肿瘤类器官

研究动态

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肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

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乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

XUHe,YongjunYu,Xiaoy...

KRTA6A and FA2H Are Hub Genes Associated With Cgas-STING-related Immunogenic Cell Death in Lung Adenocarcinoma.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

免疫原性细胞死亡（ICD）途径在肺腺癌（LUAD）治疗中起到重要的预后作用。环状GMP-AMP合成酶（cGAS）-干扰素基因刺激物（STING）途径是驱动ICD激活的上游机制，但中心基因的相互作用尚不清楚。本研究旨在调查与ICD和cGAS-STING途径相关的中心基因。还研究了中心基因和相关基因本体（GO）术语的预后表现。从基因表达文库（GEO）数据库中提取了ICD诱导和cGAS-STING途径激活样本的基因表达数据，并从The Cancer Genome Atlas（TCGA）中提取了接受药物治疗的LUAD患者的基因表达和临床数据。鉴定了差异表达基因（DEGs），并利用蛋白质相互作用（PPI）分析鉴定了中心基因。通过Kaplan-Meier（K-M）和COX分析确定了危险度风险（HR）评分。使用基因集富集分析（GSEA）鉴定相关的GO术语，并使用受试者工作特征（ROC）分析评估相关基因集的预后表现。在两个GEO数据集中鉴定出了22个DEGs，并通过PPI分析确定了六个中心基因。经过生存分析，选择了角蛋白6A（KRTA6A）和脂肪酸2-羟化酶（FA2H）作为中心基因。GSEA和ROC分析表明，KRTA6A和FA2H基因集在预后表现上没有差异。KRTA6A和FA2H是与LUAD中cGAS-STING相关的ICD诱导有关的中心基因。版权所有 © 2023，国际抗癌研究院（Dr.George J.Delinasios）保留所有权利。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

KonstantinosAgiannit...

Copy Number Variations (CNVs) Account for 10.8% of Pathogenic Variants in Patients Referred for Hereditary Cancer Testing.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

生殖细胞拷贝数变异（CNV）是一种导致遗传性癌症显著易感的遗传变异类型。如今，下一代测序（NGS）技术在临床实践中对多基因面板分析做出了贡献。总计2,163名患者通过基于溶液的捕获方法进行了癌症易感性筛查。使用一套包含52个基因的面板进行有针对性的NGS。基于捕获的方法使得从NGS数据中计算分析CNV成为可能。我们研究了商业软件套件SeqPilot（JSI Medical Systems）和非商业工具panelcn.MOPS的CNV模块的性能。此外，我们还测试了数字多重连接依赖探针扩增（digitalMLPA）的性能。致病/可能致病变异（P/LP）被鉴定在464个样本中（21.5%）。CNV占据了致病变异的10.8%（50/464），指的是一个或多个基因外显子的缺失/复制。在乳腺癌和卵巢癌患者中，CNV分别占致病变异的10.2%和6.8%。在结直肠癌患者中，CNV占据了28.6%的致病/可能致病变异。体外CNV检测工具提供了一种可行且经济高效的方法，可以从NGS实验中识别CNV。CNV构成了P/LP变异的相当比例，因为它们代表了通过NGS多基因分析鉴定出的每十个P/LP结果中的一个；因此，高度推荐对它们进行评估，以提高遗传性癌症分析的诊断效果。版权所有 © 2023，国际抗癌研究学会（George J. Delinasios医生），保留所有权利。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

SachikoInubushi,Tomo...

Methionine Restriction Increases Exosome Production and Secretion in Breast Cancer Cells.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

甲硫氨酸依赖是癌细胞对外源性甲硫氨酸在生长和存活中的升高需求，称之为霍夫曼效应。甲硫氨酸依赖的癌细胞合成正常或过量的甲硫氨酸，但仍需外源性甲硫氨酸。通过甲硫氨酸限制（MR），通过甲硫氨酸缺乏培养基，在体通过低甲硫氨酸饮食或甲硫氨酸酶，可选择性地使癌细胞阻滞在晚期S/G2细胞周期阶段，但对正常细胞没有影响。本研究主要比较了MR条件下和正常条件下癌细胞产生和分泌外泌体的情况。MDA-MB-231细胞（三阴性乳腺癌），含有标记为CD63-GFP的外泌体（CD63-GFP外泌体），被荧光显微镜可视化。在含有甲硫氨酸（MET+）或无甲硫氨酸（MET-）的DMEM条件下，通过超速离心从培养MDA-MB-231细胞的条件培养基中分离外泌体，并通过纳米颗粒跟踪分析（NTA）和免疫印迹鉴定这些外泌体。当MDA-MB-231-CD63-GFP细胞在MR条件下培养时，它们停滞了生长，并且CD63-GFP表达的外泌体在细胞中显著增加。MR导致每个细胞外泌体产生和分泌增加了约2倍，即使细胞生长被阻滞。甲硫氨酸限制因此导致了每个存活细胞的外泌体产生和分泌增加。癌细胞在MR条件下产生和分泌外泌体增加，暗示了MR与外泌体产生和分泌之间的关系。版权所有©2023，国际抗癌研究学会（George J. Delinasios博士），保留所有权利。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

GabrielHenriqueCaxal...

Identification of Biomarkers Related to the Efficacy of Radiotherapy in Pancreatic Cancer.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

胰腺癌（PC）是死亡率最高的癌症之一，五年生存率仅为7％。在诊断时，仅有20％的患者的PC仅限于胰腺内，而在50％的患者中已经发生了转移。这是由于它的晚期诊断，使得放射疗法等治疗变得困难，降低了生存率。因此，本研究的重要性在于检测可能成为这种肿瘤的生物标志物的基因，特别是与人类秘沃相对应的基因。这些基因参与了负责肿瘤迁移和对治疗的抵抗的通路，以及其他重要因素。为了实现这些目标，采用了以下在线工具和平台来发现和验证这些生物标志物：人类蛋白质图谱数据库、Xena浏览器平台、基因表达数据库、EnrichR平台和Kaplan-Meier绘图平台。我们的研究采用了一种方法，可以识别与PC放射治疗效果相关的潜在生物标志物。炎症通路主要得到了丰富，与生物过程调控相关，主要涉及细胞因子衍生蛋白质，这些蛋白质负责肿瘤进展和其他有助于疾病发展的过程。与其他治疗形式结合使用时，放射疗法治疗显示出更大的疗效，因为它减少了与肿瘤进展相关的重要基因的表达。版权所有 © 2023，国际抗癌研究学院（George J. Delinasios博士），保留所有权利。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

YaroslavIlnytskyy,La...

Genome-wide Detection of Chimeric Transcripts in Early-stage Non-small Cell Lung Cancer.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

肺癌仍然是全球癌症相关死亡的主要原因。转录融合在多种癌症的发生和发展中起着关键作用。基于对EGFR基因突变和NTRK、ROS1和ALK基因融合等驱动事件的具体靶向治疗方法，显著改善了临床预后。由基因组重排或转录后水平引起的嵌合蛋白质的形成广泛存在，并在肿瘤发生和发展中起到关键作用。但是，肺癌的融合谱景仍然未被充分探索。我们使用JAFFA流程在早期非小细胞肺癌(NSCLC)中发现转录融合。进一步分析检测到的融合事件，以识别复发事件、具有多个伙伴和具有高预测致癌潜力的融合。最后，我们使用广义线性模型(GLM)建立融合事件发生与临床病理变量之间的统计关联。我们使用RNA测序在选自Glans-Look标本库的270个早期NSCLC样本中发现和特征化转录融合。在化疗或放疗开始前的疾病早期获取这些样本。我们识别出792个融合，其中751个是新发现的，33个是复发性的。其中4个复发性融合与临床病理变量显著相关。一些融合伙伴由已建立的癌基因ERBB4、BRAF、FGFR2和MET代表。本研究所提供的数据可帮助研究人员确定、选择和验证有前途的靶向临床干预候选者(Copyright © 2023, International Institute of Anticancer Research (Dr. George J. Delinasios), All rights reserved)。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

TakuKato,KyojiroKawa...

H19 in Serum Extracellular Vesicles Reflects Resistance to AR Axis-targeted Therapy Among CRPC Patients.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

我们旨在评估前列腺癌（PC）患者血清胞外囊泡（EVs）中与雄激素受体（AR）信号通路相关的长非编码RNA（lncRNAs）的变化，以便鉴定去势抵抗PC（CRPC）患者中AR轴靶向治疗（ARAT）耐药的新生物标志物。EVs从2名患者中分离出来，分别在获得ARAT耐药之前和之后进行RNA测序。通过数字液滴PCR（ddPCR）分析选定的lncRNAs在EVs中的表达水平，在58名局部和14名转移性PC患者的诊断时，7名ARAT原发性和6名ARAT耐药CRPC患者中进行分析。使用已发表的数据检查PC组织中的LncRNA H19表达情况。为了分析H19的作用，分析了PC患者的预后，并在22Rv1 PC细胞中进行了蛋白质组分析。RNA测序发现，在获得ARAT耐药后，AR调控的RNA在EVs中最为丰富。其中，ddPCR证实了与AR信号通路相关的lncRNAs（PCAT1、H19、HOXA-11AS、ZEB1-AS1、ARLNC1、PART1、CTBP1-AS和PCA3）的上调。与ARAT原发性CRPC或转移性PC患者相比，ARAT耐药患者中EV-H19显著增加。在PC组织中，H19与AR蛋白和AR活性评分呈负相关，并在AR表达下降的神经内分泌CRPC组织中上调。此外，EV-H19表达与雄激素剥夺治疗的不良结果显著相关。蛋白质组分析表明，H19敲除增强了与PC相关的蛋白质表达。EV-H19可能与AR信号通路活性呈负相关，并且可能是诊断CRPC患者中ARAT耐药的标志物。版权所有©2023年，国际抗癌研究协会（George J. Delinasios博士），保留所有权利。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

LIXu,YouhuangBai,Yih...

Pan-cancer Analysis Reveals Cancer-dependent Expression of SOX17 and Associated Clinical Outcomes.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

SRY-box containing gene 17 (SOX17) 在癌症的发生和发展中发挥关键作用，被认为是癌症诊断和治疗的潜在靶点。然而，SOX17 在癌症中的表达模式及其临床相关性仍然未知。在本研究中，我们通过对多种癌症类型中 SOX17 的表达模式进行研究，探讨了 SOX17 的表达与药物反应之间的关系。采用单细胞和批量 RNA-seq 分析，探究了 SOX17 的表达特征。分析结果经过 qPCR 和免疫组化实验证实。我们进行了生存分析、药物反应分析和共表达分析，以说明 SOX17 与临床结果的相关性。结果显示，SOX17 的异常表达在多种癌症类型中高度异质性，表明 SOX17 是癌症类型相关的特征。此外，SOX17 的表达模式也与某些癌症类型的预后相关。强烈的 SOX17 表达与影响 PI3K/mTOR 信号通路的小分子药物的效力相关。与 SOX17 密切相关的基因 FGF18 参与了 PI3K-AKT 信号通路。单细胞 RNA-seq 分析表明，在卵巢癌的发展过程中，SOX17 主要表达在内皮细胞中，而在其他细胞中的表达数量较少，但在其他细胞类型中会扩散。我们的研究通过批量和单细胞 RNA-seq 分析揭示了 SOX17 在全癌中的表达模式，并确定了其与某些肿瘤的诊断、分期和预后的相关性。这些发现具有临床意义，可以帮助我们找到可应用于药物干预的机制途径。版权所有 © 2023，国际抗癌研究所（George J. Delinasios 博士），保留所有权利。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

Chi-FenChang,Shu-Pin...

CYBA as a Potential Biomarker for Renal Cell Carcinoma: Evidence from an Integrated Genetic Analysis.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

氧化应激在各种致病过程中起重要作用，NADPH氧化酶(NOX)产生的活性氧自由基协调产生的紊乱与癌变有关。然而，关于NOX基因中的遗传变异是否会对肾细胞癌（RCC）的发展起作用，目前还知之甚少。本研究旨在分析噬菌细胞NOX基因CYBA和CYBB中10个单核苷酸多态性与630例RCC患者和对照组的风险以及肿瘤特征的关联，以填补这一知识空白。利用从公共数据库中获取的基因表达数据进行差异基因表达和患者预后分析。多元分析和多重检验校正结果显示，与G等位基因相比，CYBA中rs7195830的A等位基因是RCC的显著性风险等位基因（奥赛比=1.70，95％置信区间=1.27-2.26，p<0.001）。对17个肾癌基因表达数据集的合并分析显示，在RCC中CYBA的表达量较正常组织高。此外，CYBA高表达与进展期肿瘤特征和患者预后恶化相关。CYBA可能在RCC中发挥致瘤作用，并作为预后评估指标。版权所有©2023年，国际抗癌研究学院（Dr. George J. Delinasios），保留所有权利。

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

HetaDesai,SamuelOfor...

Multi-omic stratification of the missense variant cysteinome.

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS

癌症基因组中存在大量的遗传变异；这种变异的一个主要结果是半胱氨酸的增加，由于COSMIC中的错义变异，半胱氨酸是最常见的获得性氨基酸。获得性半胱氨酸既是驱动突变，也是精确治疗的目标位点。然而，尽管其普遍性，几乎所有获得性半胱氨酸仍未被表征。在这里，我们使用半胱氨酸化学蛋白组学，这是一种能够在整个蛋白质组中定位功能、氧化敏感和潜在可药用残基的技术，与基因组学结合，揭示半胱氨酸获取的隐藏景观。对于癌症和正常基因组，我们发现半胱氨酸的获取是遗传变异的普遍后果，在减少 DNA 修复的情况下进一步提高。我们的化学蛋白质组学平台集成了化学蛋白质组学、全外显子和RNA-seq数据，采用自定义的两阶段误差控制蛋白质组学搜索，并通过用户友好的FragPipe界面进一步增强。将 CADD 预测的有害性整合到一起，发现可能导致半胱氨酸获取的具有明显富集程度的损害变异。通过在十一个细胞系中应用化学蛋白质组学，我们发现116个半胱氨酸的增加，其中10个与电泳药物样分子结合。靠近错义变异的参考半胱氨酸也被广泛发现，共791个，支持迄今未开发的蛋白质形式特异性化学探针开发活动的机会。由于化学蛋白质组学还具有匹配样品的组合变异数据库，并且与氧化还原蛋白质组学和小分子筛选兼容，我们预计在指导蛋白质形式特异性生物学和治疗发现方面将得到广泛的应用。

Cell Chemical Biology

JamesDVasta,AniMicha...

Protomer selectivity of type II RAF inhibitors within the RAS/RAF complex.

Cell Chemical Biology

RAF二聚体抑制剂在RAF和RAS驱动的癌症中具有治疗潜力。这类药物的有效性依赖于其能够占据RAS-RAF信号复合物中的两个RAF亚基的能力。在这里，我们描述了一种在细胞中有条件地定量测定选定RAF亚基上药物与靶标的结合率的方法。在任何突变的KRAS等位基因存在与否的情况下，都可以测定RAF靶标的结合状态，从而可以在细胞介质中量化RAF二聚体抑制剂的高亲和力状态。临床阶段II型RAF抑制剂的细胞内亚基选择性研究显示，ARAF亚基结合，而BRAF或CRAF的结合与各种突变RAS细胞系中MAPK信号的抑制相符。我们的研究结果支持ARAF在突变RAS信号传导中的基本作用，并揭示了一群正在临床评估中的RAF抑制剂对ARAF亚基的易感性较差。版权所有©2023作者。由Elsevier Ltd.出版。保留所有权利。