肿瘤类器官

研究动态

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肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS

JoshuaMWang,RunyuHon...

Deep learning integrates histopathology and proteogenomics at a pan-cancer level.

CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS

我们引入了一种开创性的方法，将病理学成像与转录组学和蛋白组学相结合，以识别与癌症的关键临床结果相关的预测性组织学特征。我们利用了来自CPTAC的6种癌症类型的657名患者的2,755张H&E染色组织病理学切片。我们的模型有效地复制了人类病理学家容易进行的区分：肿瘤与正常组织（AUROC=0.995）和组织起源（AUROC=0.979）。我们进一步研究了在H&E alone中通常不执行的预测性任务，包括TP53预测和病理分期。重要的是，我们描述了以前在临床实践中未被利用的预测性形态学特征。转录组学和蛋白组学的整合确定了驱动预测性组织学特征的通路级签名和细胞过程。通过使用TCGA确认了模型的推广能力和可解释性。我们提出了这些任务的分类系统，并提出了这种集成人和机器学习方法的潜在临床应用。一个公开可用的基于网络的平台实现了这些模型。版权所有 © 2023 The Author(s). 由Elsevier Inc.发表。保留所有权利。

CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS

PawełStachura,WeiLiu...

Unleashing T cell anti-tumor immunity: new potential for 5-Nonloxytryptamine as an agent mediating MHC-I upregulation in tumors.

CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS

在黑色素瘤中，迫切需要新的治疗方法，尤其是对免疫疗法和激酶抑制剂无反应的晚期患者。为了发现T细胞抗肿瘤免疫力的新潜能，我们进行了一项离体药物筛选，并确定了5-壬氧色胺（5-NL）作为一种增强T细胞靶向肿瘤细胞能力的血清素激动剂。药物筛选利用淋巴细胞性脑膜炎病毒（LCMV）免疫灌注的脾脏T细胞和表达LCMV gp33 CTL表位的黑色素瘤B16.F10细胞。我们采用C57BL/6 J和NSG小鼠的体内肿瘤生长、体内抗体耗尽、流式细胞术、免疫印迹、CRISPR/Cas9基因敲除、组织学和RNA-Seq分析来解析5-NL在体内外的免疫调节效应。5-NL延缓了体内肿瘤的生长，并且其表型依赖于宿主的免疫系统，特别是CD8+ T细胞。 5-NL的亲免疫效应与T细胞无直接关系。相反，5-NL在体内外上调了黑色素瘤和其他肿瘤细胞的抗原递呈机制，而不增加PD-L1的表达。机制研究表明，5-NL诱导的MHC-I表达受到了抑制性cAMP反应元件结合蛋白（CREB）磷酸化的药物抑制。重要的是，与单独应用抗PD1治疗相比，5-NL结合抗PD1治疗在疗效方面显示出显著的改善。这项研究展示了在免疫原性较差的肿瘤中增强免疫应答的新治疗机会。© 2023年 BioMed Central Ltd., Springer Nature旗下的一部分。

MariaVirginiaRuizCue...

BamQuery: a proteogenomic tool to explore the immunopeptidome and prioritize actionable tumor antigens.

非编码基因区域和突变所产生的MHC-I相关肽段可以产生肿瘤特异性抗原，包括新抗原。对恶性和良性组织中肿瘤特异性抗原的RNA表达进行定量是区分可行靶点的关键。我们提出了BamQuery，这是一个工具，可以将任何来源的批量和单细胞RNA测序数据中的MHC-I相关肽段与详尽的RNA表达进行关联。我们展示了许多秘密的和突变的肿瘤特异性抗原可以来自于多个离散的基因组区域，在正常组织中表达丰富。BamQuery还可以用于预测MHC-I相关肽段的免疫原性，并新鲜地识别可行的肿瘤特异性抗原。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.

Cellular & Molecular Immunology

RuijuanWang,Huanhong...

Identification of prognostic biomarkers of breast cancer based on the immune-related gene module.

Cellular & Molecular Immunology

乳腺癌（BC）是高度恶性的肿瘤，其病死率仍然很高。免疫疗法的发展逐渐改善了患者的预后和生存率。因此，识别与BC免疫相关的分子标志物对于该疾病的治疗非常重要。本研究以癌基因组图谱-乳腺浸润性癌（TCGA-BRCA）作为训练集，以来自基因表达全景数据库的乳腺癌表达数据集作为验证集。使用加权基因共表达网络分析结合皮尔逊分析和肿瘤免疫评估资源（TIMER）获取免疫细胞相关的关键基因模块。对该模块进行基因本体论分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。然后，结合Kaplan-Meier的受试者工作特征曲线用于评估模型的有效性。通过单样本基因集富集分析和CIBERSORT分析差异的免疫特征，并通过GenVisR分析基因突变频率的差异。最后，通过定量逆转录聚合酶链式反应（qRT-PCR）验证了乳腺癌细胞中预后特征基因的表达水平。本研究成功挖掘了TCGA-BRCA中的免疫相关基因模块，并建立了一个由五个基因（TNFRSF14、NFKBIA、DLG3、IRF2和CYP27A1）组成的预后模型。这个预后模型能够有效预测BC患者的预后和生存率。结果显示，高风险组中，人类白细胞抗原相关蛋白和巨噬细胞M2评分明显高表达，而CD8+ T细胞、自然杀伤细胞、M1和其他抗肿瘤细胞低表达。该模型可以作为一个独立的预后因子，用于预测BC患者的预后。qRT-PCR验证结果与数据库中的结果一致，即除了DLG3外，其他四个特征基因在BC中表达较低。本研究建立的五基因模型可以有效预测乳腺癌患者的预后和免疫模式，预计将成为乳腺癌治疗的可行分子靶点。

Cellular & Molecular Immunology

EbtehalMHusseiny,Ham...

Aminopyridone-linked benzimidazoles: a fragment-based drug design for the development of CDK9 inhibitors.

Cellular & Molecular Immunology

目标：采用基于片段的设计和合成方法，实施构建三个新的氨基吡啶酮连接苯并咪唑衍生物系列，作为潜在的抗癌候选药物，并具有显著的CDK9抑制作用。材料和方法：所有合成的化合物均提交至国家癌症研究所60个细胞系和七剂量细胞毒性测试对三个癌细胞。结果：化合物2、4a、4c、4d、6a和8a表现出显著的细胞毒性和选择性，IC50范围为7.61-57.75 μM。无论是体外还是体内，4a、6a和8a在机理上显示出强效的CDK9抑制作用，IC50值为0.424-8.461 μM。化合物6a能够使细胞周期在S期停滞并在MCF-7细胞中诱导细胞凋亡。结论：化合物6a是一种有希望的CDK9抑制剂，值得进一步研究作为抗癌治疗药物。

Cellular & Molecular Immunology

WanyingChen,KexinShu...

Prognostic value and immune landscapes of immunogenic cell death-related lncRNAs in hepatocellular carcinoma.

Cellular & Molecular Immunology

免疫原性细胞死亡（Immunogenic Cell Death, ICD）和长链非编码RNA（Long Noncoding RNAs, lncRNAs）均与肿瘤发展密切相关，然而在肝细胞癌（Hepatocellular Carcinoma, HCC）中，ICD相关lncRNAs的作用机制仍不清楚。方法：我们从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）数据库中收集了365例HCC患者的数据。我们制定了一个ICD相关lncRNAs的预后标志物和一个预测预后的画图表。为了探究潜在机制并提供临床指导，我们基于风险评分得到的亚组进行了生存分析、富集分析、肿瘤微环境分析、肿瘤突变负荷以及药物敏感性预测。

结果：我们构建了一个由7个ICD相关lncRNAs组成的预后标志物。Kaplan-Meier（K-M）生存曲线显示高风险患者的预后结果较差。预测表与不包含风险模型的预测表相比，具有更高的预测价值。富集分析证实了风险lncRNAs与细胞增殖和有丝分裂密切相关。目前用于治疗的大多数免疫检查点（例如PDCD1、CTLA4）在高风险患者中明显升高。肿瘤微环境分析显示高风险组中淋巴细胞（包括自然杀伤细胞、调节性T细胞等）表达差异明显。高风险组中肿瘤突变负荷（Tumor Mutation Burden, TMB）发生率更高（p=0.004）。化疗药物敏感性预测为个体化治疗提供了有效的指导。人类HCC组织的RT-qPCR验证了模型的准确性。

结论：我们利用7个ICD-lncRNAs构建了一个有效的HCC患者预后标志物，为预后评估和个体化治疗提供了指导。版权所有2023年作者。

Cellular & Molecular Immunology

PingGong,BingweiShi,...

Multiple infections containing the top five prevalent HPV genotypes and their impact on cervical lesions in Changzhou, China.

Cellular & Molecular Immunology

人类乳头瘤病毒（HPV）感染是宫颈癌及其前期病变的主要原因。常州地区HPV基因型的总体流行率已有先前报告。然而，多种HPV感染的分布及其在宫颈损伤中的作用尚未得到充分调查。我们旨在评估常州地区人群中多种HPV感染的患病率。此外，我们分析了与E6和E7（E6/E7）mRNA、液基细胞学和宫颈组织病理异常相关的含前五种高流行HPV的多种HPV感染是否与单一感染有更强的相关性。在本研究中，HPV 16、52、58、53和81是最常见的单一和多种感染中的HPV类型。与单一感染相比，包含HPV 16/52/58的多种感染与E6/E7 mRNA的阳性相关密切。除了HPV 16外，包含其余四种常见HPV的多种感染与不明显意义的非典型扁平上皮细胞或更糟糕的情况相比较，具有显著优势。此外，含前五种高流行HPV的多种感染的女性发生宫颈上皮内瘤变II级或更严重的可能性较单一HPV感染的女性更高。我们的结果显示，含前五种高流行HPV的多种HPV感染在宫颈疾病进展中具有优势，应密切监测。这些发现有助于制定常州地区宫颈癌筛查和疫苗接种的区域预防策略。

Cellular & Molecular Immunology

ErenySWilliem,AhmedB...

In vitro biological activity of cobalt(II) complexes with salicylaldimine ligands in microbial and cancer cells.

Cellular & Molecular Immunology

背景：需要进行更多使用钴配合物作为药物的研究。结果：确定了两种钴水杨醛亚胺的药物作用。这些配合物和重阿莫西林（20mg/ml）抑制了白色念珠菌，其抑菌区直径为9-15和21mm。这两种配体的浓度抑制金黄色葡萄球菌的抑菌区直径为10mm，其中一种配体抑制大肠杆菌的抑菌区直径为9mm，而这些配合物和氨苄青霉素抑制了四种细菌，抑菌区直径为9-20和21-26mm。这些配体对癌细胞和正常细胞无活性，但这些配合物和多柔比星对MCF-7细胞提供了IC50值为28.18-54.19μM，对BHK细胞提供了IC50值为15.76-20.49μM和36.42μM。结论：配合物的活性得到了很大的改善，尽管它们仍不达标准。

Cellular & Molecular Immunology

YaanSong,MingYuan,Gu...

Update Value and clinical application of MUC16 (cancer Antigen 125).

Cellular & Molecular Immunology

最大的跨膜黏蛋白，黏蛋白16（MUC16），具有分子表面上丰富的糖基化位点，使其能够参与各种分子途径。当细胞失去极性并变为癌性时，MUC16被过度表达，更多的细胞外区域（癌胚抗原[CA]125）被释放到血清中，可能促进疾病的发展。因此，MUC16在临床研究和应用中发挥着不可或缺的作用。本综述总结了在癌变和转移中MUC16的最新提出的作用。最重要的是，我们展望了在PubMed上最近十年发表的1226篇文章中，MUC16在靶向治疗中的潜在价值。两名评审人员独立筛选每个记录和检索到的每个报告。我们总结了MUC16/CA125在基础研究和临床应用中的进展，并预测了其可能的未来发展方向。作为妇科疾病诊断中重要的非侵入性因子，MUC16已经被长期使用，尤其是在卵巢癌的诊断和治疗中。MUC16的过度表达在调节炎症反应、支持免疫抑制以及促进癌细胞的增殖、分裂和转移方面发挥了非常明显的作用。在未来的20年中，作为免疫监测和免疫治疗的靶点，MUC16将有着丰富的临床应用。

Cellular & Molecular Immunology

ShaniaPintor,AlmaLop...

FOXO1 promotes the expression of canonical WNT target genes in examined basal-like breast and glioblastoma multiforme cancer cells.

Cellular & Molecular Immunology

基底样乳腺癌（BBC）和恶性胶质母细胞瘤（GBM）是与差预后相关的侵袭性肿瘤。BBC和GBM具有干细胞样基因表达特征，这部分是由于Forkhead Box O（FOXO）转录因子的作用。为了进一步了解FOXO1在BBC中的影响，我们使用AS1842856处理BT549细胞，并进行了RNA测序。AS1842856结合未磷酸化的FOXO1，并抑制其直接结合DNA的能力。基因集富集分析（GSEA）表明，一组WNT信号通路靶基因，在AS1842856处理后表达显著上调，其中包括淋巴增强子结合因子1（LEF1）和转录因子7（TCF7）。这些同样的基因在GBM细胞系U87MG、LN18、LN229、A172和DBTRG处理AS1842856后也得到上调。相反，随后的RNA干扰（RNAi）靶向FOXO1导致BT549和U87MG细胞中LEF1和TCF7基因表达降低。与RNAi实验一致，CRISPR Cas9介导的FOXO1缺失降低了U87MG细胞中经典WNT基因LEF1和TCF7的表达。DNA结合缺乏FOXO1-H215R的外源表达能够恢复FOXO1缺失突变株中TCF7基因表达的丧失。因此，FOXO1以DNA结合非依赖的方式诱导TCF7基因表达，类似于其他已发表的FOXO1激活基因，如TCF4和bHLH转录因子1（HES1）。我们的研究证明，在进行的BBC和GBM细胞中，FOXO1促进了经典WNT基因的表达，类似于果蝇、T细胞发育和小鼠急性髓系白血病（AML）模型中的结果。本文受版权保护，所有权利均保留。