神经内分泌肿瘤(NENs)的突变很少(每Mb的突变数很低)，其发展和进展主要由表观遗传机制驱动。我们旨在全面表征NENs的微小RNA(miRNA)谱，并探索下游靶点和它们的表观遗传调控。共分析了来自肺部和胃肠胰(GEP)起源的85个NEN样本中的84种癌症相关miRNA，并通过单变量和多变量模型评估其预后价值。进行了转录组学(N=63)和甲基组学(N=30)以预测miRNA靶基因、信号通路和调节CpG位点。结果在癌症基因组图谱(TCGA)的队列和NEN细胞系中得到了验证。我们确定了一个包含八个miRNA的标志，将患者分为三个预后组(5年生存率为80%、66%和36%)。八种miRNA基因标志的表达与PI3K-Akt和TNFα-NF-kB信号通路中的71个靶基因相关。其中28个与生存相关，并在体内和体外进行了验证。最后，我们确定了五个与这八个miRNA的表观遗传调控有关的CpG位点。简而言之，我们确定了一个8-miRNA标志，能够预测GEP和肺NEN患者的生存率，并确定了驱动患者预后的基因和调节机制。本文受版权保护。保留所有权利。

Furin属于丝氨酸蛋白酶家族，其不正常表达已被记录在各种癌症中，但其在甲状腺癌中的作用仍不清楚。我们在大量中东乳头状甲状腺癌（PTC）患者样本中研究了Furin的表达，并探索了其在PTC细胞系中的功能作用和机制。在所有PTC病例中观察到44.6％的Furin过表达现象，与侵袭性临床病理参数和不良预后显著相关。我们展示了FURIN敲低可抑制B-Raf原癌基因突变细胞（BRAF）的肿瘤生长、增殖、迁移、侵袭、球状体生长和上皮-间充质转化（EMT）进展，而在BRAF野生型PTC细胞系中过表达逆转了其效应。在BRAF突变细胞系中的FURIN敲低导致肿瘤生长减缓和凋亡增加。机制上，FURIN敲低导致BRAF突变细胞中MEK​​/ERK通路的抑制，但MEK​​的抑制并没有影响FURIN的表达，这表明FURIN通过MEK​​/ERK通路发挥作用。此外，我们的研究揭示了Furin去除和抗MEK​​抑制剂治疗的协同抗肿瘤作用。总体而言，这些结果表明Furin是中东PTC中的重要预后标记，其在BRAF相关MAP / ERK通路的活化和肿瘤发生中发挥至关重要的作用。Furin抑制可能是对抗PTC的潜在治疗靶点。©2023 The Authors.由John Wiley＆Sons Ltd代表欧洲生化联合会出版的《分子肿瘤学》。

MET受体酪氨酸激酶（METex14）的外显子跳跃突变在癌症中越来越多见，并在非小细胞肺癌（NSCLC）中出现率为3-4％。仅有50％的患者对使用MET-酪氨酸激酶抑制剂（TKI）的治疗产生有益反应，因此有必要理解METex14致癌性和对TKI的敏感性的机制。METex14是否是驱动突变，以及在离体和离体功能范围内是否需要肝细胞生长因子（HGF）仍未从以前的临床前模型完全阐明。我们使用CRISPR / Cas9在非转化人肺细胞中开发了一个METex14 / WT等基因模型，并报告METex14单一变异足以驱动MET依赖型的体外无附着生存和运动以及体内肿瘤形成，使其对MET-TKI敏感。但是，我们也表明人类HGF（hHGF）是必需的，如使用了人性化HGF敲入小鼠株的体内演示，并在METex14 NSCLC患者样本的肿瘤细胞中进一步检测到。我们的结果还表明，在我们的细胞模型中，METex14致癌性不是逃逸降解的结果。因此，我们开发了一种有价值的临床前研究模型，并提出具有潜在临床意义的结果。本文受版权保护。保留所有权利。

碳酸氢盐转运是胰腺导管细胞pH调节的预先存在的机制。在最近的一项研究中，Cappellesso等人证明，胰腺导管癌代谢重构会产生酸性环境，并通过SLC4A4将碳酸氢盐导入癌细胞，增强该环境的酸度。这种酸度有利于促进肿瘤免疫抑制。靶向SLC4A4能够中和环境pH值，恢复抗肿瘤免疫力，使肿瘤对免疫检查点阻滞敏感。本文受版权保护，所有权利均已保留。

甲状旁腺癌（PC）是一种罕见的恶性肿瘤，手术后复发的风险很高。目前尚未建立PC的肿瘤导向性全身治疗。我们利用四个晚期PC患者的全基因组和RNA测序技术，识别分子变化，以指导临床管理。在两个病例中，基因组和转录组图谱提供了试验性治疗靶点，产生了生化反应和持久的疾病稳定：（i）由于高肿瘤突变负荷和与APOBEC（类似脂蛋白B mRNA编辑酶的催化多肽）活化相关的单碱基替代标志，采用免疫检查点抑制剂pembrolizumab；（ii）采用洛伐替尼的多受体酪氨酸激酶抑制剂，由于FGFR1（成纤维细胞生长因子受体1）和RET（Ret Proto-Oncogene）的过度表达，以及在疾病进程后期采用PARP（Poly（ADP-Ribose）聚合酶）抑制剂olaparib，这是由于出现缺陷同源重组DNA修复迹象。此外，我们的数据还提供了关于PC分子景观的新见解，包括特定突变过程和致病性基因突变的全基因组足迹。这些数据强调了全面分子分析对于基于对疾病生物学的洞察力改善罕见肿瘤患者护理的潜力。本文受版权保护。保留所有权利。

雌激素受体α（ERα）阳性与激素依赖性乳腺癌的发展有密切关联。治疗这些癌症的主要挑战在于了解和克服内分泌耐药机制。最近发现，在细胞增殖和分化过程中存在两种不同的翻译程序，这些程序使用特定的转移核糖核酸（tRNA）库和密码子使用频率。考虑到癌细胞表型转换为更具增殖性和较少分化状态，我们可以推测tRNA库和密码子使用的改变可能使ERα编码序列不再适应，影响翻译速率、共翻译折叠和蛋白质的功能特性。为验证这一假设，我们生成了一个ERα同义编码序列，其密码子使用频率优化为在增殖细胞中特异表达的基因中观察到的频率，并调查编码的受体的功能性质。我们证明这样的密码子适应可以将ERα活性恢复到分化细胞中观察到的水平，包括：（a）增强转录激活功能1（AF1）在ERα转录活性中发挥的贡献；（b）增强与核受体共抑制因子1和2 [NCoR1和NCoR2（又名SMRT）]的相互作用，促进荧光素还原酶的能力；以及（c）降低与SRC原癌基因、非受体酪氨酸激酶（Src）和磷脂肌醇3-激酶（PI3K）p85激酶的相互作用，抑制MAPK和AKT信号通路。 ©2023 The Authors. Molecular Oncology 由John Wiley＆Sons Ltd代表欧洲生化联合会出版。

靶向静脉内皮生长因子（VEGF）/VEGF 受体，通过抗血管新生治疗，可治疗转移性透明细胞肾癌 （ccRCC），但其功效因患者而异。探究这种差异的原因，可以带来相关治疗靶点的识别。因此，我们研究了一些新型 VEGF 剪接变异体，其比传统的 VEGF 剪接异构体抑制效率低。通过序列分析，我们确定了 VEGF 基因末端的新型剪接受体，导致 VEGF mRNA 中插入了 23 bp 的碱基。这种插入可以改变 VEGF 蛋白质 C 端中已知的剪接异构体 VEGFXXX 前开放阅读框，在正常组织和 RCC 细胞系中分别通过 qPCR 和 ELISA 分析了这些新型 VEGF 剪接异构体（VEGFXXX/NF）的表达，并研究了 VEGF222/NF（相当于 VEGF165）在生理和病理血管生成中的作用。我们的体外数据表明，重组 VEGF222/NF 可以通过激活 VEGFR2 促进内皮细胞的增殖和血管通透性。此外，VEGF222/NF 的过度表达会增强 RCC 细胞的增殖和转移能力，而 VEFG222/NF 的下调会导致细胞死亡。我们还在小鼠体内植入 VEGF222/NF 过度表达的 RCC 细胞，生成了 RCC 的体内模型，并以多克隆抗VEGFXXX/NF 抗体治疗。VEGF222/NF 过度表达增强了具有侵袭性和完全功能的肿瘤的形成，而抗VEGFXXX/NF 抗体的治疗通过抑制肿瘤细胞增殖和血管生成，减缓了肿瘤生长。在 NCT00943839 临床试验的患者队列中，我们研究了血浆 VEGFXXX/NF 水平、抗VEGFR治疗抵抗和生存之间的关系。高血浆 VEGFXXX/NF 水平与更短的生存期和抗血管新生药物的低疗效相关。我们的数据证实了新的 VEGF 异构体的存在，这些异构体可以成为对抗抗 VEGFR 治疗抵抗的肾癌患者的新的治疗靶点。本文受版权保护，版权所有。

Bovine milk and meat factors (BMMFs)是从牛奶、血清以及结肠直肠癌（CRC）患者的癌旁组织中分离出的类似质粒的DNA分子。BMMFs被认为是人畜共患传染病的感染因子和CRC间接致癌的推手，能引起慢性组织炎症、自由基形成和DNA损伤水平的增加。以前没有大型临床队列中BMMFs表达数据与联合标记和临床参数的相关性研究，本研究就此展开。使用CRC患者的瘤旁粘膜和肿瘤组织、低/高度不典型、健康捐赠者粘膜的组织切片，通过共同免疫荧光显微镜和免疫组织化学评分（TMA），检测BMMF复制蛋白（Rep）和CD68/CD163（巨噬细胞）的表达情况。Rep在99％的CRC患者（TMA）的癌旁粘膜中表达，在组织学上与CD68+/ CD163 +巨噬细胞有关，并且与健康对照组相比，CRC患者中Rep表达水平更高。肿瘤组织仅显示出较低的基质Rep表达。Rep在LGD中表达，但在HGD中表达较弱，然而在LGD/HGD的癌旁组织中表达强烈。尽管未达到统计学意义，CRC特异性死亡率的发生曲线会因Rep表达水平（TMA）升高而升高，高的癌旁Rep表达水平与最高死亡率发生率相关。BMMF Rep表达可能代表CRC的标志和早期危险因素。Rep和CD68表达之间的相关性支持了先前提出的一种假说，即BMMF特异性炎症调节，包括巨噬细胞，参与了CRC的发病机制。© 2023 The Authors. Molecular Oncology由John Wiley & Sons Ltd代表欧洲生物化学联合会出版。

在长期的慢性炎症过程中形成了第三级淋巴结构（TLSs），促进局部淋巴细胞的招募、抗原呈递和免疫反应调节，与癌症患者预后良好相关。虽然已经有研究探索了加速TLSs建立的方法，但在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中相关研究仍然缺乏。在本研究中，我们分析了The Cancer Genome Atlas（TCGA）的数据，并对188个患者样本进行了免疫组化染色分析。结果显示，TLSs促进了免疫细胞的浸润。TLSs中CD8 +细胞浸润高的患者预后最好。由于在TLSs组织中Lymphotoxinα（LTα）明显增加，我们在SCC7细胞中过表达了LTα（一种小鼠源性HNSCC细胞系）并建立了舌肿瘤携带模型。组织切片的多色观察显示，在LTα细胞组簇增加了T细胞集聚，第12天接种细胞时形成了1级TLS。此外，与对照组相比，LTα组的肿瘤体积显着减少，而浸润的CD8 + T细胞数量和比例均增加。去除小鼠周围的CD8 +细胞未发现肿瘤大小或TLS形成的差异。值得注意的是，TLS通过招募HNSCC中的CD8 + T细胞增强了抗肿瘤效应，显示出CD8 + T细胞介导的抗肿瘤效应。此外，肿瘤中LTα的过表达促进了TLSs的形成。本文受版权保护。保留所有权利。

血浆中的无细胞DNA（cfDNA）可以与含有表观遗传修饰的核小体结合，代表细胞来源的表观遗传图谱。其中包括组蛋白H3-赖氨酸36三甲基化（H3K36me3），是活性转录的标志。我们假设在血浆中H3K36me3修饰的核小体进行无细胞染色质免疫共沉淀（cfChIP），可以描绘出肿瘤基因表达水平。我们对非小细胞肺癌病人（NSCLC，n = 8），小细胞肺癌病人（SCLC，n = 4）以及健康对照组（n = 4）的血浆样品进行了H3K36me3 cfChIP-seq，然后进行了定向NGS。 H3K36me3 cfChIP-seq表明，与正常等位基因相比，已知体细胞突变的患者血浆中突变等位基因的富集度有所增加。此外，在SCLC和NSCLC肿瘤中鉴定的基因在NSCLC和SCLC血浆中的H3K36me3 cfChIP富集度比较中具有一致性（灵敏度为0.80和0.86）。本文的发现扩展了液体活检中cfDNA的实用性，可以用于表征耐药性、癌症分型和疾病进展。本文受版权保护。保留所有权利。