背景：本研究通过内质网应激相关基因构建膀胱癌（BLCA）的分子亚型和预后模型，从而有助于临床指导准确的治疗和预后评估。方法：从The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Gene Expression Omnibus（GEO）数据库下载膀胱癌（BLCA）基因表达数据。通过GeneCards数据库获得内质网应激相关基因进行聚类分析，结果建立了新的膀胱癌分子分型。此外，我们还探讨了每一种分型在免疫微环境、突变和药物筛选方面的特征。通过对内质网应激相关基因进行单变量Cox、LASSO和多变量Cox分析，我们还开发了四个基因签名，并验证了模型在GSE32894和GSE13507队列中的预后效果。最后，我们评估了高低内质网应激得分组的临床数据的预后价值，并通过Nomogram构建预后得分线图。结果：我们构建了四种膀胱癌分子亚型（C1-C4），其中C2患者预后不良，C3患者预后较好。C2具有较高的TP53突变、显著的免疫细胞浸润和高免疫评分。相反，C3具有较高的FGFR3突变、不显著的免疫细胞浸润和减少的免疫检查点表达。之后，我们建立了内质网应激相关的风险签名来计算ERS得分，包括ATP2A3、STIM2、VWF和P4HB。在GSE32894和GSE13507中，该签名还具有良好的预测价值。此外，ERS得分也与各种临床特征有很好的相关性。最后，我们将ERS分群和ERS得分进行了相关性比较。ERS得分高的患者更可能具有C2表型，而ERS得分低的患者则是C3。结论：总之，我们通过内质网应激相关基因鉴定了四种新的BLCA分子亚型，这可以为个体化治疗提供新的思路。由内质网应激相关基因构建的预后模型可用于预测临床结果。本研究对于BLCA个体化治疗和机制研究做出了贡献。版权所有©2023 Lin、Li、Li、Shen、Wu、Zhang、Li、Yang、Wang、Li、Fu、Guo和Hu。

目标：新兴的证据显示，超级增强子在许多癌症的转录重编程中发挥关键作用。本研究旨在探讨超级增强子相关基因如何影响低级别胶质瘤（LGG）患者的预后和肿瘤免疫微环境（TIME）。方法：本研究通过综合分析超级增强子（SE）相关基因，确定了LGG队列和正常脑组织队列之间的差异表达基因（DEGs）。然后进行非负矩阵分解，寻找基于DEGs的最佳分类，并调查不同亚型之间的预后和临床差异。随后，构建了一个预后相关签名（SERS），综合评估LGG患者的个体化预后、临床特征、癌症标志物、基因组改变和免疫微环境。结果：基于170个DEGs的表达谱，我们确定了三种SE亚型，这三种亚型在预后和临床病理特征方面呈现显著差异。然后，通过最小绝对收缩和选择算子Cox回归分析选择了9个最佳的SE相关基因构建了SERS。生存分析显示，SERS对The Cancer Genome Atlas、中国胶质瘤基因组图谱和Remdrandt队列中的LGG患者的预后具有强大且稳定的预测能力。我们还发现，SERS与LGG患者的临床病理特征、肿瘤免疫微环境、癌症标志物和基因组改变密切相关。此外，SERS对免疫检查点抑制剂治疗的预测能力也更优越。qRT-PCR结果和免疫组化结果也证实了四个关键基因在正常细胞和肿瘤中、正常组织和肿瘤组织中的表达差异。结论：SERS可适用于LGG患者的个体化预后预测和免疫治疗选择的临床应用。版权所有 © 2023年 Hu, Yang, Cai, Wang和Fu。

药物开发的后期失败通常是无效靶点的结果。因此需要进行适当的靶点识别，这可能是通过计算方法实现的。原因是，有效的靶点具有与疾病相关的生物学功能，而组学数据揭示了参与这些功能的蛋白质。此外，蛋白质的氨基酸序列可推断出有利于药物与靶点之间的结合的性质。在这项工作中，我们开发了一种基于深度学习（DL）的方法OncoRTT，用于预测新的治疗靶点。OncoRTT旨在通过使用DL方法基于已知有效靶点的特征识别新的靶点，以减少次优的靶点选择。首先，我们创建了“肿瘤学TT”数据集，其中包括与十种常见癌症类型相关的基因/蛋白质。然后，我们为所有基因生成了三组特征：组学特征，蛋白质氨基酸序列BERT嵌入以及集成特征以单独训练和测试DL分类器。该模型在AUC方面实现了高预测性能，即对于所有癌症类型，AUC均大于0.88，对于白血病最高达0.95。此外，在七种常见的癌症类型中，OncoRTT的表现优于使用其数据的最先进方法中的五种。此外，OncoRTT使用与七种癌症类型相关的新测试数据预测新的治疗靶点。我们使用Open Targets平台和针对肺癌的前10个预测治疗靶点的案例研究进一步证实了这些结果。版权所有©2023 Thafar，Albaradei，Uludag，Alshahrani，Gojobori，Essack和Gao。

单细胞测序已成为生物学领域中最广泛使用的技术之一。它使研究人员能够在细胞水平上跨组织调查整个转录组，为未来的诊断和治疗研究开启了无数潜力。在这里，我们回顾了单细胞RNA测序作为一种突出的单细胞技术在胰腺生物学和癌症领域的影响。我们讨论了过去几年中由于这种技术进步而对胰腺生理和病理的最新发现。使用单细胞RNA测序，研究人员已经能够发现健康细胞类型以及胰腺癌组织中的细胞异质性。我们将讨论在单细胞RNA测序中研究的胰腺癌微环境中新的免疫靶点和新的分子机制。范围不仅限于癌组织，我们还涵盖了最近为胰腺组织实现的新颖的发展、演化、生理和异质性见解。我们涵盖了所有从单细胞RNA测序数据中获取的生物学见解，讨论了对应的优缺点，最后得出结论，说明未来的研究如何通过利用单细胞分析技术更好地研究胰腺生物学。版权所有©2023 Tamaddon、Azimzadeh、Gifani和Tavangar。

背景：小肠神经内分泌肿瘤（SI-NETs）是小肠最常见的恶性肿瘤，许多患者出现转移，其发病率逐年增加。我们旨在寻找有效的诊断生物标志物，用于诊断原发性和转移性SI-NETs患者。方法：我们从GEO数据库下载GSE65286（训练集）和GSE98894（测试集），进行差异基因表达分析，获得差异表达基因（DEGs）和差异表达长非编码RNA（DElncRNAs）。进一步通过基因本体论（GO）和基因组学百科全书（KEGG）富集分析探索了这些基因参与的功能和途径。此外，基于RNAInter和TRRUST v2数据库构建涉及SI-NETs异常基因的全局调控网络，并通过受试者工作特征曲线（ROC）识别出中心基因的诊断效能。结果：在训练集中获得了2,969个DEGs和DElncRNAs。富集分析显示，生物学过程（BPs）和KEGG途径主要与癌症相关。通过基因集富集分析（GSEA），我们获得了五个BP（细胞分裂、铁离子平衡、粘多糖代谢过程、血小板脱颗粒和三酰甘油代谢过程）和一个KEGG途径（ppar信号通路）。此外，得到的异常基因核心集包括MYL9、ITGV8、FGF2、FZD7和FLNC。与训练集一致，中心基因在原发性SI-NETs患者中上调，而转移性SI-NETs患者中则下调。显著的是，ROC分析结果显示，中心基因在训练集和测试集中的诊断能力强。结论：总之，我们构建了SI-NETs的全局调控网络。此外，我们获得了MYL9、ITGV8、FGF2、FZD7和FLNC等中心基因，这些中心基因可能对原发性和转移性SI-NET患者的诊断有用。版权所有©2023陈菱、孟庆华、黄强、廖海霞、唐璐璐、徐俊宽和李梅。

简介：目前尚无系统性的泛癌症分析关于PRR7-AS1的作用和调控机制。 方法：本研究采用全面的生物信息学方法挖掘了PRR7-AS1潜在的致癌作用，包括表达状态、预后价值和免疫特征。 结果：我们发现，PRR7-AS1在大多数癌症类型中表达显著上调，并与预后呈负相关。此外，PRR7-AS1表达与大多数肿瘤浸润免疫细胞、免疫得分和泛癌症表达的免疫检查点基因呈反相关。在特定肿瘤中，PRR7-AS1的表达状态与肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和新抗原呈显著相关。与其他公认的生物标志物相比，PRR7-AS1对免疫检查点阻断疗效有最佳预测能力。PRR7-AS1的过表达会影响细胞毒性T细胞介导的抗肿瘤反应。功能富集分析表明，PRR7-AS1可能参与代谢途径。超级增强子活性可能参与了PRR7-AS1表达的调控。我们还构建了PRR7-AS1的竞争性内源性RNA网络。讨论：总体而言，PRR7-AS1具有成为泛癌症诊断、预后和免疫生物标志物的潜力。PRR7-AS1与免疫抑制性微环境相关，并成为免疫治疗的新潜在靶点。表观遗传因素是PRR7-AS1在肿瘤中过表达的驱动力。版权所有 © 2023 Wang，Liu，Li，Liu，Ma，Liu和Li。

Neuritin代表一种神经营养因子，它不仅在神经元发育和可塑性方面非常重要，还影响内皮血管生成，细胞迁移，肿瘤生长和B细胞抗体的产生。我们通过用两种不同的neuritin衍生肽免疫敲除小鼠创造单克隆小鼠抗小鼠neuritin抗体。由于neuritin在物种之间保守性很高，这些新的单克隆抗体可以识别各种物种的neuritin，包括人类。此外，它们不仅可以特异性地识别表面表达的小鼠滤泡区调节T细胞的neuritin，还可以阻止重组neuritin与胚芽中心B细胞的结合。这表明，这些新生成的工具在研究neuritin表达和功能方面将非常有用。

将特定细胞因子有效荷载输送到肿瘤环境中，利用能够选择性聚集于肿瘤部位的抗体手段，是一种激发对癌症免疫反应的有效策略。尽管基于单一有效荷载的传统抗体-细胞因子融合蛋白已经显示出强大的抗癌活性，但同时输送两种细胞因子荷载可能会进一步提高治疗效果，因为免疫系统通常采用多个信号来强化抗肿瘤策略。我们在这里描述了一种功效匹配的双细胞因子抗体融合蛋白，其中包含靶向于人类成纤维母细胞激活蛋白（FAP）特异性的肿瘤靶向抗体片段，同时与白细胞介素-2（IL2）和肿瘤坏死因子（TNF）突变体连接。得到的融合蛋白被称为IL2-7NP2-TNFmut，由肿瘤坏死因子次单元的相互作用驱动形成稳定的非共价三聚体。如体外细胞实验所示，两种细胞因子荷载在融合蛋白中保留了其生物活性。在移植人类FAP基因的SKRC52细胞的免疫缺陷小鼠中，研究了IL2-7NP2-TNFmut的肿瘤靶向特性和抗癌活性。融合蛋白优先定位于癌症部位，并诱导了部分肿瘤缓解。

化学因子受体6（CCR6）是一种G蛋白偶联受体（GPCR），参与多种生物过程。当CCR6与其唯一的配体CCL20结合时，形成一个信号网络。该途径与许多疾病的机制有关，如癌症、牛皮癣、多发性硬化症、艾滋病感染或类风湿关节炎等。CCR6/CCL20轴在免疫稳态和激活中发挥着基本作用。Th17细胞表达CCR6受体和炎性细胞因子，包括IL-17、IL-21和IL-22，这些因子参与炎症反应的扩散。CCL20/CCR6机制在这些促炎性细胞进入局部组织中的招募中发挥关键作用。迄今为止，没有批准针对CCR6的药物，并且由于筛选的困难性，开发针对CCR6的小分子化合物很困难。本综述突出了CCR6受体在许多疾病中作为治疗靶点的潜力，以及开发针对CCR6的抗体的重要性，这可以是CC6 / CCL20轴相关病理治疗中小分子化合物的有希望的替代方案。

虽然许多研究支持内分泌干扰物（EDs）与肿瘤的进展和恶性程度之间存在剂量效应关系，但长期暴露于非致死浓度的ED对癌症的影响仍未知。更具体地说，许多研究报道了Aldrin对多种癌症类型（包括前列腺癌）的影响。在以前的研究中，我们证明长期暴露于Aldrin（一种ED）后可以诱导DU145前列腺癌（PCa）细胞的恶性表型。蛋白质在调控和控制各种细胞过程中至关重要。然而，ED对PCa影响的机制以及蛋白质在此过程中的作用尚不明确。本文采用两种互补的计算方法来研究前列腺癌恶性过程的分子机制。首先，通过约束代谢建模，将转录组和代谢组学相结合，研究了长期暴露于Aldrin的DU145细胞中与代谢重编程相关的过程。其次，应用基因集富集分析来确定（i）变化的调节通路和（ii）Aldrin暴露细胞转录组剖面的变化与各种癌症的肿瘤进展之间的相关性。实验证实预测，显示出代谢和调节通路的失调。这种改变导致了蛋白质水平的改变，这些蛋白质对调节三酰甘油/胆固醇至关重要，与Aldrin暴露细胞观察到的恶性表型相关。