肿瘤类器官

研究动态

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肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

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肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

DouyueLi,ZhuochaoMin...

ExpOmics: a comprehensive web platform empowering biologists with robust multi-omics data analysis capabilities.

高通量技术产生了广泛的多组学数据集，为复杂的生物系统提供了无与伦比的见解。然而，考虑到物种多样性、数据类型、成本和可用工具的局限性等因素，有效分析这些多样化的数据面临着挑战。在此，我们推出了 ExpOmics，这是一个综合性网络平台，具有 7 个应用程序和 4 个工具包，其中包含 28 个应用程序。可定制的分析功能涵盖差异表达、共表达、加权基因共表达网络分析 (WGCNA)、特征选择和功能富集的各种分析。 ExpOmics允许用户上传和探索不受生物体限制的多组学数据，支持各种表达数据，包括基因、mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA、piRNA和蛋白质，并兼容多种基因命名法和表达值。此外，ExpOmics 使用户能够分析来自癌症基因组图谱计划 (TCGA) 63 个项目的 196 种癌症亚型的 22,427 个转录组数据集，以识别癌症生物标志物。 ExpOmics 的分析结果以适合出版的高质量图形格式呈现，并且可以免费下载。使用 ExpOmics 进行的案例研究发现了两种潜在的致癌基因：SERPINE1 和 SLC43A1，它们可能通过不同的生物过程调节结直肠癌。总之，ExpOmics 可以作为全球研究人员探索多组学数据、获得生物学见解并制定可检验假设的强大平台。ExpOmics 的网址为：http://www.biomedical-web.com/expomics.zhangwl25@mail3 .sysu.edu.cn。补充数据可在生物信息学在线获取。© 作者 2024。牛津大学出版社出版。

SamsonWeiner,Bingjun...

Improved allele-specific single-cell copy number estimation in low-coverage DNA-sequencing.

全基因组单细胞 DNA 测序 (scDNA-seq) 的进步促进了多种检测拷贝数畸变 (CNA) 的方法的发展，拷贝数畸变是癌症遗传异质性的关键驱动因素。虽然大多数这些方法仅限于推断总拷贝数，但最近的一些方法现在使用创新技术来推断等位基因特异性 CNA，以估计低覆盖度 scDNA-seq 数据中的等位基因频率。然而，这些现有的等位基因特异性方法在其分割策略方面受到限制，而分割策略是 CNA 检测流程中的关键步骤。我们提出了 SEACON（等位基因特异性 COpy 数的单细胞估计），这是一种用于 scDNA 的等位基因特异性拷贝数分析器序列数据。 SEACON 采用高斯混合模型 (GMM) 来识别跨细胞的连续片段之间的潜在拷贝数状态和断点，使用集成技术过滤片段以获得高质量断点，并采用多种策略来容忍噪声读取深度和等位基因频率测量。使用大量真实和模拟数据集，我们证明 SEACON 可以在大量实验条件下得出准确的拷贝数并超越现有方法，并确定其优点和缺点。SEACON 用 Python 实现，可以从 https 免费获得开源： //github.com/NabaviLab/SEACON 和 https://doi.org/10.5281/zenodo.12727008。补充材料可在 XX 获取。© 作者 2024 年。由牛津大学出版社出版。

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

GabrielaEWachholz,Pa...

Targeting endothelial cell anergy to improve CAR T cell therapy for solid tumors.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

嵌合抗原受体（CAR）T 细胞疗法呈现出显着的效果，特别是对于血液恶性肿瘤的治疗。然而，要在实体瘤的治疗中取得类似的成功，还需要克服一些限制和挑战。这些挑战涉及靶点的选择、肿瘤微环境的渗透以及功能的维持。肿瘤血管系统是白细胞进入肿瘤实质的主要屏障。由于肿瘤进展过程中脉管系统暴露于血管生成因子，内皮细胞对炎性细胞因子变得无反应，导致白细胞粘附分子表达减少。由于此类粘附分子是白细胞外渗的先决条件，内皮细胞无反应性使肿瘤能够逃避内源性免疫以及 CAR T 细胞等细胞免疫疗法。因此，克服内皮细胞无反应性，例如通过施用血管生成抑制剂，被认为可以恢复抗肿瘤免疫力。与此同时，内源性免疫细胞以及 CAR T 细胞等细胞疗法都可以渗透到肿瘤实质中。在这里，我们讨论了抗血管生成药物的先前或伴随治疗如何改善 CAR T 细胞疗法，成为治疗实体瘤的有吸引力的策略。版权所有 © 2024。由 Elsevier B.V. 出版。

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

RamaRaoMalla,SeemaKu...

Reactive oxygen species of tumor microenvironment: Harnessing for immunogenic cell death.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

肿瘤微环境（TME）是一个动态而复杂的系统，其网络结构不断变化，特别是影响氧化还原稳态。这些改变共同塑造了一个多样化的生态系统，通过影响 TME 的细胞和分子成分，积极支持肿瘤进展。尽管癌症免疫疗法在临床上取得了显着的进步，但其临床应用范围受到 TME 改变和肿瘤免疫原性不足的限制。最近的研究表明，即使对于免疫原性较低的实体瘤患者，一些常规和靶向治疗策略也可以增强免疫治疗的疗效。这些策略通过损伤相关分子模式 (DAMP) 的 ROS 依赖性释放来引发免疫原性细胞死亡 (ICD)。这些 DAMP 识别并与免疫细胞上的模式识别受体 (PRR) 结合，激活并成熟防御细胞，最终产生强大的抗肿瘤免疫反应。本综述强调了氧化还原稳态在协调 TME 从冷表型向热表型转变以及 ROS-ICD 轴在免疫反应诱导中的关键作用。此外，它还提供了有关利用 ROS 生成诱导 ICD 的策略的最新见解。综合分析旨在针对免疫原性较低的肿瘤开发基于 ROS 的有效癌症免疫疗法。版权所有 © 2024 Elsevier B.V. 保留所有权利。

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

DeblinaBharadwaj,Mah...

Tumor microenvironment: A playground for cells from multiple diverse origins.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

肿瘤微环境是由各种细胞和非细胞成分形成的，这些成分相互作用并形成复杂的相互作用网络。这些细胞成分中的一些还获得分泌表型并在周围环境中释放生长因子、细胞因子、趋化因子等，其能够诱导更多数量的信号传导网络。所有这些相互作用在决定肿瘤发生过程中起着决定性作用。癌症的治疗策略也会对局部微环境产生影响。人们发现，这种相互作用和抗癌疗法会在肿瘤进展过程中诱发更多有害的结果，例如免疫抑制和化疗耐药。因此，了解肿瘤微环境对于应对癌症和化疗耐药至关重要。本综述试图加深对肿瘤微环境和调节肿瘤微环境的不同因素的了解，从而促进肿瘤发生。除了总结肿瘤微环境的主要组成部分以及它们之间发生的各种相互作用之外，它还阐明了现有和潜在的疗法如何对这些动态产生影响。版权所有 © 2024 Elsevier B.V. 保留所有权利。

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

RongKe,SandeepKumar,...

Molecular insights into the role of mixed lineage kinase 3 in cancer hallmarks.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

混合谱系激酶 3 (MLK3) 是 MAPK 激酶激酶 (MAP3K) 家族的一种丝氨酸/苏氨酸激酶，在包括癌症在内的各种生物过程中发挥着关键作用。激活后，MLK3 会差异性地激活下游 MAPK，例如 JNK、p38 和 ERK。此外，它还调节多种非经典信号通路，如β-catenin、AMPK、Pin1和PAK1，以调节细胞增殖、凋亡、侵袭和转移。最近的研究还发现了 MLK3 在恶性肿瘤中的其他潜在不同作用，包括代谢重编程、癌症相关炎症以及逃避癌症相关免疫监视。 MLK3 在癌症中的作用是复杂的并且是癌症特异性的，在分子水平上了解其与癌症标志特别一致的功能将对诊断和治疗 MLK3 依赖性癌症具有深远的治疗意义。这篇综述总结了有关 MLK3 对癌症特征影响的最新知识，深入了解其作为有前景的抗癌药物靶点的潜力。由 Elsevier B.V. 出版

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

RyanMaoHengLim,JingY...

Molecular and immune pathobiology of human angiosarcoma.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

血管肉瘤是一种罕见的内皮源性恶性肿瘤，其解剖学、病因学、分子和免疫特征极其多样。虽然结合靶向药物和免疫疗法的新型治疗方法已经显着改善了多种癌症的患者预后，但它们对血管肉瘤的影响仍然不大。由于其异质性，目前该疾病缺乏新的药物靶点，也没有可靠的生物标志物来预测对常规治疗的反应。本综述旨在研究血管肉瘤的分子和免疫状况及其病因、解剖部位、预后和治疗选择。我们总结了当前基于分子和免疫分析来表征血管肉瘤亚型的努力。最后，我们重点介绍单细胞空间“组学”等有前途的技术，这些技术可能会进一步加深我们对血管肉瘤的理解，并提出可类似地应用于其他罕见癌症研究的策略。版权所有 © 2024 Elsevier B.V. 保留所有权利。

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

XudongHu,YueshuoLi,Y...

The role of nitric oxide synthase/ nitric oxide in infection-related cancers: Beyond antimicrobial activity.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

作为自由基和内源性效应分子，哺乳动物内源性一氧化氮（NO）主要通过L-精氨酸来源于一氧化氮合酶（NOS）。 NO参与正常的生理反应并提供免疫反应以防止外来细菌的入侵。然而，NO也具有复杂且矛盾的生物学效应。异常的一氧化氮信号传导参与许多疾病的进展，例如癌症。过去几十年来，癌症研究一直与NOS/NO紧密联系在一起，许多预后不良的肿瘤都与NOS的高表达有关。在这篇综述中，我们概述了 NOS/NO 的生物学效应。然后我们重点关注 iNOS/NO 在 HPV、HBV、EBV 和幽门螺杆菌相关肿瘤中的致癌作用。事实上，越来越多的证据表明 iNOS 可用作癌症治疗的潜在治疗靶点。我们强调NOS/NO的促肿瘤作用大于抗肿瘤作用。版权所有©2024 Elsevier B.V.保留所有权利。

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

KexinHe,HaoWang,Ruix...

Schwann cells and enteric glial cells: Emerging stars in colorectal cancer.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

癌症神经科学是一个致力于探索癌症与神经系统之间相互作用的有前景的领域，引起了越来越多的关注。胃肠道表现出广泛的神经支配，其显着特征是内在神经支配。肠道拥有大量的神经胶质细胞，包括包裹周围神经系统神经元轴突的雪旺细胞和与内在神经支配错综复杂的肠神经胶质细胞。胶质细胞在维持肠道生理功能方面发挥着至关重要的作用，包括营养吸收、屏障完整性和免疫调节。然而，直到最近，神经胶质细胞在结直肠癌（CRC）中的重要性才开始受到相当大的关注。新数据表明，肠道中的神经胶质细胞通过与癌细胞相互作用、影响炎症和调节肿瘤微环境，促进结直肠癌的进展和转移。在此，我们总结了胶质细胞在CRC发生和进展中的重要作用，并讨论了可以融入该领域进行深入探索的最新技术，以及未来探索中潜在的具体靶向策略，以造福患者。 © 2024。由 Elsevier B.V. 出版

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

DiegoAPedroza,YangGa...

Leveraging preclinical models of metastatic breast cancer.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER

因乳腺癌转移而到诊所就诊的女性的治疗选择有限。然而，大多数临床前研究实际上并不是针对已确定的转移性疾病开发治疗方案。在这篇综述中，我们将讨论临床前宏观转移乳腺癌模型的现状，包括但不限于同基因 GEMM、PDX 和异种移植。这些模型中经常被忽视的挑战包括荧光团免疫原性新抗原、实验性转移与自发性转移的差异以及肿瘤异质性。此外，由于转移灶的肿瘤免疫微环境 (TIME) 中的细胞可塑性，新批准的免疫检查点阻断 (ICB) 在转移部位的治疗效果可能与原发性局部肿瘤不同。版权所有 © 2024。由 Elsevier 出版B.V.