织化学（IHC）和q-PCR进行进一步验证。采用肿瘤免疫估计资源（TIMER）评估与风险相关基因和免疫浸润的相关性。IGF2BP2、YTHDF1和YTHDF3被筛选为TC的强独立预后因子。然后建立一个风险评分模型进一步筛选预测因子。最终，根据TC的总体生存（OS）结果和临床特征，筛选出YTHDF3作为潜在预测因子。同时，IHC和qPCR证实YTHDF3在TC中差异表达。YTHDF3的表达与CD4+ T细胞和巨噬细胞的浸润水平呈正相关，并与TC中的多种免疫标记物密切相关。我们证实YTHDF3可作为TC的潜在预后生物标志物。它不仅在TC的发生和发展中起关键作用，还为理解TC中m6A RNA修饰提供了新的视角。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.

转移是癌症患者死亡的主要原因，但仍然存在未解决的问题。传统上，转移扩散与肌动蛋白驱动的细胞运动有关。然而，癌细胞的运动经常不能严格地与测量到的肌动蛋白力相匹配。本研究发现了一种由动力蛋白产生的力推动的转移运动的补充机制。这些力产生于一个不可伸展的微管网络中，并驱动迁移的癌细胞沿仿生胶原纤维进行持续的接触引导。同时，结果还显示在与由微米水凝胶颗粒（微凝胶）组成的空间约束颗粒水凝胶支架（GHS）形成的组织样腔道网络中进行侵袭性三维迁移时，由动力蛋白驱动的运动变得不可或缺。这些结果表明，动力蛋白介导的补充运动在传播转移性乳腺癌细胞时始终是必需的，并且在某些情况下足以实现目标。这些发现推进了对细胞运动机制的基础理解，并扩展了针对转移的临床靶点的范围。© 2023 Wiley-VCH GmbH出版的Advanced Science上发表的研究结果。

脉络丛肿瘤（CPT）是相对罕见的中枢神经系统肿瘤，主要发生在儿童中。根据组织学特征，它们被分为低级别脉络丛乳头状瘤（包括非典型的）和高级别脉络丛癌。对于这些复杂肿瘤已进行了广泛的学术研究。本研究的目标是鉴别与CPT相关的引用最多的100篇文章，以更好地了解迄今为止最具影响力的研究。2023年8月，使用爱思唯尔的Scopus数据库搜索了有关CPT的100篇引用最多的文章。为了寻找趋势，文章被分类为基础科学或临床，最早的50篇文章与最新的50篇文章进行了比较。使用Pearson's卡方精确检验和Wilcoxon秩和检验/Mann-Whitney U检验对各种文献计量参数进行了总结和比较。这100篇最常被引用的文章发表于1955年至2016年间的53种不同科学期刊，来自16个不同国家。超过75％的文章具有临床性质，总体平均值（范围）如下：引用次数78.5（42-371），年平均引用率3.4（0.9-12），作者数量6.2（1-28）。与较旧的文章相比，较新的文章在引用率（P<0.01）和作者数量（P<0.01）方面具有统计学上更高的差异。此外，虽然文章的焦点没有显著差异（P=0.64），但研究设计方面存在差异（P<0.01）。本研究使用引用数量作为文章影响力的替代指标，并鉴别了100篇最常被引用的CPT文章。新的突变分析为进一步亚组分组提供了可能，积极的合作趋势为改善治疗效果和长期生存带来了希望。© 2023年作者，授予Springer-Verlag GmbH德国独家许可，属于Springer Nature的一部分。

顺铂常用于治疗实体肿瘤；然而，其使用可能会引起药物引起的听力损伤（即耳毒性）。某些遗传变异的存在与顺铂引起的耳毒性的发展/发生有关，表明遗传因素可能能够预测更容易发展耳毒性的患者。本文旨在回顾与顺铂引起的耳毒性相关的遗传关联，并讨论其临床相关性。根据加拿大药物基因组学网络药物安全项目的委托，基于2020年偏好报告项目 的系统回顾和Meta分析报告。包括报道遗传变异与顺铂引起的耳毒性间的关联的药物基因组学研究。总结和评价遗传关联的证据，并确定可用于指导未来药物基因组学研究的知识空白。总共评估了40个报告，涉及47个独立的患者群体，捕获了涉及24个基因的关联。根据GRADE标准，2个基因的遗传变异在顺铂引起的耳毒性预测上具有强大（即奥斯比比值≥3）和一致（即在≥3个独立群体中重复）的预测能力。具体来说，ACYP2变异体与儿童和成人的耳毒性相关，而TPMT变异体与儿童相关。还存在涉及其他几个基因的关联的鼓舞人心的证据；然而，还需要进一步的研究来确定潜在的临床相关性。ACYP2和TPMT的遗传变异可能有助于预测最高风险患者发展顺铂引起的耳毒性。需要进一步研究（包括考虑不同儿童和成人患者群体的重复研究）来确定是否其他基因的遗传变异可以进一步确定最易受风险患者。© 2023 Wolters Kluwer Health公司。保留所有权利。

通过广谱无细胞DNA测序（BRcfDNA-Seq），我们之前在血浆中识别出一类新颖的约50nt超短单链无细胞DNA（uscfDNA），该DNA与约167bp单核体无细胞DNA（mncfDNA）有明显差异。我们假设uscfDNA具有用于疾病检测的特性。使用BRcfDNA-Seq，我们检测了18名非癌症对照者和14名晚期非小细胞性肺癌（NSCLC）患者的血浆中的两种cfDNA群体。与mncfDNA相比，我们评估了功能元素（FE）峰值、片段组学、末端基序和G-四连体（G-Quad）特征是否对NSCLC的鉴定具有有用性。在非癌症参与者中，与mncfDNA相比，uscfDNA片段显示出形成FE峰值的趋势增加了45.2倍（富集在启动子、内含子和外显子区域），展示了独特的末端基序频率特征，并表现出4.9倍的G-四连体签名增加。在NSCLC参与者中，只有uscfDNA群体中发现了FE峰值候选物。此外，uscfDNA展示了与mncfDNA不同的末端基序频率候选物。尽管两种cfDNA群体在NSCLC中都显示出增加的片段化，但G-四连体签名在uscfDNA中具有更好的区分能力。使用主成分分析组合cfDNA特征显示，两种cfDNA亚型的前5个主成分的累计解释方差超过80%。这些观察结果表明，uscfDNA具有不同的生物学过程，并且FE峰值、片段组学、末端基序和G-四连体签名是具有有前景的生物标记物潜力的uscfDNA特征。这些发现进一步证明其作为一类独特的生物标志物的探索，以增强已有的液体活组织检查方法。© Association for Diagnostics & Laboratory Medicine 2023。保留所有权利。有关权限，请发送电子邮件至: journals.permissions@oup.com。

破坏的前mRNA剪接机制是遗传性肿瘤中常见的有害机制。我们的目标是通过剪接报告基因来功能分析乳腺癌易感基因CHEK2的候选剪接异常变体。我们使用MaxEntScan分析了来自Breast Cancer After Diagnostic Gene Sequencing (BRIDGES)项目 (https://cordis.europa.eu/project/id/634935) 的128个CHEK2剪接位点变异，并将其筛选为52个预测会影响剪接的变体。我们构建并验证了涵盖其15个外显子的三种CHEK2小基因。然后，我们将这52个选定的变体基因工程插入到小基因中，并在MCF-7（人乳腺腺癌）细胞中进行了检测。在52个变体中，有46个（88.5%）影响了剪接。其中一些导致了复杂的剪接模式，最多产生11种不同的转录本。34个变体引起了剪接异常，没有任何全长转录本的存在或只有微量。我们注释了总共89种不同的转录本，它们来源于不同的事件：单外显子或多外显子跳跃，可选择的位点使用，互斥外显子包含，内含子保留或上述事件的组合。其中59个转录本预测引入了提前终止密码子，7个保留了原始的开放阅读框，5个去除了翻译起始密码子，6个影响了5' UTR（非翻译区）且2个包含了错误变异。对变体c.684-2 A > G的分析揭示了非典型的TG受体位点的激活和对于其识别至关重要的第6外显子序列的影响。将小基因结果纳入基于ACMG / AMP (美国医学遗传学会/分子病理学协会) 的分类方案中，我们成功对32个CHEK2变异进行分类（27个致病/或可能致病，5个可能良性）。然而，20个变异（38%）仍然具有不确定的意义，部分原因是由于该基因的复杂剪接模式。 © The Author(s) 2023. Published by Oxford University Press on behalf of Association for Diagnostics & Laboratory Medicine.

钙（Ca2+）对线粒体的稳态和功能协调至关重要，尤其对需要频繁代谢以维持生长的癌细胞而言。光化学介导的钙超载作为一种有效的抑制肿瘤的途径受到了广泛关注。在本研究中，我们开发了一种光纳米医药物，通过细胞表面光化学反应协同诱导钙超载以达到抑制肿瘤的效果。具体而言，光敏剂原卟啉IX（PpIX）被载入上转换纳米颗粒（UCNP），并进一步修饰成携带光交联肉桂酸酯（CA）基团的聚合物。最终的纳米颗粒被抗CD20适配体（Apt）功能化，形成光纳米医药物。CD20受体与抗CD20适配体之间的相互作用使光纳米医药物能够在静脉注射后准确地附着在Raji细胞表面。在局部应用980 nm近红外激光后，光纳米医药物能够捕获近红外光并将其转化为紫外光。一方面，转化后的紫外光引发了光纳米医药物中肉桂酸酯基团的交联，进一步刺激CD20受体的聚集并导致钙离子内流。另一方面，紫外光可同时激发PpIX产生原位活性氧（ROS），破坏细胞膜完整性并导致钙离子内流。光纳米医药物介导的协同钙超载表现出增强和优越的抗肿瘤疗效。我们相信，这种光纳米医药物扩展了操控细胞内钙离子浓度的工具箱，并具有作为抗肿瘤疗法的巨大潜力。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.

胃癌（GC）个性化治疗发展的主要障碍是肿瘤内、患者内和患者间普遍存在的异质性。虽然病理分期和组织学亚型诊断可以大致预测预后，但GC的异质性很少被考虑。肿瘤微环境（TME）的一个重要组成部分，细胞外基质（ECM）与肿瘤和免疫细胞广泛互动，为研究GC的异质性提供了可能的代理。然而，ECM由众多蛋白质组成，目前没有合适的模型来筛选与肿瘤生长和预后有关的ECM相关基因。我们构建了患者来源的肿瘤异种移植（PDTX）模型，以获得稳定的ECM相关转录组标志，提高GC预后预测和治疗设计的准确性。我们收集了122例原发性GC肿瘤组织，构建PDTX模型，并研究了其发生率与GC预后的关系。进行了PDTX起源肿瘤的转录组分析，并应用最小绝对收缩和选择算子（LASSO）Cox回归分析提取预后的ECM标志，并建立PDTX肿瘞性相关基因（PTG）得分。利用两个独立队列验证了PTG得分的预测能力。最后，我们结合PTG得分、年龄和病理分期信息建立了一个稳定的GC预后预测诺模图。我们发现，即使在相同的病理分期下，PDTX肿瘛建议GC患者预后差。PDTX起源的GC组织和相应的正常对照组的转录组分析鉴定了383个差异表达基因，富集了ECM相关基因。利用PTG得分建立的可靠预后预测模型在两个验证队列中表现出良好性能。高PTG得分与M2极化巨噬细胞和癌相关成纤维细胞浸润相关。最后，将PTG得分与年龄和TNM分期结合使用，比仅使用年龄或TNM分期更为有效的预后模型。我们发现，ECM相关标志可能会促进PDTX肿瘤发生，并预示GC预后不良。基于PTG得分建立了可行的生存预测模型，与免疫细胞浸润相关。与患者年龄和病理TNM分期相结合，PTG得分可以成为GC预后预测的新方法。 © 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.