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HEART & LUNG
2024 Aug 17

RafaelAmorimBeloNune...
Three-year cardiovascular and non-cardiovascular adverse events in patients with chronic lymphocytic leukemia or small cell lymphocytic lymphoma treated with Bruton tyrosine kinase inhibitors acalabrutinib or ibrutinib: a real-world analysis.
HEART & LUNG
布鲁顿酪氨酸激酶 (BTK) 抑制剂在 B 细胞淋巴增殖性疾病的靶向治疗中发挥着重要作用。然而,不良事件可能会限制许多患者的正确治疗过程。本研究的目的是比较第一代 BTK 抑制剂依鲁替尼与第二代 Acalabrutinib 治疗的慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 或小细胞淋巴细胞淋巴瘤 (SLL) 患者发生心血管和非心血管不良事件的风险。使用来自协作跨国网络的真实世界数据。我们使用来自网络 (TriNetX) 的数据,该网络涵盖全球 100 多个医疗保健组织。在分析之前,我们查询了过去十年内接受依鲁替尼或阿卡替尼治疗的年龄≥18岁慢性淋巴细胞白血病或小细胞淋巴瘤患者的数据库。我们使用倾向评分匹配来平衡群组。计算以下结果的 3 年累积发生率和风险比:心房扑动或颤动、其他心律失常、心力衰竭、缺血性中风或外周栓塞、急性冠脉综合征、出血和败血症。我们比较了每组 2,107 名患者。在 3 年随访期间,150 名(7.1%)acalabrutinib 患者和 310 名(14.7%)ibrutinib 患者出现心房颤动或扑动(风险比,0.68,95% CI 0.55-0.84)。 acalabrutinib 组有 342 名患者(16.3%)发生新发高血压,ibrutinib 组有 584 名患者(27.7%)发生新发高血压(风险比 0.81,95% CI 0.66-0.98)。 acalabrutinib 组有 136 名患者 (6.5%) 被诊断为脓毒症,而 ibrutinib 组有 239 名患者 (11.3%) 被诊断为脓毒症(风险比 0.77,95 CI 0.60-0.98)。两组在其他不良事件方面没有显着差异。在使用来自电子医疗登记册的真实世界数据的大型回顾性队列中,接受 acalabrutinib 治疗的 CLL 或 SLL 患者比接受 ibrutinib 治疗的患者具有更好的心血管和非心血管安全性,且心房扑动或颤动的风险较低。发病性动脉高血压和脓毒症。© 2024。作者获得 Springer-Verlag GmbH 德国(Springer Nature 旗下公司)的独家许可。
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GENOME RESEARCH
2024 Aug 16

EmilyLowry,YiqingWan...
Colibactin leads to a bacteria-specific mutation pattern and self-inflicted DNA damage.
GENOME RESEARCH
Colibactin 主要由 B2 系统群的大肠杆菌菌株产生,可交联 DNA,并可促进人类宿主罹患结肠癌。我们研究了该毒素对大肠杆菌素生产者以及与生产细胞共培养的细菌的影响。通过全基因组遗传筛选和突变积累实验,我们发现了减轻大肠杆菌素损伤的细胞途径,并揭示了它诱导的特定突变。我们发现,虽然大肠杆菌素靶向富含 A/T 的基序,如在人类结肠细胞中观察到的那样,但它会诱导细菌独特的突变模式。基于这种模式,我们预测长期接触大肠杆菌素将最终导致三核苷酸组成的基因组偏差。我们通过分析数千个大肠杆菌基因组来测试这一预测,发现产生大肠杆菌素的菌株确实在三核苷酸组成中表现出预测的偏度。我们的工作揭示了细菌特异性突变模式,并表明大肠杆菌素致病岛上编码的抗性蛋白不足以防止自身造成的 DNA 损伤。由冷泉港实验室出版社出版。
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Journal of Translational Medicine
2024 Aug 16

Lisa-MarieSkrip,Simo...
Viscoelastic properties of colorectal liver metastases reflect tumour cell viability.
Journal of Translational Medicine
结直肠癌是世界上第三大常见肿瘤,高达 50% 的患者在五年内发生肝转移 (CRLM)。为了改进和个性化治疗策略,迫切需要新的诊断工具。例如,通过磁共振弹性成像(MRE)测量的生物力学肿瘤特性可以用作这样的诊断工具。我们假设离体 MRE 与 CRLM 的组织学和放射学评估相结合,可以为肿瘤中的细胞活力提供基于生物力学的诊断标记。34 使用离体 MRE 在 500 Hz 频率范围内研究来自接受肝切除术的患者的 CRLM 标本至 5300 Hz,增量为 400 Hz。对作为刚度和粘度代理的剪切波速度和波穿透率进行单频评估,并基于弹簧罐模型和幂律指数 α 进行流变模型拟合,范围在 0(完全固体行为)和 1(完全流体)之间行为)。对于组织学分析,样品用 H 染色
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npj Precision Oncology
2024 Aug 16

XueweiWu,ShuaitongZh...
Biologically interpretable multi-task deep learning pipeline predicts molecular alterations, grade, and prognosis in glioma patients.
npj Precision Oncology
深度学习模型已被开发用于神经胶质瘤的各种预测;然而,它们受到手动分割、特定任务设计或缺乏生物学解释的限制。在此,我们的目标是开发一种端到端多任务深度学习(MDL)管道,可以同时预测神经胶质瘤的分子改变和组织学分级(辅助任务)以及预后(主要任务)。此外,我们的目标是提供模型预测背后的生物学机制。我们收集了多尺度数据,包括来自两个私人数据集(FAHZU 和 HPPH,n = 1931)和三个公共数据集(TCGA,n = 213;UCSF,n = 410;和 EGD,n = 222)的 2776 名神经胶质瘤患者的基线 MRI 图像。我们使用我们的私有数据集训练和内部验证 MDL 模型,并使用三个公共数据集对其进行外部验证。我们使用模型预测的深度预后评分 (DPS) 将患者分为低 DPS 和高 DPS 亚型。此外,还进行了放射多组学分析以阐明 DPS 的生物学基础。在外部验证队列中,MDL 模型预测 IDH 突变状态、1p/19q 共缺失状态和肿瘤分级的平均曲线下面积分别为 0.892-0.903、0.710-0.894 和 0.850-0.879。此外,MDL 模型在 TCGA 中得出的 C 指数为 0.723,在 UCSF 中为 0.671,用于预测总生存期。 DPS 与激活的致癌途径、免疫浸润模式、特定蛋白表达、DNA 甲基化、肿瘤突变负荷和肿瘤基质比率显着相关。因此,我们的工作提供了一种准确且具有生物学意义的工具,用于预测神经胶质瘤的分子亚型、肿瘤分级和生存结果,从而以全局和非侵入性的方式提供个性化的临床决策。© 2024。作者。
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GENES & DEVELOPMENT
2024

XuezhiLi,XiaodongQu,...
Development of a Novel CD8+ T Cell-Associated Signature for Prognostic Assessment in Hepatocellular Carcinoma.
GENES & DEVELOPMENT
本研究旨在分析CD8 T细胞相关调控基因在肝细胞癌(HCC)中的临床意义和预后价值。这是一项回顾性研究。我们结合 TCGA-LIHC 和单细胞 RNA 测序数据进行 Lasso-Cox 回归分析,筛选 CD8 T 细胞相关基因,构建新的特征。使用 qRT-PCR、免疫组织化学和组织微阵列在细胞和组织水平检测特征基因的表达。然后使用 CIBERSORT 算法评估不同风险组之间的免疫微环境差异,并进行药物敏感性分析以筛选潜在的 HCC 治疗药物。 8 基因 CD8 T 细胞相关特征(FABP5、GZMH、ANXA2、KLRB1) 、CD7、IL7R、BATF 和 RGS2)被构建。生存分析显示,所有队列中高危患者的预后均较差。肿瘤免疫微环境分析显示,22种免疫细胞类型在不同风险组患者之间存在显着差异,低风险组患者的免疫系统在免疫功能方面更为活跃。高危组患者更容易发生免疫逃逸,对免疫治疗的反应较差,AZD7762被筛选为高危组中最敏感的药物。最后,初步实验表明,BATF对HuH-7细胞的增殖、迁移和侵袭具有促进作用。CD8 T细胞相关特征有望成为优化个体患者决策和监测方案的工具,为HCC的治疗和预后评估提供新思路。
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ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY
2024 Aug 15

MontaserNARamadan,Mo...
Real-time IoT-powered AI system for monitoring and forecasting of air pollution in industrial environment.
ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY
工业环境中的空气污染,特别是镀铬过程中的空气污染,由于有害污染物浓度高,对工人构成重大健康风险。接触六价铬、挥发性有机化合物 (VOC) 和颗粒物等物质可能会导致严重的健康问题,包括呼吸系统问题和肺癌。持续监控和及时干预对于减轻这些风险至关重要。传统的空气质量监测方法往往缺乏实时数据分析和预测能力,限制了其主动解决污染危害的有效性。本文介绍了一种专为镀铬行业设计的实时空气污染监测和预报系统。该系统在物联网 (IoT) 传感器和人工智能方法的支持下,可检测多种空气污染物,包括 NH3、CO、NO2、CH4、CO2、SO2、O3、PM2.5 和 PM10,并提供实时数据污染物浓度水平的时间数据。传感器收集的数据使用 LSTM、随机森林和线性回归模型进行处理,以预测污染水平。 LSTM 模型在温度和湿度预测方面实现了 99% 的变异系数 (R²) 和 0.33 的平均绝对百分比误差 (MAE)。对于 PM2.5,随机森林模型的表现优于其他模型,实现了 84% 的 R² 和 10.11 的 MAE。当预计未来几小时内出现高污染水平时,该系统会启动工厂排气扇使空气循环,从而在问题出现之前采取主动措施改善空气质量。这种创新方法展示了工业环境监测方面的重大进步,能够动态响应污染并改善工业环境中的空气质量。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY
2024 Aug 15

ChengyanYang,WeikeJi...
Contamination of the traditional medicine Radix Dipsaci with aflatoxin B1 impairs hippocampal neurogenesis and cognitive function in a mouse model of osteoporosis.
ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY
黄曲霉毒素B1可以穿透血脑屏障并杀死神经细胞,会污染传统草药,对人类健康构成重大风险。本研究检查了抗骨质疏松药物续断黄曲霉毒素 B1 污染的细胞、认知和行为后果。通过用全反式视黄酸治疗动物,建立了骨质疏松症小鼠模型。然后给动物灌胃续断水煎剂,其中是否含有可检测到的黄曲霉毒素B1。比较动物的骨矿物质密度和矿物盐含量、促炎因子的产生、海马神经发生和小胶质细胞活化、以及行为和认知功能。黄曲霉毒素B1污染续断后,药物含量显着降低。具有生物活性的皂苷。它破坏了草药汤剂提高患病小鼠骨骼中矿物质密度和矿物盐含量的能力,并诱导氧化应激标记物丙二醛以及促炎细胞因子白细胞介素-1β和肿瘤坏死因子的产生。 α。黄曲霉毒素 B1 污染抑制了新神经元的形成,并增加了海马中激活的小胶质细胞的比例。这些神经系统变化与快感缺失、行为绝望以及短期记忆和社会记忆缺陷有关。黄曲霉毒素 B1 污染续断不仅会消除草药煎剂的抗骨质疏松作用,还会引起神经毒性,从而导致认知障碍。衰退和行为异常。应通过严格监管药草的生产和质量控制来避免此类污染。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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Disease Models & Mechanisms
2024 Aug 16

ChaoLiu,Wei-YingYang...
Identification of key risk factors for venous thromboembolism in urological inpatients based on the Caprini scale and interpretable machine learning methods.
Disease Models & Mechanisms
目的 采用可解释的机器学习方法,基于Caprini量表识别泌尿外科住院患者静脉血栓栓塞(VTE)的关键危险因素。根据案例医院的Caprini量表获得泌尿外科住院患者的VTE风险数据。在此基础上,利用Boruta方法进一步从Caprini量表的37个变量中筛选出关键变量。此外,使用粗糙集(RS)方法生成对应于每个风险级别的决策规则。最后利用随机森林(RF)、支持向量机(SVM)和反向传播人工神经网络(BPANN)验证数据准确性,并与RS方法进行比较。经过筛选,得出泌尿外科VTE的关键危险因素。分别是“(C1) 年龄”、“(C2) 计划进行小手术”、“(C3) 肥胖 (BMI > 25)”、“(C8) 静脉曲张”、“(C9) 脓毒症(< 1 个月)”( C10) “严重肺部疾病,包括肺炎(< 1 个月)” (C11) COPD、“(C16) 其他风险”、“(C18) 大手术(> 45 分钟)”、“(C19) 腹腔镜手术 (> 45 分钟)”分钟),”“(C20)患者卧床休息(> 72小时),”“(C18)恶性肿瘤(当前或既往)”,“(C23)中心静脉通路,”“(C31)DVT/PE病史, ” “(C32)其他先天性或后天性血栓形成倾向,”和“(C34)中风(< 1个月。”根据RS方法获得的不同风险级别的决策规则,“(C1)年龄”,“(C18)大手术(> 45分钟)”和“(C21)恶性肿瘤(当前或既往)”是影响中高风险水平的主要因素,并根据这三个因素提出了一些VTE预防建议。 RS、RF、SVM 和 BPANN 模型的平均准确率分别为 79.5%、87.9%、92.6% 和 97.2%。此外,BPANN 的准确率、召回率、F1 分数和准确率最高。RS 模型的准确率比其他三种常见的机器学习模型要差。然而,RS 模型提供了很强的可解释性,并允许识别影响泌尿科 VTE 高风险评估的高风险因素和决策规则。这种透明度对于临床医生在风险评估过程中非常重要。© 2024。作者。
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Disease Models & Mechanisms
2024 Aug 17

SusanPike,MelindaWue...
First-Generation Radiolabeled Cyclic Peptides for Molecular Imaging of Platelet-Derived Growth Factor Receptor α.
Disease Models & Mechanisms
隐匿性淋巴结扩散和转移性疾病需要对甲状腺癌进行长期影像学和生化评估,甲状腺癌是一种具有弥漫性、小体积疾病倾向的疾病。我们开发了一种 64Cu 标记的血小板衍生生长因子受体 α (PDGFRA) 抗体,用于转移性甲状腺乳头状癌 (PTC) 中 PDGFRA 的免疫 PET。目前的工作描述了小环状 PDGFRA 靶向肽的发现、它们的结合特征,以及用正电子发射体镓 68 (68Ga) 进行放射性标记,用于甲状腺癌模型的体外和体内表征。使用具有两个独立文库和七种不同细胞系的噬菌体展示技术,通过三轮生物淘选以及流式细胞术和重组蛋白的比较分析来选择特定的肽序列。通过使用磷酸化和细胞迁移测定完成表型结合分析。使用荧光标记的 PDGFRA 肽通过热泳和流式细胞术分析体外蛋白质结合。候选肽经过 NOTA 螯合剂修饰,用于 68Ga 放射性标记。在各种甲状腺癌细胞系中研究了体外细胞摄取。 68Ga 标记肽的体内研究包括代谢稳定性和 PET 成像。根据含有和不含 PDGFR α 亚基的生物淘选实验,从原始库(1013 种化合物)中鉴定出了 5 种不同的肽组,从而产生了约 50 种肽。随后的表型筛选揭示了两个核心肽序列(CP16 和 CP18),它们证明了 PDGFRA 磷酸化和细胞迁移水平的显着变化。丙氨酸扫描子文库是根据这两个先导肽序列创建的,并且使用 68Ga-GaCl3 在 pH 4.5 下对肽进行放射性标记,在 34-40 分钟内得到 RCP > 95%,包括 SPE 纯化。环肽 CP18.5 通过视觉干涉颜色测定显示出对细胞迁移、流式细胞术和结合的最强影响。 68Ga 标记的 PDGFRA 靶向肽在甲状腺癌模型中显示出细胞和肿瘤摄取升高,其中 68Ga-NOTA-CP18.5 是主要候选肽。然而,与 68Ga-NOTA-CP18 相比,68Ga-NOTA-CP18.5 的体内代谢稳定性受到损害,但不影响肿瘤摄取或清除情况。第一代放射性标记环肽已被开发为新型放射性示踪剂,特别是 68Ga-NOTA-CP18.5,用于甲状腺癌中 PDGFRA 的分子成像。
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Disease Models & Mechanisms
2024 Aug 17

JamesCBorders,Alessa...
Effects of Statistical Practices for Longitudinal Group Comparison of the Penetration-Aspiration Scale on Power and Effect Size Estimation: A Monte Carlo Simulation Study.
Disease Models & Mechanisms
在临床和研究吞咽评估期间进行多次推注试验,以全面了解个体的吞咽功能。尽管从这些推注中获得了有价值的信息,但使用单次推注(例如最差分数)来描述功能障碍的程度仍然是常见的做法。研究人员还经常将连续或顺序吞咽测量数据分类,这可能会加剧信息丢失。这些做法可能会对检测和估计较小但可能有意义的治疗效果的统计能力产生不利影响。本研究旨在探讨渗透-渴望量表 (PAS) 分数的汇总和分类对统计功效和效应大小估计的影响。我们使用蒙特卡罗方法模拟了帕金森病和头颈癌的三项假设的受试者内治疗研究,涉及一系列数据特征(例如样本量、推注试验数量、变异性)。采用不同的统计模型(聚合或多级)以及各种 PAS 减少方法(即分类类型)来检查它们对效果大小估计的功效和准确性的影响。在所有场景中,与聚合(最差分数)模型相比,多级模型在检测群体级纵向变化方面表现出更高的统计能力和更准确的估计。与顺序方法相比,对 PAS 分数进行分类还降低了功效和偏差效应大小估计,尽管这取决于分类类型和基线 PAS 分布。多级模型应被视为一种更稳健的方法,用于对标准化吞咽方案中多次推注进行统计分析,因为它具有较高的敏感性和准确性,可以比较吞咽功能的组级变化。重要的是,这一发现在具有不同病理生理学(即 PD 和 HNC)和气道侵袭模式的患者群体中似乎是一致的。对连续结果或顺序结果进行分类的决定应基于临床或研究问题,并认识到规模缩小可能会对某些情况下的统计推断质量产生负面影响。© 2024。作者,获得 Springer Science 独家许可Business Media, LLC,隶属于施普林格自然。
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