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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 04

AsmitaJotshi,Krishna...
Exploring the human microbiome - A step forward for precision medicine in breast cancer.
Epigenetics & Chromatin
全球第二常见的癌症和女性最常见的恶性肿瘤是乳腺癌。乳腺癌在印度是一个重要的健康问题,其死亡率与发病率之比高,并且在年轻人群中出现频率较高。最近的研究发现肠道菌群是影响乳腺癌发展、治疗和预后的重要因素。本综述旨在描述微生物失调对乳腺癌发生的影响以及肿瘤微生物组和特定乳腺癌分子亚型之间的可能相互作用。此外,本综述还讨论了表观遗传学、饮食/营养对肠道和乳腺微生物组调控的作用,以及其与乳腺癌预防、治疗和复发的相关性。此外,本综述还回顾了微生物组研究的最新技术进展,包括下一代测序(NGS)技术、基因组测序、单细胞测序和微生物代谢组学,以及人工智能的最新进展。该综述试图全面介绍微生物组作为关键癌症生物标志物的现状。我们相信,将微生物组与癌症发生联系起来是重要的,因为它可以揭示微生物失调如何影响癌症发展和进展的机制,从而为微生物组作为预后和个体化治疗工具的潜在应用提供见解。© 2023 The Authors. Cancer Reports published by Wiley Periodicals LLC.
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 04

YongjunQuan,HaoPing,...
RNA-Sequencing Analysis Indicates That N-Cadherin Promotes Prostate Cancer Progression by the Epigenetic Modification of Key Genes.
Epigenetics & Chromatin
N-钙黏附素(cadherin-2 [CDH2])广为人知作为前列腺癌(PCa)侵袭和阉割抵抗的促进剂。然而,N-钙黏附素在PCa进展中的生物学机制尚不清楚。本研究中,我们通过慢病毒转导在LNCaP细胞中过表达了N-钙黏附素,并在PC3细胞中通过慢病毒转导抑制了N-钙黏附素。然后,通过RNA测序(RNA-seq)分析研究了差异表达基因(DEGs)和失调的生物学功能。我们发现13个长非编码RNA(lncRNA)转录本,72个信使RNA(mRNA)转录本和3个整合基因被N-钙黏附素失调。在疾病富集中,骨癌和神经退行性疾病与N-钙黏附素在环状RNA(circRNA;PC3对比LNCaP)和DEG分析(LNCaP_oe_CDH2对比LNCaP_oe_NC)中相关。基因本体论(GO)分析中富集了表观遗传重编程,如核酸结合,染色质和组蛋白修饰(LNCaP_oe_CDH2/NC和PC3_sh_NC/CDH2中的DEGs以及PC3/LNCaP中circRNA的宿主基因)。在通路富集分析中,转录调控失调的癌症,翻译后蛋白修饰,基因表达和通用转录途径在PC3/LNCaP中circRNA的宿主基因以及LNCaP_oe_CDH2/NC和PC3_sh_NC/CDH2中DEGs中被失调。通过TCGA-PRAD数据集验证DEGs揭示了六个癌基因(ARHGEF1,GRAMD1A,GTF2H4,MAPK8IP3,POLD1和PTBP1)同时被N-钙黏附素上调和高级PCa阶段上调。总之,我们在PCa细胞中鉴定了与N-钙黏附素表达相关的多个癌基因和生物学功能。N-钙黏附素可能触发PCa细胞中的表观遗传重编程以促进肿瘤进展。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 07

BinghuaLi,YunzhengLi...
Multiomics identifies metabolic subtypes based on fatty acid degradation allocating personalized treatment in hepatocellular carcinoma.
Epigenetics & Chromatin
分子分类是肝细胞癌(HCC)预后预测和优化精准治疗的有希望的工具。因此,我们旨在基于脂肪酸降解(FAD)途径开发一种分子分类,并对其进行全面的特征化,并评估其在指导个体化治疗方面的能力。我们对41名HCC患者进行了RNA测序(RNA-seq)、PCR阵列、脂质组学、代谢组学和蛋白质组学分析,其中17名患者接受了抗PD-1治疗。我们进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)以探索肿瘤微环境。我们分析了近60个公开可用的多组学数据集。我们评估了FAD亚型与索拉非尼、经动脉化疗栓塞(TACE)、免疫检查点抑制剂(ICI)治疗的关联,在患者群、患者源性异种移植模型(PDX)和自发性小鼠模型中进行了评估。我们基于FAD途径确定了一个名为F亚型(F1、F2和F3)的新的分子分类,根据临床,突变,表观遗传,代谢和免疫特性进行划分。F1亚型表现出高度浸润性的免疫抑制性微环境。我们确定了亚型特异性的治疗策略,其中F1亚型具有最低的FAD活性,对YM-155和Alisertib化合物,索拉非尼,抗PD1,抗PD-L1以及关联的泊珠单抗(T + A)治疗具有响应性,而F3亚型具有最高的FAD活性,对TACE具有响应性。F2亚型处于F1和F3之间的中间状态,可能对T + A联合治疗有响应性。我们提供了FAD亚型可以基于液态活检进行诊断的初步证据。我们确定了三个具有独特临床和生物学特征的FAD亚型,这可以优化个体化的癌症患者治疗并帮助临床决策。版权所有©2023作者。由Wolters Kluwer Health, Inc.出版。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

YimingLi,LuluYu,Jiaj...
The MSH2 c.793-1G>A variant disrupts normal splicing and is associated with Lynch syndrome.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
Lynch综合症(LS)是结直肠癌(CRC)最常见的遗传性癌症易感性疾病,与4个错配修复(MMR)基因中的致病性变体相关。在这篇文章中,我们报道了一个多代华人家族,临床上被诊断为LS。为了确定潜在的致病基因变异,我们从该四代家族中获取了30个全血样本、4个结直肠癌组织样本及其临床数据。通过微卫星不稳定性高(MSI)检测、免疫组织化学(IHC)和全外显子测序(WES),我们进行了MMR/MSI以及底层基因变异的鉴定。我们使用小基因剪接试验和体外剪接试验来探究该变异的功能。通过MSI检测和IHC发现3名患者具有MSI-H和dMMR,全外显子组测序在结直肠癌患者中成功识别出MSH2第4内含子中的一个剪接变异(c.793-1G>A)。Sanger测序验证了WES结果,并通过PCR在家族中发现了携带该变异的所有“健康”个体。生物信息学分析和体外小基因试验显示,致病性变异影响了MSH2基因的剪接过程,生成了两种缺陷转录产物,从而降低了MSH2蛋白的表达水平。因为这些基因突变携带者有较高的LS风险,所以后续他们被建议每1-2年进行结肠镜检查以及其他重要的癌症诊断检查。我们发现了MSH2基因的一个致病性剪接变异(rs863225397,c.793-1G>A),并通过体外研究进一步确认了该突变在本系谱中LS患者中的重要作用。我们的研究表明,MSH2基因的一个剪接突变(c.793-1G>A)引起了LS,并且突出了LS基因测试的重要性。版权所有©2023 Li, Yu, Cui, Yin and Wu.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

Nan-NanChen,Xin-DiMa...
Doxorubicin resistance in breast cancer is mediated via the activation of FABP5/PPARγ and CaMKII signaling pathway.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
乳腺癌是女性中最常见的恶性肿瘤。多柔比星(Dox)耐药是改善乳腺癌患者临床结果的主要障碍之一。本研究旨在探讨FABP信号通路与乳腺癌多柔比星耐药之间的关系。利用CCK-8、Western blot(WB)和共聚焦显微镜技术评估MCF-7/ADR细胞的耐药特性。利用透射电子显微镜、PAS和Oil Red O染色技术鉴定MCF-7和MCF-7/ADR细胞的糖脂代谢特性。通过GEO和WB方法评估FABP5和CaMKII的表达水平。利用流式细胞仪测定细胞内钙离子水平。通过免疫组织化学评估临床乳腺癌患者的肿瘤组织,确定FABP5和p-CaMKII蛋白的表达情况。在存在或缺乏FABP5 siRNA或FABP5特异性抑制剂SBFI-26的情况下,利用CCK-8、WB和集落形成方法研究多柔比星耐药,并检测细胞内钙离子水平。通过分子对接分析探究多柔比星的结合能力。结果表明,我们所使用的MCF-7/ADR细胞是多柔比星耐药的MCF-7细胞。与母细胞MCF-7相比,MCF-7/ADR细胞中FABP5的表达明显增加。在耐药患者中,FABP5和p-CaMKII的表达比敏感个体中增加。通过siRNA或抑制剂抑制FABP5蛋白的表达,可提高MCF-7/ADR细胞对多柔比星的敏感性,降低细胞内钙离子、PPARγ和自噬水平。分子对接结果显示,与已知与耐药相关的蛋白P-GP相比,FABP5与多柔比星的结合能力更强。总之,FABP5介导的PPARγ和CaMKII轴在乳腺癌化疗耐药中发挥关键作用。FABP5是一种潜在可靶向的蛋白和乳腺癌多柔比星耐药治疗的治疗生物标记物。版权所有©2023陈,马,苗,张,韩,阿尔玛马里,黄,陈,刘和苏。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

XintianLyu,SílviaMIl...
Medical Cannabis Received by Patients According to Qualifying Condition in a US State Cannabis Program: Product Choice, Dosing, and Age-Related Trends.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
对参与州级医用大麻计划的患者中的大麻二酚(CBD)和Δ9-四氢大麻酚(THC)的分布了解甚少。明尼苏达大麻计划要求对具有限制配方的大麻产品进行第三方测试,以分配给患者。为了描述患有符合条件的疾病的患者之间的大麻产品的分布、其CBD/THC含量和剂量。这是对明尼苏达州注册的大约50%的接受医用大麻的用户进行的回顾性分析(2016年6月16日至2019年11月15日)。数据包括配方、CBD/THC处方剂量和符合条件的疾病。主要终点是使用日剂量和使用时间来计算的。进行了CBD和THC的总日剂量分发、患者年龄和批准产品的比较。使用了非参数统计检验(显著性水平为p < 0.05)。共有11,520名患者登记,有1个符合条件。最常见的条件是顽固性疼痛(60.0%)。分发持续时间的中位数从53天(癌症)到322天(肌肉痉挛)不等。大多数(≥62.8%)患者在所有符合条件的疾病中接受了CBD和THC。老年人(≥65岁)与顽固性疼痛相关的中位数THC剂量较年轻成年人较低(p < 0.0001),对于患有癌症的患者也是如此(p = 0.0152)。与癫痫病患者相比,CBD剂量的情况也是如此(p = 0.0498)。对于具有食品和药物管理局指示的商业产品,与癫痫患者(Epidiolex:Jazz Pharmaceuticals,Palo Alto CA)的推荐剂量相比,中位数CBD总日剂量降低了86.9%,对于癌症患者,中位数THC总日剂量降低了65.3%(Syndros:Benuvia Manufacturing,Round Rock,TX)或79.3%(Marinol:Banner Pharmacaps,Inc.,High Point,NC)。大多数患者接受含有CBD和THC的产品。剂量因年龄组而异,而且对于食品和药物管理局批准的产品,剂量低于推荐剂量。THC和CBD的复杂药动学、生理学上的年龄相关变化、未知的疗效以及可能的药物相互作用都增加了监控接受大麻产品的患者的需求。(Curr Ther Res Clin Exp. 2023; 84:XXX-XXX)。© 2023 The Authors.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Aug 18

JulienGrogg,RemiVern...
Engineering a versatile and retrievable cell macroencapsulation device for the delivery of therapeutic proteins.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
微囊化细胞疗法在传递高效疗效的治疗蛋白至患者体内,改善慢性疾病管理方面具有巨大潜力。然而,目前尚未验证一种适用于临床应用的生物相容性、可扩展性和易于施用、取出或更换的多功能包埋装置。在这里,我们报告了一种适用于蛋白质传递的不受载体限制的大胶囊包埋装置,并优化了其功能特性。该装置与粘附和悬浮细胞兼容,并且可以在不繁琐的手术过程中施用和取出。我们表征了其生物相容性,并展示了不同细胞系产生的不同治疗蛋白质可以组合在该装置中。我们证明了植入到人体皮肤中的细胞因子分泌细胞在激活抗原呈递细胞方面的能力,这可能成为癌症免疫治疗中有效的佐剂策略。我们相信,我们的装置可能为癌症、代谢性疾病和蛋白质缺乏疾病的细胞疗法做出贡献。© 2023 作者
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

AnnaBold,HeikeGross,...
An optimized cultivation method for future in vivo application of γδ T cells.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
γδ T细胞,以其既具有先天免疫系统,又具有后天免疫系统的特性,在癌症的细胞免疫治疗中是合适的候选者。由于它们的非主要组织相容性复合物(MHC)结合T细胞受体,可以进行异基因转移而没有相关的移植物抗宿主反应。近年来,通过使用双膦酸盐和白细胞介素2对γδ T细胞进行离体扩增和刺激已经积累了丰富经验。然而,许多当前的刺激方案都是基于使用异种材料和其他潜在危险的补充剂,与良好生产规范(GMP)的基本原则相矛盾。遵守GMP的概念和当前的指南是生产细胞治疗产品(ATMP)如细胞疗法的最新技术水平,并且对于在规章制度的视角下进行临床使用是必要的。在本研究中,我们开发了一种新的刺激方案,能够显著增加γδ T细胞数量,并使其更容易从研究过渡到临床应用,并减少规管工作量。它可可可可可可。我们的研究发现γδ T细胞纯度超过90%,与我们先前的标准流程相比,改善了体外抗肿瘤活性。此外,通过研究未刺激的γδ T细胞的特性与刺激的γδ T细胞的增殖率和脱颗粒能力之间的相关性,我们可以对合适的供体得出结论。最后,我们研究了使用唑来磷酸盐脉冲和/或使用白细胞介素15与或不使用白细胞介素2是否可以改善扩增。在内源性和抗体依赖的细胞介导细胞毒性方面取得了显著的改善。我们的结果表明,这里提出的刺激方案导致了改进的γδ T细胞产品,适用于未来的临床应用。©2023 Bold, Gross, Holzmann, Knop, Hoeres and Wilhelm 版权所有。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Aug 04

FengDeng,JohannaSist...
Inhibition of Efflux Transporters by Poly ADP-ribose Polymerase (PARP) Inhibitors.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
已经批准了多种癌症治疗的聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)抑制剂。它们具有相似的作用机制,但在药代动力学特性和药物间相互作用(DDI)方面存在差异。该研究评估了PARP抑制剂(尼拉帕尼、奥拉帕尼和鲁卡帕尼)与他汀类药物(阿托伐他汀和瑞舒伐他汀)之间的潜在ATP结合盒转运蛋白介导的相互作用。我们使用囊泡转运实验研究了PARP抑制剂对乳腺癌耐药蛋白(BCRP)、多药耐药相关蛋白3(MRP3)和P-糖蛋白(P-gp)的抑制活性,并确定了50%抑制所需的浓度(IC50)。然后,我们使用机械静态模型预测了PARP抑制剂给药后他汀类药物暴露增加的情况。鲁卡帕尼是BCRP介导的瑞舒伐他汀转运的最强抑制剂(IC50为13.7μM),其次是尼拉帕尼(42.6μM)和奥拉帕尼(216μM)。PARP抑制剂不影响MRP3。尽管尼拉帕尼似乎能抑制P-gp,但抑制作用存在较大变异性。预测鲁卡帕尼、尼拉帕尼和奥拉帕尼对肠道BCRP的抑制将分别使瑞舒伐他汀的曝光增加52%、37%和24%。PARP抑制剂与瑞舒伐他汀之间的相互作用可能单独对临床意义较小,但结合其他易感因素可能会增加瑞舒伐他汀相关的不良反应风险。本文受版权保护。保留所有权利。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

KishoOno,TakanoriEgu...
Large-Scale Databases and Portals on Cancer Genome to Analyze Chaperone Genes Correlated to Patient Prognosis.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
分子伴侣蛋白,如热休克蛋白(HSPs),已经引起了人们的关注,因为它们参与了癌症恶性事件,并有潜在的治疗靶点和肿瘤治疗的生物标记。此外,伴侣蛋白的突变会显著影响癌症的风险和预后。生物信息学是一种特别有用的方法,可以作为数据的即时临床应用的实际考虑来开发生物标记。如今,许多大规模的癌症基因组数据库和门户都是公开可用的,包括国际癌症基因组联盟(ICGC)、癌症基因组图谱(TCGA,现已更名为基因组数据共享库(GDC))、癌症体细胞突变目录(COSMIC)和癌细胞系百科全书(CCLE)。参考这些数据库,已经公开了先进的网络门户,包括cBioPortal、人蛋白质图谱(HPA)、Kaplan-Meier(KM)绘图器、基因表达谱互动分析2(GEPIA2)、癌症中药敏感性基因组学(GDSC)和依赖力地图(DepMap)。在这里,我们整理了这些数据库和门户,以澄清当前癌症研究中有哪些可用和有用的内容,并提供使用HPA、KM绘图器和GEPIA2进行癌症患者伴侣基因研究的协议。利用这些门户将揭示肿瘤亚型特异性伴侣基因高表达与患者预后之间的相关性。我们的方案对提高人们对伴侣蛋白的系统意识,寻找诊断和预后的新生物标记以及新的抗癌药物靶点具有实用价值。© 2023作者,Springer Science+Business Media, LLC, Springer Nature的独家许可证下。
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