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Epigenetics & Chromatin
2023 Jun

FernandaRochaRojasAy...
Replication Timing Aberration of KIF14 and MDM4 / PI3KC 2 β Alleles and Aneuploidy as Markers of Chromosomal Instability and Poor Treatment Response in Ewing Family Tumor Patients.
Epigenetics & Chromatin
等位基因对的复制时间严格按照表达、基因组稳定性和表观遗传变化进行调节,肿瘤发生可能与各种肿瘤中等位基因复制的改变有关。我们的目的是确定这种改变在尤文氏肉瘤(EFT)患者中是否具有预后价值。使用KIF14和MDM4/PI3KC 2β以及第8和第12号染色体的着丝粒卫星序列进行复制时间评估。通过计数第8和第12号染色体的拷贝数来评估非整倍体性。采用多色荧光原位杂交技术在135例EFT中细胞遗传学上检测复制时间和非整倍体性。三体性8号染色体的患者呈现MDM4/PI3KC 2β基因的异步复制模式(SD)的相关性(P=0.013)。三体性12号染色体与KIF14探针信号同步模式(DD)相关(P=0.04)。 KIF14的DD同步复制模式与年龄呈相关性(P<0.0001),相同位点的SS同步复制模式与肺转移呈相关性(P=0.012)。呈现MDM4/PI3KC 2β多重信号的患者亚组与治疗反应(P=0.045)和年龄(P=0.033)呈相关性。 KIF14的复制模式可能与染色体不稳定有显着关联,而MDM4/PI3KC 2β可能是EFT患者不良治疗反应的相当新的标记。作者(S)。这是由Thieme出版的开放获取文章,根据创作共享署名许可证发布,只要原作品得到正确引用,就可以不受限制地使用、分发和复制。 (https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。
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Epigenetics & Chromatin
2023

MuskanChaddha,Hemlat...
Integrated analysis of circulating cell free nucleic acids for cancer genotyping and immune phenotyping of tumor microenvironment.
Epigenetics & Chromatin
循环游离核酸(ccfNAs)由单链(ssNA)和双链(dsNA)核酸的异质性混合物组成。这些ccfNAs通过凋亡、坏死和主动分泌等多种机制由健康和恶性细胞分泌到血液循环中。在健康条件下,ccfNAs的主要来源是造血系统的细胞。这些ccfNAs包括碎片化的循环游离DNA(ccfDNA)、编码或信使RNA(mRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)以及线粒体DNA/RNA(mtDNA和mtRNA),在评估各种临床病情方面作为潜在的生物标志物。例如,游离胎儿DNA和RNA运移到母体血浆中,而循环肿瘤DNA(ctDNA)在癌症诊断、预后、治疗靶向和疾病进展监测中具有临床意义,以改善癌症精准医学。ccfDNA以及循环游离RNA(ccfRNA)的表观遗传修饰,如miRNA和lncRNA,显示出与疾病相关的变异并具有作为表观遗传标志物的潜力。循环中存在的信使RNA或循环游离mRNA(ccf-mRNA)、长链非编码RNA(ccf-lncRNA)已经逐渐成为液体活检中有效评估疾病诊断和预后的生物标志物。相反,人类生物液体中编码和非编码RNA的同时表征仍然存在重要障碍。此外,正在探索反映肿瘤微环境的可能包括ccfRNA的全面评估。在本文中,我们将重点关注探索ccfDNA和ccfRNA的新方法,特别是以ccf-mRNA作为癌症临床诊断和预后的生物标志物。结合定量和定性的循环肿瘤DNA(ctDNA)检测用于癌症基因分型以及ccfRNA,可能有着巨大的精准医学前景。我们将讨论基于ccfNAs动态状态解密癌症网络复杂性的当前挑战和未来方向。版权所有©2023 Chaddha, Rai, Gupta和Thakral。
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Epigenetics & Chromatin
2023

PengZhang,TingtingZh...
Prognosis and Novel Drug Targets for Key lncRNAs of Epigenetic Modification in Colorectal Cancer.
Epigenetics & Chromatin
结直肠癌(CRC)是全球胃肠道中第三最常见的恶性肿瘤。5-甲基胞嘧啶(m5C)和长链非编码RNA(lncRNA)在预测CRC患者的预后和免疫反应方面发挥着重要作用。因此,我们建立了一个m5C相关的lncRNA(m5CRlncRNA)模型来研究CRC患者的预后和治疗方法。首先,我们从癌症基因组图谱(TCGA)中获取了CRC的转录组和临床数据。然后,利用共表达分析识别m5CRlncRNA。接着,利用单因素Cox、最小绝对收缩和选择算子(LASSO)和多因素Cox回归分析建立m5C相关的预后特征。此外,进行了Kaplan-Meier分析、ROC、PCA、C指数、富集分析和诊断模型来研究模型。另外,探究了CRC患者的免疫治疗反应和抗肿瘤药物。总共采用了8个m5C相关的lncRNA(AC093157.1、LINC00513、AC025171.4、AC090948.2、ZEB1-AS1、AC109449.1、AC009041.3和LINC02516)构建了一个风险模型,以研究CRC患者的生存和预后。CRC样本分为低风险组和高风险组,后者预后更差。m5C相关的lncRNA模型有助于我们更好地区分不同组CRC患者的免疫治疗反应和抗肿瘤药物的IC50。该研究可能为个体化治疗方法和预测CRC患者预后的新理论提供新的视角。版权所有©2023张鹏等人。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Dec

HuaLiu,YifanJiang,Ji...
m6A-modification regulated circ-CCT3 acts as the sponge of miR-378a-3p to promote hepatocellular carcinoma progression.
Epigenetics & Chromatin
背景:环状RNA(circRNA)在肿瘤进展中扮演着至关重要的角色。Circ-CCT3是一种特别丰富的circRNA,被认为参与了肿瘤发生。然而,circ-CCT3在肝细胞癌中的作用仍不明确。
方法:在这里,通过circRNA微阵列检测并用qRT-PCR验证了circ-CCT3(一种源自CCT3基因外显子3、4和5的circRNA,hsa_circ_0004680)。进行RNA免疫共沉淀(RIP)以确认ALKBH5和METTL3与circ-CCT3的结合。使用甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP)检测circ-CCT3的N6-甲基腺苷(m 2A)水平。进行体内沉淀、荧光素酶报告基因实验、生物素偶联的microRNA捕获和原位荧光杂交等实验,评估circ-CCT3与miR-378a-3p之间的相互作用。评估circ-CCT3在体内外的HCC中的功能。
结果:我们证明circ-CCT3在HCC中高度表达,暗示着肿瘤预后不佳。circ-CCT3表达在HCC患者的总生存中作为独立的危险因素。抑制circ-CCT3的表达抑制了HCC细胞的增殖、侵袭、迁移和HUVEC的血管生成。在机制上,ALKBH5和METTL3可以结合并调节circ-CCT3的mA修饰。进一步地,circ-CCT3通过海绵miR-378a-3p上调FLT-1的表达。
结论:circ-CCT3在HCC中显著上调,并通过miR-378a-3p-FLT1轴促进肝癌发展。同时发现circ-CCT3受ALKBH5和METTL3介导的mA修饰控制。我们的研究强调了circ-CCT3作为HCC治疗的潜在治疗靶标,为circRNA在HCC进展中的机制提供了新的认识。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

MohamedNasr,SuhaibAl...
Pomegranate Seeds and Peel Ethanolic Extracts Anticancer Potentials and Related Genetic, Histological, Immunohistochemical, Apoptotic and Oxidative Stress Profiles: In vitro Study.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
由于其丰富的可水解花青素和单宁,石榴皮和籽可食用,并具有强大的抗氧化和抗炎特性。本研究旨在追踪石榴籽和皮乙醇提取物对肝癌细胞系(即HepG2)的抗癌活性,以及相关的组织病理学、免疫组织化学、遗传和氧化应激状况。体外研究表明,两种提取物均以酚类、多酚类和酸为主,并具有抗肝癌细胞系(HepG2)的抗增殖潜力,其中种子的50%抑制浓度(IC50)显著降低了皮的IC50。试验提取物的毒性与浓度相关,并伴随细胞周期在G0/G1和S期阻滞和细胞死亡,但不在G2/M期阻滞。细胞阻滞伴随着ROS、MDA的升高和SOD、GSH和Catalase的降低。凋亡相关基因显示出明显的上调,包括凋亡促进基因(P53)、Cy-C、Bax和casp-3和下调抗凋亡基因(Bcl-2)。此外,在试验提取物的作用下固相-3和P53蛋白质得到大量表达。组织病理学研究表明,未处理的细胞(对照组)为正常细胞,有核仁多形性和高染色质核,而种子和皮提取物处理的细胞显示出坏死,混合着染色质,核内嗜酸性物质,破裂细胞膜,以及核膜和不规则细胞的萎缩凋亡细胞。最后,免疫组织化学检测到的PCNA基因在种子提取物处理下显著下调,而在用皮提取物处理细胞的情况下则未见效应。© 2023 Nasr et al.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

FitrianaYuliastuti,T...
Breast, cervical, and lung cancer: A comparison of real healthcare costs and INA-CBGs rates in the era of national health insurance.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
印度尼西亚的癌症治疗费用是由印度尼西亚病例基础群组(INA-CBGs)根据称为INA-CBG价格的代码确定的。然而,公正的索赔应基于疾病的严重程度和医院治疗的等级,而不是代号价格。事实上,癌症治疗的真实成本受到多种因素的影响,包括阶段、合并症和严重程度(INA-CBG编码、医院类型、医院等级、治疗等级、副作用和住院时间),因此,在许多情况下,实际成本和收取给患者的INA-CBG价格之间存在差异。本研究旨在调查在印度尼西亚的一家肿瘤中心医院中,肺癌、宫颈癌和乳腺癌等病例的真实治疗费用与INA-CBG的价格之间的差异。这项工作使用了一项观察性研究,并从医院财务数据和患者病历中回顾性地获取数据。然后使用单样本t检验分析数据,以确定实际成本和INA-CBG成本之间的差异。结果表明,在二期肺癌治疗中,2级C-4-13-II代码的成本和3级C-4-13-II代码和3级C-4-13-III的成本与INA-CBG的成本没有显着差异,sig值分别为0.683、0.151和0.650,其中显着性水平(t alpha)超过0.05。此外,具有C-4-13-I和C-4-13-II代码的宫颈癌治疗成本在1级和2级中分别呈现出0.155和0.720的sig值。最后,C-4-12-II代码3级的乳腺癌患者治疗成本sig值为0.145,C-4-13-II代码3级的患者治疗成本sig值为0.091。虽然统计评估表明有些情况存在显着差异,而其他情况则没有,但在实际情况下,INA-CBG和实际成本之间存在差异,政府和利益相关者必须评估这种差异,以为癌症患者提供公正。版权所有:© Pharmacy Practice。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

QihuiWu,RuotongTian,...
Machine learning-based integration develops an immune-related risk model for predicting prognosis of high-grade serous ovarian cancer and providing therapeutic strategies.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)是一种高度致命的妇科癌症,需要精确的预后模型和个性化治疗策略。肿瘤微环境(TME)对疾病进展和治疗至关重要。基于机器学习的整合是识别预测性生物标志物和开发预后模型的强大工具。因此,使用基于机器学习的整合开发的免疫相关风险模型可以改进预后预测并指导HGSOC的个性化治疗。在HGSOC的生物信息学研究中,我们进行了(i)共识聚类,以基于免疫和基质细胞的标记识别免疫亚型,(ii)差异表达基因和单因素Cox回归分析,以得出TME和预后相关基因,(iii)基于十个独立机器学习算法构建的机器学习程序,用于筛选和构建TME相关风险评分(TMErisk),以及(iv)评估TMErisk在TME解构中的效果、基因组不稳定性的指示以及免疫疗法和化疗的指导作用。我们鉴定了两种不同的免疫微环境表型和一个强大而临床实用的预后评分系统。 TMErisk在跨队列中预测HGSOC预后上的表现优于大多数临床特征和其他已发表的标志物。低TMErisk组被明确定义为有BRCA1突变、免疫激活和更好的免疫反应,具有显著有利的预后。相反,高TMErisk组则与C-X-C motif化学因子配体的缺失和致癌激活途径显着相关。此外,低TMErisk组患者对十一种候选药物的反应更强。我们的研究开发了一种新的基于免疫相关风险模型,使用基于机器学习的整合预测卵巢癌患者的预后。此外,该研究不仅描述了HGSOC的TME中细胞组分的多样性,还指导了潜在的治疗技术的发展,以应对肿瘤免疫抑制并增强对癌症治疗的反应。 版权所有 © 2023 Wu,Tian,He,Liu,Ou,Li和Fu。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

KeWu,JuanTan,ChaoYan...
Recent advances and application value of circRNA in neuroblastoma.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
神经母细胞瘤 (NB) 是儿童中最常见的实性恶性肿瘤,占儿童癌症死亡率的15%。非编码 RNA 在 NB 发病机制中非常重要。作为一种新近发现的非编码 RNA,circRNA 的异常调控(异常上调或下调)与多种肿瘤的发生机制有关,包括 NB。circRNA 主要通过微小 RNA 占位抑制调控 miRNA 靶基因的表达。 临床证据表明,某些 circRNA 的表达与 NB 的预后和临床特征相关,因此可能被利用为生物标志物或治疗靶点。本综述讨论了已经被证明在 NB 中发挥作用的 circRNA。版权所有© 2023 Wu、Tan 和 Yang。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Apr

MdJashimUddin,Hiroak...
Development of Pluoronic nanoparticles of fluorocoxib A for endoscopic fluorescence imaging of colonic adenomas.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
目前的白光结肠镜检查存在许多限制,导致22%至32%的潜在恶变病变无法被检测出来。这种高错误阴性率导致间隔性恶性肿瘤的出现,其定义为在筛查结肠镜检查之间诊断的肿瘤发生率为2%至6%。通过使用有针对性的荧光探针增强病变和周围正常结肠上皮之间对比度的结肠荧光成像技术,可以解决目前基于白光的结直肠癌筛查的缺点。我们描述了使用靶向荧光偶联剂进行直肠腺瘤的内窥镜荧光成像的荧光环氧合酶-2(COX-2)荧光成像剂,即Fluorocoxib A(FA)的Pluronic®纳米粒子的制备过程。我们使用FDA批准的Pluronic三嵌段共聚物,采用体积溶剂蒸发法制备FA荧光分子或Fluorocoxib阴性对照(FNC)的胶束型纳米粒子,FNC为一种非靶向性荧光物质,是FA的对照,制备了带有FA或FNC的胶束型纳米粒子(FA-NPs或FNC-NPs),其流体力学直径(Dh)分别为45.7±2.5nm和44.9±3.8nm,噻二唑甲烷和右旋糖醚诱导的结肠腺瘤的小鼠B6;129注射了带有FA的Pluronic纳米粒子(FA-NPs)。扩散介导的局部FA释放及其与COX-2酶的结合使腺瘤的高信噪比成像得以清晰检测。通过内窥镜成像检测注射FNC的腺瘤小鼠或先用COX-2抑制剂Celecoxib给小鼠注射FA-NPs后检测,证实了COX-2的靶向传递和肿瘤保留。这些结果表明,在Pluronic纳米粒子中配制FA克服了其用于荧光内窥镜早期检测结直肠肿瘤的临床开发的重大障碍。© 2023 The Authors.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Dec

XiaoyiQi,YonglanChen...
Sanguinarine inhibits melanoma invasion and migration by targeting the FAK/PI3K/AKT/mTOR signalling pathway.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
血根素(SAG) 是黄杨菜(Macleaya cordata (Willd.) R. Br. (Popaceae)) 中含量最丰富的成分。之前已在小鼠体内展示出SAG对于乳腺癌和结肠癌的转移有抗作用,表明它在癌症化疗中具有潜力。本研究旨在探究SAG对于黑色素瘤的抗转移作用及其分子机制。采用CCK8实验检测SAG对A375和A2058细胞增殖的抑制作用,应用网络药理学分析构建化合物-靶标网络并选择SAG抗黑色素瘤的潜在治疗靶点。进一步通过分子对接模拟对所选靶点进行分析,在1、1.5、2μM浓度下进行体外迁移/侵袭/西方印迹实验,以及2、4、8mg/kg浓度下进行裸鼠异种移植瘤模型的体内作用实验。SAG治疗黑色素瘤的关键靶点主要富集在PI3K-AKT信号通路上,SAG与PI3K、AKT、mTOR结合能分别为-6.33、-6.31、-6.07 kcal/mol。SAG的处理抑制了A375和A2058细胞的增殖、迁移和侵袭能力(p<0.05),IC50值分别为2.378μM和2.719μM。同时,还降低了FAK、PI3K、AKT、mTOR的磷酸化水平,以及MMP2和ICAM-2的蛋白表达水平。在裸鼠异种移植瘤模型中,2、4、8mg/kg的SAG均能有效抑制肿瘤生长。本研究为SAG的临床抗肿瘤特性提供了理论基础,进一步表明了其在临床应用中的潜力。
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