乳腺癌是女性中最常见的癌症。减少体力活动和超重与预后不良有关。乳腺癌患者在治疗期间容易体重增加、肌肉质量减少和体力活动减少。迫切需要概念来激励患者参与体力活动。本前瞻性观察性BEGYN-1研究包括了110名非转移性乳腺癌患者。治疗开始前和治疗一年期间每季度测量了生理参数和身体组成。患者在整个研究期间使用健身追踪器并记录他们的体力活动在活动日志中。尽管患者未接受任何有导向的运动，且在COVID-19大流行期间有限制条件，但他们增加了体力活动（代谢当量任务（MET）-分钟：p<0.001），身体健康状况改善（静息心率降低：p=0.001），且在研究期间没有体重增加（中位数-0.4kg）。加强对体力活动的认知与乳腺癌患者在治疗首年期间体力活动、身体健康状况的提高以及体重的稳定相关。诊断时的咨询应该激励患者参与体力活动，佩戴健身追踪器并记录活动。版权所有 © 2023 Zemlin, Schleicher, Altmayer, Stuhlert, Wörmann, Lang, Scherer, Thul, Spenner, Simon, Wind, Kaiser, Weber, Goedicke-Fritz, Wagenpfeil, Zemlin, Steffgen, Solomayer and Müller.

铁在子宫内膜异位症的病理生理中扮演着什么角色？铁过量在发现子宫内膜异位组织的部位表现出来，并与氧化应激、炎症微环境和细胞损伤有关；铁介导的氧化应激与不育、症状的严重程度以及恶性转化独立相关。在子宫内膜异位组织中过量的铁得到证实，并且已经研究和提出了多种机制来解释这一现象。可以肯定的是，铁过量在促进氧化应激和细胞损伤方面发挥着重要作用。虽然证据基础庞大，但目前没有综述来总结我们的理解并突出概括的主题，以加深我们的理解并提出进一步研究方向的建议。 本系统综述与主题分析，检索了PubMed、Embase、Web of Science和Cochrane Library数据库的研究，并在2022年8月以前进行了检索。包括了英语语言的人类和动物研究，通过使用爆炸式MeSH术语（“铁”和“子宫内膜异位症”）和自由文本搜索术语（“铁”、“亚铁”、“铁”、“子宫内膜异位症”、“子宫内膜子宫腺瘤”）进行了识别。 按照PRISMA准则报告了本综述。包括了所有报告关于铁或铁络合物在子宫内膜异位症发病机制中的作用的原始数据的研究。那些没有报告原始数据或提供领域综述的研究被排除。使用Newcastle-Ottawa评分系统对每个纳入的研究进行了偏倚分析。 共鉴定到776篇文章，经过筛选，符合纳入标准的研究有53篇，其中包括6篇动物研究和47篇人类研究，涉及3556名参与者。铁过量在各种组织和液体中得到证实，包括卵巢内膜子宫腺瘤、卵泡、异位子宫内膜病变和腹腔液。氧化应激标志物与高铁水平密切相关，并已证明铁运输蛋白的异常表达。可能存在对铁死亡的异常抗性。铁介导的氧化应激导致炎症微环境，与不育、症状的严重程度以及可能的恶性转化相关。 少数纳入的研究的质量客观较低，存在较高的偏倚风险，可能导致错误结论。此外，多个研究未能适当地通过已知混杂变量（如月经周期相）对纳入的患者进行特征描述，可能使结果引入偏差。 当前文献描绘了异常铁机制和随后的氧化应激在子宫内膜异位症中的中心作用。很可能铁过量至少在一定程度上促进异位子宫内膜病变的持续和增殖。因此，铁机制是新疗法的有吸引力的靶点，包括铁螯合剂或铁-氧化应激途径的效应物。我们对目前的理解存在重要的空白，本综述突出并建议了几个进一步研究的主题。这些包括铁螯合剂的作用、对铁死亡的抗性、铁过量与局部缺氧之间的关系、子宫内膜异位症中的全身铁病理生理以及氧化应激在恶性转化中的作用。 J.W.和S.G.P.受利物浦大学医院NHS基金会信托基金持续临床研究奖学金的支持。本项工作的完成未提出或需要额外的资金要求。C.J.H.受Wellbeing of Women项目经费（RG2137）支持。D.K.H.受Wellbeing of Women项目经费（RG2137）和英国医学研究委员会临床研究培训奖学金（MR/V007238/1）支持。作者声明没有利益冲突。 本研究的方案于2021年8月在PROSPERO数据库中登记（CRD42021272818）。 ©2023作者。由牛津大学出版社代表欧洲人类生殖和胚胎学学会出版。

肿瘤免疫疗法在癌症治疗方面取得了巨大的进展，但仍面临几个挑战，如可靶向抗原的数量有限和不同患者的反应不同。剪接异构体在几乎所有哺乳动物mRNA成熟过程中都起着重要作用。最近的研究表明，剪接异构体有助于扩展癌症特异性抗原和调节免疫原性，因此成为解决上述挑战的有希望的解决方案。器官样培养技术可以保留个体免疫微环境并降低实验模型的时间/经济成本，促进基于剪接的免疫疗法的发展。在此，我们总结了剪接在免疫疗法中的三个关键作用：产生新型抗原的资源，免疫治疗调控的靶点以及指导免疫疗法选择的生物标记物。随后，我们强调采用器官样培养体开发基于剪接的免疫疗法的优势。最后，我们讨论了在现有生物信息学算法和生物技术方面研究基于剪接的免疫疗法的当前挑战。版权所有 © 2023 Han and Liu.

印迹障碍是由基因组印记失调引起的先天性疾病，影响生长、神经认知发育、代谢和癌症易感性。这一类疾病通常具有多种临床特征的重叠。在罕见情况下，同一患者可能同时存在两种完全表达的印迹障碍。迄今已报道了十几例此类情况。其中大多数是Beckwith-Wiedemann光谱（BWSp）和暂时性新生儿糖尿病（TNDM）或BWSp和伪副甲状腺功能减退症1B型（PHP1B）患者。所有这些患者都表现出多位点印迹干扰（MLID）。在这里，我们报道了首例在缺乏MLID情况下共同出现BWS和PHP1B的病例。全基因组甲基化和SNP阵列分析表明，11p15.5染色体上KCNQ1OT1:TSS-DMR的甲基化缺失是BWSp的分子病因，upd（20）pat是PHP1B的病因。缺乏MLID和20号染色体杂合子型表明BWSp和PHP1B在我们的患者中通过不同的独立机制产生。然而，我们不能排除11号染色体上的表观遗传缺陷和20号染色体上的UPD可能来源于一个迄今不明的共同易感分子病变的罕见组合。更好地理解两种印迹障碍同时出现的分子机制将改进这些罕见病例的遗传咨询和家族复发风险的估计。此外，我们的研究还支持进行多位点分子检测以揭示MLID以及印迹障碍的复杂病例的重要性。 版权所有 © 2023 Pignata, Cecere, Acquaviva, D’Angelo, Cioffi, Pellino, Palumbo, Palumbo, Carella, Sparago, De Brasi, Cerrato and Riccio.

Thymic T细胞发育在SATB1基因调控器的调控作用下进行。在本研究中，我们展示了SATB1参与转录和剪接的调控，并发现Satb1敲除小鼠胸腺细胞中，这两个过程均表现出失调。更重要的是，我们鉴定了一种新的SATB1蛋白异构体，并描述了其与常规研究的异构体在生物物理行为上的差异，暗示其可能存在功能差异。SATB1利用其类似朊病毒的结构域在液态状态和聚集体结构之间转变。这种行为取决于蛋白浓度、磷酸化和与核RNA的相互作用。值得注意的是，长SATB1异构体更容易在相分离后聚集。因此，对SATB1异构体表达水平的严格调控以及蛋白质翻译后修饰十分重要，它们是SATB1在T细胞发育中发挥作用的必要条件。我们的数据表明，这些过程的紊乱可能与癌症等疾病有关。版权所有© 2023 Zelenka, Papamatheakis, Tzerpos, Panagopoulos, Tsolis, Papadakis, Mariatos Metaxas, Papadogkonas, Mores, Kapsetaki, Papamatheakis, Stanek and Spilianakis.

在过去的十年中，光声成像（PA）由于在各个学术和工业研究团队中在临床前和临床领域取得了成功的实证，因此成为一种备受关注的新兴诊断技术。光声成像的持续增长主要归功于其突出特点，包括非电离辐射、成本效益、易于部署，以及具有足够的轴向、横向和时间分辨率以解决各种组织特征和评估治疗效果。此外，光声成像可以与超声成像系统轻松集成，两者的组合使得能够在结构、功能和分子成像领域中进行各种特征的共注册和交叉参考。光声成像依赖于内源性对比剂（例如血红蛋白）或外源性的对比剂，例如纳米尺寸可调谐的光吸收剂或染料，这些对比剂可以提高图像对比度，超越内源性来源所提供的图像对比度。在本综述中，我们讨论了光声成像在内源性对比剂方面的应用，以其在临床相关领域中的应用为重点，包括组织特征化、癌症诊断/治疗（称为治疗诊断学）、心血管应用和外科应用。我们相信，随着越来越多的研究实验室和临床采用光声成像技术，光声成像作为多种与疾病相关状态的便捷指标的作用将继续扩大和发展。© 2023 Elsevier GmbH出版。

微生物标志物在预测结直肠癌（CRC）方面具有显著的潜力。本研究旨在评估多模式微生物标志物、多界物种、基因和单核苷酸变异（SNV）在检测癌前腺瘤中的诊断能力。我们通过xMarkerFinder对750个样本的全基因组测序数据进行交叉队列分析，以识别与腺瘤相关的微生物多模式标志物。我们的数据显示，真菌物种在区分腺瘤和对照组方面的曲线下面积（AUC）达到0.71，表现优于其他界的物种。包括具有同义突变的深色SNV在内的微生物SNV显示出最强的诊断能力，AUC值为0.89，灵敏度为0.79，特异度为0.85，马修斯相关系数（MCC）为0.74。SNV生物标志物在三个独立的验证队列中也表现出优异的性能（AUC分别为0.83、0.82、0.76；灵敏度分别为1.0、0.72、0.93；特异度分别为0.67、0.81、0.67，MCC分别为0.69、0.83、0.72），对腺瘤具有较高的疾病特异性。进一步支持上述结果的功能分析显示，细菌与真菌之间的多界关联更为频繁，并在腺瘤中显示出生物量感应、嘌呤和丁酸代谢的异常，这些结果在新招募的队列中通过qRT-PCR进行了验证。因此，这些数据扩展了我们对肠道微生物组与腺瘤相关的多模式变化的认识，并为CRC的早期检测提供了微生物SNV的理论基础。

最近的研究表明，肠道微生物群及其代谢物可以调节免疫细胞的抗肿瘤免疫力，然而潜在机制仍不清楚。在这里，我们展示了非小细胞肺癌（NSCLC）患者循环CD8+和Vγ9 Vδ2（Vδ2 +）T细胞表面的程序性细胞死亡-1（PD-1）表达与血清丁酸水平呈正相关。反应组NSCLC患者的血清乙酸，丙酸和丁酸水平较非反应组更高。扩展肠道微生物群可使肿瘤携带小鼠的粪便和血清中的丁酸水平降低。机理上，丁酸可以增加人类CD8+ T细胞Pdcd1和Cd28的启动子区域组蛋白3赖氨酸27乙酰化（H3K27ac），从而促进PD-1/CD28的表达并增强抗PD-1疗法的疗效。丁酸补充剂通过调节T细胞受体（TCR）信号通路，在细胞毒性CD8+ T细胞中提高抗肿瘤细胞因子的表达。总的来说，我们的研究结果表明，肠道微生物代谢物丁酸通过调节细胞毒性CD8 T细胞的TCR信号传导，促进了抗PD-1免疫治疗的疗效，并且是一个极具前景的增强抗肿瘤免疫力的治疗生物标志物。

正常组织对于研究疾病特异性差异基因表达至关重要。然而，健康的人类对照通常只能在尸检/解剖中获得。在癌症研究中，通常使用肿瘤附近的病理正常组织片段作为对照。然而，癌症如何系统性地影响相邻组织的基因表达在很大程度上尚未被深入研究。在本研究中，我们对实体肿瘤相邻组织和解剖获取的“健康”正常组织的分子特征进行了全面的跨癌症比较。我们发现了一系列与免疫细胞的激活、细胞内转运和自噬、细胞呼吸、端粒酶激活、p38信号转导、细胞骨架重塑和细胞外基质重构相关的系统分子差异。与此同时，肿瘤附近组织在凋亡信号和G2/M细胞周期转换检查点等负调节细胞生长的方面存在缺陷。我们还检测到了化学感知网络的广泛重排。在肿瘤附近正常组织中，有32种癌症药物的分子靶点过度或欠表达。这些过程可能由癌症和相邻正常组织之间相关的分子事件驱动，主要涉及炎症和调节细胞内分子通路，如p38、MAPK、Notch和IGF1信号转导。然而，我们通过猕猴尸检组织的模型表明，在4°C下的30分钟至24小时时间范围内，肺生物样本中的RNA降解模式会导致1140个基因的人为“差异”表达谱，尽管在肝脏中无法检测到差异。因此，这些问题应该在实践中得到解决。© 2023 The Authors. Published by Elsevier B.V. on behalf of Research Network of Computational and Structural Biotechnology.

挖掘基因表达数据在肝细胞癌（HCC）中发现新的生物标记和治疗靶点具有重要价值。尽管已经有一些新兴的数据挖掘工具可用于全癌种相关的基因数据分析，但是针对HCC的工具相对较少。此外，专门设计用于HCC的工具存在数据规模较小和功能有限等限制。因此，我们开发了一种新的交互式网络服务器——IHGA，用于在大规模和全面的基础上发现HCC中感兴趣的基因。整合HCC基因分析（IHGA）包含超过100个独立的HCC患者衍生的数据集（共计超过10000个组织样本）和90多个细胞模型。IHGA允许用户基于基因mRNA水平进行一系列大规模和全面的分析和数据可视化，包括表达比较、相关分析、临床特征分析、生存分析、免疫系统相互作用分析和药物敏感性分析。这一方法显著增加了IHGA中的临床数据丰富性。此外，IHGA还整合了基于自然语言模型的人工智能辅助基因筛选。IHGA是免费、用户友好的，能够有效减少数据收集、组织和分析所需的时间。总之，从数据规模、数据多样性和功能性角度来看，IHGA具有竞争力。它有效地减轻了HCC异质性对数据挖掘工作的障碍，并有助于推动HCC分子机制的研究。© 2023作者。