拓扑异构酶（TOP1、TOP2α和β）是核酶，在DNA代谢的几乎所有方面都起着关键作用。它们也是重要的抗肿瘤化疗药物的靶点，这些药物通过困住可逆拓扑异构酶-DNA共价复合物中间体（TOPccs）来发挥作用，在催化反应期间形成长寿命拓扑异构酶DNA蛋白交联物（TOP-DPCs），从而干扰DNA交互作用。泛素连接酶ADP核糖基多聚合酶（PARP）家族蛋白PARP1在DNA损伤后被激活，以招募DNA修复蛋白，而PARP抑制剂是另一类常用化疗药物，可以与DNA上的PARP分子结合和困住。到目前为止，TOPccs和PARP由它们各自的抑制剂困住只能通过细胞内的免疫生化方法来测量。在这里，我们开发了一种基于成像的方法，能够实时监测药物诱导的TOPccs和PARP1在活细胞中的单分子水平的困住。利用这种方法，我们计算了药物在实时中困住标记了自荧光标签的拓扑异构酶和PARP单分子的比例。这种新颖的技术应有助于阐明修复TOPcc和PARP困住的分子过程，并促进新型拓扑异构酶和PARP抑制剂为基础的治疗方法的开发。由牛津大学出版社代表核酸研究出版于2023年。

这是一项名为HIMALAYA的三期临床研究结果的总结。HIMALAYA研究探讨的是使用一种叫作tremelimumab的药物与多剂durvalumab药物（STRIDE方案）或仅多剂durvalumab药物进行治疗。这些治疗方案与一种叫作索拉非尼的药物在难以手术切除的肝细胞癌（HCC）患者中进行对比。HCC是一种难以治疗的肝癌，因为通常在无法手术切除的情况下被诊断出来。自2007年以来，索拉非尼一直是无法手术切除的HCC的主要治疗方法。然而，使用索拉非尼的患者可能会出现副作用，影响他们的生活质量，因此正在试验替代药物。tremelimumab和durvalumab是一类叫做免疫疗法的药物，它们以不同的方式帮助身体的免疫系统对抗癌症。 参与使用STRIDE方案的患者生存时间比使用索拉非尼的患者更长，而单独使用durvalumab的患者与使用索拉非尼的患者的生存时间相似。使用STRIDE方案或durvalumab的患者相较于使用索拉非尼的患者，有较低的相对风险出现生活质量恶化。接受STRIDE方案或durvalumab的患者的副作用符合这些治疗方法的预期，并且大多数可以有效管理。 总体而言，对于无法手术切除的HCC患者，STRIDE方案比索拉非尼更有效。临床试验注册号：NCT03298451 (HIMALAYA) (ClinicalTrials.gov)。

糖苷酶是广泛存在的酶，能催化寡糖和糖结合物中的糖苷键水解。这些酶在多种生物事件中起着重要作用，例如消化营养碳水化合物、溶酶体降解糖结合物和糖蛋白的翻译后修饰。异常的糖苷酶活性与多种疾病，尤其是癌症和溶酶体贮积病有关。鉴于糖苷酶的生理和病理重要性，开发针对这些酶的小分子化合物是糖科学和药物化学领域的热点研究。迄今为止进行的研究工作已经发现了很多靶向糖苷酶的小分子化合物，被用于阐明生物过程和开发有效的化疗药物。在本综述中，我们描述了2018年以来报道的研究结果，重点介绍了用于糖苷酶检测和成像的荧光探针、用于共价标记这些酶的活性探针、糖苷酶抑制剂和糖苷酶可活化前药。

调节性T细胞（Tregs）是免疫系统中的关键细胞类型。在肿瘤微环境（TME）中，Tregs的存在对免疫反应和肿瘤发展具有重要意义。对于肺腺癌（LUAD）中Tregs的作用了解甚少。我们使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析鉴定了Tregs，并研究了Tregs与TME中其他细胞之间的相互作用。接下来，我们使用多个批量RNA测序数据集基于Tregs的标记基因构建了危险模型，并探索了高风险组和低风险组之间在预后、突变谱、免疫细胞浸润和免疫治疗方面的差异，最后，我们进行了qRT-PCR和细胞功能实验以验证模型基因。Cellchat分析显示，MIF-(CD74+CXCR4)对在Tregs与其他细胞亚群之间的相互作用中起关键作用，并且Tregs相关的标记基因（TRAS）可以将多个LUAD队列很好地分类为高风险组和低风险组。根据其较强的生存能力、免疫细胞浸润增加以及免疫检查点表达增强，低风险组可能获得较大的免疫治疗潜力。最后，实验验证了模型基因LTB和PTTG1在癌组织中相对高表达，而PTPRC在癌旁组织中相对高表达。克隆形成实验证实，PTTG1的沉默减少了LUAD细胞的增殖能力。使用scRNA-seq和批量RNA测序构建了TRAS以区分患者风险亚组，这可能对LUAD患者的临床管理提供帮助。版权所有© 2023 Zhang，Zhang，Cui，Gong，Wang和Lin。

由于在病人中存活时间短、转移和复发风险高，针对三阴性乳腺癌（TNBC）的治疗是一个困难的领域。尽管参与了肿瘤入侵和转移，但跨膜糖蛋白间质细胞黏附分子1（ICAM1）在TNBC中的作用机制尚不清楚。我们研究了ICAM1在TNBC中的作用，重点关注其表达、细胞存活、突变和肿瘤免疫。然后，利用与ICAM1相关的共表达基因创建了一个风险评分模型。根据其风险评分，我们将病人分为高风险组和低风险组。在高风险组和低风险组中分析了免疫功能、药物敏感性差异和体细胞变异。我们使用CMap数据库预测潜在的药物。然后，将ICAM-1表达低的TNBC细胞与经过PMA处理的THP-1细胞和CD8 T细胞共培养。此外，在与CD8 T细胞共培养时，检测了ICAM-1表达低的TNBC细胞的PD-1和CTLA4的表达。ICAM1参与白细胞细胞粘附、活动和免疫激活。ICAM1低表达组的病人比ICAM1高表达组的病人具有较短的无病生存期（DFS）。ICAM1水平升高的组显示出明显增加的T细胞调节水平、自然杀伤细胞静息和M1巨噬细胞。ICAM1的表达与免疫检查点药物相关。风险评分模型的预后能力优于单个基因。高风险组的病人表现出较高的临床分期，M1巨噬细胞数量较多，并能更好地从免疫治疗中受益。高风险组的个体突变率显著升高，TP53、TTN和SYNE1基因突变率较高，同时TMB和PD-L1水平升高，TIDE得分降低。这些发现表明，免疫治疗可能对高风险组有利。此外，ICAM1低表达会促进M2巨噬细胞极化以及T细胞耗竭。总之，ICAM1低表达可能与免疫逃逸有关，导致治疗反应差和预后较差。版权所有 © 2023 周、徐、徐、孙和陈。

在正常的上皮组织中，原癌基因调控着细胞内或细胞间的关键功能，包括细胞生长与增殖、凋亡和通过不同途径介导从细胞周边（胞外空间）到细胞核的信号转导。癌基因是相应原癌基因的突变或放大形式，在细胞发生肿瘤发展和恶性转化过程中起着至关重要的作用。唾液腺癌（SGCs）展示了多种组织发生类型，并且其具有广泛的染色体和基因改变谱。特别是在某些基因中的放大【人表皮生长因子受体2（HER2）、人表皮生长因子受体4（HER4）、表皮生长因子受体（EGFR）、间变性淋巴瘤激酶（ALK）、鼠双分钟2同源物（MDM2）、雄激素受体（AR）、程序性细胞死亡配体1（PD-L1）、神经分化因子2（NEUROD2）、磷脂酰肌醇3，4,5-三磷酸依赖的RAC交换蛋白1（PREX1）、细胞周期依赖性蛋白激酶4/6（CDK4/6）、富含脯氨酸酸性蛋白1（PRAP1）、凯尔抗原系统（KEL）、谷氨酸受体亚单位ε2（GRIN2D）、Ewing肉瘤RNA结合蛋白1（EWSR1）、MYC原癌基因（MYC）】与染色体数目失衡（非整倍体/多体/单体）的结合或不结合构成了不同的基因特征，影响了其对单克隆抗体为基础的癌症靶向治疗方案的反应。不同的SGC组织类型表现出特定的突变/放大基因组合，从而改变其临床组织学特征。在当前的分子综述中，我们介绍了最重要的放大癌基因及其对SGCS生物学行为的影响。版权所有2023年，国际抗癌研究学会。

甲状腺癌（TC）是内分泌系统中最常见的恶性肿瘤。PANoptosis是一种新发现的细胞死亡途径，对肿瘤研究具有兴趣。然而，PANoptosis相关的长链非编码RNA（PRlncRNA）与TC之间的关系尚不清楚。该研究旨在基于TC中的PRlncRNA开发一个预后模型。通过Pearson相关分析、单变量/多变量Cox分析和Lasso Cox回归分析，分析了PANoptosis相关基因的基因表达数据和来自The Cancer Genome Atlas（TCGA）数据库中的TC的临床信息。构建了一个PRlncRNA签名，并用于开发一个预测总体生存（OS）的正态图。我们进一步探讨了风险评分与肿瘤免疫微环境、免疫检查点和药物敏感性之间的相关性。此外，我们验证了TC细胞系中lncRNA的表达和生物功能。最后，我们使用了七种PRlncRNA构建了一个预测TC患者OS的预后模型。我们发现风险评分与肿瘤微环境（TME）和关键免疫检查点的表达有关。此外，我们筛选出可能对高风险或低风险TC群体敏感的药物。定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）结果显示四种PRlncRNA（GAPLINC、IDI2-AS1、LINC02154和RBPMS-AS1）在肿瘤和正常组织间的差异表达。此外，使用GEO数据库（GSE33630）验证了PRLncRNA在THCA组织和正常组织中的表达差异。最后，发现RBPMS-AS1能抑制TC细胞的增殖和迁移。总之，我们开发了一个与PANoptosis有关的lncRNA预后风险模型，可以全面了解TC患者的TME状况，并为选择敏感药物和免疫疗法奠定基础。© 2023 李等

在人类发育和疾病相关研究中，更完整的体外模型迫切需要，而器官样体具有巨大潜力。它们复杂的细胞组成使得单细胞测序具有很大的实用性；然而，目前技术限制为少数处理条件，限制了其在器官样体异质性的筛选或研究中的应用。在这里，我们应用sci-Plex，一种基于单细胞组合索引（SCI）的RNA测序（RNA-seq）多重法，对视网膜样体进行分析。我们证明了sci-Plex和10×方法产生了高度一致的细胞类组成，并进一步扩展sci-Plex来分析对关键发育途径进行调节时样体的细胞类组成。通过利用个体样体数据，我们开发了一种测量样体异质性的方法，并确定早期激活Wnt信号在视网膜样体培养中增加了长达6周的视网膜细胞类别。我们的数据显示sci-Plex在分析处理条件对相关人体模型的潜力上可以实现扩大规模。©2023年作者。

孕期乳腺癌（PrBC）是一种罕见的疾病，以其侵袭性的临床行为而闻名。肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的存在已经被证明对这些患者的预后产生显著影响。尽管肿瘤的某些生物特性可能因妊娠阶段而异，但对PrBC肿瘤微环境中免疫景观的动态了解甚少。因此，在本研究中，我们的目标是全面了解孕期乳腺癌诊断的孕龄与肿瘤微环境组成之间的关系。我们选取了来自我们机构的108例PrBC病例，并根据妊娠期将其分类。对所有病例，根据国际TILs工作组的建议，对TILs进行了分析，并通过CD4、CD8和forkhead box P3（FOXP3）的免疫组化进行亚型分型。使用IHC 22C3 pharmDx试剂盒检测PD-L1，并根据组织中细胞阳性分数（CPS）进行测试，阳性值的截断值为≥10。统计分析采用Fisher检验和卡方检验，并针对多重比较进行适当的调整，采用逻辑回归模型和基于Kaplan-Meier方法的生存分析。随着妊娠期的推移，G3不分化肿瘤的比例增加（第一孕期，n = 25，56.8％；第二孕期，n = 27，69.2％；第三孕期，n = 21，87.5％；p = 0.03）。组织学亚型以及激素受体（HR）和HER2状态在不同孕期没有显示出显著变化。在HR+/HER2-亚型中，早期孕期的肿瘤中高/中度TILs的比例较高，与FOXP3表达类似（TILs：第一季度，n = 10，35.7％；第二季度，n = 2，10.5％；第三季度，n = 0； p = 0.02；FOXP3：第一季度，n = 10，40％；第二季度，n = 3，15.8％；第三季度，n = 0； p = 0.03）。我们队列的中位随访时间为81个月。在乳腺癌诊断后发生复发的患者中，第一孕期患者PD-L1阴性的比例更高，与无疾病复发的患者不同（n = 9，100％与n = 9，56.3％； p = 0.03；激素治疗和n = 9，100％与n = 7，53.9％； p = 0.02；化疗）。在生存结果方面，三个孕期之间没有统计学上显著的差异。HR+/HER2- PrBC的TME动态根据孕龄而异，这表明在后期孕龄中免疫耐受性的表达可能解释了该阶段诊断出的肿瘤的增加侵袭性。Copyright © 2023 Sajjadi, Venetis, Ivanova, Noale, Blundo, Di Loreto, Scarfone, Ferrero, Maggi, Veronesi, Galimberti, Viale, Peccatori, Fusco and Guerini-Rocco.

酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae是一个强大的遗传学工具，被用于几十年来研究广泛的生物学主题。凭借其易于使用、经济实用、经过深入研究的基因组和真核生物中高度保守的蛋白质组，它已经成为最常用的模式生物之一。由于这些优势，它已被用于研究一系列复杂的人类疾病。从广泛且复杂的病理条件，如衰老和神经退行性疾病，到较新的用途，如SARS-CoV-2，酵母继续为我们提供关于细胞过程如何受到疾病影响以及受影响途径可能如何成为治疗设置中的靶点的新见解。同时，在许多这些人类疾病的病理中，RNA和基于RNA的过程的作用变得越来越突出，并且酵母已被用于研究这些机制，从肌萎缩性脊髓侧索硬化症中的异常RNA结合蛋白到癌症中的翻译调控。在这里，我们回顾一些酵母模型对于复杂的、基于RNA的人类疾病分子病理学方面所取得的重要见解。本文被归类于：RNA在疾病和发展中的作用 > RNA在疾病中。© 2023 The Authors. 由Wiley Periodicals LLC出版的WIREs RNA发表。