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Brain Structure & Function
2023 Sep 05

SachithraniUMadugall...
Synapse-enriched m6A-modified Malat1 interacts with the novel m6A reader, DPYSL2, and is required for fear-extinction memory.
Brain Structure & Function
RNA修饰N6-甲基腺嘌呤(m6A)调节核和其他亚细胞区域内RNA与各种RNA结合蛋白的相互作用,并最近被发现参与依赖经验的可塑性、学习和记忆过程。利用m6A RNA测序,我们在突触发现了一类与学习相关的独特m6A修饰的RNA,其中包括长非编码RNA转移相关肺腺癌转录本1(Malat1)。RNA免疫沉淀和质谱分析揭示了12个新的突触特异性学习诱导m6A阅读子,它们存在于雄性C57/BL6小鼠的前额皮质中,m6A修饰的Malat1与其中一部分结合,包括CYFIP2和DPYSL2。此外,Malat1上的m6A修饰有细胞类型、突触特异性,并且与状态相关,在恐惧消退记忆中降低了m6A修饰,这可能通过干扰Malat1与DPYSL2的相互作用和树突棘形成的减少引起。这些发现突显了m6A在恐惧消退记忆巩固期间调节RNA功能状态的关键作用,并扩展了突触区域依赖经验的m6A阅读子的能力。
意义说明:我们发现学习诱导的m6A修饰RNA(包括长非编码RNA Malat1)在突触中积累。我们发现了几个与恐惧消退学习相关的新的m6A阅读子,并证明了m6A修饰的Malat1与恐惧消退记忆形成之间的因果关系。这些发现突显了m6A在记忆形成过程中调节RNA功能状态的作用,并扩展了突触区域依赖经验的m6A阅读子的能力。
版权所有 © 2023 作者们。
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Autophagy
2023 Sep 05

SJosephEndicott,Rich...
PTEN activates chaperone-mediated autophagy to regulate metabolism.
Autophagy
PTEN是INS-PI3K-AKT通路的负调控因子,对新陈代谢和细胞生长起至关重要的调节作用。在癌症中,PTEN是最常见的突变抑癌基因之一。然而,PTEN的过度表达能够延长雄性和雌性小鼠的寿命。我们最近的研究表明,在小鼠肝脏和培养细胞中,PTEN对启动分子伴侣介导的自噬(CMA)起到必需和充分的作用。当PTEN过度表达时,通过CMA选择性降解蛋白质是抑制糖酵解和脂肪酸合成所必需的。因此,PTEN下游的CMA的激活可能通过对关键代谢酶的选择性降解来调节健康和代谢。
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023 Sep 05

MarkSamuels,WilliamJ...
The role of non-coding RNAs in extracellular vesicles in breast cancer and their diagnostic implications.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
乳腺癌(BC)是全球最常见的癌症形式,在女性中占25%。尽管早期乳腺癌的治疗有效且通常可以痊愈,但转移性疾病是不可治愈的,这凸显了对早期检测的需求。目前,早期检测依赖于侵入性过程,然而最近的研究表明从液体活检中获得的细胞外囊泡(EVs)可能具有临床效用。EVs在全身内传输各种生物活性物质,发挥重要作用于细胞间的通讯,并且重要的是,与其细胞来源相一致。在癌细胞中,EVs改变肿瘤微环境(TME)的行为,形成了癌细胞和非癌细胞之间的通讯桥梁,以改变癌症进展的各个方面,包括前转移巢的形成。通过基因调控框架,非编码RNA(ncRNA)调节重要的分子和细胞过程,并且在各种癌症类型中可以作为肿瘤抑制剂和致癌驱动因子。EVs传输和保护ncRNA,促进其在临床上作为液体活检用于早期乳腺癌检测。本综述总结了有关ncRNA和EVs在乳腺癌中的当前研究,重点关注它们在癌症进展中通过与微环境的双向通讯发挥的作用以及其诊断意义。EV ncRNA在乳腺癌中的作用。表示参与乳腺癌肿瘤形成过程的不同EV ncRNA。促肿瘤的ncRNA显示为绿色,抑制致癌过程的ncRNA显示为红色。© 2023年,作者们。
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BIOINFORMATICS
2023 Sep 05

WeiQu,RonghuiYou,Hir...
DeepMHCI: An anchor position-aware deep interaction model for accurate MHC-I peptide binding affinity prediction.
BIOINFORMATICS
计算预测MHC-I肽段结合亲和力是免疫生物信息学中的一个重要问题,也对于个性化治疗癌症疫苗中新抗原的鉴定至关重要。最近,基于深度学习的最前沿方法在这个问题上无法达到令人满意的性能,特别是对于非9个氨基酸的肽段。这是因为这些方法生成输入时,仅仅是将给定的两个序列进行简单拼接:一个肽段和(MHC I类分子的伪序列),无法精确捕捉与具有可变长度的肽段相关的MHC结合基序中的锚定位置。因此,我们开发了一种能感知锚定位置并具有高性能的深度模型DeepMHCI,它采用位置感知门控层和残余结合交互卷积层。这使得模型能够控制肽段中的信息流,以感知锚定位置,并通过多个卷积核直接建模肽段与MHC伪(结合)序列之间的相互作用。通过对四个基准数据集进行广泛实验证明了DeepMHCI的性能,包括五折交叉验证、独立测试集验证、外部HPV疫苗识别和外部CD8+表位识别等各种设置。通过绑定基序的可视化实验结果表明,DeepMHCI在所有竞争方法中表现出色,特别是在非9个氨基酸的肽段结合预测方面。DeepMHCI可通过https://github.com/ZhuLab-Fudan/DeepMHCI公开获取。附加数据可在Bioinformatics online上找到。©2023作者。由牛津大学出版。
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ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
2023 Sep 05

XinYang,JunTang,Juan...
High-Quality Indigo Naturalis Obtained with Automatic Foam Separation.
ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
靛蓝是一种古老的植物染料,也是一种具有抗菌、抗炎和抗癌特性的著名中药。传统工艺中,需要进行数千次人工搅拌将优质的靛蓝与粗糙浆料分离。然而,这种方法耗时费力,质量不稳定且产量低,无法满足现代工业化生产的要求。本研究采用泡沫分离技术提高了优质靛蓝的工业适用性。基于活性成分含量、皮肤刺激效果和抗氧化应激活性,对工序参数进行了优化。结果显示,泡沫分离的最佳工艺实现了40厘米的液位差和0.35兆帕的泡沫强度。与原样相比,纯化靛蓝中靛蓝素和靛紫素的含量分别提高了1.6倍和3倍,总灰分含量从86%降至70%,pH值从12.18降至9.71,淋洗倍增。动物实验表明,泡沫分离后的靛蓝明显减少了刺激作用(p < 0.01),并增强了抗氧化应激活性(p < 0.01)。因此,本研究开发的泡沫分离设备实现了靛蓝中活性成分的提纯,大大提高了生产效率和品质。
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ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
2023 Sep 05

Chang-KwonKim,Soojun...
Molecular networking-guided isolation strategy of a new C-glycosyl flavone rotamer from Stellaria alsine and evaluation of anti-inflammatory and antioxidant activities.
ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
乌蔹莓历来被东亚地区用作饥荒救助食物和替代药物。现代药理学研究揭示了乌蔹莓具有多种生物学效应,如抗癌、抗肝瘤、抗炎和抗氧化作用。然而,尚未对从该植物中提取的化学成分的抗炎性质进行深入研究。为了寻找治疗炎症性肠病(IBD)等炎症性疾病的潜在治疗药物候选物。使用UPLC-Orbitrap串联质谱对乌蔹莓提取物进行全球天然产物社交(GNPS)基于分子网络(MN)分析,研究其化合物的分布。通过测量白细胞介素(IL)-8和活性氧(ROS)产物的生成评估乌蔹莓提取物和分离物的抗炎和抗氧化效应。乌蔹莓的活性EA层通过基于特征的分子网络分析显示了最高比例的主要化合物。EA分数的前候选结构通过先进的分析工具网络注释推广(NAP)迅速注释为黄酮类C-或O-糖苷。通过GNPS分子网络引导的分离策略,分离出一种新的C-糖基黄酮构体(1)。主要(1a)和次要(1b)旋转异构体的结构经过详尽的NMR分析和MS/MS碎片化进行确定。最后,通过与IL-8蛋白的分子对接模拟预测了1的抗炎活性。这些结果表明化合物1是治疗炎症性肠病(IBD)的潜在治疗药物候选物。© 2023. 该作者(们)独家许可Springer Science+Business Media,LLC部分Springer Nature使用。
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ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY
2023 Sep 05

MirjamGerwing,Philip...
Multi-organ Radiomics-Based Prediction of Future Remnant Liver Hypertrophy Following Portal Vein Embolization.
ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY
本研究旨在评估基线计算机断层扫描(CT)数据对门静脉栓塞(PVE)后未来残存肝(FRL)肥大的预测价值。采用回顾性研究设计,纳入了2018年至2021年间接受右侧PVE的所有连续病人,包括有或没有肝静脉栓塞。在PVE前后进行CT容积测量,评估标准化FRL体积(sFRLV)。对肝脏(无肿瘤)、脾脏和骨髓进行段分割,并从基线CT中提取放射组学特征。通过步骤递减降维进行特征选择,选取可用于分类反应(肥大≥1.33)的特征。拟合逻辑回归模型,并检测选中特征的预测价值。对测试数据集进行决策曲线分析。该研究纳入了53例肝肿瘤患者。PVE后sFRLV显著增加,平均FRL肥大倍数为1.5±0.3。35例(66%)患者达到sFRLV肥大≥1.33。三个独立的放射组学特征,即与肝脏、脾脏和骨髓相关的特征,能够很好地区分反应者和非反应者。逻辑回归模型显示出最高的准确度(曲线下面积为0.875),对反应的预测具有敏感性1.0和特异性0.5。决策曲线分析显示,在应用该模型时存在正向净益。这个概念验证研究首次提供了基线多器官放射组学CT数据对PVE后FRL肥大的潜在预测价值的证据。© 2023年,作者(们)。
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ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY
2023 Sep 05

ClaraFarley,RolandBa...
To Dissect or Not to Dissect: Can We Predict the Presence of Four or More Axillary Lymph Node Metastases in Postmenopausal Women with Clinically Node-Negative Breast Cancer?
ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY
腋窝淋巴结(ALN)的涉及对于预后和乳腺癌患者的多学科治疗至关重要。本研究旨在确定术前临床病理因素对于cN0疾病患者具有四个或更多病理阳性ALN的预测能力,并制定一个预测性诊断模型以指导治疗建议。通过使用机构的前瞻性数据库,本研究确认了1993年至2007年间进行前瞻性哨兵淋巴结活检(SLNB)的绝经后期乳腺癌cN0患者,其中有或无行完全腋窝淋巴结清扫(cALND)的情况。通过逻辑回归分析识别出了在cN0人群中预测四个或更多阳性节点的因素,以及在一个、两个或更多个SLN患者中预测的因素。本研究确定了2532位绝经后期妇女,其中615位(24.3%)接受了cALND。单因素分析结果显示,肿瘤大小、淋巴管性(LVI)、组织学、雌激素受体(ER)阳性状态以及多发性/多中心性与四个或更多阳性节点(n = 63; p < 0.05)有预测关系,而多因素分析结果则显示除了ER状态以外的所有因素均具有显著性。在2532名患者中,1263名(49.2%)患有激素受体(HR)阳性、人表皮生长因子受体2(HER2)阴性的疾病,其中30例(2.4%)患者在最终病理结果中发现有四个或更多阳性节点。在只有一个阳性SLN并接受了cALND的130名患者中,有7名患者具有四个或更多阳性节点,其中唯一的预测因素是分级(p = 0.01)。在进行了cALND的33名有两个或更多阳性SLN的患者中,有9名(27.3%)在cALND后具有四个或更多阳性节点,但在这个子组中没有任何预测因素。绝经后期患有早期cN0 HR阳性、HER2阴性乳腺癌且只有一个阳性SLN的女性,其在最终病理学中具有四个或更多阳性节点的风险非常低(5%)。由于N2疾病的风险如此之低,只进行有限的SLNB分期可能足以为这部分患者指导治疗决策。©2023年。外科肿瘤学会。
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ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY
2023 Sep 05

CharityCGlass,Robert...
Racial Disparities in Locoregional Recurrence in Postmenopausal Patients with Stage I-III, Hormone Receptor-Positive Breast Cancer Enrolled in the NSABP B-42 Clinical Trial.
ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY
在有高质量医疗条件下,对种族间局部复发(LRR)差异的研究资料有限。我们的目标是研究参与国家手术辅助性乳腺和肠道(NSABP)B-42试验的I-IIIA期激素受体阳性(HR+)乳腺癌患者种族间晚期LRR的差异。从2006年到2010年,共纳入了3966例I-IIIA期HR+乳腺癌的绝经后妇女,她们在五年的激素治疗后无疾病复发,并随机分配进一步的5年激素治疗或安慰剂治疗。如果多种族或不清楚种族,则排除病人。使用Kaplan-Meier曲线估计了自试验登记以来6年LRR的情况,并根据种族进行比较。调整后的Cox比例风险模型用于生存分析。总体上,纳入了3929例NSABP B-42患者:3688例白人(占93.9%)、151例黑人(占3.8%)和90例亚洲人(占2.3%)。中位随访时间为75.2个月。自试验登记以来,估计的6年LRR率为1.8%,并且根据种族有所差异:白人女性的LRR率为1.7%,黑人女性的LRR率为4.9%,亚洲女性为0%(p = 0.046)。调整后的Cox比例风险分析发现黑人种族与LRR独立相关(风险比[HzR] 2.36,95%置信区间[CI] 1.01-5.49;p = 0.047)。淋巴结阳性也与LRR增加相关(HzR 1.75,95% CI 1.07-2.86;p = 0.025)。调整后的Cox分析发现LRR(HzR 2.32,95% CI 1.33-4.06;p = 0.003)与整体死亡率增加相关;然而,种族与死亡率无独立相关。在NSABP B-42试验中,种族间的晚期LRR差异存在于I-IIIA期HR+乳腺癌的绝经后患者中,其中黑人女性的LRR最高。© 2023 Society of Surgical Oncology.
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Alzheimers & Dementia
2023 Sep 05

StevenRSabat,AlisonW...
Exploring why "memory loss" is a misleading descriptor of people living with dementia and can lead to dysfunctional care.
Alzheimers & Dementia
在对患有痴呆症的人群进行预防和改善治疗的目标之际,仍然需要提高目前确诊患者生活质量的努力,尤其是将准确信息从专业人士传递给公众。虽然许多医疗专业人士了解不同类型的记忆以及在痴呆症进展过程中哪些记忆更容易受到影响,但非专业人士更常对这些重要信息缺乏了解。用于描述痴呆症状的术语对于人们对缺失、损害或保留的认知机能有很大影响。在这方面,理解患有痴呆症者所保留的记忆机能和其他认知能力的微妙差别非常重要。将“失忆”这个术语用于描述痴呆症综合征,并将其归因于患有痴呆症的人员,暗示他们无法形成新的记忆并参与有意义的社交互动,这对他们的人格是有害的。我们通过融合神经学、神经生物学、心理学和案例细节来多学科的方法,在本文中旨在突出“失忆”一词的不准确性、适得其反和促进痴呆症相关的错误观念、恶性定位和恶性社会心理的方式。无疑,痴呆症患者在明确记忆或根据需要进行回忆方面存在困难,但他们保留了隐含记忆,这已经得到研究和日常行为的证实。因此,我们提议使用替代的医学术语准确反映记忆受损和某些重要记忆能力的保留。
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