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肿瘤
GENES & DEVELOPMENT
2023 Jul 31
DapengWang,YunyanLi,...
Inhibitory Effort of MLN2238 on Basal-Like Breast Cancer: An Investigation Based on the Gene Set Enrichment Analysis.
GENES & DEVELOPMENT
基底细胞样乳腺癌（BLBC）是一种乳腺癌亚型，具有高复发率和强侵袭性的特征。因此，有必要开发新的药物治疗BLBC。小分子药物的数据从癌症药物敏感性基因组学（GDSC）数据库中下载，小分子药物的靶基因信息从SWISS网站获得。基于TCGA数据库，利用全基因组t值测序筛选差异表达基因（DEGs）。进一步进行生物信息学分析。细胞周期使用流式细胞术确定。通过Western blot计算P21和P27的表达。采用siPLK1转染干预PLK1表达。进一步进行细胞实验技术。通过临床样本研究和体外实验验证筛选的小分子药物的具体效应和机制。MLN2238可以显著抑制基底细胞样乳腺癌细胞系HCC38的增殖。基于MLN2238显著上调的靶基因构建了PPI网络，其中PLK1是关键基因，KEGG分析显示上调的靶基因处于细胞周期中。流式细胞术显示MLN2238阻断了HCC38细胞在G2/M期。Western blot结果显示，MLN2238抑制了HCC38细胞中P21和P27的表达。基于TCGA数据库的存活热图显示，PLK1对乳腺癌的存活影响最大。PLK1表达水平高的患者总体生存率较低。体外细胞实验结果显示，siPLK1转染后PLK1表达显著降低。SiPLK1转染后细胞增殖能力显著受抑。MLN2238是治疗BLBC的潜在靶向药物，而PLK1是MLN2238抑制BLBC的靶基因。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Jul 31
LemengChang,ChunhuaX...
Inhibitory Effect of Fingolimod on Head and Neck Squamous Cell Carcinoma and Its Mechanism: Gene Set Enrichment Analysis.
GENES & DEVELOPMENT
本研究旨在通过数据挖掘、临床样本分析和基础实验来阐明Fingolimod对头颈部鳞状细胞癌（HNSC）的治疗效果，并初步探索其作用机制。通过SwissTargetPrediction和The Cancer Genome Atlas（TCGA）数据库获取了肿瘤组织中Fingolimod的标准化丰度评分（NES）。基于癌症药物敏感性基因组学（GDSC）数据库验证了Fingolimod对HNSC的IC50（50%抑制浓度）。将SCC9细胞体外培养以应用Fingolimod。细胞增殖通过细胞计数试剂盒-8（CCK-8）测定。基因的表达水平通过逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）进行测定。采用WebGestalt分析了Fingolimod在HNSC中的分子调控机制。通过Western印迹实验证明了Fingolimod对细胞周期蛋白的表达。通过TCGA数据库筛选出Fingolimod对HNSC的关键靶向基因，并在临床样本中进行验证。基因集富集分析（GSEA）显示HNSC的NES得分最高（NES=1.53，P<0.05）。GDSC显示Fingolimod在SSC9细胞中的IC50最低。细胞活力通过CCK8检测得到的IC50为4.34μmol/L，而RT-PCR显示添加Fingolimod后，增殖相关基因Ki-67的表达显著受到抑制（P<0.05）。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）富集分析揭示Fingolimod的靶向基因主要富集于细胞周期相关途径。Western印迹结果显示，添加Fingolimod后，SSC9细胞的细胞周期蛋白表达显著下调（P<0.05）。TCGA分析显示PLK1是Fingolimod治疗HNSC的关键靶向基因。RT-PCR显示过表达PLK1后，SCC9的活性显著增加，增加了增殖和抗凋亡能力（P<0.05），并在添加Fingolimod后，Ki-67和Bcl-2的表达显著受到抑制。Fingolimod可以促进SCC9细胞在G0/G1期的阻滞，而PLK1是治疗HNSC的关键靶向基因。Fingolimod可以抑制PLK1过表达引起的细胞增殖。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Aug 31
DalalSAlshaya,Tahani...
Three cases of colon cancer in four generations of the Saudi family, caused by endogamous germline mutations.
GENES & DEVELOPMENT
近年来，已有多项研究证据表明早期结肠癌在年轻人中的患病率呈现增长趋势。在这一背景下，本研究旨在分析沙特一家单一同姓内含同血统结肠癌复发的原因，该家族包括四代人。为了进行这项研究，作者们对同姓家族中的同血统病例的DNA样本进行全外显子测序分析，以筛查其体细胞系变突变。在采集了结肠样本后，通过组织学和免疫组化分析，使用了乳腺癌抗体（BRCA2和BRCA1）以及H&M染色（苏木精和伊红）进行分析。本研究共考虑了26个有风险的同血统病例。其中三例被诊断为恶性结肠癌，两例为乳腺癌，17例患有细胞系变突变，但未受到肿瘤的影响。剩下的四个同姓病例身体健康且没有携带这些突变。然而，根据外显子分析结果显示，15例携带9个基因的体细胞系变突变。这些患者中，有六个遗传基因中的九个基因出现了九个替代突变。此外，五个遗传基因中的九个基因中还出现了六个插入和缺失全移突变。免疫组化染色结果显示BRCA1和BRCA2呈阳性染色。因此，从这九个基因中遗传的体细胞系变突变，是同一家族结肠癌复发的主要原因。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Aug 31
MahaAbdullaAlwaili
Transcriptomic Analysis in Renal Cell Carcinoma and COVID-19 patients.
GENES & DEVELOPMENT
COVID-19大流行对全球公共卫生构成严重风险。该疾病的严重程度和感染率均较高，尤其在癌症患者中更为突出。本研究旨在确定最常见的生物途径及其与COVID-19感染和透明细胞肾细胞癌（CC-RCC）的关联程度。本研究通过GEO2R工具对实验组和对照组中的差异表达基因进行分析。此外，本研究还根据STRING数据库分析了升、降调基因之间的蛋白质相互作用。此外，利用Cytoscape软件和MCODE插件进行了模块分析。结果表明，在COVID-19患者中有67个基因上调和176个基因下调。而对于被诊断为CC-RCC的病人，106个基因上调，77个基因下调。根据GO分析的结果显示，这些差异表达基因在C-X-C趋化因子受体活性和糖酵解过程中起作用。此外，KEGG分析的结果表明，HIF-1信号通路和脂质代谢之间存在遗传关联。本研究发现了在COVID-19和CC-RCC患者的代谢途径中发挥关键作用的关键基因。这些基因被认为是预防癌症患者感染并发症的有希望的治疗靶点。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Jul 31
XiaojieZhao,SuhuaLi,...
The expression and clinical value of LRP11, FUBP1 and TET1 in cervical cancer.
GENES & DEVELOPMENT
宫颈癌是全球妇女第二大癌症死因。鉴定有效的基因及其作为靶向剂的生物学标志物对于该病的诊断和治疗非常必要。生物信息学技术及遗传和分子研究为研究基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等不同层次的信息提供了深度和准确性。这些数据的收集为包括癌症在内的各种复杂表型提供了全面且有价值的信息。本研究检测了与宫颈癌相关的三个基因LRP11、FUBP1和TET1。研究结果显示，这些基因在淋巴结和甲状腺中的表达水平较高，在胰腺和肝脏中较低。另外，FUBP1基因的表达水平高于LRP11基因，而LRP11基因的表达水平高于TET1基因。通过对所研究基因的结构和蛋白质组学的分析，可以看出由于LRP11和FUBP1基因中存在更多的结构域，这些基因可能独立参与不同的功能并具有比TET1基因更广泛的活动范围。另外，所检测基因的稳定性分析显示，FUBP1基因的稳定性相对较高，比TET1基因更稳定，同时该基因也比LRP11基因更稳定。考虑到这些基因是宫颈癌早期检测的关键基因，希望它们能够作为诊断和治疗宫颈癌的标志物。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Jul 31
LuluFeng,WenpingCai,...
Integrated bioinformatics analysis of microarray data from non-small cell lung cancer.
GENES & DEVELOPMENT
非小细胞肺癌（NSCLC）由于其高死亡率、缺乏早期诊断标志物以及远处转移的预防问题，治疗面临着主要挑战。为了识别NSCLC中的潜在miRNAs和关键基因，寻找新的生物标志物和靶向基因治疗。从基因表达数据库（GEO）中获取了GSE102286、GSE56036、GSE25508、GSE53882、GSE29248和GSE101929数据集，并使用GEO2R和R软件包筛选差异共表达miRNAs（DE-miRNAs）和长非编码RNAs（DElncRs）。通过String和Funrich数据库对DE-miRNAs-靶基因进行通路富集分析，构建蛋白质相互作用（PPI）网络和竞争性内源性RNA（ceRNA）网络，并使用Cytoscape软件可视化。从五个数据集中筛选出19个共表达DE-miRNAs。预测的7683个上调和下调的DE-miRNAs-靶基因在癌症相关通路中显著集中。PPI网络中的前10个中枢节点被鉴定为中枢基因，例如MYC、EGFR、HSP90AA1和TP53、MYC和ACTB。通过构建miRNA-中枢基因网络，发现hsa-miR-21、hsa-miR-141、hsa-miR-200b和hsa-miR-30a、hsa-miR-30d、hsa-miR-145可能调节大部分中枢基因，而hsa-miR-141、hsa-miR-200和hsa-miR-145在miRNA和ceRNA调控网络中表达水平较高。总之，识别到的hsa-miR-21、hsa-miR-141、hsa-miR-200b、hsa-miR-30a、hsa-miR-30d和hsa-miR-145为理解NSCLC发展提供了新的理论依据。
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EXPERT REVIEW OF MOLECULAR DIAGNOSTICS
2023 Sep 15
AmirTiyuri,ShayesteS...
Diagnostic accuracy of serum derived exosomes for hepatocellular carcinoma: a systematic review and meta-analysis.
EXPERT REVIEW OF MOLECULAR DIAGNOSTICS
肝细胞癌（HCC）的早期和非侵入性检测通常是无症状的，可以提高总体生存率。本系统评价和荟萃分析的目的是评估血清源性外泌体用于诊断HCC的诊断准确性。在PubMed、Web of Science和Scopus数据库中搜索相关研究，时间截至2023年4月。使用QUADAS-2检查表评估包括的研究的质量，并提取数据。对来自3993篇文献中的18个研究进行统计分析，并进行诊断荟萃分析。根据类型将生物标志物分为四组（外泌体miRNA、外泌体RNA、甲胎蛋白（AFP）和外泌体RNA+AFP组合），并分别进行荟萃分析。
外泌体miRNA的最高合并敏感度为0.86，外泌体RNA+AFP的最高合并特异性为0.89。此外，外泌体RNA+AFP的最高合并阳性似然比为7.55，最高合并诊断比值为35.96，最高合并曲线下面积为0.93。外泌体miRNA的最低合并阴性似然比为0.17。
外泌体生物标志物的诊断准确性优于AFP，将两者结合在一个组合中可以获得更好的结果。
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Disease Models & Mechanisms
2023 Aug 31
RuksetAttar,KhalidaN...
Regulatory role of circular RNAs in oral squamous cell carcinoma.
Disease Models & Mechanisms
OSCC是一种基因组复杂的疾病，现代分子肿瘤学的发展使研究人员能够几乎完整地描绘信号网络的解析图。在过去的二十年里，压倒性的概念证明了非编码RNA在肿瘤发生中的机制调控作用，包括OSCC。环状RNA展示了肿瘤学研究中一个蓬勃发展的方面，分子生物学家们才刚刚开始意识到和认识到circRNAs在OSCC发病机制中的重要性。非编码RNA在重新塑造信号通路中的调节作用为预防/抑制OSCC提供了可行的策略。环状RNA在OSCC中起到了机制性的作用，更广泛的circRNA介导的"海绵效应"需要有理地针对性地作为有效的癌症预防目标进行靶向治疗。在不同类型的动物模型中进行的卓越和前沿的研究工作将进一步完善我们对最有前景的circRNA进行药理学上有价值的靶点选择的了解。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 31
LikeZhong,WenkangQia...
Molecular Subtypes Based on PANoptosis Genes and Characteristics of Immune Infiltration in Cutaneous Melanoma.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
黑色素瘤（CM）仍然是皮肤癌中最具威胁性的形式。进一步的风险分层和对CM的新预后靶点的寻找对临床具有积极意义。PANoptosis被定义为由PANoptosome复合物介导的炎症性程序性细胞死亡，不能仅仅通过火球症、凋亡或坏死症来描述。尽管PANoptosis与包括癌症在内的许多疾病密切相关，但该现象在CM中尚未报告。结合GTEx和TCGA数据库，我们提取了14个与PANoptosis相关的基因（PAGs）。然后，通过PAGs分析了CM的分子亚型及其与免疫微环境和免疫治疗反应性的关联。对与PAGs相关的差异表达基因进行LASSO和单因素Cox分析，以建立能够有效预测CM患者预后的PAGs特征。进一步利用免疫浸润、肿瘤突变负荷分析、免疫治疗反应和药物敏感性分析来进一步分析预后差异的原因。我们的研究为PANoptosis在CM中的作用提供了一个新的视角。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Sep 15
ZequnSun,DongjunChun...
A Bayesian framework for pathway-guided identification of cancer subgroups by integrating multiple types of genomic data.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
近年来，综合癌症基因组学平台，例如癌症基因组图谱（TCGA），为每位患者提供了大量高通量基因组数据集，包括基因表达、DNA拷贝数变异、DNA甲基化和体细胞突变。尽管整合这些多组学数据集具有潜在的提供创新见解、实现个体化医学的能力，但大部分现有方法仅集中于基因水平分析，并且缺乏在通路水平上促进生物学发现的能力。本文中，我们提出了Bayes-InGRiD（基于通路导向的贝叶斯稀疏潜在因子模型），通过连续、二值和计数数据的联合分析，在统一框架内同时识别癌症患者亚群（聚类）和关键分子特征（变量选择）。通过利用通路（基因集）信息，Bayes-InGRiD不仅提高了癌症患者亚群和关键分子特征识别的准确性和稳健性，还促进了生物学的理解和解释。最后，为了方便有效的后验抽样，提出了一种基于泊松-伽马混合正态分布表示二值和计数数据的潜变量的替代Gibbs采样器，从而产生了后验的条件高斯表示。实现了上述方法的R软件包“INGRID”，目前可在我们研究团队的GitHub网页（https://dongjunchung.github.io/INGRID/）上获取。
© 2023 The Authors. Statistics in Medicine published by John Wiley & Sons Ltd.
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