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CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
2023 Aug 27

EmmaZattarin,IdaTagl...
Breast cancers arising in subjects with germline BRCA1 or BRCA2 mutations: different biological and clinical entities with potentially diverse therapeutic opportunities.
CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
源于携带生殖系BRCA1和BRCA2致病性变异体(PV)的乳腺癌(BCs)长期以来被认为是无法区分的生物学和临床实体。然而,BRCA1或BRCA2蛋白的功能丧失对于肿瘤细胞对雌激素受体信号和肿瘤微环境组成具有不同的后果。在这里,我们回顾积累的临床前研究和临床数据表明,BRCA1或BRCA2失活可能不同程度地影响BC对标准全身治疗的敏感性。基于BRCA1或BRCA2与ER通路之间不同的相互作用,BRCA2突变的激素受体阳性、HER2阴性晚期BC可能对内分泌治疗(ET)加CDK 4/6抑制剂(CDK 4/6i)的敏感性较低,而BRCA2突变的三阴性乳腺癌(TNBC)可能对免疫检查点抑制剂特别敏感。如果在未来的前瞻性研究中得到验证,这些数据可能具有相关的临床意义,从而在携带BRCA1或BRCA2的患者中建立不同的治疗途径。版权所有 © 2023。Elsevier B.V.出版。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Aug 24

QiLi,HengchenLiu,Yun...
Analysis of a new therapeutic target and construction of a prognostic model for breast cancer based on ferroptosis genes.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
乳腺癌是全球女性中最常见的恶性肿瘤,也是女性死亡的重要原因。目前针对乳腺癌患者的现有预后模型并不准确,因为乳腺癌对常用的抗肿瘤药物具有耐药性。铁过氧化物死亡(Ferroptosis)是一种依赖于铁积累和脂质过氧化的新型程序性细胞死亡机制。多项研究已经证实了铁过氧化物死亡在肿瘤调控中的作用,现在认为铁过氧化物死亡在乳腺癌发展中发挥着重要作用。目前,乳腺癌预后与铁过氧化物死亡相关基因表达之间的关联尚不明确。进一步探索这一研究领域可能优化对乳腺癌患者预后的评估和预测,并寻找新的治疗靶点。本研究从癌基因组图谱数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)中评估了乳腺癌样本的临床因素和多个基因的表达情况。从差异表达基因中鉴定出11个与预后相关的基因(TP63、IFNG、MT3、ANO6、FLT3、PTGS2、SLC1A4、JUN、SLC7A5、CHAC1和TF),构建了一个具有良好预测能力的生存预测模型。KEGG途径分析显示,免疫相关途径是主要途径。ssGSEA分析显示,某些免疫相关细胞亚群(如CD8+T细胞和B细胞)的分布以及多个免疫基因(包括II型干扰素反应和APC抑制)的表达存在显著差异。此外,在乳腺癌中发现了与铁过氧化物死亡相关的10个免疫靶点:CD276、CD80、HHLA2、LILRA2、NCR3LG1、NECTIN3、PVR、SLAMF9、TNFSF4和BTN1A1。利用TCGA鉴定了与乳腺癌预后相关的新型铁过氧化物死亡基因,开发了一种可靠和准确的预后模型,并找到了与传统靶向药物不同的10个潜在治疗靶点,为改善乳腺癌患者的不良预后提供了参考。版权所有 © 2023 Elsevier Ltd.
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Jul

BehrouzShademan,Vahi...
MicroRNAs as Targets for Cancer Diagnosis: Interests and Limitations.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
微小RNA是一类小RNA,能够与大量的RNA结合,在转录后水平通过抑制或降解特定mRNA调控基因表达。细胞内的miRNA是细胞生长、分化和凋亡等功能的主要调节因子,并显著影响细胞功能。 miRNA的表达水平在包括癌症在内的人类疾病中发生变化,这些变化突显了它们在癌症发病机制中的重要作用。通过使用全基因组鉴定技术,已在各种人类癌症中检测到普遍不规则的miRNA表达谱,这些技术正在成为高特异性和高敏感性的新型癌症诊断和预后标志物。在血液、组织和其他体液中具有增强稳定性的可测量miRNA为人类癌症提供了广泛的miRNA依赖性生物标志物来源。本文讨论了miRNA作为潜在生物标志物在人类癌症中的领导作用,同时探讨了miRNA作为生物标志物的兴趣和困难。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Jul

SouzanNajafi,ZohrehR...
CD44 Suppression Improved the Chemosensitivity of HT-29 Colorectal Cancer Cells to 5-Fluorouracil and Inhibited Cell Migration.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
CD44通过调节癌细胞转移、干性和化疗敏感性在肿瘤发生中起到关键作用,并被认为是人类肿瘤,包括结直肠癌(CRC)的有希望的治疗靶点。因此,本研究旨在检查CD44沉默和5-氟尿嘧啶(5-FU)对CRC细胞体外肿瘤发生的同时治疗效应。首先在TCGA数据库和CRC组织中评估了CD44的表达。此外,在过表达CD44的HT-29 CRC细胞上进行了功能分析。将细胞转染CD44 siRNA,然后用5-FU处理。因此,为探索联合治疗对细胞活力、迁移、凋亡和染色质断裂的影响,我们进行了MTT实验、划痕实验、Annexin V/PI染色和DAPI染色实验。细胞球和集落形成实验进一步用于研究干性特征。利用Western blotting和qPCR探索了蛋白和mRNA水平的基因表达。我们的发现表明,与正常样本相比,CRC组织中CD44显著过表达。抑制CD44显著提高了HT-29细胞对5-FU的化疗敏感性,并通过诱导凋亡实现。此外,联合治疗导致凋亡基因(包括P53、caspase-3和caspase-9)的过表达,以及AKT1表达的下调。此外,抑制CD44,无论单独还是与5-FU联合,通过下调Sox2和Nanog的表达抑制了HT-29细胞的干性特性。此外,联合治疗显著下调了MMPs并抑制了CRC细胞的迁移。考虑到CD44在对5-FU的化疗敏感性中的作用,可以建议将其作为改善CRC化疗效果的潜在靶点。©2023 The Authors.
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 30

ChoHyunHwang,Eungyeo...
Pharmacological Benefits and Underlying Mechanisms of Salvia miltiorrhiza against Molecular Pathology of Various Liver Diseases: A Review.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
中国称之为丹参的丹参属于薄荷科唇形科,是中药丹参干燥的根和根茎,几千年来主要用于治疗血瘀、改善脑血管和心血管疾病中的血流。最近的临床前研究表明,丹参具有广泛的药理学特性,可以用于治疗各种肝病。丹参具有保护肝脏免受有害肝毒素的作用,减少肝脏氧化应激,改善脂肪肝,并减轻肝脏炎症、纤维化和癌症。此外,包括凋亡、AMP活化的蛋白激酶、丝裂原活化的蛋白激酶和核因子kappa B等几个关键机制可能参与了丹参在肝脏疾病中的益处。特别是丹参提取物红芪酸B和丹參酮,都具有与丹参相似的治疗活性,因此可能在丹参在肝病中的治疗活性中起关键作用。由于关于该草药的药理学效应的报道零散,本综述旨在整合现有文献以重新评估并确定研究中的差距,以指导未来的研究。本综述聚焦于丹参在改善肝病分子病理学方面的作用,如体外和体内研究中所报道的。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 30

SunilKumar,IqraAli,F...
In-silico design, pharmacophore-based screening, and molecular docking studies reveal that benzimidazole-1,2,3-triazole hybrids as novel EGFR inhibitors targeting lung cancer.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
肺癌是一种复杂和异质性的疾病,其与包括表皮生长因子受体(EGFR)的过表达和突变在内的多种分子改变相关。本研究设计了一个含有1843个苯并咪唑-1,2,3-三唑混合物的文库,并进行了基于药效团的筛选,以鉴定潜在的EGFR抑制剂。进一步使用分子对接和分子动力学模拟评估了164个化合物与受体之间的结合相互作用。还进行了体外ADME和毒性研究,以评估所发现化合物的药物样性和安全性。本研究的结果表明,苯并咪唑-1,2,3-三唑混合物BENZI-0660、BENZI-0125、BENZI-0279、BENZI-0415、BENZI-0437和BENZI-1110对EGFR(PDB ID:4HJO)的对接得分分别为-9.7、-9.6、-9.6、-9.6、-9.6和-9.6,与参考分子-7.9 kcal/mol相比。分子对接和分子动力学模拟显示所发现化合物与EGFR的活性位点形成了稳定的相互作用,说明它们作为抑制剂的潜力。体外ADME和毒性研究显示这些化合物具有良好的药物样性和低毒性,进一步支持它们作为治疗剂的潜力。最后,对最佳选择的配体进行了DFT研究,以深入了解其电子性质。本研究的发现对苯并咪唑-1,2,3-三唑混合物作为潜在EGFR抑制剂治疗肺癌的潜力提供了重要见解。这项研究为发现和开发强效和选择性的EGFR抑制剂治疗肺癌开辟了一条新途径。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 29

ReyazUrRasool,Caitli...
Loss of LCMT1 and biased protein phosphatase 2A heterotrimerization drive prostate cancer progression and therapy resistance.
Epigenetics & Chromatin
缺失肿瘤抑制蛋白磷酸酶2A(PP2A)的活性与癌症有关,但其相关的分子机制尚不清楚。PP2A完整酶多由异二聚核心、支架A亚单位、催化C亚单位和超过20个不同底物定向调控B亚单位组成。C亚单位的甲基化调节PP2A异三聚体形成,影响B亚单位的结合和底物选择性。在本研究中,我们报告了亮氨酸羧甲基转移酶(LCMT1),该酶能够甲基化C亚单位的L309残基,并作为雄激素受体(AR)依赖的前列腺癌(PCa)的抑制剂。前列腺肿瘤中甲基化的PP2A-C水平降低与生化复发和转移相关。沉默LCMT1会增加AR的活性,并促进阉割抵抗性前列腺癌的生长。LCMT1依赖的甲基敏感AB56αCme异三聚体靶向AR及其关键共激活因子MED1进行去磷酸化,导致AR-MED1复合物从染色质中逐出,从而丧失靶基因表达。在机制上,LCMT1由S6K1介导的磷酸化诱导的β-TRCP调控,导致对抗雄激素的获得性耐药。最后,通过磷酸酶小分子激活剂(SMAP)的正反馈稳定作用,可以减弱AR信号和抑制抗雄激素耐药的前列腺癌的肿瘤生长。这些结果强调甲基化的PP2A-C作为预后标志物,LCMT1的丧失是AR依赖性前列腺癌的重要决定因素,暗示AR降解剂或PP2A调节剂在前列腺癌治疗中具有治疗潜力。© 2023. Springer Nature Limited.
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 29

BowenXu,JingangZhang...
Exploring the methylation status of CFTR and PKIA genes as potential biomarkers for lung adenocarcinoma.
Epigenetics & Chromatin
世界上最常见的癌症之一是肺癌,而腺癌(LUAD)占据了其中相当大的比例。根据美国国家癌症研究所(NCI)的数据,每10万人中新发病例和死亡率如下:每年肺癌和支气管癌的新发病例率为50.0/10万人。男性和女性每年的死亡率为35.0/10万人。DNA甲基化是最早被发现和广泛研究的表观遗传调控机制之一,其异常与癌症的发生和发展密切相关。然而,需要进一步探索DNA甲基化和LUAD的预后价值,以改善LUAD患者的生存预测。LUAD的转录组数据和临床数据从TCGA和GEO数据库中下载,Illumina人类甲基化450芯片(450k芯片)数据从TCGA数据库中下载。首先,校正两个数据库中表达的基因的交集,进行差异分析,并使用MethylMix包评估甲基化数据以获得差异甲基化基因。使用单变量和多变量Cox回归分析筛选出独立的预后基因,并使用单变量Cox分析开发了一个甲基化预后模型,并使用GEO数据库中的GSE30219数据集加以验证。进行甲基化高风险组和低风险组的生存分析,并构建了基于甲基化的基因预后模型。最后,使用癌症药物敏感性基因组学(GDSC)对LUAD基因签名相关的潜在药物进行预测。本研究共纳入TCGA数据库的555个样本和GSE30219的307个样本,共确定了24个差异甲基化驱动基因。采用单变量和多变量Cox回归分析筛选出独立的预后基因,涉及2个基因:CFTR和PKIA。甲基化高风险组和低风险组之间的生存分析结果不同,CFTR高甲基化组和低甲基化组的预后差,而PKIA则相反。我们的研究揭示了CFTR和PKIA的甲基化状态可作为肺癌潜在的预后生物标志物和治疗靶点。© 2023年,法国国家卫生与医学研究所(INSERM)。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 29

Yi-FanWang,LeiLi,Xue...
Association of DNA methylation of vitamin D metabolic pathway related genes with colorectal cancer risk.
Epigenetics & Chromatin
维生素D可能具有抗肿瘤作用,其受与维生素D代谢途径相关的基因的影响。表观遗传机制可能影响维生素D代谢途径相关基因的表达水平,进而在结直肠癌的发生和发展中起重要作用。迄今为止,没有研究报道了与维生素D代谢途径相关基因血液DNA甲基化水平与结直肠癌风险之间的关联。在中国广州进行了一项病例对照研究,包括102例结直肠癌病例和102名性别和年龄频率匹配的对照。选择VDR、CYP24A1、CYP27B1和CYP2R1基因中的CpG岛进行DNA甲基化分析。接受者操作特征曲线(ROC曲线)用于评估DNA甲基化水平对结直肠癌的诊断价值。以具有最大Youden指数的点作为边界值,将维生素D代谢途径相关基因的累积甲基化水平分为低甲基化和高甲基化。在调整潜在混杂因素后,使用无条件多元逻辑回归模型计算调整后的比值比(aOR)和95%置信区间(95% CI)。在153个CpG位点中,有8个CpG位点在病例和对照之间显著不同。 CYP2R1所有CpG位点的累积甲基化水平与结直肠癌风险呈负相关(aOR,0.49;95% CI,0.26-0.91)。然而,在VDR、CYP24A1和CYP27B1的所有CpG位点的累积甲基化水平与结直肠癌风险之间没有发现显著关联。VDR和CYP24A1显著CpG位点的累积甲基化水平与结直肠癌风险呈负相关。在CYP2R1和CYP27B1的显著CpG位点的累积甲基化水平与结直肠癌风险之间没有显著关联。本研究表明,VDR和CYP24A1的显著CpG位点的累积甲基化水平以及CYP2R1的所有CpG位点的累积甲基化水平与结直肠癌风险呈负相关。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 16

BrianWalker,TravisJo...
Identifying 1q amplification and PHF19 expressing high-risk cells associated with relapsed/refractory multiple myeloma.
Epigenetics & Chromatin
多发性骨髓瘤是一种无法治愈的浆细胞恶性肿瘤,存活率低,通常使用免疫调节药物(iMiDs)和蛋白酶体抑制剂(PIs)进行治疗。恶性浆细胞很快对这些药物产生耐药性,导致复发和抵抗性克隆的不受控制的增长。通过全基因组测序(WGS)和RNA测序(RNA-seq)研究,已经鉴定出不同的高风险易位、拷贝数、突变和转录标记物。其中一个标记物,PHF19,在表观遗传水平上调节细胞周期和其他过程,并且已经使用RNA测序进行了研究。在本研究中,我们使用了大规模(325,025个细胞和49名患者)的单细胞多组学数据集,分别为每个细胞进行了ATAC-seq和RNA-seq定量,并为每个患者提供了配对的基因组概况。我们确定了一种与骨髓瘤进展相关的浆细胞亚型,我们将其称为复发/难治性浆细胞(RRPCs)。这些细胞与1q易位、TP53突变以及PHF19的高表达相关。我们还确定了这些细胞中细胞周期抑制剂的下游调节,1q上转录因子(TF)PBX1的可能调节,以及PHF19可能主要通过这一细胞亚群发挥作用。
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