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GENES & DEVELOPMENT
2023 Mar 14

YvainDesplat,JacobFW...
Morphological and transcriptional effects of crude oil and dispersant exposure on the marine sponge Cinachyrella alloclada.
GENES & DEVELOPMENT
海绵在底栖生态系统中扮演着重要角色,除了为其他物种提供庇护和食物之外,它们还通过调节水中的氮和铵离子水平以及生物富集重金属等方式帮助维持水质。然而,这个系统特别敏感于突如其来的环境变化,包括如油污泄漏这样的灾难性污染事件。目前,墨西哥湾有数百个石油平台正积极开采石油和天然气。为了测试底栖生态系统对油污泄漏的脆弱性,我们利用加勒比海珊瑚礁海绵Cinachyrella alloclada作为一种新的实验指标。我们将生物暴露于原油和油散剂中,时间长达24小时,并测量了基因表达的变化。我们的研究发现,一小时暴露于水中的可容纳的分数(WAF)就足以引起海绵和宿主细菌群体(8052个差异表达转录本)的基因表达大量变化,表现为压力相关、癌症相关和细胞完整性通路的上调。 上调的基因包括热休克蛋白、凋亡、癌基因(Rab/Ras、Src、CMYC)和几种E3泛素连接酶。 官能化WAF(CE-WAF)的24小时暴露对底栖群落产生了最大的影响,导致基因表达的大部分下调(4248个差异表达转录本)。1小时处理的基因失调遵循这种毒性下降趋势:WAF>CE-WAF>散剂,而24小时处理则表现出CE-WAF>散剂>WAF的趋势。因此,本研究支持Cinachyrella alloclada作为研究模型生物和佛罗里达海礁生物指示种的发展,并强调了开发更有效和更安全的清除油污方法在污染灾难事件中的重要性。 版权所有 © 2023 Elsevier B.V.发表。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Mar 05

JianqiangZhang,Yuedi...
Histone methyltransferase KMT2D promotes prostate cancer progression through paracrine IL-6 signaling.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
组蛋白甲基转移酶KMT2D在前列腺癌(PCa)中扮演重要的人类癌基因角色。炎症反应和细胞因子信号的失调与癌症进展有关。此外,白细胞介素6(IL-6)是一种具有多向性的细胞因子,可促进PCa的进展,然而KMT2D和IL-6在PCa中的关联仍不清楚。使用细胞计数试剂盒-8(CCK-8)、EdU掺入、划痕愈合和凋亡试验,在体外测定了PCa细胞的增殖潜能、迁移潜能和凋亡。将PCa细胞培养在KMT2D缺失细胞的条件培养基中,会导致细胞增殖和迁移能力下降以及凋亡诱导。细胞因子分析表明,在条件培养基中,白细胞介素6(IL-6)是受影响最大的细胞因子。KMT2D敲失显著降低了PCa细胞中IL-6的表达。而通过沉默IL-6R表达,也会导致细胞增殖和迁移能力下降以及凋亡诱导发生。采用免疫组化(IHC)和定量逆转录-聚合酶链反应(qRT-PCR),验证了KMT2D和IL-6在PCa组织样本中的正相关性。染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR表明,KMT2D和H3K4me1占据了IL-6增强子区域,从而直接调节了IL-6的表达。本研究揭示了KMT2D敲下通过下调旁分泌的IL-6信号通路来抑制前列腺癌的进展。这些结果提示KMT2D可能是PCa治疗的潜在新靶点。Copyright © 2023 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Apr 22

SaraEscudero-Cernuda...
Certification of protein biomarker standards using element MS and generic standards: Application to human cytokines.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
蛋白质标准物质的可用性以及其表征、定量和纯度评估的方法,目前是绝对定量蛋白质组学中的瓶颈。在本研究中,我们介绍了一种基于ICP-MS硫检测的绝对定量分析策略,使用硫酸盐作为通用标准来定量和证明蛋白质标准物质的质量纯度。该方法将毛细管色谱分离与ICP-MS和ESI-MS的平行检测相结合,分别确定蛋白质形态的浓度和身份。该方法的可行性已使用重组人细胞因子标准物IP-10和Flt3L(2批次)进行了证明,这些标准物质是癌症或炎症性疾病的相关生物标记物。每个关键因素(传输效率、柱回收、信号稳定性和内部标准适用性)均纳入考虑,并使用认证BSA标准物质作为质量控制进行验证。IP-10和一批次Flt3L的蛋白质定量值和相应的质量纯度认证非常高(分别为100%和86%)。另一批次Flt3L的较低质量纯度(<70%)与ESI-MS的平行观察结果一致,显示出显著的氧化过程产生的蛋白质形态。 版权所有©2023 Elsevier B.V.。
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Stem Cell Research & Therapy
2023 Mar 14

HongyanLi,NanGe,XinG...
The location of estrogen receptor variant ER-α36 is associated with the invasion of glioblastoma.
Stem Cell Research & Therapy
胶质母细胞瘤(GBM)是最常见的中枢神经系统肿瘤,与不良预后相关。近几十年来,GBM死亡率没有显著改善。ER-α36是ER-α66的变体,可能通过基因组和非基因组机制参与癌瘤生长和增殖。该变异体可能在多种肿瘤的他莫昔芬(tamoxifen)耐药中扮演重要角色。我们实验室之前发现ER-α36在GBM中表达并参与增殖,但是ER-α36在GBM侵袭中的作用仍然未知。本研究旨在确定ER-α36调节剂SNG162对GBM生长和侵袭的影响。U251细胞、U87细胞和ER-α36表达减少的U87-36KD细胞在二维和三维(3D)环境中培养。通过细胞计数、流式细胞术、Western印迹和MTT测定法检查GBM细胞的增殖,并用共聚焦显微镜在3D环境中测定侵袭性。经处理1、3和5μM的SNG162后,表达EGFR和ER-α36减少的U87细胞生长显著减少;在U251细胞中,生长抑制作用比在U87细胞中更强,尽管U251细胞中ER-α36的表达水平低于U87细胞。我们发现1μM的SNG162抑制了U87细胞中E2-诱导的MAPK/ERK通路的激活。我们还展示了SNG162抑制了U87细胞的侵袭,但是它在使用3D培养方法时并没有显著影响U251和U87-36KD细胞的侵袭。最后,我们确定ER-α36在侵袭性GBM细胞的细胞核中表达,并且SNG162显著抑制了这些细胞中ER-α36的表达。SNG162抑制了非侵袭性GBM细胞膜上EGFR的表达。这些结果表明,SNG162可能是通过靶向ER-α36的治疗剂用于GBM的一个疗法。版权所有©2023 Elsevier Inc.
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CURRENT PROBLEMS IN CARDIOLOGY
2023 Mar 15

LingYang,NanZhang,Qi...
Long-term atherosclerotic cardiovascular disease risk in patients with cancer: a population-based study.
CURRENT PROBLEMS IN CARDIOLOGY
癌症患者发生动脉粥样硬化心血管疾病(ASCVD)的长期风险仍未完全定义。本研究旨在评估与非癌症人群相比,癌症患者的长期ASCVD风险。该研究是一项前瞻性的基于人群的研究,使用来自凯路远队列的数据,从2006年6月到2020年12月,匹配年龄(±1)和性别的1:1比例的非ASCVD的6204名新诊断癌症患者与非癌症对照组。进行多变量竞争风险分析,评估癌症诊断与发生ASCVD事件(包括心肌梗死、缺血性卒中、心力衰竭以及冠状动脉搭桥手术或经皮冠状动脉介入治疗)的风险关系。在中位随访5.3(1.7, 9.7)年期间,观察到1019例发生ASCVD事件。与无癌症的参与者相比,癌症患者在癌症诊断后的前几年内发生ASCVD事件的风险相似,并且随着时间的推移,风险下降。总体而言,长期来看,癌症患者发生ASCVD的风险较非癌症患者低,其复合ASCVD事件的风险比(95%置信区间)为0.52(0.45-0.60),缺血性卒中的风险比为0.43(0.35-0.53),心肌梗死的风险比为0.63(0.42-0.95),心力衰竭的风险比为0.63(0.48-0.83),冠状动脉再通术的风险比为0.82(0.60-1.11)。基线低密度脂蛋白胆固醇、空腹血糖、血压和高敏C反应蛋白水平可以独立预测该研究人群的ASCVD事件的发生。根据癌症类型进行亚组分析发现,在消化系统癌症或呼吸系统癌症患者中,ASCVD事件的风险明显降低,但对于泌尿生殖系统的癌症则未发现类似结果。多项敏感性分析的结果与主要分析相似。相较于非癌症个体,长期来看,癌症幸存者的ASCVD风险未增加,可能是由于癌症患者初始风险因素的有利特征所驱动。版权所有©2023 Elsevier Ltd.
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CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
2023 Mar 14

GoujiToyokawa,France...
Tumor plasticity and therapeutic resistance in oncogene-addicted non-small cell lung cancer: from preclinical observations to clinical implications.
CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
肿瘤基因成瘾性非小细胞肺癌(NSCLC)中行动靶点的鉴定,推动了基于生物标志物的治疗策略,尤其是在晚期疾病中。尽管分子靶向治疗的成功是不可否认的,但其临床反应持续时间相对较短。虽然在基因水平上,出色的努力定义了肿瘤结构和克隆演化的复杂性,但对肿瘤在治疗过程中通过表型适应所参与的动态机制并没有给予相应的兴趣。在临床层面上,EGFR突变和ALK重排肿瘤的分子靶向治疗经常导致上皮向间充质转化(EMT)和原始腺癌的组织学转化,而不获取额外的遗传突变,从而限制了后续的治疗选择和患者的预后。在这里,我们提供了对控制这种现象的遗传和非遗传分子回路的当前理解的概述,介绍了当前的治疗策略和可能的创新治疗方法,以干预肺癌细胞的可塑性。版权所有©2023 Elsevier B.V.。保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Mar 11

YanLi,SisiXu,HaibinC...
CT synthesis from multi-sequence MRI using adaptive fusion network.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
使用多序列磁共振成像(MRI)合成计算机断层扫描(CT)以用于MRI单独放射治疗的方法进行研究。我们提出了一种自适应多序列融合网络(AMSF-Net),从多个MRI序列中利用像素和上下文相关性来合成CT,分别使用元素和补丁融合。元素和补丁融合特征空间被组合,并选择最具代表性的特征进行建模。最后,应用密集连接卷积解码器来利用所选特征产生合成的CT图像。这项研究包括90名患者的T1加权MRI、T2加权MRI和CT数据。与其他三种现有的多序列学习模型相比,AMSF-Net将平均绝对误差(MAE)从52.88-57.23降低到49.15 HU,将峰值信噪比(PSNR)从24.82-25.32提高到25.63 dB,将结构相似性指数测量(SSIM)从0.857-0.869提高到0.878,将骨骼Dice系数从0.886-0.896提高到0.903。改进在双尾配对t检验中具有统计学意义。此外,相比基准模型,AMSF-Net降低了五个危及器官、四种正常组织和肿瘤与真实CT的强度差异。对于相应器官的平均强度值,腮腺和脊髓的MAE的减少超过了8%和16%。进一步的定性评估证实,AMSF-Net展示了合成骨骼和小器官(如眼晶体)的优越结构图像质量。所提出的方法可以提高合成CT的强度和结构图像质量,并具有临床应用的潜力。Copyright © 2023 Elsevier Ltd. All rights reserved.
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Mar 10

AndishehEtminan,Mila...
FEM thermal assessment of a 3-D irregular tumor with capillaries in magnetic nanoparticle hyperthermia via dissimilar injection points.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
在这项研究中,我们基于肿瘤的CT图像构建了一个三维肿瘤模型,并对磁性纳米颗粒的超热疗法进行了模拟。第一步,我们使用相同的参数在肿瘤组织的两个点注射了磁性纳米颗粒。结果表明,由于血管毛细血管的存在,注射点周围的温度分布并不相似。因此,我们研究了在两个注射点使用不同注射参数对肿瘤热损伤模式和热损伤度影响的情况。结果表明,使用不同的注射参数,如注射速率、注射时间和纳米流体体积分数,可以实现更高的肿瘤细胞损伤度,但异步注射策略并不能导致更显著的肿瘤损伤。所有情况下都没有显著改善温度分布的均匀性,这说明在相同条件下进行注射是创建几乎均匀的温度轮廓的最佳方式。数值模拟验证结果也证明了本研究所使用模型的准确性。这项研究可以作为未来研究设计参数的指南。版权所有©2023 Elsevier Ltd。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Apr 22

ZhichaoFan,QinWeng,Y...
Accurate and rapid quantification of PD-L1 positive exosomes by a triple-helix molecular probe.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
编程细胞凋亡配体-1(PD-L1)阳性外泌体(P-Exo)已被广泛用于肿瘤诊断。然而,由于临床个体和分离技术的异质性,对P-Exo的准确和快速定量分析仍面临挑战。在本研究中,利用三重螺旋分子探针(THMP)结合高亲和力硅基TiO2磁珠来分离外泌体并分析P-Exo在总外泌体(T-Exo)中的相对丰度。通过采用这种策略,整个分析过程在70分钟内完成,P-Exo的检测限为880颗μL-1。此外,通过他们的荧光比计算P-Exo在T-Exo中的相对丰度(RAP-Exo/T-Exo),可以避免由于样品和分离方法的差异而产生的误差,并且每微升可以鉴定出5×106 T-Exo中的1.5×103 P-Exo。RAP-Exo/T-Exo值不仅能有效区分健康志愿者和乳腺癌患者,而且与乳腺癌的分期高度正相关。总的来说,这种策略为快速定量分析P-Exo开辟了一条新的途径,为精确诊断和治疗效果预测提供了机会。版权所有©2023 Elsevier B.V.,保留所有权利。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Apr 22

YuqiZhang,QianqianCa...
Versatile fluorescence detection of T4 PNK and mRNA based on unique DNA nanomachine amplification.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
DNA纳米机器的发展为肿瘤标记物的检测提供了一种新策略。在这项工作中,设计了一种智能的三维DNA步行机,其带有多核苷酸激酶(PNK)激活剂,与由DNA纳米线串级扩增反应形成的独特纳米机器相结合,用于通用荧光检测T4 PNK活性和信使RNA(mRNA)。当PNK存在时,通过外切酶的水解裂解形成自由DNA步行器,然后在循环裂解反应中剪切Au纳米粒子(NPs)上的荧光标记报告探针,从而恢复荧光信号以检测PNK。此外,通过滚环扩增产生DNA纳米线,然后目标mRNA通过DNA纳米线顺序启动发夹带探针的间隙杂交,从而实现高“开”信号的DNA纳米机器的DNA级联反应(DCR)进行mRNA检测。这种新型荧光纳米机器开发了一种具有广泛靶标应用前景的新型测定方法,并显示出分子靶向治疗和临床诊断的巨大潜力。版权所有©2023 Elsevier B.V.。保留所有权利。
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