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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Sep 01
JulioDaimarOliveiraC...
HLA-G 3'UTR haplotype analyses in HCV infection and HCV-derived cirrhosis, hepatocellular carcinoma and fibrosis.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
丙型肝炎病毒（HCV）感染是慢性肝病的主要原因。慢性HCV感染也是肝纤维化、肝硬化和肝细胞癌（HCC）的重要原因。HCV具有通过改变宿主免疫应答来逃避免疫监视的能力。此外，免疫相关基因的变异可导致对HCV感染的不同易感性，并影响对肝纤维化、肝硬化和HCC的易感性。人类白细胞抗原G（HLA-G）基因编码一种已知在母胎界面和免疫特权组织中表达的免疫调节蛋白。HLA-G基因3'未翻译区（3'UTR）对mRNA稳定性很重要，该区域的变异已知会影响基因表达。研究主要集中在14个碱基插入/缺失多态性，表明HLA-G 3'UTR与病毒感染的易感性相关，但HLA-G 3'UTR中的其他多态性变异可能也会影响HCV感染，因为它们以单倍型的形式遗传。本研究评估了286名患有HCV感染的患者的HLA-G 3'UTR多态性，并进行了连锁不平衡检验和单倍型组装，同时在129名健康对照组中也进行了相同的评估。单倍型UTR-1、UTR-2和UTR-3在HCV阳性患者中出现频率最高，分别为0.276、0.255和0.121。HCV阳性患者与对照组在统计学上没有显著差异，即使将患者按疾病结果（HCC、肝硬化或肝纤维化）分组也是如此。尽管如此，结果中观察到一些趋势，因此我们不能排除与高HLA-G表达相关的变异可能参与了HCV感染的易感性。© 2023 John Wiley＆Sons Ltd.
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Journal for ImmunoTherapy of Cancer
2023 Sep
CaseyRAger,MingxuanZ...
KLRG1 marks tumor-infiltrating CD4 T cell subsets associated with tumor progression and immunotherapy response.
Journal for ImmunoTherapy of Cancer
当前在免疫肿瘤学中，生物标志物发现和靶点鉴定的方法仅依赖于肿瘤免疫性的静态快照。为了全面揭示抗肿瘤免疫应答的时间性质，我们开发了一个包含34个参数的光谱流式细胞术面板，并在关键环境中进行了高通量分析。我们利用两个不同的临床前模型，分别重现肿瘤免疫编辑（NPK-C1）和免疫检查点阻断（ICB）应答（MC38），并在与免疫监控和逃逸和/或ICB应答的关键转折点处对多个相关组织进行了剖析。基于机器学习驱动的数据分析揭示出一种KLRG1表达模式，唯一鉴定了肿瘤内抗体效应型CD4T细胞群体，它们与肿瘤负担相关，并且在进行ICB治疗中发生回归的肿瘤中消失。同样，肿瘤浸润调节性T细胞的Helios-KLRG1+亚群与从免疫平衡转变为逃逸的肿瘤进展相关，并且在对ICB作出反应的肿瘤中也会消失。验证研究证实在人类肿瘤浸润CD4 T细胞中KLRG1标记与肾癌疾病进展相关。这些发现将KLRG1+ CD4 T细胞群体提名为进一步探索肿瘤免疫性的子集，并且证明了纵向光谱流式分析作为动态生物标志物发现引擎的实用性。©作者（或其雇主）2023年。根据CC BY-NC许可进行重用。不允许商业再利用。由BMJ出版。
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Epigenetics & Chromatin
2023
SunisaYoodee,VisithT...
Epigenetic regulation of epithelial-mesenchymal transition during cancer development.
Epigenetics & Chromatin
上皮间质转化（EMT）在促进上皮细胞恶性转化、导致癌症进展和转移方面发挥着重要作用。在EMT诱导的癌症发展过程中，大量基因发生显著改变，尤其是上皮相关基因的下调和间质相关基因的上调。在癌变过程中也会对其他EMT相关基因的表达进行修改。特别是，在EMT相关基因中观察到表观遗传修饰，表明它们参与了癌症发展过程。在机械上，组蛋白、DNA、mRNA和非编码RNA的表观遗传修饰稳定改变EMT相关基因在转录和翻译水平上的表达。在这里，我们总结了关于人类癌症发展中EMT过程中观察到的表观遗传调控机制的当前知识。对于在癌症治疗中的药物设计和预防策略的改善，更好地理解EMT的表观遗传调控可能会起到积极作用。版权所有© 2023. Elsevier Inc. 发表。
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Epigenetics & Chromatin
2023
SharathMohanBhat,Pal...
Novel insights into DNA methylation-based epigenetic regulation of breast tumor angiogenesis.
Epigenetics & Chromatin
乳腺肿瘤高度血管化，并对血管生成在生长、进展和转移中依赖。与其他实体肿瘤一样，乳腺肿瘤的血管系统也显示出漏血和扭曲的特征，从而抑制免疫细胞浸润，并对抗癌药物和放疗的疗效降低。肿瘤和基质细胞中的表观遗传重编程包括DNA甲基化的显著改变，导致促血管生成因子和抗血管生成因子的表达失衡，进而引起血管生成障碍。因此，了解DNA甲基化对乳腺肿瘤血管生成的调控可能为设计治疗靶点开辟新途径。我们的综述手稿总结了DNA甲基化在调控血管生成中的影响的现代知识。此外，我们还确定了在乳腺肿瘤中与DNMT同工酶共调控且富含CpG岛的内皮细胞特异的一批新的促血管生成基因。我们的分析显示，促血管生成基因的启动子在肿瘤中是低甲基化的，而抗血管生成基因是高甲基化的，并且这种甲基化状态反映在它们的表达模式上。有趣的是，这批新的促血管生成基因的启动子DNA甲基化强度与患者的生存结果显著相关。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 发表
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Epigenetics & Chromatin
2023
ErosDiGiorgio,Robert...
Super-enhancer landscape rewiring in cancer: The epigenetic control at distal sites.
Epigenetics & Chromatin
超增强子作为基因表达层次控制的顶层元素而进化。它们是控制干性、分化或适应性反应的信号通路的重要聚合器。许多表观遗传调控都集中在这些区域，因此在肿瘤发生过程中，各种变化可能导致其功能紊乱。超增强子日益成为维持癌细胞侵袭性的异常基因表达格局的关键驱动因素。在本综述中，我们将描述和讨论超增强子的结构、表观遗传调控以及影响其在癌症中功能的主要变化。版权所有 © 2023. Elsevier Inc. 发布。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 01
KonstaKarttunen,Divy...
Transposable elements as tissue-specific enhancers in cancers of endodermal lineage.
Epigenetics & Chromatin
转座元件（TE）是重复的基因组元件，其中包含人类转录因子（TF）的结合位点。研究表明TE在胚胎发育和癌症等疾病的调控中起重要作用，但由于它们在基因组中广泛沉默，对它们功能的系统研究一直受到限制。在本文中，我们利用使用整个人类基因组文库的无偏大规模并行报告分析数据，鉴定具有功能增强子活性的TE在两种源于内胚层的人类癌症类型，结直肠癌和肝癌中的表达。我们展示了被鉴定的TE增强子具有与活性增强子相关的基因组特征，如表观遗传标记和TF结合。重要的是，我们发现TE的不同亚家族在组织特异性增强子中起作用，即在结直肠癌和肝癌中分别是MER11元件和LTR12元件。这些元件在每种细胞类型中都与不同的TF结合，并预测与差异表达基因有关联。总之，这些数据展示了不同癌症类型如何利用不同的TE作为组织特异性增强子，在全面理解TE作为癌基因中真正增强子的作用方面铺平了道路。© 2023. Springer Nature Limited.
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 01
NishaRateria,RituOjh...
A unique case of rectal cancer with coexistence of multiple pathways of carcinogenesis.
Epigenetics & Chromatin
全球发生率为10%的结直肠癌存在多个参与其发生的途径。 WNT信号转导通过APC基因成为首要的底层途径，而缺陷不匹配修复基因和表观遗传变化也被认为是贡献因素。在这里，我们报告了一个女性矩形腺癌的罕见病例，其具有胚系MSH6和PMS1突变，同时还有体细胞APC和TP53突变，并接受了手术和辅助性卡培他滨治疗。该病例具有独特性，表明这两个途径之间可能存在相互作用，并为该患者的癌发生做出了贡献。这也表明有必要对特定的结直肠癌患者进行彻底的胚系和体细胞突变评估，以指导个体化治疗。© 2023. BioMed Central Ltd., Springer Nature的一部分。
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Epigenetics & Chromatin
2023
MonazaAdeeb,LubnaThe...
Non-coding RNAs in the epigenetic landscape of cutaneous T-cell lymphoma.
Epigenetics & Chromatin
副皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）是一种影响皮肤的癌症，其特征是皮肤中异常的T细胞。表观遗传学变化已被发现在CTCL的发展和进展中起重要作用。最近，非编码RNA（ncRNA），如microRNA和长非编码RNA，被确定为CTCL基因表达调控的关键因子。这些ncRNA可以改变涉及细胞生长、分化和凋亡的基因的表达，导致CTCL的发展和进展。在本综述中，我们总结了ncRNA在CTCL中的作用的现有理解，包括它们在DNA甲基化和其他生物学过程中的参与。我们还讨论了ncRNA的类型，它们作为致癌或肿瘤抑制因子以及根据实验室和患者研究得出的推测性诊断和预后标志物的使用。此外，我们还介绍了受ncRNA影响的潜在靶点和通路。更好地理解CTCL的复杂表观遗传学环境，包括ncRNA的作用，有可能为该疾病的新靶向治疗的开发铺平道路。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 发布。
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Epigenetics & Chromatin
2023
PritiRoy,Kamaleshwar...
Epigenetic mechanism of therapeutic resistance and potential of epigenetic therapeutics in chemorefractory prostate cancer.
Epigenetics & Chromatin
前列腺癌是美国男性癌症死亡的第二大原因。根据前列腺癌的组织病理亚型，可用多种治疗选择，如雄激素剥夺疗法（ADT）、雄激素受体信号抑制剂（ARSI）、免疫疗法和化疗来治疗前列腺癌。虽然这些治疗在治疗的初期阶段有效，但肿瘤随后对这些治疗产生耐药性。尽管到目前为止已取得了诸多进展，但治疗耐药仍然是前列腺癌治疗中的一大挑战。尽管已报道了多种导致前列腺癌耐药发展的机制，但基因直接或间接涉及药物反应途径的改变表达是常见的事件。除了基因调控的遗传基础（如突变和基因扩增）外，表观遗传变化与基因异常表达频繁地与癌症的发生、发展以及治疗耐药发展有关。虽然有一些综述文章汇编了与前列腺癌治疗耐药有关的遗传机制的报道，但尚未有综述文章总结前列腺癌治疗耐药发展中的表观遗传机制。因此，本文的目的是整理各种报道并提供关于表观遗传异常，以及表观遗传机制引起的基因异常表达在鳞状细胞前列腺癌（CRPCs）和治疗耐药发展中的综合综述。此外，根据临床试验结果，还讨论了基于表观遗传的治疗在化疗难治性前列腺癌治疗中的潜力。版权所有©2023 Elsevier Inc.
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Epigenetics & Chromatin
2023
NouhaAbdelaziz,Lubna...
Epigenetic inhibitors and their role in cancer therapy.
Epigenetics & Chromatin
DNA的表观遗传修饰对正常细胞和生物功能至关重要。DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑是最常见的表观遗传机制。这些变化是遗传性的，但仍可逆转。异常的表观遗传改变，如DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA（ncRNA）介导的基因调控，在多种人类疾病的发展中起着重要作用，包括癌症。最近的研究显示，合成和膳食表观遗传抑制剂能够减弱癌细胞中的异常表观遗传修饰，因此具有强大的癌症治疗潜力。在本章中，我们重点介绍了各种类型的表观遗传修饰、其机制以及作为表观遗传治疗药物靶点的作用。版权所有©2023 Elsevier Inc.
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