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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2023

YueyiLi,PeixinDu,Hao...
Integrative models of histopathological images and multi-omics data predict prognosis in endometrial carcinoma.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
本研究旨在利用组织病理学图像预测子宫内膜癌(EC)的分子特征和EC患者的总生存期(OS)。采用癌症基因组图谱(TCGA)中的患者,按1:1比例分为训练集(n = 215)和测试集(n = 214)。通过分析定量组织病理学图像特征并建立经交叉验证验证的随机森林模型,我们构建了OS的预测模型。模型性能用时间相关接收操作特征曲线(AUC)在测试集上进行评估。基于组织病理学图像特征(HIF)的预测模型预测了测试集上的OS(5年AUC = 0.803)。组织病理学与组学相结合的综合模型的性能优于基因组学、转录组学或蛋白组学单独使用。此外,包括HIF、基因组学、转录组学和蛋白组学在内的多维组学数据在1年、3年和5年分别达到了最大的AUC值为0.866、0.869和0.856,展示了生存率上最高的差异(HR = 18.347,95% CI [11.09-25.65],p < 0.001)。实验结果表明,HIF的互补特征可以提高EC患者的预后性能。此外,HIF和多维组学数据的整合可能改善临床实践中的生存预测和风险分层。© 2023 Li等。
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Frontiers in Endocrinology
2023

ZhenyuMa,ShupingYang...
Development and validation of prediction models for the prognosis of colon cancer with lung metastases: a population-based cohort study.
Frontiers in Endocrinology
目前关于结直肠癌肺转移(CCLM)预后模型的研究还不足。本研究旨在构建和验证CCLM患者整体生存(OS)和癌症特异性生存(CSS)概率的预测模型。从监测、流行病学和结果(SEER)数据库中收集了1,284名CCLM患者的数据。根据计算机生成的随机数以7:3(按存活时间分层)的比例随机分配病人到开发集和验证集。通过最小绝对收缩和选择算子(LASSO)和多变量Cox回归进行预测因素筛选,将合适的预测因素输入Cox比例风险模型来构建预测模型。校准曲线、一致性指数(C-index)、时间依赖性接收者操作特征曲线(ROC曲线)和决策曲线分析(DCA)用于对模型进行验证。根据模型预测的风险评分,将患者分为低风险组和高风险组。Kaplan-Meier(K-M)曲线和log-rank检验用于低风险组和高风险组的生存分析。在LASSO和多变量Cox回归的基础上,有六个变量与OS和CSS显著相关(即肿瘤分级、AJCC T分期、AJCC N分期、化疗、CEA、肝转移)。在开发集、验证集和扩展测试集中,OS和CSS预测模型的AUC和C-index均大于或接近0.7,表明模型具有良好的预测性能。总体上,这两个模型的校准曲线与对角线吻合。DCA显示,模型的临床效益优于任何单个风险因素。生存分析结果显示,高风险组的预后较低风险组差,这表明该模型对不同预后的患者具有显著辨识能力。经验证后,我们构建的CCLM预测模型是可靠的,可以预测未来1、3和5年内CCLM患者的OS和CSS,为临床预后评估和个体化治疗提供有价值的指导。版权所有©2023 Ma、Yang、Yang、Luo、Zhou和Yang。
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Frontiers in Endocrinology
2023

YuichiroIwamoto,Tomo...
Immune checkpoint inhibitor-induced hypothyroidism predicts treatment response in Japanese subjects.
Frontiers in Endocrinology
免疫检查点抑制剂(ICIs)会导致各种免疫相关的不良事件(irAEs)。其中,甲状腺功能异常是最常见的。患有irAEs的患者的生存率比没有irAEs的患者要高,但目前还无法确定甲状腺功能异常的程度是否与ICIs治疗的反应或生存率相关。
本研究是一项单中心、回顾性、观察性研究。研究纳入了2014年9月1日至2022年5月31日期间在川崎医学院医院接受ICIs治疗的466名患者,并评估了ICIs治疗后甲状腺功能异常的程度及生存和缓解率。TSH小于10 μIU/mL的原发性甲状腺功能减退被归类为一级,TSH大于10 μIU/mL或需要服用左甲状腺素的原发性甲状腺功能减退被归类为二至四级。
研究参与者的平均年龄为68.2 ± 10.3岁,男性参与者的比例为72.6%。研究参与者中ICIs诱导的甲状腺功能异常的发生率为28.2%。与NTF组相比,在接受ICIs治疗时,一级和二至四级的TSH水平显著升高(p<0.0001)。ICI治疗后1年的生存率在一级组为64.9%,二至四级组为88.9%,而NTF组为52.1%(p<0.0001)。ICI治疗时的肿瘤分期在各组间没有差异(p=0.68)。然而,按照RECIST标准评估的缓解率在二至四级组中显著高于NTF组(p<0.0001)。
ICI诱导的甲状腺功能异常与生存率、观察时间平均值和治疗缓解率显著相关。在接受ICIs治疗的患者中定期监测甲状腺激素水平非常重要。
版权所有 © 2023 Iwamoto, Kimura, Dan, Ohnishi, Takenouchi, Iwamoto, Sanada, Fushimi, Katakura, Shimoda, Nakanishi, Mune, Kaku and Kaneto.
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Frontiers in Endocrinology
2023

HaoliMao,HuiminHuang...
High preoperative blood oxaloacetate and 2-aminoadipic acid levels are associated with postoperative delayed neurocognitive recovery.
Frontiers in Endocrinology
本研究旨在确定与手术后延迟神经认知恢复(dNCR)发展相关的术前血液生物标志物。共评估了67名接受头颈肿瘤切除术的全身麻醉患者(≥65岁),并使用迷你精神状态检查(MMSE)和蒙特利尔认知评估(MoCA)进行评估。术前血清代谢组学采用广泛靶向代谢组学技术进行确定。在这67名患者中,发现25例患者发展为dNCR,并与其余42例未发展为dNCR的患者中随机选择的25例患者进行匹配。根据正交部分最小二乘判别分析中的重要变量投影>1.0的标准,虚拟发现率<0.05,以及折叠变化>1.2或<0.83以减少误报阳性,选择了差异代谢物。术前血清草酸乙酰甲酯(OR: 1.054,95% CI: 1.027-1.095,P = 0.001)和2-氨基己二酸(2-AAA)(OR: 1.181,95% CI: 1.087-1.334,P = 0.001)在麻醉持续时间、教育和年龄调整后与术后dNCR相关。草酸乙酰甲酯和2-AAA的曲线下面积分别为0.86(灵敏度:0.84,特异度:0.88)和0.86(灵敏度:0.84,特异度:0.84)。在年龄、教育水平和手术时间调整后,术前高水平的草酸乙酰甲酯和2-AAA也与术后MoCA(β: 0.022,95% CI: 0.005-0.04,P = 0.013,针对草酸乙酰甲酯;β: 0.077,95% CI: 0.016-0.137,P = 0.014,针对2-AAA)和MMSE(β: 0.024,95% CI: 0.009-0.039,P = 0.002,针对草酸乙酰甲酯;β: 0.083,95% CI: 0.032-0.135,P = 0.002,针对2-AAA)评分降低相关。术前高血液水平的草酸乙酰甲酯和2-AAA与术后dNCR风险增加相关。
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Frontiers in Immunology
2023

NanJiang,BinyanZhong...
Transarterial chemoembolization combined with molecularly targeted agents plus immune checkpoint inhibitors for unresectable hepatocellular carcinoma: a retrospective cohort study.
Frontiers in Immunology
为了回顾性评估和比较经肝动脉化疗栓塞联合分子靶向药物和免疫检查点抑制剂(TACE+T+I)与经肝动脉化疗栓塞联合分子靶向药物(TACE+T)治疗不可切除型肝细胞癌(uHCC)的疗效和安全性。我们回顾性分析了2018年1月至2022年6月间不可切除的HCC患者的数据。根据纳入标准筛选患者,并将其分为三联合组(TACE+T+I)和双联合组(TACE+T)。主要结局指标包括总生存期(OS)、无进展生存期(PFS)和不良事件(AEs)。次要结局指标包括客观缓解率(ORR)和疾病控制率(DCR)。通过Cox回归分析确定与PFS和OS相关的危险因素。
本研究共纳入87例患者,其中TACE+T+I组42例,TACE+T组45例。在中位随访时间为29.00和26.70个月的情况下,接受TACE+T+I疗法的患者显著获得了较长的中位OS(24.00 vs. 21.40个月,p = 0.007)和中位PFS(9.70 vs. 7.00个月,p = 0.017);两组中没有发生4级AEs或治疗相关死亡。两组中与系统药物相关的3级AEs没有显著差异(19.0% vs. 15.6%,p = 0.667)。与TACE+T组相比,TACE+T+I组的患者在肿瘤反应方面表现更好,ORR为52.4% vs. 17.8%(p = 0.001)。两组之间的DCR没有显著差异(83.3% vs. 77.8%,p = 0.514)。Cox回归分析显示,只有治疗方法是OS的独立因素,年龄和治疗方法都是与PFS相关的独立因素。
与TACE加分子靶向药物(TACE+T)相比,三重治疗(TACE+T+I)可以改善不可切除HCC患者的生存和肿瘤反应,并且毒副反应可控。版权所有© 2023 Jiang, Zhong, Huang, Li, Zhang, Zhu, Ni and Shen.
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Frontiers in Immunology
2023

KaiWang,LinGui,Haizh...
Efficacy and safety of pembrolizumab with preoperative neoadjuvant chemotherapy in patients with resectable locally advanced head and neck squamous cell carcinomas.
Frontiers in Immunology
本研究旨在探讨Pembrolizumab联合化疗作为新辅助治疗在可切除局部晚期头颈部鳞状细胞癌(LA-HNSCC)患者中的疗效和安全性。在这项前瞻性、单臂、单中心临床试验中,符合纳入标准的患者接受200mg的Pembrolizumab联合75mg/m2的顺铂和175mg/m2的紫杉醇作为术前新辅助治疗。随后进行手术和术后辅助治疗。主要终点指标为术后病理学完全缓解(pCR)率。所有统计分析使用SPSS 26进行。共纳入了22位患者。原发病灶的位置分布情况为:下咽15例(68.2%),咽腔6例(27.3%),口腔1例(4.5%)。术后pCR率为36.4%(8/22),无手术延迟因不良药物反应。喉功能保留率为90.9%(20/22)。迟发性伤口愈合是主要的手术并发症,发生率为22.7%(5/22)。中位随访时间为9.5个月,只有1例患者(4.55%)出现局部复发。可切除LA-HNSCC的术前Pembrolizumab联合化疗具有较高的pCR率且对手术安全性无显著影响。该治疗发现可以提高喉功能保留率。然而,新辅助免疫治疗在LA-HNSCC的长期预后方面的影响需要进一步研究。版权所有© 2023 王,桂,陆,何,李,刘,刘和王。
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Frontiers in Immunology
2023

JianfengShu,JinniJia...
Identification of novel gene signature for lung adenocarcinoma by machine learning to predict immunotherapy and prognosis.
Frontiers in Immunology
肺腺癌(LUAD)作为肺癌的常见类型,在晚期肺癌患者中的5年总生存率低于20%。本研究旨在构建一个风险模型,以有效指导LUAD患者的免疫治疗。我们从The Cancer Genome Atlas(TCGA)和Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中收集了用于模型构建的LUAD Bulk RNA-seq数据,用于细胞簇分析的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据(GSE203360),以及用于验证的微阵列数据(GSE31210)。我们使用Seurat R软件包对scRNA-seq数据进行筛选和处理。使用ConsensusClusterPlus R软件包进行样本聚类。使用Limma R软件包挖掘出两组之间的差异表达基因(DEGs)。使用MCP-counter,CIBERSORT,ssGSEA和ESTIMATE评估免疫特点。进行分步多变量分析,单变量Cox分析和Lasso回归分析以鉴定关键的预后基因,并用于构建风险模型。使用RT-qPCR和Western blot分析探索关键的预后基因表达。共确定了27个与预后相关的免疫细胞标记基因,用于将LUAD样本分为C3、C2和C1三个簇。C1具有最长的总生存期和最高的免疫浸润,其次是C2和C3。与其他两个簇相比,C3中的VEGF、EFGR和MAPK等致癌途径更为活跃。根据各簇之间的DEGs,我们确认了包括CPA3、S100P、PTTG1、LOXL2、MELTF、PKP2和TMPRSS11E在内的7个关键预后基因。由七基因风险模型定义的两个风险组在免疫治疗和化学治疗、免疫浸润和预后方面呈现出不同的反应。在临床肿瘤组织中,CPA3的mRNA和蛋白水平降低,而其他六个基因的水平升高。免疫细胞标记基因可有效将LUAD样本聚类为不同亚型,并在调节免疫微环境和癌症发展中发挥重要作用。此外,这个七基因风险模型可以作为LUAD患者个体化治疗的指导。版权所有 © 2023 Shu、Jiang和Zhao。
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Arthritis & Rheumatology
2023

OussamaGNasrallah,Ra...
Systemic Mastocytosis: A Mimicker of Reactive Arthritis.
Arthritis & Rheumatology
在没有感染病因的情况下,病例中出现了全身性肥大细胞增生症模拟反应性关节炎的情况。回顾患者的病历记录。我们报告了一个全身性肥大细胞增生症复发的病例,患者出现了伴随着膝盖单关节炎、膀胱炎和双侧结膜炎的全血细胞减少症状,这些症状同时在2-4天的时间间隔内发生,模拟出了反应性关节炎的表现,而没有感染病因。我们的病例展示了反应性关节炎的特征(尿道炎、结膜炎和关节炎三联症),但并没有感染的触发因素,而是肥大细胞增生症的复发。在没有感染病因的情况下,我们在面对这样的临床情况时应该放宽思路。在排除潜在感染后,应考虑有恶性肿瘤的反应性关节炎。版权所有 © 2023 Oussama G. Nasrallah et al.
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Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle
2023 Aug 15

KazuhiroMaeta,ManalF...
A novel splice variant of the human MSTN gene encodes a myostatin-specific myostatin inhibitor.
Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle
由3个外显子编码的肌生发育抑制素(MSTN)基因编码的肌生发育抑制素是骨骼肌生长的强大负调节因子。虽然已经发明了各种肌生发育抑制素抑制剂以增加肌肉质量治疗肌肉消耗性疾病,但目前还没有有效的抑制剂可供临床使用。已经报道了几种动物中的肌生发育抑制素亚型可以抑制肌生发育抑制素,但人类MSTN基因中的亚型从未被鉴定出来,这是一种在动物中具有保守性的基因。在这里,研究了人类MSTN基因的剪接变体。转录本和蛋白质通过逆转录聚合酶链式反应扩增和免疫印迹分析。蛋白质通过表达质粒来表达。肌生发育抑制素信号通过SMAD响应性荧光素酶活性来检测。细胞增殖通过细胞计数试剂盒-8(CCK-8)试验和细胞计数试验来检测。细胞周期通过FastFUCCI系统进行分析。在CRL-2061横纹肌肉瘤细胞的全长MSTN转录本的逆转录聚合酶链式反应扩增中发现了两个带有预期较大产物的厚带和一个带有额外小尺寸产物的薄带。小尺寸产物的测序显示在外显子3的5'端有一个963 bp的缺失,形成一个包含不寻常剪接受体TG dinucleotides的外显子3s。这个新变体在其他人类细胞系中鉴定出来,尽管在骨骼肌中并未鉴定出来。由新变体编码的251氨基酸亚型(myostatin-b)在CRL-2061横纹肌肉瘤细胞中得到鉴定。将myostatin-b表达质粒转染到CRL-2061和肌母细胞中抑制内源性肌生发育抑制素信号(分别为44%,P < 0.001和63%,P < 0.001)。此外,myostatin-b抑制重组肌生发育抑制素诱导的肌生发育抑制素信号(68.8%,P < 0.001)。相比之下,myostatin-b不抑制重组生长分化因子11诱导的肌生发育抑制素信号(9.2%,P = 0.70),转化生长因子β(+3.1%,P = 0.83)或活化素A(+1.1%,P = 0.96)。这些结果表明了myostatin-b的肌生发育抑制素特异性抑制作用。值得注意的是,myostatin-b在肌母细胞中的表达显著增强了细胞增殖,通过CCK-8和直接细胞计数试验分别高于模拟转染细胞组(60%,P<0.05和39%,P<0.05)。与模拟转染细胞组相比,myostatin-b显著增加了S期细胞的百分比(53% vs. 80%,P<0.05)。我们克隆了一种由非正常剪接产生的新型人类MSTN变体。这个变体编码了一种新型肌生发育抑制素亚型myostatin-b,它通过特异性肌生发育抑制素形式抑制肌生发育抑制素信号,并通过改变细胞周期增强肌母细胞增殖。myostatin-b具有肌生发育抑制素特异性抑制活性,可以作为天然肌生发育抑制素抑制剂的开发候选物。© 2023 The Authors. Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle published by Wiley Periodicals LLC.
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Immunity & Ageing
2023 Oct

JiangrongWang,EvaHer...
High coverage and adherence to dose intervals of the national school-based HPV vaccination program in Sweden during 2012-2019.
Immunity & Ageing
对接种覆盖率进行密切监测对于宫颈癌预防工作至关重要。本研究旨在描述瑞典儿童免疫计划适龄接种HPV疫苗的女孩的疫苗接种覆盖率,并对剂次时序遵从性进行估计。从瑞典的疫苗登记中获得了2012年至2019年3月出生于2000-2006年间的女孩的疫苗接种记录。采用相应出生群体的人口中位数数作为分母。通过地区计算了两剂和三剂方案下的全剂疫苗覆盖率和至少接种一剂疫苗的覆盖率。在两剂方案下计算了剂次遵从性。2001-2006年出生的出生群体中,至少接种一剂疫苗的疫苗覆盖率>80%。两剂和三剂方案下的全剂疫苗覆盖率分别为2004-2005年出生的出生群体73.4%和2000-2001年出生的出生群体56.3%。在不同地区的疫苗接种覆盖率之间变化很小。在两剂方案的剂次完成率为91.8%,而在三剂方案的剂次完成率为72.8%。在接受两剂方案的女孩中,93.0%的女孩在第一剂疫苗接种后6-12个月接种了第二剂。总之,我们观察到了高水平的HPV疫苗接种覆盖率,并且地区之间差异很小。两剂方案中的剂次时序遵从性尤其高。为了充分受益于HPV疫苗的影响,进一步推动疫苗接种覆盖率并接种那些不完全参与HPV疫苗接种的女孩至关重要。© 2023 Published by Elsevier Inc.
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