研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Mar 18
HaoteLiang,KemingWu,...
Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing.
GENES & DEVELOPMENT
代谢重编程对于建立肿瘤微环境至关重要。谷氨酰胺已被认为在癌症代谢中具有重要作用,但其在透明细胞肾癌(ccRCC)中的作用尚未得到确认。从癌症基因组图谱(TCGA,539个ccRCC样本和59个正常样本)数据库和GSE152938(5个ccRCC样本)中获取了患有ccRCC的病人的转录组数据和单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据。从MSigDB数据库获取了与谷氨酰胺代谢相关的不同表达基因(GRGs)。共识聚类分析区分了与代谢相关的ccRCC亚型。使用LASSO-Cox回归分析构建了代谢相关的预后模型。ssGSEA和ESTIMATE算法评估了TME中免疫细胞浸润的水平,TIDE则获得了免疫治疗敏感性评分。使用细胞间通信分析观察了目标基因在细胞亚群中的分布和作用。使用图像特征提取和机器学习算法构建了图像基因组模型。结果:确定了14个GRGs。与群集1相比,代谢群集2的总生存率和无进展生存率更低。在C1中,矩阵/ESTIMATE /免疫得分降低,但在C2中,肿瘤纯度增加。高风险组的免疫细胞更加活跃,其中CD8 + T细胞,滤泡辅助T细胞,Th1细胞和Th2细胞显着高于低风险组。 免疫检查点的表达水平在两组之间也存在显着差异。RIMKL主要出现在单细胞分析的上皮细胞中,ARHGAP11B则分布稀疏。图像基因组模型在帮助临床决策方面证明了其有效性。谷氨酰胺代谢在ccRCC的免疫TME形成中发挥着至关重要的作用。它在区分风险和预测ccRCC患者生存方面非常有效。图像特征可以用作预测ccRCC免疫疗法的新生物标志物。©2023年作者,独家许可Springer-Verlag GmbH Germany,Springer Nature的一部分。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Mar 18
FanYang,YanYu,Hongzh...
Prognostic subtypes of thyroid cancer was constructed based on single cell and bulk-RNA sequencing data and verified its authenticity.
GENES & DEVELOPMENT
甲狀腺癌(THCA)的死亡率增加,這是最常見的內分泌惡性腫瘤。通過分析23個THCA腫瘤樣本的單細胞RNA测序(Sc-RNAseq)數據,我們確定了THAC微環境中的六種不同細胞類型,表明局部腫瘤多樣性高。通過對免疫亞群細胞、髓樣細胞、癌相關成纖維細胞和甲狀腺細胞亞集進行重新分類,我們深入揭示了甲狀腺癌的腫瘤微環境差異。通過對甲狀腺細胞亞集的深入分析,我們確定了甲狀腺細胞退化的過程(正常、中間、惡性細胞)。通過細胞間通信分析,我們發現甲狀腺細胞與成纖維細胞和B細胞在MIF信號通路上有著強烈的聯繫。此外,我們還發現甲狀腺細胞與B細胞、TampNK細胞和骨髓細胞之間存在著強烈的相關性。最後,我們基於從單細胞分析中不同ially基因表達開發了一個預後模型。在訓練集和測試集中,它能夠有效預測甲狀腺癌患者的生存。此外,我們發現高風險和低風險患者的免疫亞群細胞組成存在顯著差異,這可能是其不同預後的原因。通過體外實驗,我們確定NPC2的沉默可以顯著促進甲狀腺癌細胞的凋亡,而NPC2可能是甲狀腺癌的潛在治療靶點。在本研究中,我們基於Sc-RNAseq數據開發了一個良好的預後模型,揭示了甲狀腺癌的細胞微環境和腫瘤多樣性。這將有助於在臨床診斷中為患者提供更準確的個性化治療。© 2023作者(S),在Springer-Verlag GmbH Germany的專屬許可下,屬於Springer Nature的一部分。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Mar 18
YanzhiGai,LihengQian...
Vacuolar protein sorting 35 (VPS35) acts as a tumor promoter via facilitating cell cycle progression in pancreatic ductal adenocarcinoma.
GENES & DEVELOPMENT
胰管腺癌(PDAC)具有隐匿性和高度恶性特征,预后极差,对目前化疗药物存在药物耐受性。因此,有迫切需要研究PDAC进展的分子机制,以开发有前途的诊断和治疗干预措施。同时,涉及膜蛋白的分拣、转运和定位的液泡蛋白分拣(VPS)蛋白已逐渐引起癌症研究人员的关注。虽然已有研究报道VPS35促进癌症进展,但其具体分子机制仍不清楚。在此,我们确定了VPS35对PDAC肿瘤发生的影响,并探讨了其潜在的分子机制。我们使用来自GTEx(对照)和TCGA(肿瘤)的RNAseq数据对46个VPS基因进行了全癌分析,并通过富集分析预测了VPS35在PDAC中的潜在功能。此外,我们通过细胞克隆实验、基因敲除、细胞周期分析、免疫组化和其他分子和生化实验,验证了VPS35的功能。结果表明,VPS35在多种癌症中高表达且与PDAC的不良预后有关。与此同时,我们证实VPS35能够调节细胞周期并促进PDAC中的肿瘤细胞生长。因此,我们提供了充分的证据表明,VPS35作为PDAC临床治疗的关键新靶点,能够促进细胞周期进程。 © 2023年作者授予Springer-Verlag GmbH Germany专属许可,隶属于Springer Nature。
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GENES & DEVELOPMENT
2023 Mar 18
MenghanZhou,Shenling...
H3K27me3 Inactivates SFRP1 to Promote Cell Proliferation via Wnt/β-Catenin Signaling Pathway in Esophageal Squamous Cell Carcinoma.
GENES & DEVELOPMENT
组蛋白甲基化通常被认为通过调节癌相关基因在多种癌症中发挥重要作用。本研究旨在研究H3K27me3介导的抑癌基因SFRP1的失活作用及其在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的功能。我们对ESCC细胞中富含H3K27me3的基因组DNA片段进行了ChIP-seq筛选,以筛选出可能被H3K27me3调节的抑癌基因。使用ChIP-qPCR和Western blot探索了H3K27me3与SFRP1之间的调节机制。使用定量实时聚合酶链反应(q-PCR)评估了29对ESCC手术样本中SFRP1的表达水平。利用细胞增殖实验、集落形成实验和划痕愈合实验检测了SFRP1在ESCC中的功能。我们的研究结果表明,H3K27me3广泛分布于ESCC细胞的基因组中。具体而言,我们发现H3K27me3沉积在SFRP1启动子上游区域,并使SFRP1表达失活。此外,我们发现ESCC组织中SFRP1明显下调,与邻近非肿瘤组织相比,SFRP1表达与TNM分期和淋巴结转移显著相关。体外细胞实验表明,过表达SFRP1显著抑制了细胞增殖,并与细胞核内β-连接蛋白的表达负相关。我们的研究揭示了一个以前未被发现的发现,即H3K27me3介导的SFRP1通过失活Wnt/β-连接蛋白信号通路抑制了ESCC的细胞增殖。©2023年。作者(们),在Springer Science+Business Media,LLC的独家许可下,隶属于Springer Nature。
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EUROPEAN RADIOLOGY
2023 Mar 18
SoHyunPark,BohyunKim...
Estimating postsurgical outcomes of patients with a single hepatocellular carcinoma using gadoxetic acid-enhanced MRI: risk scoring system development and validation.
EUROPEAN RADIOLOGY
使用增强磁共振成像(MRI)和临床因素开发和验证危险评分系统,以预测单一肝细胞癌(HCC)复发无病生存率(RFS)。从两个中心回顾性纳入经过治疗单一HCC的连续295名患者,并建立Cox比例风险模型来开发危险评分系统,使用外部数据验证其鉴别能力,并与巴塞罗那肝癌诊所(BCLC)或美国联合委员会癌症(AJCC)分期系统进行比较,使用Harrell的C指数。独立变量为肿瘤大小(每厘米;风险比[HR],1.07;95%置信区间[CI]:1.02-1.13;p = 0.005),靶样外观(HR,1.74;95%CI:1.07-2.83;p = 0.025),可影像化的静脉内肿瘤或肿瘤血管侵犯(HR,2.59;95%CI:1.69-3.97;p<0.001),肝胆相位中有非高血供低信号结节的存在(HR,4.65;95%CI:3.03-7.14;p<0.001),以及病理大血管侵犯(HR,2.60;95%CI:1.51-4.48;p = 0.001)-与肿瘤标志物(AFP ≥ 206 ng / mL或PIVKA-II ≥ 419 mAU / mL)预测术前和术后危险评分系统。验证集中的风险评分显示相当好的鉴别能力(C指数为0.75-0.82),并且在BCLC(C指数为0.61)和AJCC分期系统(C指数为0.58)之上表现出色(ps<0.05)。术前评分系统将患者分类为无复发风险、中度风险和高风险组,其2年复发率分别为3.3%、31.8%和85.7%。开发和验证的术前和术后危险评分系统可以估计单一HCC手术后RFS。• 风险评分系统比BCLC和AJCC分期系统更好地预测了RFS(C指数为0.75-0.82,而0.58-0.61;ps<0.05)。• 与肿瘤标志物相结合,五个变量 - 肿瘤大小,靶样外观,可影像化的静脉内肿瘤或肿瘤血管侵犯,肝胆相位中有非高血供低信号结节的存在以及病理大血管侵犯 - 预测了单一HCC的手术后RFS。• 使用术前可获得的因素的风险评分系统将患者分为三个不同的风险组,在验证集中,低风险组、中度风险组和高风险组的2年复发率分别为3.3%、31.8%和85.7%。© 2023年。作者(s),独家许可欧洲放射学会。
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Eur J Nucl Med Mol I
2023 Mar 18
SamueleGhezzo,PaolaM...
Role of [68Ga]Ga-PSMA-11 PET radiomics to predict post-surgical ISUP grade in primary prostate cancer.
Eur J Nucl Med Mol I
这项研究的目的是探讨[68Ga]Ga-PSMA-11 PET放射学在预测原发性前列腺癌(PCa)手术后国际泌尿学病理学会(PSISUP)分级中的作用。该回顾性研究包括47例在进行根治性前列腺切除术前接受[68Ga]Ga-PSMA-11 PET检查的患者。全前列腺在PET图像上手动勾画,并提取了103个符合图像生物标记标准化倡议(IBSI)的放射学特征(RF)。然后,使用最小冗余最大相关性算法选择特征,并使用4个最相关的RF的组合对12个放射学机器学习模型进行训练,以预测PSISUP分级:ISUP≥4 vs ISUP<4。 机器学习模型通过五倍重复交叉验证进行验证,并生成了两个对照模型来评估我们的发现是否是虚假关联。对于所有生成的模型,收集了平衡精度(bACC),并使用Kruskal-Wallis和Mann-Whitney测试进行比较。还报告了敏感性、特异性和阳性和阴性预测值,以提供模型性能的完整概述。最佳表现模型的预测与活检时的ISUP分级进行了比较。在前列腺切除术后,9/47例患者的ISUP分级升级,导致bACC = 85.9%,SN = 71.9% ,SP = 100%,PPV = 100%和NPV = 62.5%,而表现最佳的放射学模型产生的bACC = 87.6%,SN = 88.6%,SP = 86.7%,PPV = 94%和NPV = 82.5%。训练至少使用2个RF(GLSZM-Zone Entropy和Shape-Least Axis Length)的所有放射学模型均优于对照模型。相反,在训练2个或更多RF的放射学模型中未发现显着差异(Mann-Whitney p> 0.05)。这些发现支持[68Ga]Ga-PSMA-11 PET放射学在准确和非侵入性地预测PSISUP分级方面的作用。 ©2023。作者(s)在Springer-Verlag GmbH Germany的独家许可下,属于Springer Nature。
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Eur J Nucl Med Mol I
2023 Mar 18
MasoomehRahimpour,Ro...
A multi-label CNN model for the automatic detection and segmentation of gliomas using [18F]FET PET imaging.
Eur J Nucl Med Mol I
此研究的目的是开发一种卷积神经网络(CNN),利用[18F]氟乙基-L-酪氨酸([18F]FET)PET自动检测和切割胶质瘤。回顾性地纳入了进行过20-40分钟固定[18F]FET PET扫描的93名患者(其中84名在院内,7名在外部)。两位核医学医师在MIM软件中定义了病变和背景区域,一个专家读者的勾画用作CNN模型的训练和测试基准,而第二个专家读者的勾画则用于评估读者之间的一致性。开发了一种多标签CNN来分割病变和背景区域,而单标签CNN则用于仅进行病变分割。通过将[18F]FET PET扫描分类为未分割肿瘤和相反情况来评估病变可检测性,同时使用dice相似系数(DSC)和分割肿瘤体积评估分割性能。使用最大和平均肿瘤到平均背景摄取率(TBRmax / TBRmean)评估定量精度。使用院内数据进行三倍交叉验证(CV)训练和测试CNN模型,而使用外部数据进行独立评估以评估两个CNN模型的普适性。根据三倍CV,与单标签CNN模型相比,多标签CNN模型实现了88.9%的灵敏度和96.5%的准确度,可将[18F]FET PET扫描分为阳性和阴性,而单标签CNN模型则仅实现了35.3%的灵敏度和83.1%的准确度。此外,多标签CNN模型允许准确估计最大/平均病灶和平均背景摄取量,从而实现了准确的TBRmax / TBRmean估计,相对于半自动方法,可以最小化用户交互和潜在的读者之间差异性。在病变分割方面,多标签CNN模型(DSC = 74.6 ± 23.1%)表现出与单标签CNN模型(DSC = 73.7 ± 23.2%)相等的性能,单标签和多标签模型估计的肿瘤体积(分别为22.9 ± 23.6 ml和23.1 ± 24.3 ml)与专家读者估计的肿瘤体积(24.1 ± 24.4 ml)基本相似。两个CNN模型的DSC与第二位专家读者根据第一位专家读者的病灶分割所得的DSC相一致,而使用院内数据确定的检测和分割性能得到了使用外部数据进行的独立评估的证实。建议的多标签CNN模型通过高灵敏度和准确度检测阳性[18F]FET PET扫描。一旦检测到,便实现了准确的肿瘤分割和背景活动估计,从而最小化用户交互和可能的读者之间的差异性。 ©2023年作者,独家许可Springer-Verlag GmbH Germany,属于Springer Nature。
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EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION
2023 Mar 18
SurmeetKaur,Jatinder...
Multifaceted Role of Galectin-4 In Cancer: A Systematic Review.
EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION
凝集素是β-半乳糖苷结合蛋白质。凝集素-4在癌症进展/转移方面表现出影响,特别是在消化系统癌症中。这可以归因于细胞膜分子的改变糖基化模式,这是肿瘤发生的特征属性。本文的目的是系统地回顾不同癌症中的凝集素-4及其在疾病进展中的作用。研究基于Systematic Review和Meta-Analysis (PRISMA)指南设计。使用PubMed、Scopus、Web of Science和Science Direct搜索相关文献与关键词"凝集素-4 AND 癌症"、"凝集素-4"、"LGALS4"和"LGALS4 AND 癌症"。研究选择的包括完整的文章、英文文章和与当前主题即凝集素-4和癌症相关的文章。排除的研究条件是研究其他疾病状况、与癌症或凝集素-4无关的干预和偏见结果。从数据库中删除重复后共检索到73篇文章,其中40篇符合包括低到中等偏倚在内的入选标准。这些包括23篇消化系统、5篇生殖系统、4篇呼吸系统和2篇脑和尿路上皮癌研究。观察到在不同的癌症阶段/类型中存在凝集素-4的差异表达。此外,发现凝集素-4能够调节疾病进展。关于凝集素-4生物学不同方面的元分析和全面的机制研究,可以给出统计驱动的相关性,阐明凝集素-4在癌症中的多方面角色。本文受版权保护。版权所有。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Mar 18
ShilinLi,ShashaJiang...
Pre-Induced ICD Membrane-Coated Carrier-Free Nanoparticles for the Personalized Lung Cancer Immunotherapy.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
免疫疗法在临床肺癌治疗中是必需的辅助方法。单一免疫辅助疗法由于其药物代谢快速,不能高效累积在肿瘤部位,未能展现期望的临床治疗效果。免疫原性死亡(ICD)是新型的抗肿瘤策略,结合免疫辅助剂使用。它可以提供肿瘤相关抗原,激活树突状细胞,并吸引淋巴细胞进入肿瘤微环境。本研究使用多柔比星诱导的肿瘤细胞膜包裹的铁(II)-胞嘧啶-腺嘌呤纳米粒(DM@NPs)有效地共同传递肿瘤相关抗原和辅助剂。DM@NPs表面的ICD相关膜蛋白更高表达导致DCs对DM@NPs的吞噬增强,从而促进DCs的成熟和前炎细胞因子的释放。DM@NPs可以显著增加T细胞浸润,重构肿瘤免疫微环境并在体内抑制肿瘤进展。这些发现揭示了预诱导ICD肿瘤细胞膜包裹纳米粒可以增强免疫疗法反应,为肺癌提供了有效的仿生纳米材料基础的治疗策略。 ©2023 Wiley-VCH GmbH。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Mar 18
HuanQin,HaiyanHu,Xim...
Antitumor effect of neoantigen-reactive T cells combined with PD1 inhibitor therapy in mouse lung cancer.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
肿瘤突变产生的新抗原是T细胞免疫治疗的重要靶点,免疫检查点阻断已被批准用于治疗多种实体瘤。我们研究了在小鼠模型中采用养成性新抗原反应性T细胞(NRT)和编程细胞死亡蛋白1抑制剂(抗PD1)联合治疗肺癌的潜在好处。NRT细胞是通过共培养T细胞和新抗原RNA疫苗诱导的树突状细胞制备的。然后,将养成性NRT细胞与抗PD1联合使用,应用于带肿瘤荷瘤的小鼠。前后治疗的细胞因子分泌、抗肿瘤功效和肿瘤微环境(TME)变化进行了体外和体内评估。我们成功基于本研究确定的5个新抗原表位产生了NRT细胞。NRT细胞在体外表现出增强的细胞毒性表型,而联合治疗则导致肿瘤生长减弱。此外,这种联合策略还降低了肿瘤浸润性T细胞上PD-1抑制标志的表达,促进了肿瘤特异性T细胞向肿瘤部位的转移。在联合应用抗PD1疗法的情况下,养成性NRT细胞的移植具有抗肿瘤作用,是治疗实体瘤的可行、有效和新颖的免疫治疗方案。© 2023年,作者(们)在Springer-Verlag GmbH Germany的排他许可下,Springer Nature的一部分。
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