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Stem Cell Research & Therapy
2023 Mar 28

XiangwenShi,YipengWu...
Downregulated annexin A1 expression correlates with poor prognosis, metastasis, and immunosuppressive microenvironment in Ewing's sarcoma.
Stem Cell Research & Therapy
Ewing's sarcoma(ES)是儿童和青少年常见的骨恶性肿瘤,严重影响患者的预后。本研究的目的是确定ES的新生物标记和潜在治疗靶点。通过独立预后分析鉴定了高度预后相关的中心基因,并在GSE17679数据集上进行了生存分析,Cox回归分析和临床相关分析。然后,我们在GSE63157,GSE45544和GSE73166数据集上验证了这些关键基因。根据关键基因的高低表达筛选不同表达基因(DEG),并执行基因本体(GO),Kyoto基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析和基因集富集分析(GSEA),以及基因集变化分析(GSVA)以探索ES的潜在机制,并根据蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络建立了重要的模块基因。此外,分析了模块基因和免疫微环境之间的相关性,并使用TIMER和TISIDB研究了关键基因和肉瘤免疫浸润水平之间的相关性。最后,通过实时定量PCR(RT-qPCR),对ES细胞系(RD-ES和A673细胞)中这些关键基因的表达水平进行了进一步验证。使用CCK-8和EdU实验评估ANXA1敲低对RD-ES细胞增殖的影响。鉴定了ANXA1作为ES预后的关键基因。低ANXA1表达的患者的总生存时间较短,并且转移组中ANXA1的表达水平显著低于原发组(P<0.01)。此外,ANXA1低表达组中12种免疫细胞的丰度显著低于高表达组(所有P<0.05),这可能与免疫微环境的抑制有关。根据96个DEG构建了PPI网络,进一步鉴定了与ANXA1相关的五个模块基因(COL1A2,MMP9,VIM,S100A11和S100A4)。在验证两个ES细胞系后,ANXA1,COL1A2,MMP9,VIM,S100A11和S100A4的表达水平在ES细胞系和间充质干细胞之间显著不同(所有P<0.01)。在这些基因中,ANXA1,COL1A2,MMP9,VIM和S100A4与ES患者的预后显著相关(都P<0.05)。重要的是,ANXA1敲低显著促进了RD-ES细胞的增殖,这可能解释了ANXA1低表达组易于ES转移的原因。ANXA1可能作为ES患者的独立预后生物标志物,并与ES的转移和免疫抑制微环境相关,需要在进一步研究中进行验证。
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Stem Cell Research & Therapy
2023 Mar 29

JaydeepSidhaye,Phili...
Integrated transcriptome and proteome analysis reveals posttranscriptional regulation of ribosomal genes in human brain organoids.
Stem Cell Research & Therapy
在人类大脑皮层发育过程中,多能神经前体细胞产生兴奋性神经元和胶质细胞。对转录组和表观遗传组的研究揭示了重要的基因调控网络,支持这一关键发育事件。然而,人类皮层发生过程中基因表达和蛋白质丰度的转录后控制仍然不完全清楚。我们通过使用双记者细胞系培养人类端脑组织器,分离神经前体细胞和神经元,并进行细胞类别和发育阶段特异性的转录组和蛋白质组分析,解决了这个问题。将这两个数据集整合起来,揭示了人类皮层发生过程中的基因表达模块。对其中一个模块的研究发现了mTOR介导的5'TOP元素富集的翻译机制在早期神经前体细胞中的调控。我们表明,在早期神经前体细胞中,部分抑制核糖体基因的翻译可以防止分化标记物过早翻译。总的来说,我们的多组学方法提出了新颖的转录后调节机制,对于皮层发育的准确性至关重要。©2023年,Sidhaye、Trepte等人。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar 29

ZhenhuaChen,KerenZho...
Phosphorylation stabilized TET1 acts as an oncoprotein and therapeutic target in B cell acute lymphoblastic leukemia.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
尽管儿童B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)的总体生存率超过80%,但复发/难治和成人B-ALL患者的生存率仅为30%左右,表明有必要改善针对该亚组的治疗方法。在这里,我们展示了十一转位1(TET1)蛋白,这是一个涉及DNA去甲基化的二氧化酶,在B-ALL中过度表达并独立于其催化活性发挥关键的致癌作用。与其在B-ALL中的致癌作用一致,在正常前体B细胞中仅通过TET1的过度表达就足以将细胞转化并在3至4个月内引起B-ALL。我们发现,TET1蛋白因受蛋白激酶C epsilon(PRKCE)和ATM丝氨酸/苏氨酸激酶(ATM)介导的磷酸化而稳定且过度表达,这些激酶在B-ALL中也过度表达。机械上,TET1招募STAT5B到CD72和JCHAIN的启动子上,并促进它们的转录,进而促进B-ALL的发展。通过PKC或ATM抑制剂(staurosporine或AZD0156;均在临床试验中测试),或通过药理学瞄准STAT5B来不稳定TET1蛋白,可以极大地降低B-ALL细胞的存活率,并抑制体外和体内的B-ALL进展。 AZD0156与staurosporine或vincristine的组合在PDX模型中对抗复发/难治B-ALL细胞生存和白血病进展具有协同作用。总之,我们的研究揭示了TET1蛋白磷酸化在B-ALL独立于其催化活性的致癌作用,并强调了针对TET1信号的治疗潜力,用于治疗复发/难治性B-ALL。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar 29

PengboNing,HuiminYao...
Gene Reprogramming Armed Macrophage Membrane-Camouflaged Nanoplatform Enhances Bionic Targeted Drug Delivery to Solid Tumor for Synergistic Therapy.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
有效递送药物至实体瘤仍然是一个挑战。HER2阳性(HER2 + )肿瘤是一种侵略性癌症亚型,对治疗有抵抗性,高复发风险和预后不良。尽管纳米医学技术在肿瘤治疗中显示出明显的优势,但其潜在的临床应用仍受到递送效果和治疗效果不尽如人意的阻碍。本研究基于聚(乳酸-羟基乙酸)(PLGA)纳米粒子和工程修饰的巨噬细胞膜的共聚装体,开发出一种基于基因重编程的巨噬细胞膜包裹的药物载药纳米平台,用于HER2阳性(HER2 + )癌症治疗。在这个纳米平台中,近红外(NIR)荧光染料ICG或化疗药物多柔比星(DOX)被装载到PLGA核心中,同时抗HER2 affibody稳定表达在巨噬细胞的膜上。与传统巨噬细胞膜涂层的纳米颗粒相比,ICG / DOX @ AMNP纳米颗粒武装有抗HER2 affibody,在体外和体内均显示出良好的HER2靶向能力。小动物成像研究证实了药物递送的改善药代动力学和ICG / DOX @ AMNPs在HER2阳性(HER2 + )肿瘤中的特异性分布。从机制上讲,与DOX @ NPs或DOX @ MNPs纳米颗粒相比,DOX @ AMNPs通过诱导细胞凋亡和阻断PI3K / AKT信号通路,呈现出协同抑制HER2阳性(HER2 + )癌细胞或小鼠肿瘤生长的作用。总之,本研究提出了一种有前途的仿生纳米平台,用于高效地将化疗药物靶向递送至HER2阳性(HER2 + )肿瘤,展示了其在实体瘤治疗中的巨大潜力。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar

ShanshanShi,YuxiGong...
Mutations in Classical Signaling Pathways and Their Functional Impact in Microsatellite Instability High Colorectal Cancer.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
目的:高微卫星不稳定性(MSI-H)的结直肠癌(CRCs)是结直肠癌中的一个独特组。本研究调查了常见信号通路中基因突变及其在MSI-H CRC中的潜在临床意义。材料和方法:从384个原发性CRC中选择了25个MSI-H肿瘤,并从病历中收集了相关的临床和病理信息。使用商业套件和下一代测序(NGS)检测这些肿瘤中关键致癌基因的突变状态。使用原位杂交荧光染色和免疫组化验证NGS的结果。结果:本研究中,MSI-H占原发性CRC的6.51%,具有特殊的临床病理特征。NGS显示在目标基因中,平均每个肿瘤的突变数量为3.36,范围从1到9。在MSI-H CRCs中,有17个病例(68%)发生了RAS-RAF通路突变和18个病例(72%)发生了PI3K通路突变。其余两个病例包括EMAP样4-ALK受体酪氨酸激酶(EML4-ALK)融合和一个Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)错义突变。结论:本研究发现MSI-H CRCs中不同信号通路中多种变异相互存在,表明这种异质性肿瘤组需要复杂的治疗策略。因此,建议对这些患者进行额外的临床分子检测,如NGS,以确定适当的治疗策略。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar 27

FangfangDuan,HongLi,...
In vivo and molecular docking studies of the pathological mechanism underlying adriamycin cardiotoxicity.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
阿霉素(ADR)是临床应用广泛的有效的广谱抗肿瘤化学药物之一,可用于治疗成人和儿童的实体瘤和血液恶性肿瘤。然而,长期使用ADR会引起多种不良反应,包括时间和剂量依赖的心脏毒性,限制了其临床应用。此外,ADR诱导心脏毒性的机制仍不清楚。因此,我们使用斑马鱼作为动物模型,评估ADR毒性对胚胎心脏发育的影响,因为斑马鱼的胚胎心脏发育过程类似于人类的过程。斑马鱼胚胎暴露于1.25、2.5和5 mg/L的ADR会导致胚胎发育异常,出现心脏畸形、心包水肿、运动速度和活动减少以及静脉窦和动脉球之间距离(SV-BA)增加。ADR暴露导致前心肌中胚层形成期的心脏发育失调。我们还观察到心脏相关基因的不规则表达、凋亡基因表达的上调和氧化应激水平的剂量依赖性增加。此外,氧化应激诱导的凋亡对斑马鱼胚胎的心脏发育产生了有害影响,而天然色素虾青素(ATX)的治疗可以减轻这些心脏缺陷。ADR和Wnt途径相关基因具有很好的能量和空间匹配,ADR在斑马鱼中上调了Wnt信号通路。此外,IWR-1有效缓解了ADR引起的心脏缺陷。总之,我们证明了ADR对斑马鱼胚胎心脏发育的毒性作用可以为解释ADR诱导心脏毒性的发病机制提供理论依据,该作用通过上调氧化应激和Wnt信号通路发生,同时也为防治ADR诱导的心脏毒性提供了新思路。这些发现将有助于开发有效的治疗策略,以应对ADR诱导的心脏毒性,并拓展ADR在临床实践中的应用。 Copyright © 2023. Published by Elsevier Inc.
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar 29

AnshikaGoenka,XiaoSo...
Oncogenic Long Non-coding RNA LINC02283 Enhances PDGF Receptor A mediated Signaling and Drives Glioblastoma Tumorigenesis.
Epigenetics & Chromatin
长非编码RNA(lncRNA)调节复杂疾病和癌症的发病机制,包括胶质母细胞瘤(GBM)。然而,基于lncRNA的治疗因许多lncRNA与其结合伴侣的作用机制不完全了解而受到限制。我们使用转录组和基因组数据分析LINC02283与PDGFRA(血小板来源性生长因子受体A)之间的相关性。利用患者源性胶质瘤干细胞(GSCs)和正交移植的GBM裸鼠模型,评估了新型lncRNA的生物学功能。通过免疫印迹(IB)、qRT-PCR、RNA pull down、交联RNA免疫沉淀(CL-RIP)、荧光原位杂交和ASO介导的敲低,探究了LINC02283对PDGFRA信号的调控作用。利用病理诊断的GBM患者样本评估了LINC02283的表达。我们发现一种新的致癌性lncRNA,LINC02283,在PDGFRA突变驱动的胶质瘤患者组中高度表达,并与更差的预后相关。LINC02283基因共扩增PDGFRA位点,并与PDGFRA表达高度相关。在具有PDGFRA扩增突变的GSCs中剥夺LINC02283会减弱其肿瘤生成能力并增强正交移植GBM模型的生存率,而在具有野生型PDGFRA的GSCs中过表达LINC02283会增强PDGFRA信号传导并降低生存率。此外,LINC02283与PDGFRA相互作用以增强其信号以及其下游目标AKT和ERK的信号,从而促进GBM的肿瘤发生。我们的研究结果提供了LINC02283作为PDGFRA致癌活性和GBM恶性的调节因子的强有力证据,并支持lncRNA作为潜在治疗靶点的可能性。© 作者(们)2023年。由牛津大学出版社代表神经肿瘤学会出版。保留所有权利。有关权限,请发送电子邮件至:journals.permissions@oup.com。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar 22

XiaohongWang,ChiChun...
The N6-methyladenine DNA demethylase ALKBH1 promotes gastric carcinogenesis by disrupting NRF1 binding capacity.
Epigenetics & Chromatin
DNA的N6-甲基腺嘌呤(6mA)是一种表观遗传修饰,可以调节各种生物过程。我们的研究表明,胃癌细胞和肿瘤与正常的胃组织和细胞相比,6mA水平显著降低。6mA在周围的转录起始位点中丰富,出现在共识序列中。在6mA的调节因子中,一种去甲基化酶ALKBH1在胃癌组织中的表达显著高于相邻正常组织。此外,高表达与GC患者的不良生存率有关。在小鼠中,ALKBH1基因敲除会影响化学诱导的胃癌发生。机制上,ALKBH1介导DNA 6mA去甲基化从而抑制基因表达。具体地,6mA位点富含NRF1结合序列,成为ALKBH1去甲基化的靶点。ALKBH1介导的6mA去甲基化抑制了NRF1驱动的下游靶标的转录,包括多个参与AMP激活蛋白激酶(AMPK)信号通路的基因。因此,ALKBH1抑制了AMPK信号通路,导致代谢的转化进入沃尔布效应,从而促进肿瘤发生。版权所有©2023年作者。由Elsevier Inc.出版,版权所有。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Dec

HangZhai,SisiZhong,R...
Suppressing circIDE/miR-19b-3p/RBMS1 axis exhibits promoting-tumour activity through upregulating GPX4 to diminish ferroptosis in hepatocellular carcinoma.
Epigenetics & Chromatin
铁死亡是一种新近描述的铁依赖性非凋亡细胞死亡方式,与癌症进展密切相关。然而,在肝细胞癌(HCC)进展期间规避铁死亡的功能和机制仍然未知。在本研究中,我们报道了RNA结合基序单链相互作用蛋白1(RBMS1)参与了HCC的发展,并作为铁死亡的调节因子。临床上,RBMS1在HCC组织中下调,低RBMS1表达与更差的HCC患者生存率相关。机械上,RBMS1过表达通过减弱谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)的表达抑制了HCC细胞生长,并在体外和体内进一步促进了铁死亡。更重要的是,在HCC细胞中通过海绵miR-19b-3p鉴定了一种新的circIDE(hsa_circ_0000251),提高了RBMS1的表达。总的来说,我们的发现确定了circIDE / miR-19b-3p / RBMS1轴作为铁死亡的调节因子,这可能是一个有前途的治疗靶点和预后因子。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Dec

JoyNIsmail,SarahMant...
Phenotypic and transcriptomic impact of expressing mammalian TET2 in the Drosophila melanogaster model.
Epigenetics & Chromatin
十一氨基转移酶(TET)蛋白质最近被发现是多细胞生物中重要的表观遗传调控因子。啮齿动物中的TET knockdown研究突显出这些蛋白质对大脑的正确发育和功能起着关键作用。哺乳动物中mTET蛋白质和mTET2特别是在白血病和胶质瘤中经常发生突变和失调。因此,我们检查了果蝇(Drosophila melanogaster)幼虫血细胞和成年头部中mTET2在肿瘤发生中的作用。我们的发现显示,突变和野生型mTET2的表达导致成年果蝇普遍表型缺陷和腹部黑色质团的积累。值得注意的是,携带mTET2-R43G突变体的果蝇在mTET2的N-端表现出运动和昼夜节律行为缺陷以及寿命减少。携带催化结构域中的mTET2-R1261C突变,这是一种急性髓性白血病(AML)中常见的突变,影响了血细胞止血功能的变化。使用转录组方法,我们发现在果蝇头部上调免疫基因,这些基因不仅出现在TET2突变体中,而且在野生型mTET2的果蝇中也有发现。此外,抑制mTET2突变体中发现的基因(例如那些参与免疫途径、自噬和转录调节等方面的基因)的表达,导致果蝇存活力、行为和血细胞数的恢复。本研究确定了野生型mTET2与mTET2突变体(催化性与非催化性)的转录组谱,表明TET2在正常中枢神经系统(CNS)功能和先天免疫方面的角色。
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