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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Mar 11

MahdieMortezapour,Le...
Identification of key genes in colorectal cancer diagnosis by co-expression analysis weighted gene co-expression network analysis.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
本研究旨在利用生物信息学工具鉴定结直肠癌的生物标志物和分子因子,以有效地诊断和治疗此疾病。我们利用从GEO数据库检索到的数据序列,确定了与结直肠癌(CRC)相关的不同表达的基因(DEGs)。随后进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)以探索与CRC诊断相关的共表达模块。接着,评估了综合模块与CRC阶段等临床特征之间的关系,并对所选定的模块基因进行了其他下游分析。
本研究在执行WGCNA方法后,选择了一个名为“蓝色模块”的模块,该模块与CRC阶段更显著相关,用于进一步评估。之后,通过Cytoscape评估所构建的154个蓝色模块基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络时确定了八个中心基因。在这八个中心基因中,MMP9、SERPINH1、COL1A2、COL5A2、COL1A1、SPARC和COL5A1在CRC中的上调已在其他微阵列和TCGA数据中得到验证。根据mRNA-miRNA相互作用网络的结果,发现SERPINH1是miR-940的靶基因。最后,DGIDB数据库的结果表明,Andecaliximab、羧化葡萄糖胺、Marimastat、Tozuleristide、S-3304、Incyclinide、姜黄素、Prinomastat、Demethylwedelolactone和Bevacizumab等可作为治疗MMP9的靶向治疗药物。此外,Ocriplasmin和Collagenase clostridium histolyticum可靶向COL1A1、COL1A2、COL5A1和COL5A2。
综合本研究的结果表明,结直肠癌中七个中心基因(COL1A2、COL5A1、COL5A2、SERPINH1、MMP9、SPARC和COL1A1)的上调可作为CRC的诊断和进展生物标志物。另一方面,靶向SERPINH1的miR-940可作为CRC的潜在生物标志物。此外,Andecaliximab、羧化葡萄糖胺、Marimastat、Tozuleristide、S-3304、Incyclinide、姜黄素、Prinomastat、Demethylwedelolactone、Bevacizumab、Ocriplasmin以及Collagenase clostridium histolyticum被引入为CRC的治疗剂,其治疗潜力应通过实验评估。 Copyright © 2023 Elsevier Ltd. All rights reserved.
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Mar 11

DongmeiAi,XiaomengZh...
Tumor tissue microorganisms are closely associated with tumor immune subtypes.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
研究发现,同一肿瘤中存在不同的免疫亚型。不同肿瘤亚型具有不同的肿瘤微环境(TME)。这意味着在实际应用中,免疫疗法的疗效将有不同的结果。现有的肿瘤免疫亚型研究大多集中于免疫细胞、基质细胞、基因和分子,而无法考虑微生物的存在。一些研究表明,微生物能够强烈促进许多胃肠癌症。因此,微生物组成已成为癌症进展和治疗反应的重要生物标志物和调节因素。此外,微生物的存在可以强烈调节宿主免疫系统,从而间接影响肿瘤的生长。综上所述,研究肿瘤组织微生物、肿瘤免疫亚型和TME之间的关系至关重要。在本研究中,研究了微生物丰度、免疫细胞浸润、免疫基因表达和肿瘤免疫亚型之间的相关性。为此,通过对比203个胃癌和肠癌样本,获得了在不同癌症之间存在显著差异的组织微生物和免疫细胞比例。通过K-means聚类算法获得了两个肠癌样本的免疫亚型,并通过Wilcoxon秩和检验筛选出了不同免疫亚型之间存在显著差异的组织微生物、免疫细胞比例和免疫相关基因。结果表明,难辨梭菌(Clostridioides difficile)、烟曲霉菌(Aspergillus fumigatus)、油脂酵母菌(Yarrowia lipolytica)和穗状假单胞菌(Fusarium pseudograminearum)都与确定的肿瘤免疫亚型密切相关。我们的开源软件可从GitHub免费获取,网址为https://github.com/gutmicrobes/IMM-subtype.git。版权所有©2023 Elsevier Ltd.
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar 15

XianLiu,XinyuXiao,Xu...
Natural flavonoids alleviate glioblastoma multiforme by regulating long non-coding RNA.
Epigenetics & Chromatin
Glioblastoma multiforme(GBM)是成人最常见的原发性恶性脑肿瘤之一。由于患者预后不良,GBM的中位生存时间通常不到1年。因此,找到在GBM治疗或预防方面具有良好预后的新治疗选择非常必要。近年来,类黄酮被频繁用于癌症治疗。它是一种新的有吸引力的分子,可以实现这种有前途的治疗选择。类黄酮已经被证明具有许多生物学功能,例如抗氧化作用、预防血管生成、抗炎作用、抑制癌细胞增殖和保护神经细胞等。它还表现出调节长链非编码RNA(LncRNA)的能力。研究证实,通过LncRNA在基因水平上,类黄酮可以调节GBM的表观遗传修饰、转录和改变miRNA(微小RNA)表达。研究还发现,通过调节LncRNA,类黄酮可以诱导GBM细胞凋亡和自噬。此外,它可以改善GBM的代谢异常,干扰肿瘤微环境和相关信号通路,并抑制GBM细胞的血管生成。最终,类黄酮可以阻止肿瘤的启动、生长、增殖、分化、侵袭和转移。在这篇综述中,我们强调了LncRNA在GBM癌症进展中的作用和类黄酮对LncRNA调节的影响,并强调它们在预防和治疗GBM中的预期作用。版权所有©2023 Elsevier Masson SAS出版。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar 15

LinzhuoHuang,RuiXu,W...
Repolarization of macrophages to improve sorafenib sensitivity for combination cancer therapy.
Epigenetics & Chromatin
索拉非尼是肝细胞癌(HCC)治疗的一线药物。然而,HCC患者通常在6个月内获得对索拉非尼治疗的耐药性。最近的证据表明具有抗血管生成效应(如索拉非尼)的抗癌药物可以加重低氧微环境并促进更多的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)浸润到肿瘤组织中。因此,期望TAMs表型的极性化不仅能消除TAMs对索拉非尼致HCC细胞的致命影响,还可以提供额外的抗癌效应,以实现联合治疗。然而,由于正常组织中不特异性巨噬细胞极性化,免疫副作用仍然是一个巨大的挑战。在此,我们采用肿瘤微环境(TME)pH响应性纳米平台同时运输索拉非尼和修饰的雷西奎莫德(R848-C16)。该纳米颗粒(NP)平台是由TME pH响应性甲氧基聚乙二醇-聚乳酸-羟基丁酸共聚物制成的。在静脉注射后,共递送NP能高度积累在肿瘤组织中,然后响应TME pH以分离其表面的PEG链。通过PEG的去除以增强TAMs和HCC细胞的摄取,共递送NP能通过索拉非尼介导的对HCC细胞的致死作用和R848介导的对TAMs的极化来组合抑制HCC肿瘤生长。重要性声明:具有抗血管生成效应的抗癌药物(如索拉非尼)可以加重低氧微环境并促进更多的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)浸润到肿瘤组织中以限制抗癌作用。在这项工作中,我们设计并开发了一个肿瘤微环境(TME)pH响应性纳米平台,用于在肝细胞癌(HCC)治疗中系统共递送索拉非尼和雷西奎莫德。这些共递送NP显示出高的肿瘤积累,并且可以响应TME pH以增强TAMs和HCC细胞的摄取。通过索拉非尼介导的对HCC细胞的致死作用和R848介导的对TAMs的极化,共递送NP在异位移植和正位肿瘤模型中均显示出对HCC肿瘤生长的联合抑制作用。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar 17

JialiCheng,TongGe,Xi...
Preclinical development and evaluation of nanobody-based CD70-specific CAR T cells for the treatment of acute myeloid leukemia.
Epigenetics & Chromatin
急性髓系白血病(AML)治疗仍然具有挑战性。CD70被报道为有前途的AML特异性抗原。在临床前阶段,使用具有单链变量片段(scFv)或缩短CD27靶向CD70的CAR T细胞已被报道用于治疗AML。然而,包括自发性耗竭、蛋白酶介导的功能受体丧失和高免疫原性等各种缺点限制了其进一步应用于临床。相反,重链上的单变量区(VHH),也称为纳米抗体,具有可比较的结合能力和特异性,提供了一种可选的解决方案。
我们产生了CD70敲除的基于新型纳米抗体的anti-CD70-CAR T细胞(nb70CAR-T),并使用两种不同的VHH进行抗原检测。接下来,我们使用流式细胞术检测原发性AML爆发物中的CD70表达,并将nb70CAR-T的疗效与靶抗原密度相关联。最后,调控CD70在AML细胞上的表达的表观遗传调控剂被研究以促进nb70CAR-T的功能性。
我们的nb70CAR-T对CD70表达的细胞系和原发性AML爆发物表现出预期的抗肿瘤功能。然而,在原发性AML爆发物中,CD70的表达并不一致高,并且只有当CD70表达水平超过1.6(MFI比率)的阈值时,nb70CAR-T才能有效地对大约40.4%的AML患者做出反应。表观遗传调控剂Decitabine和Chidamide可以上调AML细胞上的CD70表达,增强nb70CAR-T的治疗效果。
AML爆发物中CD70的表达并不完全支持其在AML靶向治疗中的作用,正如报道的那样。使用Chidamide和Decitabine与nb70CAR-T的联合使用可能为AML的治疗提供新的潜力。©2023。作者。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar 17

LinyuanYu,TaoJi,WeiL...
H4-methylation regulators mediated epitranscriptome patterns and tumor microenvironment infiltration characterization in hepatocellular carcinoma.
Epigenetics & Chromatin
表观遗传修饰涉及肿瘤微环境(TME)的改建以及免疫响应的调节,然而,组蛋白H4甲基化(H4M)修饰在肝细胞癌(HCC)的TME和免疫调节中的作用尚不清楚。因此,本研究旨在发现H4M介导的修饰模式及其对HCC的TME和免疫特征的影响。共招募了13个不同队列的2305个样本。通过共识聚类分析,确定了三种不同的H4M修饰模式。TME细胞浸润特征在这三种模式下高度一致,且与其富集的生物过程和临床结局有关。然后,利用主成分分析算法创建H4Mscore来量化每个单个肿瘤的H4M修饰模式,系统地与典型的肿瘤特征相关联。我们发现,在单个肿瘤内分析H4M修饰模式可以预测TME浸润、同源重组缺陷(HRD)、肿瘤内异质性、增殖活性、mRNA干细胞指数和预后。H4Mscore低的组具有炎性TME表型和更好的免疫治疗响应以及更好的生存结果。 H4Mscore的预后价值分别在三个内部队列和五个外部队列中得到验证。在外部免疫治疗队列中,低H4Mscore还与抗PD-1 / L1和抗CTLA4免疫治疗的增强响应以及更好的预后相关联。本研究揭示了H4M修饰在形成TME的多样性和复杂性方面发挥了重要作用。评估单个肿瘤的H4M修饰模式可以帮助我们更好地了解TME并开发更有效的免疫治疗策略。©2023年作者(们)。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Mar 15

AlanaAragón-Herrera,...
The lipidomic and inflammatory profiles of visceral and subcutaneous adipose tissues are distinctly regulated by the SGLT2 inhibitor empagliflozin in Zucker diabetic fatty rats.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
药物抑制钠葡萄糖协同转运体 2 (SGLT2)已经成为治疗2型糖尿病(T2DM)、心血管疾病和/或其他代谢异常的方法,虽然其中一些有益影响的机制还不明确。SGLT2抑制剂(empagliflozin)被认为是脂肪组织、能量代谢和全身炎症的调节剂。我们的研究旨在评估6周empagliflozin治疗对糖尿病肥胖Zucker Diabetic Fatty (ZDF) 大鼠腹部(Visceral Adipose Tissue, VAT)和皮下脂肪(Subcutaneous Adipose Tissue, SAT)脂质组的影响,采用无靶向代谢组学方法。我们发现empagliflozin增加了VAT内二甘酰基甘油和氧化脂肪酸的含量,而在SAT中降低了一些溶血磷脂酰肌醇和增加了2个磷酰胆碱的水平。Empagliflozin还减少了VAT细胞因子白细胞介素-1 beta (IL-1β),IL-6,肿瘤坏死因子α (TNF-α),单核细胞趋化蛋白-1 (MCP-1)和IL-10的表达,以及Cd86和Cd163 M1和M2巨噬细胞标志物,但在SAT中没有变化,除了IL-1β的下降。Empagliflozin治疗还对脂肪分解产生影响,增加了SAT和VAT中激素敏感性脂肪酶的表达,以及VAT中脂肪三酰酶的表达,伴随着脂肪酸转运体分化群36 (CD36)的脂肪含量的降低。总之,我们的数据突出了VAT和SAT的脂质组、炎症谱和脂解功能上的差异,表明经empagliflozin治疗后这两种白色脂肪组织成分的代谢有所不同。 Copyright © 2023. Published by Elsevier Masson SAS.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Mar 15

MuhammadTariq,NadiaH...
Macrophages M2 polarization is involved in lapatinib-mediated chemopreventive effects in the lung cancer.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
M2 极化的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在癌症的发生、发展、转移以及化疗抗性中扮演多功能角色。因此,识别 M2 极化的 TAMs 是癌症治疗干预的潜在目标。针对靶向 TAMs M2 极化巨噬细胞的潜在机制仍然尚未完全表征,但仅已发现少数化合物可抑制 TAMs M2 极化巨噬细胞。在本研究中,我们研究发现,拉帕替尼能有效地抑制 IL-13 引起的 M2 极化巨噬细胞表面标志物 CD163 和 CD206 的表达,并在体外下调 M2 基因,如 Fizz1、Mrc1、Arg1、IL-10、Ym1 和 CCL2。此外,拉帕替尼消除了 M2 极化巨噬细胞介导的癌细胞入侵和迁移。从机理上来看,在我们的研究中,拉帕替尼抑制了 IL-13 引起的 STAT6 磷酸化。此外,在 LLCs 肿瘤模型中,拉帕替尼显著降低了肿瘤的发生率,随之降低了肿瘤中 CD206+ 和 CD68+ M2 标记物的百分比。这种下调与拉帕替尼的化学预防效应相关。综上所述,这些结果表明,拉帕替尼能有效预防巨噬细胞 M2 极化,并提示了通过 M2 极化干预预防肿瘤生长的潜在机制。© 2023 年作者。Elsevier Masson SAS. 版权所有。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Mar 15

GenLi,JingweiMa,Yang...
Yinma Jiedu Granule attenuates LPS-induced acute lung injury in rats via suppressing inflammation level.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
银麻解毒颗粒(YMJD)是一种传统的中成药,已被证明具有抗炎效果并对阻塞性肺疾病具有治疗作用。本研究的目的是确定YMJD是否能减轻脂多糖(LPS)诱导的急性肺损伤(ALI)大鼠模型并研究其潜在机理。大鼠连续14天接受YMJD或药剂,最后一次给药后两小时,通过气管插管的方式诱导ALI模型。采用HPLC指纹图谱分析YMJD的功效和分子机制。结果表明,YMJD可以改善大鼠的一般状态,减少体重损失和血清乳酸(LA)水平,减轻肺水肿和肺组织的病理损伤。此外,我们发现YMJD可以有效减少支气管肺泡灌洗液中白细胞(WBC)、淋巴细胞(LYM)、单核细胞(MON)和中性粒细胞(NEUT)的浸润,并减少肺中肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白细胞介素-1β(IL-1β)的浓度,抑制诱导型一氧化氮合酶(iNOS)和环氧合酶2(COX-2)的表达。我们还发现YMJD能够提高大鼠肺组织的超氧化物歧化酶(SOD)活性和降低丙二醛(MDA)水平。通过RNA测序,我们确定JAK2/STAT1是与YMJD肺部保护有关的重要通路,并进一步进行了西方印迹实验证实YMJD可以有效抑制JAK2/STAT1通路的激活。YMJD可以通过抑制炎症和氧化应激来减轻LPS诱导的大鼠肺损伤,与抑制JAK2/STAT1活化有关。这些发现为YMJD在治疗ALI等炎性肺部疾病方面的临床应用提供了证据。版权所有©2023 Elsevier B.V.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Mar 15

MehrdadHashemi,Mohse...
HMGA2 regulation by miRNAs in cancer: affecting cancer hallmarks and therapy response.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
高迁移率族A2(HMGA2)是一种在细胞核中调节染色质结构的蛋白质。在癌变过程中,HMGA2异常表达是重要的,该蛋白是癌症标志物的上游介质,包括逃避凋亡、增殖、侵袭、转移和耐药性。HMGA2能够在癌细胞中靶向Wnt/β-catenin和mTOR等关键信号通路。因此,抑制HMGA2功能显著降低肿瘤进程并改善患者预后。由于HMGA2主要是致癌的,因此针对非编码RNA(ncRNA)对其表达的调控至关重要,因为这会影响HMGA2的功能。MicroRNAs(miRNAs)属于ncRNAs,是重要的细胞过程的主要调节因子,影响癌症标志物的所有方面。长链ncRNAs(lncRNAs)和环状RNA(circRNAs),ncRNAs的其他成员,是miRNAs的上游调节因子。本研究旨在讨论miRNA/HMGA2轴在各种癌症调节中的重要性,并提到作为上游介质调节此轴的lncRNAs和circRNAs。最后,我们讨论了miRNAs和HMGA2相互作用对癌细胞对治疗的响应的影响。考虑到HMGA2在癌细胞的关键信号通路调节中的关键作用,以及已确认的HMGA2与癌症主调节器之一miRNAs的相互作用,针对miRNA/HMGA2轴在癌症治疗中进行靶向治疗是有前途的,这可能是未来临床试验实验的主题。版权所有2023年作者。由Elsevier Ltd.出版。保留所有权利。
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