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Disease Models & Mechanisms
2022 Jun

ChongYu,JinWang
Data mining and mathematical models in cancer prognosis and prediction.
Disease Models & Mechanisms
癌症是一种胎儿化的复杂疾病。同一癌症类型或同一患者在不同癌症发展阶段的个体差异可能需要不同的治疗方法。病理学上的差异反映在组织、细胞和基因水平等方面。癌细胞与周围微环境之间的相互作用也会影响癌症的进展和转移。理解这些机制和定量地研究它们是一个巨大的挑战。研究人员应用了模式识别算法,如机器学习或数据挖掘,来预测癌症类型或分类。随着计算能力的迅速增长和可用性的提高,研究人员开始整合大数据集、多维数据类型和信息。细胞受基因表达的控制,这是通过启动子序列和转录调节因子确定的。例如,通过这些底层机制引起的基因表达的变化可以修改细胞在细胞周期中的进展。这种分子活动可以通过底层基因调控网络来进行调控,当信息和基因调控可见可得时,这对于癌症研究至关重要。在本综述中,我们简要介绍了几种用于癌症预测和分类的机器学习方法,包括人工神经网络(ANNs)、决策树(DTs)、支持向量机(SVM)和朴素贝叶斯。然后,我们描述了几种建立基因调控网络的典型模型,如相关性、回归和贝叶斯方法,这些模型是基于可用数据的。这些方法可以帮助癌症诊断,如易感性、复发、生存等。最后,我们总结和比较了分析基因调控网络来研究癌症的发展和进展的建模方法。这些模型可以提供通过基因调控网络以系统而定量的方式分析癌症进展的可能物理策略。© 2022 作者,由德固特出版,柏林/波士顿发表。
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DIABETES & METABOLISM
2023

Hai-WenRen,WenYu,Ya-...
Effects of autophagy inhibitor 3-methyladenine on a diabetic mice model.
DIABETES & METABOLISM
为了探究自噬抑制剂3-甲基腺嘌呤(3-MA)在糖尿病小鼠模型(DM)中的作用及其潜在机制。雄性C57BL/6J小鼠随机分为正常对照组(NC组)和DM组。通过多次低剂量腹腔注射链脲佐菌素(STZ)(60 mg/kg·d,连续5天)诱导DM。DM小鼠随机分为未处理组(DM组),3-MA(10 mg/kg·d,口服)处理组(DM+3-MA组)和氯喹(CQ;50 mg/kg,腹腔注射)处理组(DM+CQ组)。每周记录空腹血糖(FBG)水平。实验结束时,采集视网膜样本。通过Western blot检测裂解的半胱天冬氨酸蛋白酶-3(cleaved caspase-3),裂解的聚腺苷酸二磷酸核糖聚合酶1(cleaved poly ADP-ribose polymerase 1,PARP1)和Bax等前大家促凋亡蛋白,抗凋亡蛋白Bcl-2,纤维连接蛋白和1型胶原α1链(COL1A1)等纤维化相关蛋白,血管内皮生长因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF),炎症因子白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α),以及自噬相关蛋白LC3、Beclin-1和P62的表达水平。采用商业试剂盒检测氧化应激指标8-羟基脱氧鸟苷(8-hydroxydeoxyguanosine,8-OHdG)和丙二醛(malondialdehyde,MDA)。3-MA和CQ对DM小鼠的FBG具有短期降糖作用,并减少了VEGF以及炎症因子IL-1β和TNF-α的表达。3-MA还显著缓解了氧化应激指标8-OHdG和MDA的水平,降低了纤维化相关蛋白纤维连接蛋白和COL1A1的表达,前大家促凋亡蛋白cleaved caspase-3,cleaved PARP1以及Bax/Bcl-2比值。CQ对氧化应激指标、纤维化和凋亡相关蛋白没有显著影响。Western blot检测结果显示,3-MA治疗降低了DM小鼠视网膜LC3 II/LC3 I比值和Beclin-1的表达,CQ治疗进一步增加了P62的表达。3-MA对DM小鼠视网膜具有抗凋亡和抗纤维化作用,并能减轻视网膜氧化应激、VEGF表达和炎症因子的产生。3-MA上述作用的潜在机制可能与其抑制早期自噬和降糖作用有关。
《国际眼科学杂志》出版社。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Sep 18

DanLiu,ShuangLiang,K...
Tumor Microenvironment-Responsive Nanoparticles Amplifying STING Signaling Pathway for Cancer Immunotherapy.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
癌症免疫治疗的效果受到干扰素基因激动剂(STING)信号通路不足激活和免疫抑制微环境的严重限制。在这里,我们利用肿瘤微环境响应性纳米颗粒(PMM NPs),同时利用STING和Toll样受体4 (TLR4),通过TLR4介导的核因子-κB信号通路刺激增大STING激活,从而提高I型干扰素(即上调4.0倍的IFN-β)和促炎细胞因子的分泌,以促进特异性T细胞免疫应答。此外,PMM NPs通过降低Tregs的比例和极化M2巨噬细胞到M1型的方式减轻了肿瘤微环境的免疫抑制,从而创造出一个有利于免疫的肿瘤微环境,引发级联的适应性免疫应答。结合抗PD-1抗体,这种协同效应在受炎性结直肠癌和非炎性转移乳腺肿瘤模型中得到实现。此外,用低渗细胞再次挑战无肿瘤的动物引起完全的肿瘤排斥,表明系统性抗肿瘤记忆的产生。这种肿瘤微环境响应性纳米颗粒可能为实现STING激活的时空协调开辟了一条新途径,为下一代癌症免疫治疗提供了有前途的临床候选药物。本文受版权保护,版权所有。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023

YuqiangGao,XiaohongH...
Clinical analysis of AN69ST membrane continuous venous hemofiltration in the treatment of severe sepsis.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
我们旨在研究基于细胞因子吸附的血液净化技术在脓毒症治疗中的临床疗效。将60例脓毒症患者随机分为对照组(n = 30)和实验组(n = 30)。两组均接受常规治疗和连续静脉-静脉血液滤过,实验组在此基础上还接受丙烯腈/甲基丙烯酸钠(AN69ST)血液净化。比较了C-反应蛋白、降钙素原、白细胞计数、白蛋白、血小板、总胆红素、肌酐、乳酸和APACHE II评分以及炎性因子白细胞介素(IL-6)和肿瘤坏死因子(TNF-α)的分泌水平。分析了住院时间、机械通气(MV)时间、药物使用时间和死亡率。治疗后,IL-6和TNF-α的分泌水平降低,其他指标显著改善,与治疗前相比有显著差异(P < 0.05),尤其是在实验组(P < 0.05)。实验组的住院时间、MV时间和药物使用时间显著低于对照组(P < 0.05),且死亡率低于对照组(P < 0.05)。总之,基于细胞因子吸附的血液净化技术可以显著改善脓毒症患者的各项指标,缩短住院时间,降低死亡率,改善预后。© 2023 作者,由De Gruyter出版。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Sep 19

StijnRjHofstraat,Tom...
Nanomedicine approaches for in vivo cancer immunotherapy.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
最新评论发表在@fsgnnm上,解放#癌症 #纳米药物的全部潜力,通过利用#LNP #mRNA #疫苗重新编程免疫抑制性#TME,并推动#训练免疫的方式。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Sep 18

Yan-LingYang,Zhou-Yi...
LC-MS/MS methods for determination of venetoclax in human plasma and cerebrospinal fluid.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
我们开发并验证了对人类血浆和脑脊液(CSF)中文替克唑(venetoclax)进行灵敏的MS/MS测定方法,文替克唑为一种口服选择性B细胞性淋巴瘤-2抑制剂。使用乙腈作为蛋白质沉淀剂。流动相为含有0.1%甲酸和乙腈(40:60,v/v)的10 mM 甲酸铵。在ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱(2.1×50 mm,1.8 μm)上,在5分钟内分离分析物。选择API 4000质谱仪,使用多重反应监测模式的m/z 868.3→636.3和876.3→644.3进行定量文替克唑和内标的测定。在血浆中,标准曲线显示线性范围为20.0-5000 ng/mL,而在脑脊液中,线性范围为0.500-100 ng/mL。文替克唑和内标(文替克唑-d8)在血浆和脑脊液中的基质效应不明显。批间和内间准确度在±11.9%内,批间和内间精密度低于13.6%。两种方法均无串扰,并且回收率接近100%。验证的方法被用于定量诊断为慢性淋巴细胞白血病或急性髓系白血病的患者的血浆和脑脊液中文替克唑的浓度。 ©2023 John Wiley & Sons, Ltd.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Feb

YuanjunZhu,YuefengZh...
Ferritin-based nanomedicine for disease treatment.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
铁蛋白是一种内源性蛋白质,由24个亚单位自组装成高度均一的纳米笼状结构。由于在空心内腔具有药物封装能力,并且外表面富含修饰位点,铁蛋白纳米笼被证明具有成为多功能纳米医学平台的巨大潜力。其良好的生物相容性、低毒性和免疫原性、天然肿瘤靶向能力、高稳定性、低成本和大规模生产,使铁蛋白纳米笼在其他纳米载体中脱颖而出。本文综述了基于铁蛋白的纳米医学在疾病诊断、治疗和预防领域的应用。对不同类型的药物装载铁蛋白以及药物装载方法进行了分类。研究了铁蛋白的特异性和非特异性功能修饰策略,然后讨论了铁蛋白在疾病成像、药物传递和疫苗开发中的应用。最后,分析了限制铁蛋白纳米医学临床转化的挑战。© 2023 the author(s), published by De Gruyter, Berlin/Boston.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Sep 19

HaolunDing,MinYuan,Y...
Evaluating Prognostic Value of Dynamics of Circulating Lactate Dehydrogenase in Colorectal Cancer Using Modeling and Machine Learning.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
预处理血清乳酸脱氢酶(LDH)水平与多种癌症,包括转移性结直肠癌(mCRC)的不良预后有关。然而,在治疗过程中,很少有模型将生存与重复测量的LDH在时间上相关联。我们调查了mCRC中处理期间的LDH动态的预测价值。利用两个大型III期研究的数据(2L和3L+ mCRC设置,分别为824和210例),我们发现将长期的LDH数据与基线危险因素结合显著改善了生存预测。目前的LDH值表现最佳,相对于基线变量,显著提高了鉴别能力(受试者工作特征曲线下面积)4.5%~15.4%和预测准确性(布里尔分数)3.9%~15.0%。将所有四个长期LDH标志物结合在一起进一步提高了预测性能。在控制基线协变量和其他长期LDH指标后,目前的LDH水平仍然是mCRC中的一个显著危险因素,每单位的目前对数(LDH)增加使2L患者的死亡风险增加超过90%(P < 0.001),3L+患者的死亡风险增加60-70%(P < 0.01)。机器学习技术,如功能主成分分析(FPCA),从长期的LDH数据中提取了信息特征,捕获了99%以上的变异性,并实现了生存预测。基于提取的FPCA特征的无监督聚类将患者分为三组,具有不同的LDH动态和生存结果。因此,我们的方法为风险分层提供了有价值且经济高效的方式,并通过LDH轨迹改善了mCRC的生存预测。本文章受版权保护。版权所有。
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Cellular & Molecular Immunology
2022 Aug

XiaoboWang
Challenges and opportunities in nonalcoholic steatohepatitis.
Cellular & Molecular Immunology
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)已成为全球慢性肝病的主要原因,由于肥胖流行病的加剧,其患病率正在迅速增加。目前尚无美国食品药品监督管理局(FDA)批准的用于治疗NASH的药物,因此迫切需要开发新的治疗方法,以阻止或逆转肝纤维化、肝硬化和肝细胞癌的发展。迄今为止,单一药物治疗NASH的临床试验显示出令人失望的疗效。目前正在探索针对NASH疾病发病机制底层不同靶标的联合治疗策略。正在开发新型RNA疗法,以攻击以前“无法用药”而闻名的靶标,离实用治疗方法越来越近。辨别循环生物标志物以作为有价值的非侵入性诊断工具,以指导临床实践对于纤维化至关重要。尽管在转化和临床研究方面取得了一些进展,然而有效治疗方法缺乏的一个主要原因是我们对于从脂肪肝到NASH进展及其最致命后果-纤维化的病理生理学尚未完全理解。多组学平台将有助于推动NASH和肝病精准医学的有效发展。© 2022 作者,由德古意特(De Gruyter)出版,柏林/波士顿。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 19

XinyiLu,XinWang,Susu...
Bioparameter-directed nanoformulations as MRI CAs enable the specific visualization of hypoxic tumour.
Cellular & Molecular Immunology
恶性肿瘤具有不同程度的缺氧细胞。缺氧程度越严重,肿瘤的预后越困难,复发率越高。因此,肿瘤缺氧成像至关重要。磁共振成像(MRI)在高分辨率、穿透深度和无创性方面显示出其优势。然而,它需要更优秀的造影剂来对抗复杂的肿瘤微环境(TME)和提高对肿瘤的靶向作用,以增强临床安全性。许多研究集中在开发缺氧响应型MRI佳剂上,利用缺氧肿瘤的独特特性。缺氧肿瘤中的低氧压、酸性TME和上调的氧化还原分子水平可作为生物刺激因素,用于准确成像缺氧区域的纳米制剂。本综述强调了开发生物参数导向的纳米制剂作为MRI造影剂来实现准确肿瘤诊断的重要性。以pH响应性、氧化还原响应性和p(O2)响应性为重点,阐述了纳米制剂在肿瘤缺氧成像中的设计策略和机制。讨论了生物参数响应型纳米制剂在准确肿瘤诊断和个体化癌症治疗方面的有希望的未来。
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