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BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2023 Aug 26

PoraKim,HimansuKumar...
Systematic investigation of the homology sequences around the human fusion gene breakpoints in pan-cancer - bioinformatics study for a potential link to MMEJ.
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
微型同源介导末端连接(MMEJ)是一种容易出错的DNA损伤修复机制,由于其能够参与基因组不稳定性引起的混合末端连接,经常导致染色体重排,并且会增加其断点(BPs)周围序列的突变负载。在本研究中,我们系统地调查了由DNA双链断裂引发的染色体重排形成的人类融合基因的基因组断点区域周围的同源序列。由于RNA-seq数据是检查融合基因的典型数据集,对于从RNA-seq数据中识别出的已知外显子连接融合断点,我们必须推断基因组断点区域的高概率。为此,我们利用我们最近开发的融合BP预测模型FusionAI计算得出的高特征重要性得分区域,并在约24K个融合基因的20K个融合BP中找到了151K个微型同源序列。通过我们的多重生物信息学研究,我们发现了序列同源性与免疫系统的关系。这项基于计算模拟的研究将对编码结构变异周围的序列同源性提供新的知识。© 2023 作者。由牛津大学出版社发表。
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Brain Structure & Function
2023 Aug 28

YuzhouYang,PengXu,Ch...
Construction of the survival nomograms for colon cancer patients of different ages based on the SEER database.
Brain Structure & Function
我们使用Epidemiology and End Results(SEER)数据库(1975-2019年)中的数据构建了预测早发和晚发结肠癌(COCA)患者预后的三个评分图,未进行年龄分层。然后对这些评分图的准确性进行了评估。从SEER数据库中获取了6107名COCA患者的临床数据。将患者随机分成训练集和验证集,比例为7:3。进行了能够独立影响COCA预后的因素的单变量和多变量COX分析,并构建了早发和晚发COCA的评分图。使用校准曲线、ROC曲线和C指数来确定预测准确性。使用生存分析验证了评分图辨别能力的临床应用,同时与AJCC第8版TNM分期系统进行比较。肿瘤原发部位、种族和血清癌胚抗原(CEA)水平对结肠癌预后有显著影响。种族、脑转移和CEA是预测COCA预后的独立因素。C指数、ROC和校准曲线表明,这三个评分图的准确性均较高,并且优于传统的TNM分期系统。在这三个评分图中,早发COCA评分图的预测准确性最高,其次是未按年龄分层的结肠癌评分图。我们构建了未按年龄分层、早发结肠癌和晚发结肠癌的三个评分图。这些评分图的准确性都很好,并且均优于传统的TNM分期系统。早发和晚发COCA评分图对于不同年龄COCA患者的临床管理和个体化治疗具有较大的应用价值。© 2023. 作者。
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BIOSENSORS & BIOELECTRONICS
2023 Aug 28

ChunhuiZhai,JiangLon...
Precise Identification and Profiling of Surface Proteins of Ultra Rare Tumor Specific Extracellular Vesicle with Dynamic Quantitative Plasmonic Imaging.
BIOSENSORS & BIOELECTRONICS
在血浆中特异性检测肿瘤源性外泌体(tEVs)受到非肿瘤外泌体和非外泌体颗粒的干扰,因此精确识别tEVs并直接在临床血浆中对其表面蛋白进行分析仍是一个未解决的需求。在此,我们提出了一种动态免疫分析技术,用于单个tEV表面蛋白的分析(DISEP),这是一种基于表面等离子共振显微镜(SPRM)的动力学分析技术,用于特异性单个tEV表面蛋白的分析。DISEP采用一对低亲和力寡核苷酸探针来分别标记EV表面蛋白并功能化SPRM生物传感器界面。使用寡核苷酸标记的tEVs与血浆中的非特异性颗粒具有不同的结合动力学特性,从而可以准确计数单个EV的光学等离子计数。我们证明了DISEP在350倍背景血浆颗粒中识别目标EV的高敏感性(每微升4677个EV)。对于临床血浆样本进行分析,以区分胰腺癌患者(n = 40)和健康供体(n = 45)。使用一组生物标志物签名(EpCAM,HER2和GPC1),DISEP仅需要每个供体的10μL原始样本就可以将肿瘤患者进行分类,曲线下面积为0.98。DISEP为早期癌症诊断提供了一种高度特异性的EV检测和表面蛋白分析策略。
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023

SarahJungius,Franzis...
Characterization of engraftment dynamics in myelofibrosis after allogeneic hematopoietic cell transplantation including novel conditioning schemes.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
骨髓纤维化(MF)是一种罕见的造血干细胞疾病,可以进展为骨髓(BM)功能衰竭或爆发期。异基因造血干细胞移植(HCT)是对晚期MF患者的一种潜在治疗方法,对于符合条件的患者而言,其具备潜在的治愈效果,但MF与AML的骨髓植入存在延迟导致并发症的问题。由于MF植入的决定因素尚不完全清楚,因此我们在本中心开展了对植入动态的研究。我们对长期随访的71例在2000年至2019年间进行的异基因HCT进行评估,其中超过50%的患者在2015年之后接受了该治疗。中位数中性粒细胞植入时间≥0.5x109/l在移植后+20天,并与骨髓纤维化、脾肿大和输入的CD34+细胞数量相关。原发性MF和继发性MF的植入动态相似,并不受JAK2、CALR和MPL的MF驱动基因突变影响。在接受巴乌弗林达比休养酮-环磷胺氨糖苷-骨髓刺激因子(TBF-PTCy/G-CSF)条件下的半相合异基因HCT中,中性粒细胞植入时间较晚,2000-2019年和2015年之后分别有9.9%和15.6%的患者接受了该治疗方案。血小板植入同样延迟,但网织红细胞的再生受影响较小。由于MF是一种罕见的血液恶性肿瘤,本研究对于MF的大量HCT数据对于证实MF中植入的中性粒细胞和血小板较晚与宿主和治疗相关因素有关十分重要。对于罕见的MF疾病,从这个长期随访队列的观察结果显示,针对该疾病的新型准备方案需要在更大的多中心队列中进行详细评估,以评估也在接受异基因移植的这种罕见造血肿瘤患者的长期移植物功能和整体预后指标。版权所有©2023年Jungius、Adam、Grosheintz、Medinger、Buser、Passweg、Halter和Meyer。
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023

KirtiPandey,StacieSW...
A combined immunopeptidomics, proteomics, and cell surface proteomics approach to identify immunotherapy targets for diffuse intrinsic pontine glioma.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
小脑桥池弥漫性胶质瘤(DIPG), 最近被重新分类为弥漫性中线胶质瘤亚型,是一种高度侵袭性的脑干肿瘤,影响着儿童和年轻成年人,无法治愈,中位生存期仅为9个月。传统治疗方法无效,突显了细胞免疫疗法等替代治疗策略的需求。然而,鉴定独特且特异的肿瘤细胞表面抗原以用于嵌合抗原受体(CAR)或T细胞受体(TCR)疗法的靶标是具有挑战性的。本研究采用多组学方法对来源于患者的DIPG细胞系进行了研究,并鉴定了潜在的免疫治疗靶点。通过免疫肽组学,鉴定到一系列可靶向的癌睾丸抗原和肿瘤相关抗原以及源自人类内源性逆转录病毒元素的肽抗原。蛋白质组学分析还显示了潜在药物靶点和细胞表面蛋白的上调,如受体簇27 (CD276)、B7同源物3蛋白(B7H3)、白细胞介素13α受体2(IL-13Rα2)、人表皮生长因子受体3(HER2),还有EphA2和EphA3两种类型A鞘蛋白受体。本研究的结果为科学界提供了一个宝贵的资源,以加速DIPG的免疫治疗方法。鉴定卡和TCR疗法的潜在靶点可能为治疗这种可怕疾病开辟新的途径。© 2023 Pandey, Wang, Mifsud, Faridi, Davenport, Webb, Sandow, Ayala, Monje, Cross, Ramarathinam, Jenkins and Purcell.
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023 Sep

ZabnAllahMAlaizeri,H...
One-step preparation, characterization, and anticancer potential of ZnFe2O4/RGO nanocomposites.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
锌铁氧体纳米颗粒(ZnFe2O4 NPs)因其在感知、废水处理和生物医学等领域的多种应用而受到广泛关注。本研究的新颖之处在于采用一步水热法制备了ZnFe2O4/RGO纳米复合材料,以评估RGO掺杂对ZnFe2O4 NPs的物化特性和抗癌效果的影响。采用X射线衍射(XRD)、扫描电子显微镜(SEM)、能量散射X射线(EDX)、X射线光电子能谱(XPS)、傅里叶变换红外光谱(FTIR)、紫外-可见吸收光谱和光致发光光谱对制备的纯ZnFe2O4 NPs和ZnFe2O4/RGO纳米复合材料进行了表征。XRD结果显示合成样品具有高结晶性。此外,纯ZnFe2O4纳米颗粒(NPs)和ZnFe2O4/RGO纳米复合材料(NCs)的平均晶体尺寸分别为51.08 nm和54.36 nm。SEM图像显示纯ZnFe2O4 NPs呈球形,均匀加载在RGO纳米片的表面。XPS和EDX分析确认了ZnFe2O4/RGO NCs的元素组成。SEM的元素映射显示ZnFe2O4/RGO NCs中的元素组成(锌、铁、氧和碳)均匀分布。FT-IR光谱的强度显示纯ZnFe2O4 NPs成功锚定在RGO纳米片上。光学研究表明ZnFe2O4/RGO NCs的能隙能量(1.61 eV)低于纯ZnFe2O4 NPs(1.96 eV)。PL光谱表明ZnFe2O4/RGO NCs的复合率低于ZnFe2O4 NPs。采用MTT法评估了ZnFe2O4/RGO NCs和纯ZnFe2O4 NPs对人类癌细胞的抗癌性能。体外研究表明,与纯ZnFe2O4 NPs相比,ZnFe2O4/RGO NCs对人类乳腺癌(MCF-7)和肺癌(A549)细胞具有更高的抗癌活性。本研究提示RGO掺杂通过调节其光学特性增强了ZnFe2O4 NPs的抗癌活性。本研究为进一步研究此类纳米复合材料的潜在治疗应用提供了依据。©2023作者
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023 Aug 28

YuWeiZhang,TaliaVela...
GPRC5C Drives Branched-Chain Amino Acid Metabolism in Leukemogenesis.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
白血病干细胞(LSCs)与健康的造血干细胞(HSCs)共享许多特征。G蛋白偶联受体家族C群5成员C(GPRC5C)是HSC休眠的调节因子。然而,GPRC5C在急性髓系白血病(AML)中的功能尚待确定。在患者AML队列内,高GPRC5C水平与更差的生存率相关。异位Gprc5c表达通过激活NF-κB增加AML的侵袭性,这导致细胞内支链氨基酸(BCAAs)水平增加,代谢状态改变。失去Gprc5c后,这种致癌代谢谱被逆转,同时抑制了白血病发生能力。使用JPH203靶向BCAA转运蛋白SLC7A5可以抑制氧化磷酸化并在老鼠和患者AML样本中产生强烈的抗白血病效果,同时保护健康的骨髓(BM)细胞。在Venetoclax和Azacitidine存在的情况下,这种抗白血病效应得到了加强。我们的结果表明,在AML中,GPRC5C-NF-κB-SLC7A5-BCAAs轴是一个治疗靶点,可以损害白血病干细胞的功能。版权所有© 2023美国血液学会。
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ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
2023 Sep

NezarCherrada,AhmedE...
Phytochemical profiling of Salsola tetragona Delile by LC-HR/MS and investigation of the antioxidant, anti-inflammatory, cytotoxic, antibacterial and anti-SARS-CoV-2 activities.
ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
本研究旨在调查四角猪毛蔓(Salsola tetragona Delile)(藜科)草药的植物化学成分和生物学活性。本研究使用DPPH•、ABTS•+、CUPRAC和金属螯合实验评估了四角猪毛蔓的粗提取物和五个分离物的抗氧化潜力。使用蛋白质变性实验确定了其抗炎活性,最小抑制浓度(MIC)则测定了对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌生长的抗菌活性。MTT实验和体外划痕实验评估了对细胞存活和细胞迁移的影响。通过分析ACE2和Spike蛋白的相互作用来评估其抗SARS-CoV-2活性。利用LC-HR/MS分析鉴定了该植物中的生物活性化合物。四角猪毛蔓的粗水甲醇提取物(STM)和五个分离物,即正己烷(STH)、二氯甲烷(STD)、乙酸乙酯(STE)、正丁醇(STB)和水(STW),在四种不同的测试中均显示出显著的抗氧化活性。在抗炎实验中,乙酸乙酯分离物的活性显著高于阿司匹林®(IC50 = 13 ± 5 µg/mL)。粗抽提物及其分离物均显示出良好的抗菌活性,并且MICs相似。在针对乳腺癌细胞系MCF7的细胞毒性实验中,二氯甲烷分离物(STD)非常有效,优于其他分离物(IC50 = 98 µg/mL)。此外,在抗SARS-CoV-2活性方面,乙酸乙酯和二氯甲烷分离物在此测试中表现出重要活性。LC-HR/MS分析鉴定了16种不同的酚类化合物,其中11种在四角猪毛蔓属中尚未报道。结果表明,四角猪毛蔓提取物有潜力成为开发基于植物的治疗方法以管理多种疾病的新来源。© 2023 The Author(s).
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ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
2023

DanYu,Nan-NanHuang,X...
Review of the Chemical Composition and Biological Activities of Essential Oils from Artemisia Argyi, Artemisia Princeps, and Artemisia Montana.
ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
许多东亚国家早在近2000年前就开始广泛使用艾草(Artemisia argyi Lévl. et Van.)、川艾(Artemisia princeps Pamp.)和山艾(Artemisia montana Pamp.)。它们的主要化学成分是精油,具有多种生物活性。本综述主要关注艾草精油(AAEO)、川艾精油(APEO)和山艾精油(AMEO)的化学成分和生物活性,重点研究它们的共同和特殊特性。此外,还总结了艾草、川艾和山艾的传统用途、分布和植物学特征。此外,文中还涉及了AAEO的药代动力学。我们通过在线和离线数据库收集了以下关键词的文献:艾草、苦艾、艾草、川艾、山艾、精油和挥发油。我们的搜索没有语言限制。艾草、川艾和山艾在亚洲的传统药物、食品和保健品中广泛使用。它们分布广泛,几乎遍布中国、韩国和日本的大部分地区。AAEO、 APEO和AMEO由单萜烯、倍半萜烯及其衍生物、烷烃、烯烃等组成。AAEO的大部分特异化合物是单萜类化合物,APEO的大约一半的特异化合物是脂肪烃,而倍半萜烯是AMEO的典型特异化合物。艾草精油显示出多种生物活性,如抗微生物、抗炎、抗氧化、抗肿瘤、抗凝血、镇静和杀虫等。本综述提供了AAEO、APEO和AMEO的化学成分和生物活性的洞察。全面的文献显示它们在各个领域具有广阔的应用前景。然而,对它们应进行更深入的研究。应该阐明其潜在的生物活性机制,并确定其毒性和质量控制。
版权所有©伯特汉姆科学出版社;有关任何问题,请发送电子邮件至epub@benthamscience.net。
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ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
2023 Aug 28

ShuangPan,YamingLi,J...
6-Shogaol prevents benzo (A) pyrene-exposed lung carcinogenesis via modulating PRDX1-associated oxidative stress, inflammation, and proliferation in mouse models.
ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING
在这项研究中,我们调查了6-姜酚酸(6-SGL)通过调节PRDX1相关的氧化应激、炎症和增殖,在苏白小鼠模型的苯并芘(BaP)暴露性肺癌发生中的化学预防作用。小鼠口服BaP(50 mg/kg 体重)每周两次,连续四周,维持16 周。在BaP暴露前1小时,口服给予小鼠6-SGL(30 mg/kg 体重),维持16 周。实验结束后,6-SGL(30 mg/kg 体重)防止了小鼠体重的减少,增加了肺重量和肿瘤总数。此外,我们观察到6-SGL减轻了BaP诱导的小鼠脂质过氧化和抗氧化物质的活性。此外,6-SGL阻止了BaP暴露小鼠中MAPK家族蛋白的磷酸化,如Erk1、p38和Jnk1。PRDX1是一种重要的抗氧化蛋白,清除有毒自由基,并增强几种抗氧化蛋白。PRDX1的过表达显著抑制MAPK、增殖和炎症信号轴。因此,PRDX1被认为是预防BaP诱导的肺癌的新型靶蛋白。在这项研究中,我们得到了6-SGL处理在小鼠模型中可逆转BaP诱导的PRDX1表达耗竭。此外,6-SGL预处理(30 mg/kg 体重)显著抑制了BaP暴露小鼠中促炎细胞因子(TNF-α、IL-6、IL-β1、IL-10)和增殖标志物(Cyclin-D1、Cyclin-D2和PCNA)的增强。组织病理学研究也证实了6-SGL有效保护细胞减少损伤。因此,该研究证明了6-SGL在增强PRDX1表达方面可能是一种潜在的植物化学物质,可作为BaP引起的肺癌的化学预防剂。© 2023 Wiley Periodicals LLC.
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