N6-甲基腺嘌呤（m6A）已被证实在急性髓性白血病（AML）的进展中起到关键作用。至今，m6A相关基因在AML中的分型和预后预测意义尚不清楚。我们从The Cancer Genome Atlas （TCGA-LAML）、可应用治疗研究产生有效治疗（TARGET-AML）和基因表达谱（GEO，GSE71014）数据库中收集了AML患者的测序数据。通过limma软件包去除了TCGA-LAML和TARGET-AML的批次效果，并得到了AML队列的聚合样本。通过一致性聚类方法，使用基于23个m6A相关调控因子的共识聚类方法，识别了AML队列中与m6A相关的模型。通过差异表达分析和单变量Cox分析确定影响AML总体生存（OS）的m6A相关差异表达基因（m6ARDEGs），并使用基于共识的聚类方法评估AML分子亚型。采用LASSO和多变量Cox分析来获取优化的m6ARDEGs来构建m6A预后风险评分（m6APR_Score）。我们根据Kaplan Meier（K-M）和受试者工作特征曲线（ROC）评估模型的稳健性。此外，还研究了不同m6A修饰模式、分子亚型和m6APR_Score分组中免疫细胞浸润的丰度。最后，构建了一个预测AML患者OS的策略评分图。使用定量实时聚合酶链反应（RT-qPCR）和细胞计数试剂盒（CCK-8）试验验证了AML细胞中m6APR_Score中的基因。在AML队列中确定了m6A模型（m6AM1、m6AM2、m6AM3）和分子亚型（C1、C2、C3），展示了不同的预后和免疫反应性。我们同时发现了AML的新的预后生物标志物，如CD83、NRIP1、ACSL1、METTL7B、OGT和C4orf48。将AML患者分为高m6APR_Score组和低m6APR_Score组，后者的预后比前者好。无论是AML队列还是验证队列GSE71014都表现出了出色的预测能力。最后，策略评分图准确地预测了患有AML的患者的生存情况。此外，决策曲线显示策略评分图和m6APR_Score都表现出出色的预测性。通过体外实验证实，在AML细胞中NRIP1、ACSL1、METTL7B和OGT的mRNA表达升高，而CD83和C4orf48的mRNA表达降低。在抑制CD83后，U937和THP-1细胞系的存活率显著增加，而siMETTL7B则产生了相反的结果。我们的研究证明，m6APR_Score以及CD83、NRIP1、ACSL1、METTL7B、OGT和C4orf48可能为AML患者提供新的有前景的预后支持。© 2023. BioMed Central Ltd., 由Springer Nature旗下的一部分。

越来越多的证据表明，在肿瘤发生、增殖、转移和治疗抵抗方面，DDX5（也称为p68）作为主调节因子和潜在的生物标记和靶点发挥着重要作用。然而，DDX5也被报道为一个抑癌基因。这些似乎矛盾的观察可以通过DDX5在DNA修复中的作用来解释。这是因为癌细胞凋亡和恶性转化可能代表由DDX5调节的单一过程的两种可能结果，反映了不同强度的DNA损伤。因此，靶向DDX5可能会将癌细胞从生长抑制状态（DNA修复必需）转变为凋亡和细胞杀伤状态。除了越来越多的研究证实了DDX5在全基因组稳定监测和DNA损伤修复中的作用之外，还发现DDX5在多条致癌信号通路中有着重要作用。DDX5似乎通过与不同类型的组织/细胞中独特蛋白的相互作用，利用不同的信号级联发挥着相反的作用（例如，在平滑肌细胞和癌细胞中）。这些独特的特点使得DDX5成为治疗人类癌症的一个有趣的治疗靶点，对正常组织毒性较低。在本综述中，我们讨论了DDX5在癌症中DNA修复、免疫抑制、致癌代谢重构、病毒感染促进和对人类微生物群（菌群）的负面影响方面的多方面功能。我们还提供了新的数据，显示FL118，一种分子胶DDX5降解剂，对当前具有治疗抵抗性的前列腺癌器官样体/细胞具有选择性作用。总之，当前的研究表明，DDX5可能代表一种对癌症有效征战的独特鳍靶，对正常组织毒性最小。©2023年. 伊利诺伊国家癌症研究所“Regina Elena”。

作为生物医学领域的科学家，你精通英语和简体中文。请将以下段落翻译成简练、规范的简体中文，符合学术论文语言模式，并保持原文陈述结构。 乳腺癌（BC）作为女性最常见的死因之一，一直被视为全球性的健康挑战之一。尽管在诊断和治疗方法方面取得了各种进展，但由于缺乏治疗反应，相当一部分BC患者预后不佳。因此，研究BC进展中涉及的分子机制可以改善这些患者的治疗和诊断策略。细胞因子和生长因子依赖的信号通路在BC进展中起到关键作用。除了细胞因子和生长因子外，长链非编码RNA（lncRNA）在调控这些信号通路中也起着重要作用。因此，在本综述中我们讨论了lncRNA在乳腺肿瘤细胞的PI3K/AKT、MAPK和TGF-β信号通路调控中的作用。研究表明，在BC中，lncRNA主要通过促进这些信号通路发挥致癌作用。本综述可以作为引入lncRNA抑制作为可能的治疗策略，通过抑制BC患者的PI3K/AKT、MAPK和TGF-β信号通路来减少肿瘤生长的有效步骤。此外，考虑到lncRNA在大多数乳腺肿瘤中具有致癌作用和表达水平升高，lncRNA也可以被视为BC患者可靠的诊断标志物。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.

机械代谢靶标拉帕霉素复合物1（mTORC1）是细胞生长的主要调节因子，通过转录、RNA加工和代谢酶的翻译后修饰来促进大分子合成。然而，mTORC1如何协调基因表达程序的多个步骤仍不清楚。在此，我们发现序列相似性家族120A（FAM120A）是一个转录共激活因子，它连接了mTORC1-丝氨酸/精氨酸富集蛋白激酶2（SRPK2）信号传导下的脂类合成酶的转录和剪接。mTORC1激活的SRPK2磷酸化剪接因子丝氨酸/精氨酸富集剪接因子1（SRSF1），增强其与FAM120A的结合。FAM120A直接与一个脂类合成转录因子SREBP1在活性启动子处相互作用，从而将新转录的脂类合成基因从RNA聚合酶II桥接到含有SRSF1和U1-70K的RNA剪接机制中。这种mTORC1调控的多蛋白复合物促进了脂类合成转录本的高效剪接和稳定，从而导致脂肪酸合成和癌细胞增殖。这些结果阐明了FAM120A作为一个关键的转录共因子，连接了mTORC1依赖的基因调控程序与合成型细胞生长。© 2023 Elsevier Inc. All rights reserved.

AT2细胞在肺中具有肺泡干细胞活性，并能在稳态和损伤后进行自我更新和分化为AT1细胞。为了确定控制肺中AT2-AT1再生反应的表观遗传途径，我们使用了一种药理表观遗传抑制剂库进行器官样筛查。该筛查确定了DOT1L作为AT2细胞生长和分化的调节因子。Dot1l的体内失活导致肺发育过程中AT1和AT2基因表达的过早激活，并在急性肺损伤后加速AT1细胞的分化。单细胞转录组分析显示在Dot1l损失的情况下存在一种新的AT2细胞状态，其表现为氧化磷酸化基因表达增加以及关键转录和表观遗传因子表达的变化。综上所述，这些数据表明Dot1l在发育和急性损伤后再生过程中控制肺泡上皮细胞命运获取的速率。版权所有 © 2023年作者。Elsevier Inc.发表。保留所有权利。

双链断裂（DSB）修复对于维持基因组的完整性至关重要。双链断裂修复缺陷是多种病理状态的基础，包括癌症、染色体不稳定综合征以及潜在的神经发育缺陷。双链断裂修复主要通过两个途径进行：高精确性的同源重组（HR）途径，在S/G2细胞周期阶段需要拥有同源染色单体来进行基于模板的修复；以及经典非同源末端联接（c-NHEJ）途径，这个途径在整个细胞周期中都可用，仅需要最低限度的同源性以实现高效但容易出错的修复。一些情况，比如癌症，需要选择其他高度突变的双链断裂修复途径，例如微相同源介导的末端联接（MMEJ）和单链结合（SSA），这些途径会被激活以应对DNA损伤。这些非经典修复途径正逐渐成为基于药物的肿瘤治疗中耐药性的主要驱动因素。多种双链断裂修复选择需要紧密的途径间调控以防止出现不受控制的活动。除了这种复杂性外，位于双链断裂区域的组蛋白的表观遗传修饰正日益被认为是双链断裂修复选择的关键调控因子。通过建模的方法来理解双链断裂的修复途径选择对于进行模拟和预测之前未解析的双链断裂应答方面具有优势。在本研究中，我们提出了一个布尔网络模型，该模型将涉及DSB修复的途径间调控的知识纳入一个动态系统中，即HR、c-NHEJ、SSA和MMEJ。我们的模型复现了野生型细胞对DSB的响应中已被充分研究的HR活性。它还恢复了BRCA1/FANCS突变体的临床相关行为，以及归因于DNA修复增强型致病性变异体而导致的对应药物抗药机制。由于表观修饰因子是动态的，且可能是可药物靶点，我们将它们纳入模型以更好地表征它们在DSB修复中的作用。我们的模型预测失去TIP60复合物及其对应的组蛋白乙酰化活性会导致SSA在DSB的应答中被激活。我们的实验验证表明，TIP60有效地阻止了RAD52的激活，RAD52是一种关键的SSA执行器，这进一步验证了布尔网络建模用于理解DNA DSB修复的适用性。版权所有©2023作者。由Elsevier Ltd.出版。保留所有权利。

SUV420H1能够对组蛋白H4赖氨酸20位点进行二甲基化和三甲基化修饰（H4K20me2/H4K20me3），在DNA复制、修复以及异染色质形成等过程中起到关键作用。此酶在多种癌症中发生失调。许多这些过程与其催化活性相关联。然而，删除和抑制SUV420H1显示出不同的表型，这表明该酶很可能具有未知的非催化活性。我们的低温电子显微镜（cryo-EM）、生化、生物物理和细胞分析揭示了SUV420H1如何识别其核小体底物，以及组蛋白变体H2A.Z如何刺激其催化活性。SUV420H1与核小体的结合导致核小体DNA与组蛋白八聚体的显著分离，这是一种非催化活性。我们假设这会调节大型高分子复合物对染色质的可及性。我们展示了SUV420H1可以促进染色质凝结，这是另一种我们推测其异染色质功能所需的非催化活性。综上所述，我们的研究揭示并描述了SUV420H1的催化和非催化机制，该关键组蛋白甲基转移酶在基因组稳定性中起到重要作用。© 2023 Elsevier Inc.版权所有。

三阴性乳腺癌（TNBC）包括临床行为不同的多种癌症。DNA 甲基化是一种有用的工具，用于分类各种癌症。本研究通过DNA 甲基化分析和突变分析对TNBC进行了分析。在44例未治疗的TNBC中，我们进行了DNA 甲基化分析（Illumina Infinium MethylationEPIC芯片）和50个基因面板的定向DNA测序。我们确定了三个独特的DNA甲基化簇，具有特定的临床病理学和分子特征。簇1（PI3K / AKT富集簇; n=9）患者的年龄显著较大（平均年龄：71岁，p=0.008），肿瘤更可能表现为乳腺分泌极性（78％；p< 0.001），较低等级（44％为2级），增殖指数（中值ki-67：15％，p= 0.002）和较低的肿瘤浸润淋巴细胞比例（TILs）（中值：15％，p=0.0142）。肿瘤携带了反复发生的PIK3CA和AKT1突变，并且有更高百分比的低HER-2表达（89％；p=0.033）。簇3（染色体不稳定簇; n=28）患者显著较年轻（中位年龄：57岁）。肿瘤为高等级（3级：93％），更高的增殖指数（中值ki-67：75％），以及高比例的TILs（中值：30％）。91％的胚系BRCA 1/2突变携带者位于簇3中，并且这些肿瘤显示了最高水平的拷贝数改变。簇2代表具有中间临床病理学特征和无特定分子特征的个案（NSMP簇; n=7）。与阶段、复发和生存率相关的差异。总之，DNA甲基化分析是一种有前景的工具，用于将TNBC患者分为生物学相关的群体，这可能导致更好的疾病表征并揭示新型治疗的潜在靶点。版权所有© 2023。Elsevier Inc.出版。

细胞内积累研究是金属药物开发的关键步骤，但常常会得到可变的结果。因此，我们旨在研究不同的方案，以寻求高效和可重复的溶解癌细胞的方法，以确定细胞裂解物中的蛋白质含量和鲁铂抗癌配合物[氯化（8-氧喹啉基）（η6-对二甲苯）二茂铷（II）]（[Ru(cym)(HQ)Cl]）进入细胞的研究。物理裂解方法渗透和超声波裂解法被选择与化学裂解法放射免疫沉淀试验缓冲液（RIPA）进行比较。基于蛋白质含量和用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）测定的裂解物中总鲁铂含量，RIPA缓冲液是最高效的裂解方法。对塑料吸附阴性对照的测量结果显示，RIPA缓冲液裂解样品中较高的鲁铂含量可能是由于与渗透和超声波裂解相比，RIPA缓冲液从塑料孵育板中提取了更多的鲁铂。总体上，我们发现选择裂解方法应与所需信息相匹配，我们建议最少干扰的渗透法可能是处理不稳定药物-生物分子复合物的最佳选择。对于旨在测量鲁铂配合物整体细胞摄取的实验，发现差异很小。© 2023年作者。由牛津大学出版社出版。

PI3K/AKT/mTOR（PAM）信号通路是真核细胞中一种高度保守的信号转导网络，促进细胞存活、细胞生长和细胞周期进程。在PAM轴中，生长因子通过多重交叉作用与其他几种信号通路严格调控转录因子的信号传导，并且信号传导的失调可能会导致癌症的发展。PAM轴是人类癌症中最常活化的信号通路，常常与抗癌治疗的耐药性有关。这一通路的组分失调，如PI3K的高活性、PTEN的失活、AKT的增益功能，是导致癌症治疗耐药性和疾病进展的臭名昭著的推动因素。本文综述了癌症中PAM信号通路的主要失调，并讨论了PI3K、AKT和mTOR抑制剂作为单药治疗以及与其他抗肿瘤药物联合治疗在临床试验中的结果，作为克服治疗耐药性的策略。最后，还讨论了PAM信号靶向治疗的主要耐药机制，包括PAM信号在免疫学和免疫疗法中的作用。©2023年 BioMed Central Ltd., Springer Nature的一部分。