背景：前列腺癌（PCa）高度异质性，使得精确区分肿瘤病变的临床阶段和组织学分级变得困难，从而导致过度和欠度治疗的大量发生。因此，我们期望开发新的预测方法以预防不适当疗法的发生。新兴证据显示溶酶体相关机制在PCa的预后中起着关键作用。本研究旨在鉴定PCa溶酶体相关的预后预测因子，以供未来治疗之用。 方法：本研究涉及的PCa样本来自癌症基因组图谱数据库（TCGA）（n=552）和cBioPortal数据库（n=82）。在筛选过程中，我们根据ssGSEA中位数分数将PCa患者分为两个免疫组。然后，采用单变量Cox回归分析和最小绝对收缩和选择操作（LASSO）分析，包括Gleason分数和溶酶体相关基因进行筛选。通过使用未经调整的Kaplan-Meier估计曲线和多变量Cox回归分析对进展自由间隔（PFI）的概率进行建模。使用受试者工作特征曲线（ROC）曲线、核算图和校准曲线来检验该模型在区分进展事件和非事件方面的预测价值。通过从队列中创建训练集（n=400）、内部验证集（n=100）和外部验证集（n=82）来反复验证该模型。 结果：在按ssGSEA分数分组后，Gleason分数和两个LRG——中性粒细胞细胞质因子1（NCF1）和γ-干扰素诱导的溶酶体硫醇还原酶（IFI30）被筛选出来，以区分具有或不具有进展风险的患者（1年AUC=0.787；3年AUC=0.798；5年AUC=0.772；10年AUC=0.832）。具有较高风险的患者表现出较差的预后结果（P<0.0001），并且具有较高的累积危险（P<0.0001）。此外，我们的风险模型将LRGs与Gleason分数相结合，与仅使用Gleason分数相比可以更准确地预测PCa预后。在三个验证集中，我们的模型仍然具有高的预测率。 结论：综上所述，这种新型的与溶酶体相关的基因签名与Gleason分数相结合，在PCa的预后预测中表现良好。

癌症是世界上最危险的疾病之一，每年导致数百万人死亡。近年来，由抗癌肽组成的药物已被用于治疗癌症，具有低副作用。因此，鉴定抗癌肽已成为研究的重点。本研究提出了一种改进的抗癌肽预测器ACP-GBDT，基于梯度提升决策树（GBDT）和序列信息。为了编码抗癌肽数据集中包含的肽序列，ACP-GBDT使用由AAIndex和SVMProt-188D组成的合并特征。在ACP-GBDT中采用GBDT来训练预测模型。独立测试和十折交叉验证表明，ACP-GBDT可以有效区分抗癌肽和非抗癌肽。基准数据集的比较结果表明，ACP-GBDT比其他现有的抗癌肽预测方法更简单、更有效。版权所有 © 2023 Li、Ma、Chen和Chen。

背景：头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）肿瘤微环境的典型特征是癌相关成纤维细胞（CAFs）的丰富浸润，这有助于HNSCC的进展。然而，一些临床试验显示，有针对性的CAFs治疗以失败告终，甚至加速了癌症的进展。因此，对CAFs进行全面的探索应该解决这个缺点，并促进针对HNSCC的CAFs治疗。方法：在本研究中，我们确定了两种CAFs基因表达模式，并进行单样本基因集富集分析（ssGSEA）来量化表达和构建评分系统。我们使用多种方法来揭示CAFs致癌进展的潜在机制。最后，我们集成了10种机器学习算法和107种算法组合，构建了最准确和稳定的风险模型。机器学习算法包括随机生存森林（RSF）、弹性网络（Enet）、Lasso、Ridge、逐步Cox、CoxBoost、用于Cox的偏最小二乘回归（plsRcox）、监督主成分（SuperPC）、广义提升回归建模（GBM）和生存支持向量机（survival-SVM）。结果：存在两个簇，具有不同的CAFs基因模式。与低CafS组相比，高CafS组与显著的免疫抑制、不良预后和HPV阴性的增加前景相关。高CafS患者还经历了致癌信号通路的丰富富集，如血管生成、上皮间充质转化和凝血。癌相关成纤维细胞和其他细胞簇之间的MDK和NAMPT配体-受体细胞交互可能在机制上导致免疫逃逸。此外，从107种机器学习算法组合中开发的随机生存森林预后模型可以最准确地分类HNSCC患者。结论：我们揭示了CAFs会导致一些致癌途径的活化，如血管生成、上皮间充质转化和凝血，并揭示了通过靶向糖酵解途径增强针对CAFs的治疗的独特可能性。我们开发了一个前所未有的稳定和强大的风险评分，用于评估预后。我们的研究有助于理解患有头颈鳞癌细胞癌的患者的CAFs微环境复杂性，为未来深入研究CAFs基因临床探索奠定基础。 版权所有©2023 Wang、Zhao、Wang和Tan。

MCL-1和PD-L1蛋白与分化型甲状腺癌（DTC）的癌症机制有关。肿瘤抗原会刺激免疫细胞中PD-1的表达，PD-1结合肿瘤细胞上的PD-L1，导致免疫逃逸。MCL-1是BCL-2家族的一种抗凋亡成员，对T和B淋巴细胞的生存必不可少，并具有高度的致癌潜能。我们旨在评估MCL-1和PD-L1对DTC远期预后的临床实用性和相关性。我们包括了120名经全甲状腺切除术和放射碘治疗后至少随访2年的DTC患者。人口统计学特征、肿瘤组织病理学、持续/复发风险、与结局相关的因素、初始治疗反应、随访时的持续或无病生存率与MCL-1和PD-L1免疫组织化学表达以及BRAFV600E突变有关。其中100例（83.3％）是女性，诊断时平均年龄为46.64±16.73岁。37名（30.8％）患者属于高危、45名（37.5％）属于中危，38名（31.7％）属于低危持续/复发风险。在124.86± 65.36个月的随访结束时，48例（42.5％）仍有持续性疾病。103名（85.8％）患者患有乳头状甲状腺癌（PTC），17名（14.2％）患有滤泡状甲状腺癌（FTC）。在PTC中，中等/强PD-L1和MCL-1表达与BRAFV600E突变有关（p = 0.0467；p = 0.0044）。PD-L1还与高细胞亚型有关（p = 0.0274）。在FTC中，弱PD-L1表达与最大结节直径有关（p = 0.0100）。在TNM分期中，T2与中等强PD-L1表达相关，而T3与弱表达相关（p = 0.0490）。中等MCL-1表达与吸烟有关（p = 0.0350）。PD-L1是肿瘤细胞进展的标志物，而MCL-1是抗凋亡标志物，二者都与携带BRAFV600E突变的PTC相关，而PD-L1与更具侵袭性的PTC亚型有关。MCL-1和PD-L1可以用于组成一个评估PTC患者预后的面板。另一方面，这两个标志物对FTC患者的相关性似乎较低。版权所有©2023。Elsevier B.V.出版。

目的：胰腺癌是一种高度恶性的肿瘤。尽管进行了广泛的研究，但与衰老相关的基因在PAAD的起始、微环境调节和进展中的确切作用仍不清楚。 方法：从国际癌症基因组联盟（ICGC）和癌症基因图谱（TCGA）队列中选择PAAD患者，细胞衰老相关基因从CellAge中获得。使用ConsensusClusterPlus进行群集识别。使用最小绝对收缩和选择算子（LASSO）Cox回归分析构建预后预测模型。 结果：我们基于与衰老相关的基因表达谱鉴定了三个群集（C1、C2和C3）。C1群集具有较短的总生存时间、较高的临床分级、较低的免疫ESTIMATE分数以及更严重的肿瘤免疫功能障碍和排斥（TIDE）分数。此外，C1群集中存在着细胞周期激活的信号通路富集。我们还鉴定了八个枢纽基因并构建了一个风险模型。细胞衰老相关特征（CSRS）得分高的亚型表现出较差的预后、更高的临床分级、M2巨噬细胞浸润、更高的免疫检查点基因表达以及更低的免疫治疗效益。 结论：我们的风险评分模型显示出在个体临床预后和免疫治疗前评估方面具有高的预测准确性和生存预测能力。

流感的发病率和死亡率与高水平的全身性炎症相关。尽管人类中极少受感染，但内皮细胞在严重甲型流感病毒感染期间发挥了全身性炎症反应的关键作用。内皮细胞如何促进全身性炎症反应还不清楚。在这里，我们开发了一个穿过的系统，其中空气道嗜器官衍生的人类肺上皮细胞与原代人类肺微血管内皮细胞（LMEC）共同培养。我们比较了LMEC对大流行H1N1病毒和近期季节性H1N1和H3N2病毒的易感性，并评估了相关的促炎反应。尽管在LMEC单细胞培养中检测到IAV核蛋白，但没有生产性感染的证据。在上皮细胞-内皮细胞共同培养中，上皮细胞大量感染IAV导致上皮屏障崩溃，但很少检测到LMEC的感染。我们观察到，在IAV感染上皮细胞的LMEC共同培养中，分泌促炎细胞因子的量显著增加，而暴露于IAV的LMEC单细胞培养中则没有。总的来说，我们的数据表明LMEC被IAV流产性感染，但可以推动炎症反应。© 2023 Bauer et al.

利用转录组分析定义患者的肿瘤免疫微环境（TIME）越来越受欢迎。在这里，我们检查和讨论了使用RNA测序对新鲜冷冻样本和使用定向基因表达免疫剖面（NanoString）对福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）样本表征脑室管膜瘤样本TIME的优缺点。我们的研究结果表明：在所有样本中40个基因的稳定表达，内源基因的皮尔逊相关性高。为了确定TIME，我们首先检查了PTPRC基因，也就是CD45的表达情况，并发现它在所有样本中均高于检测限制。两种类型的数据都显示出T细胞的存在。此外，两种技术都表明6个脑室管膜瘤样本的免疫景观呈现出异质性。当使用FFPE样本时，NanoString技术检测到的低丰度基因具有更高的数量。RNA测序更适合生物标记物发现、融合基因检测和获取TIME的更广泛概述。用于测量样本的技术会对识别到的免疫细胞类型产生相当大的影响。脑室管膜瘤中肿瘤浸润免疫细胞的数量有限，与高密度的肿瘤细胞相比，这可能会限制RNA表达技术对浸润免疫细胞鉴定的敏感性。©2023年，作者。

COVID-19疫情增加了对安全有效疫苗的需求。研发针对包括中东呼吸综合症、埃博拉病毒、人类免疫缺陷病毒和各种癌症的疫苗，也将有助于全球福祉。要成功地研发疫苗，必须推进技术的发展，如抗原筛查、抗原递送系统和佐剂以及制造过程是至关重要的。不仅需要抗原递送系统传递足够量的抗原进行免疫接种，还需要增强免疫反应。此外，抗原类型和它们的递送系统确定了疫苗产品的制造过程。本文分析了各种抗原递送系统的特点：质粒、病毒载体、细菌载体、纳米颗粒、自组装颗粒、天然和人工细胞以及细胞外囊泡。这篇综述提供了对当前疫苗领域的洞见，并强调了开发和改进抗原递送系统的有前途的研究方向。

血管平滑肌细胞（VSMC）来源于干细胞的分化是参与血管重构相关疾病（如高血压、动脉粥样硬化和再狭窄）中不断增加的VSMC数量的一种来源。 microRNA-146a（miR-146a）已被证明参与细胞增殖、迁移和肿瘤代谢。然而，对miR-146a在胚胎干细胞（ESCs）中VSMC分化的功能作用知之甚少。本研究旨在确定miR-146a在ESCs中VSMC分化中的作用。将小鼠ESCs分化为VSMCs，并通过Western blotting和RT-qPCR分析细胞提取物。此外，使用转染miR-146a / mimic和质粒的ESCs进行荧光素酶报告基因试验。最后，将C57BL / 6J雌鼠注射miR-146a / overexpressing ESCs，对来自这些小鼠的组织样本进行免疫组化、Western blotting和RT-qPCR实验。在VSMC分化期间，miR-146a显著上调，伴随着VSMC特异性标记基因平滑肌α-肌动蛋白（SMαA）、平滑肌22（SM22）、平滑肌肌重链（SMMHC）和h1-卡波林。此外，miR-146a的过表达增强了细胞内和体内的分化过程。与此同时，miR-146a的过表达使Kruppel-like因子4（KLF4）的表达急剧降低。重要的是，抑制KLF4的表达增强了miR-146a过表达诱导的分化ESC中VSMC特异性基因表达。此外，miR-146a上调了VSMC分化相关转录因子（包括血清反应因子（SRF）和肌细胞增强因子2c（MEF-2c））的mRNA表达水平和转录活性。我们的数据支持miR-146a通过调节KLF4和调节VSMC的转录因子活性来促进ESC-VSMC分化。 ©2023。作者（们）。

人脑器官样本为人类脑发育和病理模拟提供了独特平台。然而，目前的脑器官系统大多数缺乏分辨率以重现具有亚区域识别能力的更精细的脑结构发育，包括丘脑内功能不同的核。在这里，我们报道了一种将人类胚胎干细胞(hESCs)转化成带有转录多样性核身份的腹侧丘脑器官样本(vThOs)的方法。值得注意的是，单细胞RNA测序揭示了前所未有的丘脑编排，其中包括丘脑网状核（TRN）特征，这是位于腹侧丘脑的GABA能核。利用vThOs，我们探索了与TRN特异性、与疾病相关的基因ptched domain containing 1 (PTCHD1)和受体酪氨酸激酶（ERBB4）在人丘脑发育过程中的功能。PTCHD1或ERBB4的扰动虽然没有影响整个丘脑发育，但却损害了vThOs中的神经元功能。总之，vThOs提供了一个实验模型，用于理解人类脑丘脑核特异性发育和病理学。版权所有©2023 Elsevier Inc.。保留所有权利。