查看全部
查看全部
肿瘤
Comput Meth Prog Bio
2023 Sep 06
RuiJesus,LuísBastião...
Personalizable AI platform for universal access to research and diagnosis in digital pathology.
Comput Meth Prog Bio
数字病理学在过去几年中得到了发展，提出了重要的工作流优势，促进了其在专业环境中的应用。患者的临床和图像数据可以通过标准通信技术高效地在远程数据库中获取。新的影像技术和先进的人工智能算法的出现显著减轻了医疗专业人员的负担，加速了筛查过程。尽管取得了这些进展，数字病理学在专业环境中的应用受到了与服务之间的互操作性差、缺乏标准接口和集成解决方案的限制。本研究通过提出一个基于标准和开放接口的云端数字病理学平台来解决这个问题。研究提出并描述了一个供管理数字切片、医学报告和集成数字图像分析服务的厂商中性平台，与现有标准兼容。该解决方案集成了开源插件式Dicoogle PACS以实现互操作性和可扩展性，从而为所提出的解决方案提供了强大的功能定制能力。该解决方案是与iPATH研究项目合作伙伴及医学病理学家的验证共同开发的。其结果是一个纯粹的Web协作框架，支持研究和生产环境。总共成功上传了来自不同病理学的566张数字切片到该平台上。使用集成接口，成功将一个有丝分裂检测算法安装到了该平台上，并用来训练了2400个从乳腺癌图像中收集的注释。互操作性是讨论数字病理学解决方案时的一个关键因素，它有助于将其整合到现有机构的信息系统中。此外，它还改善了数据共享和第三方服务（如图像分析服务）的集成，这在当今数字病理学工作流中变得越来越重要。所提出的解决方案充分采用DICOM标准，并提供一个互操作性的云端解决方案，凭借其可扩展的架构提供了强大的功能定制能力。
版权所有 © 2023 年作者。由 Elsevier B.V.出版。保留所有权利。
Visits: 38
Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 17
RohiniDatta,JuliaZAd...
A-to-I RNA editing by ADAR and its therapeutic applications: From viral infections to cancer immunotherapy.
Epigenetics & Chromatin
ADAR脱氨酶能催化双链RNA（dsRNA）底物上的腺苷酸转变为肌苷酸（A-to-I）编辑，从而调节众多生物过程。两种催化活性的ADAR酶之一，ADAR1，在通过抑制RNA感知通路发挥免疫应答的重要作用中，通过ADAR1-dsRNA-MDA5轴进行协调。未编辑的免疫原性dsRNA底物是细胞感应器MDA5的强效配体。一旦激活，MDA5会诱导干扰素的产生，并表达数百个干扰素刺激基因，具有强大的抗病毒活性。这样一来，ADAR1通过在先天性抗病毒应答和自身免疫之间取得微妙平衡，成为RNA感知通路的守门人。ADAR1对免疫原性dsRNA的编辑减少与常见的自身免疫和炎症性疾病的发展密切相关。在病毒感染中，ADAR1发挥抗病毒和促病毒效应。这是通过编辑依赖和编辑非依赖的功能调节的，如PKR拮抗作用。在病毒中已鉴定出几个A-to-I RNA编辑事件，包括在病毒病原体SARS-CoV-2中，这些事件调控病毒的适应性和感染性，并可能在病毒进化中起到一定作用。此外，ADAR1是免疫肿瘤学治疗的理想靶点。在几种人类癌症中观察到ADAR1的过度表达和dsRNA编辑增加。针对特别是对免疫检查点抑制剂难治性癌症，静默ADAR1是肿瘤免疫治疗的有希望的治疗策略，结合表观遗传治疗。对ADAR1的dsRNA编辑和MDA5及PKR对dsRNA的感知机制的认识，具有极大的治疗应用潜力。本文被归类为：RNA加工> RNA编辑和修饰 RNA在疾病和发育中的作用> RNA在疾病中。©2023 Wiley Periodicals LLC.
Visits: 41
Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 05
JitingSun,JunShu,Duo...
Effects of methylation and imprinting expression of Insulin-like growth factor 2 gene in gastric cancer.
Epigenetics & Chromatin
EBV相关胃癌(EBVaGC)是一种常见的与EBV感染相关的恶性肿瘤。胰岛素样生长因子2(IGF2)是一种印迹基因，是调节生长的关键蛋白，特别是在正常胎儿发育期间。印迹失功能(LOI)是多种人类癌症中常见的表观遗传异常。然而，IGF2基因在胃癌中的启动子甲基化、印迹状态和功能尚不清楚。为了探索IGF2在胃癌发生和发展中的作用，我们通过Transwell、创伤愈合、CCK-8和流式细胞术等试验研究了IGF2在胃癌中的生物学功能。利用PCR-RFLP和BGS检测了胃癌组织中IGF2基因的印迹状态和启动子甲基化。结果显示，IGF2在胃癌组织中的表达较相邻组织高。EBVaGC组织中IGF2基因启动子甲基化和LOI显著高于EBV阴性胃癌(EBVnGC)组织。胃癌中IGF2的高表达可以促进胃癌细胞的迁移和增殖。我们的数据表明IGF2参与了胃癌的发生和发展。针对IGF2可能是胃癌的一个潜在治疗靶点。
Visits: 45
Epigenetics & Chromatin
2023
FortunatoMorabito,Ca...
Genes selection using deep learning and explainable artificial intelligence for chronic lymphocytic leukemia predicting the need and time to therapy.
Epigenetics & Chromatin
通过人工智能分析基因表达谱（GEP）可为癌症疾病提供有意义的见解。本研究介绍了基于深度学习和可解释人工智能的DeepSHAP自动编码器特征选择方法（DSAF-GS），用于选择基因组规模数据中的特征。DSAF-GS利用自动编码器的重构能力而不改变原始特征空间，增强了结果的解释性。然后，使用可解释人工智能从包含大约20,000个基因的GEP数据库中选择与慢性淋巴细胞白血病预后有关的信息基因，共计217例。预后预测模型的准确率为1,2%、敏感性为1,2%、特异性为1,2%。根据所提出的方法，预测结果受CEACAM19和PIGP的强烈影响，受MKL1和GNE的中度影响，其他基因的影响较小。选取前10个最有影响力的基因进行进一步分析。其中，Reactome通路数据库鉴定出的FADD、FIBP、FIBP、GNE、IGF1R、MKL1、PIGP和SLC39A6参与了信号传导、转录、蛋白代谢、免疫系统、细胞周期和凋亡。此外，通过使用NetworkAnalyst工具探索的3D蛋白质相互作用（PPI）网络模型，发现FADD、FIBP、IGF1R、QTRT1、GNE、SLC39A6和MKL1相互耦合成一个复杂网络。最后，所有选定的10个基因在基于IGHV突变状态、del（11q）和del（17p）、NOTCH1突变、β2微球蛋白、Rai分期和B淋巴细胞增多等已知预测TTFT的基本预后模型的单变量分析中均表现出预测能力。然而，当与基本模型的预后因素结合时，仅有IGF1R [风险比（HR）1.41，95％CI 1.08-1.84，P=0.013）、COL28A1（HR 0.32, 95% CI 0.10-0.97, P=0.045）和QTRT1（HR 7.73，95％CI 2.48-24.04，P<0.001）基因在多变量分析中与TTFT显著相关，最终将Harrell's c指数和解释的变异度分别提高到78.6％（基本预后模型的76.5％）和52.6％（基本预后模型的42.2％）。而且，模型拟合性能得到了提升（χ2 = 20.1，P=0.002），表明其高于基本预后模型的表现。总之，DSAF-GS确定了一组对于CLL预后显著的基因，为生物分子研究的未来方向提供了建议。
Visits: 41
Epigenetics & Chromatin
2023
MohsenMaleknia,Noosh...
DNA Methylation in Cancer: Epigenetic View of Dietary and Lifestyle Factors.
Epigenetics & Chromatin
DNA甲基化的改变在癌症的发展和进展中起着重要作用。膳食营养和生活方式行为可以影响DNA甲基化模式，从而调节癌症风险。本文旨在全面回顾现有证据，探讨膳食和生活方式因素如何通过表观遗传机制影响DNA甲基化，并为癌症发生提供贡献。我们使用PubMed进行文献检索，以确定2005年至2022年间发表的相关研究，这些研究考察了膳食/生活方式因素与癌症中DNA甲基化之间的关系。包括研究涉及膳食成分（例如，微量营养素、植物化合物）、体力活动、吸烟和肥胖等因素对动物和人患癌模型中全局和基因特异性DNA甲基化变化的影响。我们提取了特定膳食/生活方式暴露、癌症类型、DNA甲基化靶位点和潜在机制的数据。研究发现，多种膳食和生活方式因素通过影响DNA甲基转移酶活性、甲基供体的可用性和氧化应激的产生来影响DNA甲基化模式。特定基因的甲基化改变被与细胞增殖、凋亡和炎症调控相关联，进而导致癌症的发展和进展。通过调节DNA甲基化的膳食和生活方式干预，具有潜在的癌症预防和治疗效应。需要进一步研究以确定营养和基于生活方式的表观遗传治疗的可操作目标。© 2023作者.
Visits: 38
Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 31
HuanWang,DanielAdamB...
CircRHOT1 restricts gastric cancer cell ferroptosis by epigenetically regulating GPX4.
Epigenetics & Chromatin
胃癌（GC）是一种严重威胁人类健康的恶性癌症。尽管在治疗方面有所发展，但晚期GC患者的预后仍然较差。因此，详细阐明分子机制和潜在治疗靶点对于GC研究非常重要。近年来，环状RNA已被广泛报道为癌症发生和进展中的重要调节因子。本研究旨在评估circRHOT1在GC发展中的功能。从GC患者收集临床样本以检测circRHOT1的水平。通过定量实时聚合酶链式反应检测几种GC细胞系中circRHOT1的表达。使用细胞计数试剂盒8（CCK-8）、集落形成和异种移植瘤生长实验来检测细胞增殖。通过细胞内铁、Fe2+（二价铁离子）、脂质活性氧、丙二醛和谷胱甘肽的水平来确定细胞铁死亡。通过免疫印迹实验检测SLC7A11和谷胱甘肽过氧化物酶-4（GPX4）的蛋白水平。通过染色质免疫沉淀实验分析GPX4基因的表观遗传调控。circRHOT1在GC肿瘤中的表达水平较相邻非肿瘤组织高。circRHOT1的沉默显著抑制了细胞生长（P <0.05），并促进了GC细胞的铁死亡（P <0.05）。circRHOT1招募KAT5（乙酰转移酶Tip60）来促进GPX4基因上组蛋白H3亚单位（H3k27Ac）的赖氨酸27位点的乙酰化并刺激基因转录。KAT5和GPX4的过表达明显逆转了circRHOT1减少的抗增殖效应（P <0.05）。circRHOT1通过招募KAT5启动GPX4转录促进了GC进展并抑制了铁死亡。我们的发现表明，cirRHOT1是GC治疗的一个有前景的靶点。2023年《胃肠肿瘤学杂志》。保留所有权利。
Visits: 44
Epigenetics & Chromatin
2023 Sep
YudaiKaneda,AkihikoO...
The necessity of proactive measures from healthcare providers highlighted by delayed breast cancer diagnosis due to COVID-19: A case report.
Epigenetics & Chromatin
在灾难期间，多种因素可能导致医疗就诊出现显著延迟。常规患者监测、高危个体警报和远程医疗的增强可能有助于缓解这些问题并确保及时干预。在COVID-19大流行期间，一位70多岁的日本妇女将她的定期乳腺癌检查推迟了2年多。在灾难期间，卫生优先事项往往会下降，这需要医疗保健提供者采取积极的措施，如增强卫生专业人员之间的合作并确定高危个体。 © 2023 The Authors. Clinical Case Reports由John Wiley & Sons Ltd.出版。
Visits: 38
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Aug
SwezaBhaisare,Swanan...
Physiological Activities of the King of Bitters (Andrographis paniculata): A Review.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
穿心莲（Andrographis paniculata）是一种多功能的热带植物，被认为具有许多重要的药用特性。植物可以组合一系列自然活性化合物，扮演重要的生物角色并被用作药物。草药植物具有治疗和预防疾病的特性，因此科学家们正致力于开发粗制药物来改善人们的生活。草药植物是各种疾病治疗的主要来源。这些潜在的药用效果主要归因于其活性植物成分。植物的重要性已经被社会所认识，并且科学家们自古以来一直将草药植物赋予药用价值，并有充分的记录。穿心莲已被用作治疗上消化道和上呼吸道、发热、疱疹、糖尿病和其他慢性疾病的草药疗法。穿心莲在传统药物系统中可治疗多种疾病，其预期效益必须评估。根据不同的植物研究，本综述旨在讨论穿心莲的药用价值、药理活性和毒副作用概况，如抗菌、抗氧化、降糖、抗炎和抗癌活性，以便成功利用该植物。为了解决未来的研究机遇，有必要建立一个弥合现有差距的手段。这强调了大范围的药理应用编撰，以确立穿心莲作为多功能药物代理的潜力。版权所有 © 2023，Bhaisare等。
Visits: 41
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Aug
IoannisDPassos,Dimoc...
In Vitro and In Vivo Effects of Docetaxel and Dasatinib in Triple-Negative Breast Cancer: A Research Study.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
引言 三阴乳腺癌（TNBC）是一组异质性肿瘤，其共同特点是具有明显的侵略性，并且与其他亚型的乳腺癌相比，在转移性情况下复发率更高，总体生存率更低。迄今为止，尚未批准一种针对TNBC治疗的靶向疗法，细胞毒性化疗仍然是标准治疗方法。在本实验研究中，我们对TNBC细胞系（体外）和TNBC肿瘤异种移植小鼠模型（体内）进行了化疗药物多西他赛和bcr/abl激酶抑制剂达沙替尼的影响研究。 材料与方法 培养并用多西他赛和达沙替尼（5 nM至100 nM）不同浓度处理TNBC细胞系。通过流式细胞术研究细胞死亡和凋亡。然后，在BALB/c裸小鼠体内注射TNBC细胞系以形成肿瘤。创建四组小鼠（A组：对照组；B组：DOC组；C组：DAS组；D组：DOC + DAS组），分别给予药物及其组合治疗。获取肿瘤，以10%福尔马林固定，包埋在石蜡中，并发送进行进一步的组织学评估（苏木精-伊红染色和免疫组织化学分析）以评估抑制肿瘤生长的效果。 结果 多西他赛的细胞毒性效应在统计学上显著，对凋亡的影响较小。达沙替尼在体外和体内的作用在统计学上显著，从凋亡和肿瘤缩小方面效果显著，副作用较小。 结论 TNBC是一种难以治疗的肿瘤疾病，即使在实验环境中也是如此。关于将靶向疗法（达沙替尼）与传统的细胞毒性疗法（多西他赛）联合使用的有希望的结果已经显示出来，但还需进一步评估。版权所有 © 2023，Passos等人。
Visits: 40
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023
JiahuiYu,MengnanLi,B...
Unleashing the efficacy of immune checkpoint inhibitors for advanced hepatocellular carcinoma: factors, strategies, and ongoing trials.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
肝细胞癌（HCC）是一种常见的原发性肝癌，约占病例的85%。由于诊断常在中晚期确诊，因此系统治疗成为首选治疗方式。尽管索拉非尼在过去十年一直是晚期HCC的确立标准治疗，系统治疗的疗效仍然不尽如人意，突显了新的治疗模式的需求。免疫疗法的最新突破已经显示出在HCC治疗中的潜力，特别是免疫检查点抑制剂（ICIs）。然而，对ICIs的反应率目前仅限于约15%-20%的HCC患者。最近，ICIs在“热性”肿瘤中展示出更好的疗效，突显了迫切需要制定更有效的方法将“冷性”肿瘤转化为“热性”肿瘤，从而增强ICIs的治疗潜力。本综述提供了一份对影响HCC免疫疗法疗效的因素的最新总结，鉴定了潜在的联合疗法，可能提高对ICIs的患者反应率，并提供了正在进行的以ICIs为基础的联合疗法的临床试验概述。版权©2023 Yu, Li, Ren, Cheng, Wang, Ma, Yong, Chen, Wang和Goh。
Visits: 40