研究动态
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Comput Meth Prog Bio
2023 Mar 07
ManhHaLuu,HongSonMai...
Quantification of liver-Lung shunt fraction on 3D SPECT/CT images for selective internal radiation therapy of liver cancer using CNN-based segmentations and non-rigid registration.
Comput Meth Prog Bio
选择性内放射治疗(SIRT)已被证明是肝细胞癌(HCC)患者的有效治疗方法。在临床实践中,使用90Y微球进行SIRT的治疗计划需要估算肝肺分流分数(LSF)以避免放射性肺炎。目前,在99mTc-MAA的2D平面成像和3D SPECT / CT图像中绘制肝和肺感兴趣区域(ROI)的手动分割方法不方便、耗时且差异性大。本研究提出和评估了一种几乎自动的基于3D SPECT / CT图像的LSF定量方法,与当前的手动分割方法相比具有更好的性能。我们从SPECT / CT扫描仪中回顾性获取了60例HCC患者的无增强CT图像和对应的诊断性增强CT图像(CECT)。我们进行LSF定量的方法是,在nCECT图像中使用基于CNN的方法进行肝和肺分割。首先,我们采用3D ResUnet对肝进行粗略分割。如果肝分割有大误差,则将粗略肝分割膨胀成nCECT图像中的肝掩模作为ROI。随后,采用非刚性配准将CECT图像中的肝变形为nCECT图像中的肝。最终的肝分割通过使用nnU-Net在变形的CECT图像中分割肝获得。此外,使用2D ResUnet获得肺分割。最后,基于分割内的SPECT图像计算LSF。评估和结果:为评估肝分割精度,我们使用Dice相似系数(DSC)、不对称表面距离(ASSD)和最大表面距离(MSD),并将所提出的方法与五种基于CNN的肝分割方法进行比较。此外,我们将所提出方法获得的LSF误差与状态下的Deepmedic算法和手动分割获得的LSF定量进行比较。结果表明,所提出的方法的肝分割DSC分数与其他先进方法相当,平均达到0.93,具有最高的分割准确性一致性,DSC得分标准差为0.01。所提出的方法还平均获得最低的ASSD和MSD得分(分别为2.6 mm和31.5 mm)。此外,对于所提出的方法,获得了0.14%的LSF误差中位数,这是与先进技术(p = 0.004)相比显著改进的,并且比医学专家使用2D平面图像手动确定LSF的中位数误差(1.74%和p <0.001)小得多。提出了一种基于CNN和非刚性配准的3D SPECT / CT图像的LSF定量方法,并进行了评估和比较。所提出的方法可以高精度定量测定LSF,并有潜力应用于临床实践。版权所有© 2023 Elsevier B.V.。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar 01
HalfdanSorbye,Enriqu...
European Neuroendocrine Tumor Society (ENETS) 2023 guidance paper for digestive neuroendocrine carcinoma.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
这份ENETS指导文件是由多学科工作小组开发的,根据最新的进展和研究结果,提供有关消化神经内分泌癌的诊断和治疗的实用建议。这些建议旨在为患者提供更加规范化的护理,从而改善预后。消化道NEC的预后一般较差,大多数在诊断时已晚期,转移性疾病的中位生存期为11-12个月。手术可以对广泛预防性成像后定位的疾病有益。卡铂与依托泊苷的联合用药被推荐作为转移性疾病的一线治疗。伊立替康与氟嘧啶的联合用药是二线治疗的最佳证据。免疫疗法在未筛选生物标志物的患者中的作用很小。鼓励进行分子分析,以识别新目标。这个领域需要更多前瞻性临床试验,特别是在新的预测和预后生物标志物方面,以提高晚期患者的生存率。©2023年作者。由约翰·威利和儿子有限公司代表英国神经内分泌学会发表的神经内分泌学杂志。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar 16
TomoyaYokota,HirokiY...
Real-world experience of tropomyosin receptor kinase inhibition with entrectinib in ETV6-NTRK3 positive metastatic salivary secretory carcinoma: A case series.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
Entrectinib 是一种有效的肌动蛋白受体激酶抑制剂,能够抑制 c-ros 癌基因1和恶性淋巴瘤激活型受体酪氨酸激酶,并已在儿童和成人神经营养因子受体酪氨酸激酶融合阳性的实体肿瘤中显示出疗效。然而,关于 entrectinib 治疗涎腺恶性肿瘤的现实数据很有限。我们描述了一组多中心病例系列,对四例连续的 ETV6-NTRK3 融合阳性转移性分泌性涎腺癌患者进行了 entrectinib 治疗。所有患者均有过细胞毒化疗或免疫检查点抑制剂治疗的历史。所有患者均实现了持久的影像学完全缓解。不良事件包括体重增加、头晕、肌酸激酶水平增高和戒断疼痛,但通过中断和减量 entrectinib 可以进行管理。在 ETV6-NTRK3 融合阳性转移性涎腺癌患者中使用 entrectinib 可以实现持久的完全缓解。Entrectinib 的临床益处支持对涎腺癌患者进行定期筛查 NTRK 基因融合的重要性。 © 2023 Wiley Periodicals LLC。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar 25
ZhifaCao,LiweiAn,YiH...
The Hippo signaling pathway in gastric cancer.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
胃癌(GC)是一种侵袭性恶性疾病,仍缺乏有效的早期诊断标志物和靶向治疗方法,是全球癌症相关死亡的第四大原因。在生理条件下,Hippo信号通路在器官大小控制和组织稳态中发挥关键作用,但其异常与多种癌症特征密切相关。过去十年见证了大量研究揭示了Hippo失调如何促进肿瘤发生,并强调了针对该通路的治疗潜力。本文系统记录了在GC起始、进展、转移、获得性耐药和Hippo靶向策略新发展等背景下Hippo通路的研究。通过总结这一领域的主要问题,我们旨在激发对Hippo信号在GC发展中的深入理解,以及Hippo靶向治疗GC的翻译应用的进一步探讨。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Mar 16
MattiLGild,MartynBul...
Challenges and strategies to combat resistance mechanisms in thyroid cancer therapeutics.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
BRAF V600E和K / N / H RAS基因突变以及涉及NTRK、RET、ALK和ROS1的致癌激酶融合已被识别为甲状腺癌的可行靶点。这些驱动基因突变导致了癌细胞的成瘾,成功地利用了酪氨酸激酶抑制剂。初步反应后可能出现获得性耐药性,需要通过新的治疗方法进行治疗转变。已经确定了几种获得性耐药性发展的途径。这包括获得性靶点基因突变导致药物活性受阻,以及绕路激酶信号通路的上调,导致肿瘤进展。对耐药性病变(液态或组织)进行活检和随后的分子分析可以协助确定新的治疗策略。获得性耐药性将缩短无进展生存期。为了尽量减少这种治疗风险,临床医生必须预见到驱动因素并表征靶点耐药性的机制。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar 15
RuxandraALambuta,Luc...
Whole-genome doubling drives oncogenic loss of chromatin segregation.
Epigenetics & Chromatin
全基因组倍增(WGD)是人类癌症中一种经常发生的事件,它促进了染色体不稳定性和非整倍体的获取1-8。然而,WGD细胞中染色质的三维组织结构及其对致癌表型的贡献目前尚不清楚。在这里,我们展示了在p53缺陷细胞中,WGD诱导了染色质分离的损失(LCS)。这一事件表现为短、长染色体之间的减少分离,A和B亚区以及相邻染色质区域之间的减少分离。LCS是由绕过四倍体检查点激活的细胞中CTCF和H3K9me3的下调所驱动的。纵向分析揭示LCS为WGD细胞的亚区位移打下了基础。这导致了与WGD细胞产生的肿瘤中的肿瘤基因激活相关的染色质和表观遗传学变化。值得注意的是,亚区位移事件在很大程度上不依赖于染色体的改变,这表明它们是参与肿瘤的发展和进展的互补机制。总的来说,LCS引发了染色质构象的变化,最终导致了致癌表观遗传学和转录学的修饰,表明染色质演化是WGD驱动的癌症的标志。©2023年作者。
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Epigenetics & Chromatin
2022 Aug
NaokiKimura,Ken-Ichi...
Ribonuclease H2 Subunit A Preserves Genomic Integrity and Promotes Prostate Cancer Progression.
Epigenetics & Chromatin
基因组完整性的稳态应调节,以促进增殖并抑制由DNA损伤引起的细胞死亡。核糖核酸酶H2(RNase H2)通过控制DNA:RNA杂交和R环水平维护基因组稳定性。在此,我们发现RNase H2亚基A(RNASEH2A),即RNase H2的组分,在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)组织中高表达,相比局部前列腺癌有很大差异。有趣的是,我们证明RNASEH2A抑制R环水平,防止DNA损伤诱导的前列腺癌细胞凋亡。在体内外研究中,我们发现RNASEH2A通过对p53的负调节和对AR和AR-V7的正调节促进细胞增殖和迁移。在这些基因调控中,这些启动子经历了表观遗传调节,随后出现了R环累积。重要的是,免疫组织化学分析证明,在CRPC组织中,R环形成增加并与RNASEH2A表达水平相关。值得注意的是,发现两个小分子靶向RNase H2活性可以抑制CRPC肿瘤生长,没有重大毒性效应。总之,我们提出RNASEH2A过表达是前列腺癌进展的标志,通过维护基因组稳定性来防止R环介导的凋亡诱导。靶向RNase H2活性可能是治疗CRPC肿瘤的潜在策略。RNASEH2A被证明在侵略性前列腺癌中高度上调,以降解R环积累并保持基因组稳定性以促进肿瘤生长,表明RNase H2活性可能是一种有前途的治疗靶点。©2022 The Authors; Published by the American Association for Cancer Research.
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Epigenetics & Chromatin
2023
CharlotteRoth,Helena...
Histone lysine methyltransferase-related neurodevelopmental disorders: current knowledge and saRNA future therapies.
Epigenetics & Chromatin
神经发育障碍是一类表现为运动和认知功能障碍的令人痛苦的疾病群,其发生年龄和疾病严重程度因人而异。遗传诊断工具的进步促进了对多种单基因染色质重塑疾病引起神经发育障碍的鉴定。染色质重塑因子在神经表观遗传景观和大脑发育调节中起着关键作用;因此,导致蛋白质功能丧失的突变会导致异常的神经发育。已经描述了组蛋白赖氨酸甲基转移酶患者中的杂合性、通常为新突变的突变,导致半着体、异常的蛋白质水平和受损蛋白质功能。动物模型和患者衍生的细胞系的研究,突出了组蛋白赖氨酸甲基转移酶在调节细胞自我更新、细胞命运规定和细胞凋亡中的作用。迄今为止,在肿瘤学中对组蛋白赖氨酸甲基转移酶的深入研究已经提供了组蛋白赖氨酸甲基转移酶失调作为癌症进展和药物抵抗的决定因素的强有力证据。因此,组蛋白赖氨酸甲基转移酶已成为治疗不同癌症形式的重要治疗靶点。尽管最近取得了进展,我们仍缺乏有关组蛋白赖氨酸甲基转移酶在神经元发育中的作用的知识。这妨碍了组蛋白赖氨酸甲基转移酶相关神经发育障碍的精准治疗研究和发展。在本综述中,我们将讨论组蛋白赖氨酸甲基转移酶在神经元发育和疾病进展中的当前知识。我们还将讨论如何使用基于RNA的技术,利用小激活RNA,可能为将来治疗这些组蛋白赖氨酸甲基转移酶半着体缺失相关的神经发育障碍提供新的治疗方法,并讨论如何首先在最先进的患者衍生的神经元模型中进行测试。 版权所有 © 2023 Roth、Kilpinen、Kurian 和 Barral。
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Epigenetics & Chromatin
2023
KexiWang,XiaotianHe,...
The comparison of manual and mechanical anastomosis after total pharyngolaryngoesophagectomy.
Epigenetics & Chromatin
全咽喉食管切除术(TPLE)被视为喉下癌和颈段食管癌(HPCECs)的治愈性治疗方法。传统的咽胃吻合术通常是手工进行的,术后并发症非常常见。本研究的目的是介绍一种新的机械吻合技术,评估围手术期的结果和预后。从1995年5月至2021年11月,对75例接受全咽喉食管切除术治疗HPCECs的连续患者进行了评估。机械吻合术在28例中执行,47例为手动吻合术。对这些患者的数据进行了回顾性分析。平均年龄为57.6岁,其中20%为女性。机械组的吻合口瘘和切口感染率显著低于手动组。手动组的手术时间、术中出血量和术后住院时间明显高于机械组。R0切除率和肿瘤特征在两组之间没有显著差异。两组之间的总体生存率和无疾病生存率没有显着差异。本研究采用的机械吻合技术被证明是一种更安全、更有效的方法,与手动吻合术相比,对HPCECs患者的生存率相似。版权所有 © 2023 王,何,吴,王,李,王,胡,雷,谭,梁,蔡和王。
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Epigenetics & Chromatin
2022
SarahDada,SamanthaLS...
Specific cannabinoids revive adaptive immunity by reversing immune evasion mechanisms in metastatic tumours.
Epigenetics & Chromatin
新兴癌症通过新达尔文选择,优化生长和生存能力,同时最小限度地减少免疫特性的影响。因此,转移性癌症通常会演化出共同的遗传和表观基因标志,以逃避免疫监视。转移性肿瘤的免疫压制可以通过几种机制达成;其中最经常被观察到的一种机制涉及到MHC-I抗原呈递机器中的基因的失去表达或变异,使肿瘤对细胞毒性T淋巴细胞,即适应性细胞免疫反应的主要成分,变得不可见。令人着迷的民族学和实验发现表明,大麻素可以抑制多种类别癌症的生长和进展,但是这些观察结果背后的机制仍然不明确。在此,我们筛选了一组大麻素化合物,发现特定大麻素化合物之间存在分子选择性,其中类似分子,例如Δ9-四氢大麻酚、大麻二酚和大麻脓对许多转移性肿瘤通过诱导MHC-I细胞表面表达来逆转免疫逃逸表型,从而使肿瘤变得敏感于T淋巴细胞识别。值得注意的是,H3K27Ac ChIPseq分析确定了大麻脓和γ干扰素诱导的表观遗传标记和与细胞老化密切相关的转移性肿瘤的关键基因通路,以及与展示转移性肿瘤给适应性免疫反应相关的APM基因。总体而言,数据表明特定大麻素在癌症免疫疗法方案中可能有用,可以克服免疫逃避并增强转移性疾病的免疫监视。最后,大麻素改变表观遗传程序的基本发现可能有助于阐明大麻素对人体生理的多向药效。版权所有©2023 Dada、Ellis、Wood、Nohara、Dreier、Garcia、Saranchova、Munro、Pfeifer、Eyford、Kari、Garrovillas、Caspani、Al Haddad、Gray、Morova、Lack、Andersen、Tjoelker和Jefferies。
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