肿瘤类器官

研究动态

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肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

TRANSPLANTATION

AmyRCross,LisaGartne...

Opportunities for High-plex Spatial Transcriptomics in Solid Organ Transplantation.

TRANSPLANTATION

过去5年已经见证了高复杂度空间转录组技术的发展和广泛应用。这种技术可以在原位检测和定量mRNA转录本，即可以从特定的细胞、结构、病变或解剖区域采样转录组特征，同时保留复杂组织中存在的物理关系。这些方法现在通常采用下一代测序技术，使得同时测量多个靶点，甚至包括整个mRNA转录组成为可能。至今，空间转录组学在神经科学和肿瘤学领域被广泛应用，但在移植科学中也有潜在的应用。移植具有对于诊断、监测和研究依赖于活检的明显优势。移植患者表现出多个器官的兴趣、临床进程、人口统计学和免疫抑制方案的独特特征。获取关于拒绝、耐受、感染、恶性肿瘤和损伤等疾病过程的高复杂度数据，可能会识别出新的治疗干预机会和生物标志物鉴定。在本文中，我们讨论当前可用的空间转录组技术及其在移植中的应用。版权所有©2023 Wolters Kluwer Health，Inc.。保留所有权利。

PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS

CovidaMootoosamy,Mar...

IL16 and factor V gene variations are associated with asparaginase-related thrombosis in childhood acute lymphoblastic leukemia patients.

PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS

目的：我们先前在急性淋巴细胞白血病患者中进行了全外显子关联研究，发现了5个单核苷酸多态性（SNP）与天冬氨酸酶相关性血栓形成有关。在这里，我们的目的是在一个独立的患者队列和体外分析中复制这些发现。患者与方法：分析在接受Dana-Farber癌症研究所急性淋巴细胞白血病治疗方案05-001和11-001的患者中，位于IL16，MYBBP1A，PKD2L1，RIN3和MPEG1基因中的SNP。也分析了与血栓倾向性相关的变异。结果：IL16 rs11556218使血栓形成的风险增加，并对天冬氨酸酶的体外敏感性增加。这种关联因治疗方案，风险组和免疫表型而异。还观察到因子V Leiden、非O血型和血栓形成风险增加之间的交叉反应。结论：IL16和因子V Leiden变异涉及到天冬氨酸酶相关性血栓形成。

HélèneNeyret-Kahn,Ja...

Epigenomic mapping identifies an enhancer repertoire that regulates cell identity in bladder cancer through distinct transcription factor networks.

肌层浸润性膀胱癌（BLCA）是一种侵袭性疾病。共识的BLCA转录亚型已经提出，其中两个主要的Luminal和Basal亚型呈现出不同的分子和临床特征。然而，这些不同的亚型是如何调节的仍然不清楚。我们假设不同超增强子的表观遗传激活可以推动BLCA亚型的转录程序。通过对原发肿瘤、癌细胞系和正常人尿道上皮组织的RNA测序和表观基因组学分析的整合，我们建立了BLCA的第一个综合表观遗传地图，并证明了亚型与表观遗传控制之间的联系。我们确定了激活超增强子的库，并强调了Basal、Luminal和Normal相关的SE。我们揭示了Luminal和Basal亚组的候选主转录因子的超增强子调控网络，包括FOXA1和ZBED2。FOXA1 CRISPR-Cas9突变触发了从Luminal到Basal表型的转变，证实了它在Luminal身份调节中的作用，并诱导了ZBED2的过表达。同时，我们展示了FOXA1和ZBED2在通过STAT2抑制炎症反应中发挥协同作用的作用。我们的研究深化了对肌层浸润性BLCA的表观遗传调控的理解，并识别了超增强子和相关转录因子的共同调控网络，为治疗这种侵袭性疾病提供了潜在的靶点。 ©2023.作者（们）

NMR IN BIOMEDICINE

AnaIsabelTristán,Enc...

Serum NMR metabolomics analysis of human metastatic colorectal cancer: biomarkers and pathway analysis.

NMR IN BIOMEDICINE

我们描述了使用NMR代谢组学来分析健康个体（n = 26）和转移性结直肠癌（CRC，n = 57）的血清样本。采用线性和非线性多变量数据分析技术，对代谢物进行评估，揭示了与转移性CRC相关的特定代谢物改变，包括乳酸、谷氨酸和丙酮酸水平升高，某些氨基酸和总脂肪酸水平降低。还发现生物标志物比例，如谷氨酸/谷氨酰胺和丙酮酸/丙氨酸，与CRC相关。该研究还发现谷氨酸与无进展生存相关，并且谷氨酸和3-羟基丁酸是转移性CRC的风险因素。此外，使用GC-FID分析脂肪酸谱，并对代谢物进行通路分析，以了解CRC涉及的代谢过程。还发现CRC患者血液中某些代谢物与某些临床特征有关。本文受版权保护，保留所有权利。

MOLECULAR PHARMACEUTICS

RinaHashimoto,Tomoka...

Evaluation of Broad Anti-Coronavirus Activity of Autophagy-Related Compounds Using Human Airway Organoids.

MOLECULAR PHARMACEUTICS

为了处理威胁人类健康的广泛冠状病毒（包括严重急性呼吸综合症冠状病毒2型（SARS-CoV-2）），不仅需要研发能够针对病毒蛋白的药物，还需考虑针对宿主蛋白质/细胞过程的药物，以保护它们不被病毒感染和复制。为此，有报道称自噬与冠状病毒感染有密切关系。在这项研究中，我们使用气道器官样去筛选自噬调控剂的化学库，以确定能够潜在用于对抗广泛范围冠状病毒感染的化合物。在测试的80种自噬相关化合物中，环丙环素和硫酸白藜芦醇以剂量依赖性的方式降低了SARS-CoV-2的感染效率。环丙环素不仅可降低六种SARS-CoV-2变体的感染效率，还可降低人类冠状病毒（HCoV）-229E和HCoV-OC43的感染效率。环丙环素治疗也逆转了病毒感染引起的先天免疫反应。然而，即使是低剂量（1μM）的环丙环素治疗也会改变核糖体RNA的表达谱，因此必须考虑宿主细胞中蛋白质合成的抑制等副作用。这些结果表明，环丙环素在体外具有广谱的抗冠状病毒活性，并需要进一步研究。

MEDICINE & SCIENCE IN SPORTS & EXERCISE

SanderPuts,MartijnNo...

How Natural Language Processing Can Aid With Pulmonary Oncology Tumor Node Metastasis Staging From Free-Text Radiology Reports: Algorithm Development and Validation.

MEDICINE & SCIENCE IN SPORTS & EXERCISE

自然语言处理（NLP）被认为是从自由文本中提取和以结构化的方式存储概念，用于数据挖掘目的的有前途的解决方案。这也适用于放射学报告，其中仍然主要由自由文本组成。准确和完整的报告对于临床决策支持非常重要，例如在肿瘤分期中。因此，NLP可以成为结构化放射学报告内容的工具，从而增加报告的价值。本研究描述了肺癌N分期分类器的实现和验证。它基于按肿瘤、淋巴结和转移（TNM）分类进行的自由文本放射性胸部计算机断层扫描报告，将已有的T分期分类器添加到其中，创建了一个组合的TN分期分类器。使用SpaCy、PyContextNLP和正则表达式进行适当的信息提取，设置了额外的规则以准确提取N分期。总的TN分期分类器准确度得分分别为训练（N=95）和验证（N=97）集为0.84和0.85。这与T分期分类器的结果（0.87-0.92）相当。这项研究表明，在按TNM分级系统对从自由文本放射性报告中的肺癌进行分类方面，NLP具有潜力，因为T分期和N分期都可以高精度提取。 ©Sander Puts，Martijn Nobel，Catharina Zegers，Iñigo Bermejo，Simon Robben，Andre Dekker。最初发表于JMIR Formative Research（https://formative.jmir.org），2023年3月22日。

JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY

FaheemAhmed,InSukKan...

Drug Repurposing for viral cancers: A paradigm of machine learning, deep learning, and Virtual screening-based approaches.

JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY

癌症管理是卫生组织的主要关注点，病毒性癌症约占已知人类癌症的15.4%。由于患者数量众多，需要高效的病毒性癌症治疗。新药发现是耗时费力且成本高昂，在临床阶段的失败率很高。为解决这个问题并为患者提供更快速的病毒性癌症治疗，药物再利用成为一种有效的替代方案，旨在寻找FDA认可药物的其他适应症。应用于病毒性癌症的药物再利用研究已尝试寻找已存在的药物是否可用于治疗病毒性癌症。目前已经引入了多种药物再利用方法，在病毒性癌症方面取得了成功的结果，并已成功再利用多种药物治疗不同的病毒性癌症。本文提供了病毒性癌症相关数据库、工具和不同的机器学习、深度学习和虚拟筛选基于药物再利用研究的批判性评论，重点关注病毒性癌症。此外，介绍了病毒性癌症的机制，以及针对每种病毒性癌症的药物再利用案例研究。最后提供了各种方法的限制和挑战以及可能的解决方案。本文受版权保护。保留所有权利。

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY

GörelOdeberg,AnnaBlä...

Infection or Contamination with Rothia, Kocuria, Arthrobacter and Pseudoglutamicibacter-a Retrospective Observational Study of Non-Micrococcus Micrococcaceae in the Clinic.

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY

Rothia、Kocuria、Arthrobacter和Pseudoglutamicibacter是微球菌科家族内的细菌物种。人类感染这些细菌的知识相对有限。本研究旨在检查非微球菌微球菌科（NMM）引起感染的特征。从瑞典隆德Skåne地区临床微生物学部门的记录中确定了2012年至2021年从血液培养和其他无菌培养中找到的NMM的发现。回顾性地审核了医疗记录。定义真正的感染是指具有感染迹象，没有更有可能的病原体和其他局部感染，以及两个阳性血液培养或一个阳性血液培养和一个血管内装置。共纳入197名在血液培养中发现NMM的患者。在细菌血症的成年患者中，有29名患者（22％）被认为是真正的感染。与污染样本患者（24％、3％和8％）相比，真正感染的成年患者更有可能患有恶性肿瘤（69％）、白细胞减少症（62％）和化学治疗（66％）（P <0.001）。共有31名患者在其他无菌培养中发现了NMM，其中关节（n = 4）、起搏器（n = 1）和腹膜透析液（n = 1）中感染被认为是真正的。由于NMM引起的感染较为罕见。在免疫受损的患者中，应怀疑血液培养中的NMM生长可能是真正的感染。

International Journal of Nanomedicine

HuanShi,LanChen,Yanl...

Bacteria-Driven Tumor Microenvironment-Sensitive Nanoparticles Targeting Hypoxic Regions Enhances the Chemotherapy Outcome of Lung Cancer.

International Journal of Nanomedicine

化疗仍在癌症治疗中发挥着主导作用。然而，传统化疗药物无法到达实体瘤缺氧区域，显著削弱了它们的疗效。细菌介导的药物输送系统可以是一种有效的靶向策略，改善癌症治疗的疗效。厌氧菌具有选择性地将药物负载运输到肿瘤的缺氧区域的独特能力。我们设计了一种基于婴儿双歧杆菌(Bif)的生物杂交体(Bif@PDA-PTX-NPs)，用于将多巴胺多聚物(PDA)包裹的紫杉醇纳米颗粒(PTX-NPs)输送至肿瘤组织。自驱动的Bif@PDA-PTX-NPs保持了PTX的毒性以及Bif的缺氧寄生倾向。此外，Bif@PDA-PTX-NPs明显抑制了裸鼠移植瘤A549的生长，并与其他没有任何系统性或局部毒性的PTX配方相比，延长了携带肿瘤的小鼠的存活时间。Bif@PDA-PTX-NPs生物杂交体为实体瘤的靶向化疗提供了新的治疗策略。© 2023 Shi等。

International Journal of Nanomedicine

Zhi-XinZhong,Xu-Zhao...

Disulfide Bond-Based SN38 Prodrug Nanoassemblies with High Drug Loading and Reduction-Triggered Drug Release for Pancreatic Cancer Therapy.

International Journal of Nanomedicine

化疗是治疗癌症的重要和有效的治疗策略，经常被使用。基于小分子前药的纳米组装物（SMPDNAs）将前药和纳米医学的优势结合成单个纳米组装物，具有高药物负载量、增加的稳定性和改善的生物相容性。本研究中，设计了一种二硫键插入的7-乙基-10-羟基喜树碱（SN38）前药，然后用于制备选择性被富含谷胱甘肽（GSH）的肿瘤部位激活的纳米组装物（SNSS NAs）。进行了SNSS NAs的表征以及它们在胰腺癌模型中的体外和体内抗肿瘤效应评估。体外发现SNSS NAs表现出GSH诱导的SN38释放和细胞毒性。SNSS NAs已经证明对肿瘤组织具有被动靶向作用，与伊立替康（CPT-11）相比呈现出更好的抗肿瘤效果，同时在双倍剂量治疗下具有令人满意的生物相容性。本研究开发的SNSS NAs为制备具有改善的抗肿瘤效果和生物安全性的SN38基纳米递送系统提供了一种新的方法。© 2023 Zhong等。