研究动态
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Sep 01
YangChen,YajieCao,So...
Antigen processing and presentation-related signature-derived BNIP3 is a novel oncogene and immunotherapy determinant in osteosarcoma based on machine learning and in vitro validation.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
近几十年来,骨肉瘤一直是最常见的恶性肿瘤。在免疫治疗中,抗原加工和呈递(APP)是一个重要而关键的因素。然而,对骨肉瘤中APP的具体功能和致病过程的研究尚未进行。我们将骨肉瘤患者按照APP相关基因进行分组,并使用机器学习建立了APP相关评分。我们深入研究了评分的预后相关性、突变特征、免疫学方面和药物预测性能。我们还深入调查了BNIP3的预后效用、免疫特征、药物预测效果和免疫治疗预测。细胞计数试剂盒-8、Transwell和5-乙炔基-2-脱氧尿苷(EdU)的研究表明BNIP3是一种骨肉瘤肿瘤增速器。BNIP3基因可能促进巨噬细胞迁移。APP相关评分显示有潜力用于临床应用。预计进一步的体外和体内研究将确认BNIP3在骨肉瘤中的肿瘤发生和免疫过程。© 2023 John Wiley & Sons Ltd.
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Frontiers in Genetics
2023
ZhenguoSu,HuihuiLu,Y...
Predicting potential lncRNA biomarkers for lung cancer and neuroblastoma based on an ensemble of a deep neural network and LightGBM.
Frontiers in Genetics
引言:肺癌是全球最常见的恶性肿瘤之一,每年约有220万新病例和180万死亡病例。程序性死亡配体-1(PDL1)的表达水平与肺癌呈复杂的关联。神经母细胞瘤是一种高危恶性肿瘤,主要发生在儿童患者中。发现这两种疾病的新生物标志物可以显著促进其诊断和治疗。然而,发现潜在生物标志物的体内实验昂贵且繁重。因此,人工智能技术,尤其是机器学习方法,为发现各种疾病的新生物标志物提供了强大的途径。方法:我们开发了一种基于机器学习的方法,名为LDAenDL,使用深度神经网络和LightGBM的集合来检测肺癌和神经母细胞瘤的潜在长非编码RNA(lncRNA)生物标志物。LDAenDL首先计算lncRNA的高斯核相似性和功能相似性以及疾病的高斯核相似性和语义相似性,以获取它们的相似网络。接下来,LDAenDL结合了图卷积网络、图注意力网络和卷积神经网络,基于相似网络学习lncRNA和疾病的生物学特征。第三,这些特征被串联并提供给由深度神经网络和LightGBM组成的集合模型,以发现新的lncRNA-疾病关联(LDAs)。最后,将提出的LDAenDL方法应用于识别与肺癌和神经母细胞瘤相关的潜在lncRNA生物标志物。结果:实验结果表明,在数据集1上,LDAenDL对lncRNA、疾病和lncRNA-疾病对的交叉验证下计算出最佳的AUC值分别为0.8701、0.8953和0.9110,在数据集2上分别为0.9490、0.9157和0.9708。此外,在数据集1上进行了三次交叉验证,获得的AUPR值分别为0.8903、0.9061和0.9166,在数据集2上分别为0.9582、0.9122和0.9743。结果表明,LDAenDL在预测LDA方面明显优于其他四种经典的LDA预测方法(即SDLDA、LDNFSGB、IPCAF和LDASR)。案例研究表明,CCDC26和IFNG-AS1可能是肺癌的新生物标志物,SNHG3可能与肺癌的PDL1相关,HOTAIR和BDNF-AS可能是神经母细胞瘤的潜在生物标志物。结论:我们希望提出的LDAenDL方法能够帮助开发针对这两种疾病的靶向治疗。版权所有© 2023年苏,卢,吴,李和段。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Aug
DianyangLi,WenyingYu...
Towards understandings of serine/arginine-rich splicing factors.
Cellular & Molecular Immunology
丝氨酸/精氨酸富含结构域剪接因子(SRSF)指的是12种调节前体信使RNA剪接过程中剪接位点识别和剪接体组装的RNA结合蛋白。SRSF还参与其他RNA代谢事件,如转录、翻译和无义介导的降解,在细胞核和细胞质之间穿梭,从而在基因组多样性和细胞活动中起到不可或缺的作用。值得注意的是,异常的SRSF表达和/或突变会引发基因剪接的错误,导致致病基因和蛋白质亚型的产生,这突出了靶向SRSF治疗疾病的治疗潜力。在本综述中,我们更新了对SRSF结构和在RNA代谢中的功能的当前认识。然后,我们分析了SRSF诱导异常基因表达及其在癌症和非肿瘤性疾病中的致病结果。详细讨论了一些经过充分研究的SRSF抑制剂的开发情况。我们希望本综述能为SRSF功能研究和靶向SRSF药物开发的未来研究做出贡献。©2023中国药学会和中国医学科学院药物研究所。Elsevier B.V.负责生产和托管。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Aug
QingqingXiao,Xiaoton...
Improving cancer immunotherapy via co-delivering checkpoint blockade and thrombospondin-1 downregulator.
Cellular & Molecular Immunology
尽管抗肿瘤免疫疗法取得了显著的成功,但由于效果有限,目前在多种恶性肿瘤中使用免疫检查点阻断抗体仍受到限制。癌细胞对免疫破坏的反应不佳是免疫检查点疗法失败的一个重要原因。我们假设将天然产物化学增敏剂与免疫检查点疗法结合,可能提高免疫反应。本研究中,我们采用温敏脂质体作为载体,将靶向二萜类衍生物与检查点阻断剂(抗CTLA-4)结合,以改善免疫治疗效果。在体内实验中,脂质体使两种药物载荷同时传递到肿瘤中。结果显示,脂质体抑制了调节性T细胞增殖,增强了细胞毒性T细胞浸润,并取得了深远的免疫治疗效果。另外,我们还发现另一种临床常用的免疫检查点抗体抗PD-1也受益于这种二萜类衍生物。值得注意的是,我们的机制研究揭示了靶向二萜类衍生物通过降低THBS1的表达,并破坏THBS1-CD47的相互作用,增加了癌细胞对免疫攻击的敏感性。总的来说,共递送THBS1抑制剂和检查点阻断剂有望提升癌症免疫治疗效果。我们首次发现THBS1抑制能够加强检查点疗法。©2023中国药学会和中国医学科学院药物研究所。由Elsevier B.V.进行制作和托管。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Aug
MingliDuan,YuruiJia,...
Potentiation of PIEZO2 mechanically-activated currents in sensory neurons mediates vincristine-induced mechanical hypersensitivity.
Cellular & Molecular Immunology
长春新碱是治疗不同癌症的广泛使用的化疗药物,在体外常诱导严重的周围神经病理性疼痛。长春新碱引发的周围神经病理性疼痛的常见症状是机械性触痛和过敏性疼痛。然而,长春新碱引发机械性触痛和过敏性疼痛的机制尚不明确。本研究通过对大鼠进行行为评估证明,长春新碱诱导的机械性触痛和过敏性疼痛依赖于PIEZO2通道,因为基因沉默或药物抑制PIEZO2通道可以缓解长春新碱诱导的机械性过敏。电生理结果表明,长春新碱增强大鼠脊神经节( DRG )神经元中PIEZO2快速适应(MA)机械激活的电流。我们发现,长春新碱引发的PIEZO2 MA电流增强是由于细胞经长春新碱处理后静态负荷膜张力的增强。通过使用肌动蛋白破酒石酸二甲酯(CD)减少DRG神经元的负荷膜张力,消除了长春新碱引发的PIEZO2 MA电流增强,抑制了大鼠长春新碱引发的机械性过敏。总的来说,增强初级传入神经元的负荷膜张力,并随之增强PIEZO2 MA电流,可能是长春新碱引发大鼠机械性触痛和过敏性疼痛的潜在机制。针对PIEZO2通道的抑制可能是减轻长春新碱诱导机械性过敏的有效镇痛方法。© 2023中国药学会和中国医学科学院药物研究所。该作品由Elsevier B.V.制作和托管。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 01
MonuKumarShukla,Arpa...
Multifunctional GQDs for receptor targeting, drug delivery, and bioimaging in pancreatic cancer.
Cellular & Molecular Immunology
胰腺癌是一种破坏性的疾病,生存率低,治疗选择有限。由于其卓越的物理化学性质,如生物相容性、稳定性和荧光特性,石墨烯量子点(GQDs)最近成为了作为癌症诊断和治疗的有希望平台而备受关注。本综述讨论了多功能GQDs作为胰腺癌受体靶向、药物传递和生物成像平台的潜力。目前的研究强调了GQDs通过过表达细胞表面结合受体选择性靶向胰腺癌细胞的能力。此外,本综述讨论了GQDs作为药物传递载体,用于对胰腺癌细胞进行受控和靶向释放治疗物的用途。最后,本综述讨论了GQDs作为胰腺癌检测和监测的成像试剂的潜力。总体而言,多功能GQDs作为诊断和治疗胰腺癌的多用途平台表现出巨大潜力。进一步研究多功能GQDs在胰腺癌治疗方面的潜力和优化是必要的。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 01
HyeonoNam,Jong-EunPa...
Acoustofluidic lysis of cancer cells and Raman spectrum profiling.
Cellular & Molecular Immunology
采用行进表面声波(SAWs)在静止液滴内对癌细胞进行了溶解,无需任何化学试剂。然后进行拉曼光谱分析以探索详细的细胞衍生数据。利用互换型传感器产生的瑞利波使其在LiNbO3衬底表面传播。通过使用聚苯乙烯微粒(PSMPs)有效建立了机械细胞溶解,并添加了金纳米颗粒(AuNPs)以增强SAWs对溶解细胞的拉曼信号。通过实验中PSMPs的大小和浓度来评估溶解效率,并根据频率的变化进行了研究。在高频领域,溶解主要是通过PSMPs的机械碰撞进行的,并且通过增加SAWs的应用时间和能量密度来提高溶解效率。AuNPs形成的纳米间隙显著增强了溶解细胞的拉曼信号,而AuNPs的分布均匀,不受SAWs的频率无关行为的影响。最后,获取了MDA-MB-231(乳腺恶性癌细胞)的详细拉曼光谱,并观察到多种有机物衍生的峰值。与未经溶解处理的细胞相比,经过溶解处理的细胞的95%置信区分布更广。预计所提出的SAW平台能够便于检测少量物质并应用于生物医学领域。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 01
JyotiSingh,AbhaMeena...
New frontiers in the design and discovery of therapeutics that target calcium ion signaling: a novel approach in the fight against cancer.
Cellular & Molecular Immunology
针对癌症的威胁,Ca2+信号传导工具箱目前正受到调查作为潜在的治疗靶点。越来越多的证据表明,钙信号传导在促进癌症的各个方面起着关键作用,包括细胞增殖、进展、耐药性和迁移相关活动。因此,专注于这些改变的Ca2+转运蛋白已成为癌症治疗的一项有前途的研究领域。本综述重点介绍了Ca2+转运蛋白在癌症进展中的作用的现有研究。它讨论了当前研究评估Ca2+通道/转运体/泵阻断剂、抑制剂或调节剂作为潜在抗癌药物的研究。此外,本综述还提及了我们对该领域理解的特定差距可能需要进一步研究。针对特定的Ca2+信号级联可能会干扰正常细胞活动,使癌症治疗变得复杂和难以捉摸。因此,目前的Ca2+信号通路相关药物需要改进。虽然合成分子和植物化合物显示出潜力,但它们也存在一定的局限性。因此,探索以靶向药物输送、基于结构合理性设计和重用潜在药物等为基础,针对Ca2+转运蛋白可能会有重大突破癌症治疗的潜力。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 01
ChunyanZhang,LinsenX...
Homeobox-D 1 and FTO form a transcriptional-epigenetic feedback loop to promote head and neck cancer proliferation.
Cellular & Molecular Immunology
转录因子(TFs)和N6-甲基腺苷(m6A)修饰酶通过基因的转录调控和转录后调控分别参与肿瘤进展。然而,这两种类型的基因表达调节因子在头颈鳞状细胞癌(HNSC)中的相互作用和作用机制尚不清楚。在本研究中,我们证明转录因子homeobox-D1(HOXD1)和甲基腺苷脱甲基酶脂肪质量和肥胖相关蛋白(FTO)形成一个正反馈环路,在HNSC中促进细胞增殖和存活。临床上,HOXD1表达在多种癌症类型中发生异常,并与HNSC、胃腺癌、子宫体内膜癌和嗜铬细胞瘤及嗜纵泡红细胞瘤患者的预后较差相关。机制上,FTO在HNSC肿瘤样本中过表达,并以m6A依赖性的方式正调节HOXD1的表达。功能上,HOXD1的缺失改善了HNSC细胞对凋亡的抵抗能力,并抑制了肿瘤细胞在G0/G1期的停滞,从而抑制了细胞增长,而HOXD1的过表达则产生了相反的效果。此外,HOXD1通过直接靶向FTO的启动子激活了致癌因子FTO的转录。FTO的下调效果模拟了HOXD1敲除对HNSC的生物学影响。重要的是,HOXD1的过表达显著拯救了FTO缺失引起的HNSC细胞增殖抑制和凋亡促进。综上所述,我们的研究结果揭示了HOXD1作为一种新的预后预测因子和HNSC的潜在靶点,并为HOXD1-FTO回路在该癌症中的作用机制提供了机械性洞察。©2023国际细胞生物学联合会。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 01
AliTugrulAkin,AyseTo...
Effects of adriamycin on cell differentiation and proliferation in rat testis.
Cellular & Molecular Immunology
尽管多种癌症使用了丽珠单抗(ADR)进行治疗,但它对包括睾丸在内的健康器官可能具有毒性。我们研究了ADR对大鼠睾丸多能性的影响。在雄性Wistar白化率参鼠中,通过累积剂量或单剂量给予ADR,诱导睾丸损伤。鼠被随机分为三组:未经处理的对照组,累积剂量ADR组(每隔三天给予2 mg/kg ADR,共30天)和单剂量ADR组(15 mg/kg,单剂量ADR)。通过光学显微镜评估睾丸损伤,并测量附睾小管直径。采用免疫组织化学和实时PCR评估Oct4、Sox2、Klf4、c-Myc、Utf1和Dazl的表达水平。使用ELISA法测量血清睾酮水平。与ADR组相比,组织病理学分数低,平均附睾小管直径较小。与对照组相比,累积剂量和单剂量ADR组的精子发生细胞中Oct4、Sox2、Klf4和Utf1表达显著下降。我们发现,与对照组相比,累积剂量ADR组和单剂量ADR组的精子发生和莱迪格细胞中c-Myc表达显著上升。与对照组相比,累积剂量ADR组的Dazl表达下降,而单剂量ADR组的Dazl表达增加,并且单剂量ADR组的Dazl表达高于对照组和累积剂量ADR组。ADR组的血清睾酮水平较对照组下降。我们的发现表明,ADR有害于大鼠睾丸多能性的调控和维持。
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